基因捕获元件int1和ISCR1在临床菌株中的分布及与细菌耐药性的关系研究

目的研究临床多种细菌中的Ⅰ型整合酶编码基因int1和ISCR1的分布情况,探究其与细菌多药耐药表型的关系。方法收集2011-2012年河北省某医院临床菌株,应用VITEK2COMPACT全自动微生物生化鉴定系统和16SrDNA序列分析进行种属鉴定,利用PCR方法进行int1基因和ISCR1筛查;两种可移动元件的携带情况和菌株的多药耐药表型之间的关系采用卡方检验进行统计计算。结果共收集临床菌株372株,包括325株革兰氏阴性菌和47株革兰氏阳性菌;int1基因和ISCR1在22种(属)175株和18种(属)90株革兰氏阴性细菌中检出,同时在17种(属)71株革兰氏阴性细菌中检出,革兰氏阳性细菌int1基因和ISCR1检测均为阴性;通过对数据分层对比,统计分析发现,在int1基因不存在时,ISCR1的存在与否与菌株是否为多药耐药的关系明显,差异有统计学意义(P<0.01),其存在亦能介导更广泛种类药物耐受,差异亦有统计学意义(P<0.01)。在int1基因存在时,ISCR1的存在能介导更广泛种类药物耐受,差异有统计学意义(P=0.02);在ISCR1不存在时,int1基因的存在与否与菌株是否多药耐药的关系明显,差异有统计学意义(P<0.01),其存在亦能介导更广泛种类药物耐受,差异亦具有统计学意义(P<0.01)。而在ISCR1存在的情况下,上述两种关系不明显。结论基因捕获元件int1基因及ISCR1在革兰氏阴性临床菌株中分布广泛,并与细菌的多重耐药、泛耐药明显相关,特别是ISCR1;应加强可移动元件int1基因或ISCR1流行状况的监测,为其在耐药基因捕获中的作用机制研究和控制多药耐药细菌在临床散播提供可靠的基础数据。

荧光定量PCR法检测不同状态下铜绿假单胞菌intⅠ1基因的表达

目的检测铜绿假单胞菌Ⅰ类整合酶基因(intⅠ1基因)在生物膜状态和浮游状态表达水平的差异,探讨整合子的作用机制。方法对3株Ⅰ类整合酶阳性的铜绿假单胞菌分别进行液相培养和生物膜细菌培养,常规方法提取3株细菌两种生长状态的总RNA。采用荧光定量PCR(FQ-PCR)法,以细菌的16srRNA为内参照,分别测定菌株SW07、R07和TH12的浮游细菌和生物膜细菌intⅠ1mRNA的相对表达量,比较3株菌在两种状态下intⅠ1mRNA的表达水平。结果3株铜绿假单菌的生物膜细菌和浮游细菌都检测到intⅠ1基因的表达。3株菌在两种状态下intⅠ1mRNA的表达量不同,生物膜细菌intⅠ1基因的表达水平较高,其中菌株R07、SW07和TH12的生物膜细菌intⅠ1mRNA的表达量分别较浮游细菌高1.4、5.7和128倍。结论在生物膜状态下,铜绿假单胞菌intⅠ1基因的表达上调,本实验结果提示整合子在生物膜细菌中可进行更加活跃的基因盒捕获和积累,整合子和细菌生物膜的形成是导致细菌对抗生素耐药的重要机制。

3株HPI^+大肠杆菌fyuA与int基因的检测及序列分析

在耶尔森氏菌强毒力岛(HPI)的基因中,fyuA编码鼠疫菌素受体与细菌的摄铁能力调节有关,int编码的整合酶与HPI在大肠杆菌基因组asn-tRNA位点的整合相关。根据GenBank中已发表的HPI基因序列设计2对引物,分别用于fyuA和int的PCR扩增。将从3株仔猪腹泻源HPI+大肠杆菌(S70903株、S70925株、S70931株)中扩增的片段克隆至pGEM-Teasy载体,分别获得含有fyuA和int的重组质粒。琼脂糖凝胶电泳、序列测定及分析表明:所克隆的fyuA基因大小均为948 bp,与已发表序列的同源性为98.6%~100%。所克隆的int基因片段大小均为1 391 bp,与已发表序列的同源性为96.0%~99.6%。研究结果提示,这3株细菌的fyuA基因并没有因为HPI的转移而缺失或被修饰,并且均整合在大肠杆菌基因组asn-tRNA位点。

