蛋白质规则二级结构中亲-疏水氨基酸的相对使用频率

本文将氨基酸椐亲 -疏水性按 1 0度简并 ,5度简并进行分类 ,然后映射于蛋白质规则二级结构中进行计算 ,用以寻找规则二级结构中亲 -疏水氨基酸的使用规律性 .

瘤胫果实蝇线粒体全基因组分析与系统发育

【目的】明确瘤胫果实蝇[Bactrocera Bactrocera tuberculata(Bezzi)]线粒体全基因组序列特征,探究其系统发育地位,为瘤胫果实蝇分子标记、物种鉴定和进化遗传学研究提供参考依据。【方法】采用高通量测序技术对瘤胫果实蝇的线粒体全基因组进行测序、组装、拼接和注释,获得基因组全序列,并对基因组基本结构进行分析;选择NCBI公布的果实蝇属近缘种20种实蝇的线粒体全基因组序列,基于最大似然法(Maximum likelihood,ML)进行系统发育分析。【结果】瘤胫果实蝇线粒体基因组序列总长度为15854 bp;具37个基因,其中包含13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个非编码控制基因。瘤胫果实蝇线粒体基因组全序列A+T含量为73.2%;13个蛋白质编码基因共有密码子3755个,在蛋白质所有22种氨基酸密码子中,UUA(leucine)的使用频率N及相对密码子RSCU使用频率均最高,N(RSCU)为387(3.79);tRNA基因二级结构中,除苯丙氨酸(F)以及苏氨酸(T)缺少假尿嘧啶(T)环和丝氨酸(S1)缺少二氢尿嘧啶DHU环,其余19个tRNA基因均能折叠形成典型的三叶草二级结构,22个tRNA基因中,共存在178处碱基对错配,错配碱基对均为G-U。通过对其近缘种线粒体全基因组的系统发育分析,瘤胫果实蝇与桔小实蝇(Bactrocera dorsalis)和杨桃实蝇(Bactrocera carambolae)聚在一起,表明3种实蝇的亲缘关系较近,与果实蝇亚属的其他种类聚在同个分支上,结果与形态鉴定一致。【结论】首次报道了瘤胫果实蝇线粒体全基因组,GenBank登录号MW 892726,测定和分析的瘤胫果实蝇线粒体基本结构特征,核苷酸组成、系统进化分析,支持瘤胫果实蝇属于果实蝇亚属,为物种诊断、进化生物学和防治研究提供依据。

黑漆实蝇线粒体基因组基因结构分析

为探究黑漆实蝇线粒体基因组基因结构,基于测定的黑漆实蝇的线粒体全基因组,采用DNAMAN V6软件测算线粒体全基因组13个蛋白编码基因(PCGs),22个trnA基因AT skew=(A-T)/(A+T)、GC skew=(G-C)/(G+C)的值,分析黑漆实蝇核苷酸的偏移率;使用Win32 CodonW软件分析蛋白质基因密码子的使用个数以及同义相对密码子RSCU值的使用频率;利用MITOS WebServer和tRNAscan-SE 2.0软件对trnA的二级结构进行分析,为物种诊断、系统发育和进化生物学提供依据。

高频密码子分析法及其在烟草密码子分析中的应用

利用自编的RFCS程序计算同义密码子相对使用频率 (RFSC) ,并根据RFSC值筛选出高频密码子 .将高频密码子分析法筛选出的酵母Y .lipolytica高频密码子和传统的高表达优越密码子分析法筛选出的优越密码子进行比较 ,证实高频密码子分析法的可靠性 .应用高频密码子分析法分析烟草的 2 5 6个cDNA全序列 ,计算出同义密码子的相对使用频率 ,初步确定烟草的高频密码子 ,为外源基因在烟草中的表达提供参考 .

斑翅草螽线粒体基因组序列测定与分析

已经测定的昆虫线粒体基因组中,直翅目草螽亚科的疑钩额螽Ruspolia dubia线粒体控制区长度最短,仅70bp。为此,本研究采用L-PCR结合二次PCR扩增策略对另一种草螽亚科昆虫斑翅草螽Conocephalus maculates线粒体基因组序列进行了测定。序列注释发现:斑翅草螽线粒体基因组序列全长15 898 bp,A+T含量为72.05%,基因排列与典型的节肢动物线粒体基因组一致。全部蛋白质编码基因以典型的ATN作为起始密码子,9个蛋白质编码基因具有完整的终止密码子,其余4个以不完整的T作为终止信号。除trnSAGN外,其余21个tRNAs均可折叠形成典型的三叶草结构,依照Steinberg等(1997)线粒体特殊tRNA结构类型-9,trnSAGN的DHU臂形成一个7 nt环,反密码子臂则长达9 bp,含1个突起碱基,而不是正常的5 bp。斑翅草螽与其他直翅目昆虫线粒体基因组的主要区别在于,在trnSUCN和nad1,nad1和trnLCUN基因间各存在一段罕见的、大段的基因间隔序列,长度分别为78 bp和360 bp。其中,位于nad1和