IntⅠ1基因突变致鲍曼不动杆菌耐药性丢失

目的探究鲍曼不动杆菌耐药性丢失与基因组序列的相关性。方法临床分离78株鲍曼不动杆菌,按CLSI进行药敏性实验,以PCR方法对IntⅠ1、ADC基因进行检测,并选择部分菌株进行测序分析。结果 78株鲍曼不动杆菌中,有1株完全不耐药,而相关基因PCR检测的阳性率均为100%。基因测序分析表明,在这株耐药性丢失的鲍曼不动杆菌中,IntⅠ1基因均发生3处DNA突变。结论 IntⅠ1基因对于鲍曼不动杆菌耐药性起着重要作用,相关位点突变将导致耐药性丢失。

致肠出血性EH297整合酶基因(int)的克隆与分析

目的 克隆并分析致肠出血性埃希氏大肠杆菌O15 7:H7菌株EH2 97的整合酶基因。方法 采用加接头的步移PCR方法 ,从溶源性噬菌体 φ2 97的染色体DNA上类似于噬菌体 933W的整合酶基因的一个 4 0个核苷酸开始的 ,进行了克隆、亚克隆、测序和序列分析等分子生物学研究。结果 得到了噬菌体 (2 97编码的整合酶基因(int)的完整序列 ,它的长度是 12 87bp ,编码了 4 2 8个氨基酸的Int蛋白质。将它们的序列与λ噬菌体的整合酶家族的其它成员进行了比较。发现噬菌体 φ2 97的整合酶基因 (int)与噬菌体VT1 Sakai的整合酶基因有 79%的相似性 ,噬菌体 φ2 97的Int蛋白与噬菌体VT1 Sakai的Int蛋白在氨基酸序列上有 82 %的相似性。N 末端的氨基酸区域是完全保守的 ,而中心区和C 末端则显示出高度的变异。结论 噬菌体 φ2 97属于λ噬菌体或它们的int基因来源于同一基因池。

全基因组关联研究发现8p21.3区域的INTS10基因是一种新的抑制HBV感染的抗性基因

乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)感染是最常见的病毒性传染病之一,全球大约有2.5亿HBV慢性携带者。我国大约有7500万HBV慢性携带者,位列全球各国之首。HBV感染后可能引发一系列肝脏疾病,包括慢性乙型肝炎、肝硬化和肝癌。因此,预防和治疗HBV慢性感染意义重大。成年个体感染HBV后,绝大多数个体可以清除病毒,只有少部分个体(~10%)会发展成为慢性感染者。病毒因素和环境因素均可能导致这种个体化差异。

鲍曼不动杆菌Ⅰ类整合酶基因及氨基糖苷类修饰酶基因分布研究

目的明确浙江湖州解放军第98医院临床分离的耐β内酰胺类抗生素鲍曼不动杆菌中Ⅰ类整合酶基因(int Ⅰ 1)及氨基糖苷类修饰酶(aminoglycoside-modifying enzymes,AMEs)基因分布状况。方法采用聚合酶链反应(PCR)及序列分析的方法分析 int Ⅰ 1及6种 AMEs 基因 aac(3)-Ⅰ、aac(3)-Ⅲ、aac(6′)-Ⅰ、ant(3″)-Ⅰ、ant(2″)-Ⅰ和 aph(3′)-Ⅵ。结果鲍曼不动杆菌对头孢噻吩完全耐药,亚胺培南、美洛培南及氨基糖苷类耐药率分别为1.7%、1.7%和86.7%。60株菌中,int Ⅰ 1、aac(3)-Ⅰ、aac(6′)-Ⅰ、ant(3″)-Ⅰ、ant(2″)-Ⅰ和 aph(3′)-Ⅵ基因 PCR 扩增阳性株数(%)分别为35(58.3%)、31(51.7%)、33(55.0%)、36(60.0%)、12(20.0%)和2(3.3%),aac(3)-Ⅲ均阴性。结论解放军第98医院临床分离的耐β内酰胺类鲍曼不动杆菌多重耐药严重,int Ⅰ 1及 AMEs 基因携带率均较高。

畜禽粪便堆放地土壤中抗生素抗性基因和细菌群落的垂直分布特征

本文通过对养殖场猪粪和鸡粪堆放地0~100 cm土壤样品的采集和分析,研究了长期堆放畜禽粪便对土壤中抗生素抗性基因(简称"抗性基因")和细菌群落结构垂直分布的影响。定量PCR结果表明,与对照土壤相比,猪粪和鸡粪堆放增加了0~100 cm土壤中四环素类抗性基因(tetC、tetG、tetL、tetW)、磺胺类抗性基因(sulI、sulII)以及整合酶基因(intI1)的检出率和检出丰度,说明粪肥堆放造成堆放地土壤中抗性基因污染。聚类分析结果表明,抗性基因和intI1基因的丰度随土壤深度呈递减趋势,且主要集中在0~30 cm土层,表明堆放地土壤中抗性基因存在向下层土壤迁移的风险。相关性分析表明, intI1基因分别与抗性基因呈显著正相关,说明intI1基因可能在抗性基因传播中起着重要作用。同时高通量测序结果表明,与对照土壤相比,猪粪和鸡粪堆放显著降低了0~10 cm和10~30 cm土层细菌群落结构的多样性, 0~30 cm土层中,猪粪和鸡粪堆放地土壤中细菌群落结构与对照土壤的差异要高于深层土壤。此外,方差分解分析结果表明,土壤化学性质和细菌群落结构均影响了土壤中抗性基因的垂直分布,且细菌群落结构的变化是其主要的影响因素。本研究可为控制畜禽粪便堆放地土壤中抗性基因污染提供科学依据。

维生素D受体基因型多态性可增加尿结石风险

中国台湾高雄大学的Chia—Chu Liu博士及其同事在6月的《英国泌尿学杂志》（BJU Int，2007；99：1534—1538．）上报道，维生素D受体基因（Fok-1）多态性似乎与钙尿路结石病的某些方面相关。

HBV基因变异对慢性HBV患者病情发展及治疗的影响

据医学空间网8月25日报道（原载Hepatobiliary Pancreat Dis Int 2005 Aug；4（3）：393-7．），基因发生变异会改变其致病性，发生免疫逃逸引起持续的感染和药物抵抗。

中国肠产毒性大肠杆菌中耶尔森菌强毒力岛的检测

目的 了解耶尔森菌强毒力岛在中国肠产毒性大肠杆菌中的分布及插入位点。方法 使用PCR扩增、DNA打点杂交和DNA测序及分析方法。结果 在 94株分离自中国的肠产毒性大肠杆菌中 ,14株耶尔森菌强毒力岛核心区的 8个基因PCR扩增阳性 ,除 3株菌的整合酶基因外 ,PCR扩增产物长度均与预期一致 ,但天冬酰胺转运RNA(asnTtRNA)位点扩增阴性 ;上述 14株菌进行全菌DNA打点杂交试验 ,均与irp2和 fyuA探针杂交 ;选择上述 3株菌中的 1株 ,对其整合酶基因的PCR产物测序 ,并与鼠疫耶尔森菌强毒力岛的整合酶基因序列比较 ,发现该整合酶基因于 5’端缺失了 347bp的片段。 结论 14 %肠产毒性大肠杆菌携带的耶尔森菌强毒力岛 ,且均插入在天冬酰胺转运RNA位点处 ;部分菌株所携带的耶尔森菌强毒力岛的整合酶基因发生了缺失。

MGB探针标记-实时荧光PCR方法检测细菌int1基因和ISCR1元件方法的建立

目的 建立一种快速、准确检测细菌中ISCR1复合型Ⅰ型整合子的MGB探针二重实时荧光PCR方法。方法 根据ISCR1复合型Ⅰ型整合子中int1基因和ISCR1元件序列设计特异性引物和探针,在多种经常携带有2种多耐药相关基因元件的细菌中检测其特异性;使用含有2种基因元件特异性序列的重组质粒标准品评价建立方法的灵敏度。结果 建立的MGB二重探针实时荧光PCR检测方法特异性好,携带2种基因元件或单独含有ISCR1或者int1的实验菌株均出现相应特异性扩增曲线,对2种基因元件均不含的菌株进行试验扩增时,均未见出现特异性扩增曲线。对2种基因元件都存在的实验菌株的扩增中,亦不存在由于2套引物/探针相互影响而造成的干扰扩增。根据标准质粒样品构建的标准曲线可确定其对int1基因和ISCR1元件的检测灵敏度分别为5.89×10~1拷贝/μl和4.13×10~1拷贝/μl。结论本研究成功建立了MGB二重探针实时荧光PCR快速检测方法。

耐药铜绿假单胞菌携带的整合子及其耐药基因盒检测分析

整合子系统是铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa，PA）产生耐药的重要因素，其包括5’保守序列（CS，包括整合酶基因int、重组位点attⅠ和1个启动子）和3’CS（由qacEΔ1和sull组成）；整合子携带的耐药基因盒包括1个单独的基因和1个下游的重组位点attC；

人类白细胞抗原Ⅱ类基因与原发性膜性肾病临床表型和预后的关联性研究

2018年11月Kidney Int杂志发表了北京大学第一医院肾内科赵明辉教授团队完成的一项关于原发性膜性肾病的基因易感性及其机制的研究——“人类白细胞抗原(HLA)Ⅱ类基因与原发性膜性肾病临床表型和预后的关联性研究”[Wang HY,Cui Z,Xie LJ,et al.HLA class Ⅱ alleles differing by a single amino acid associate with clinical phenotype and outcome in patients with primary membranous nephropathy.Kidney Int,2018,94 (5):974-982.]。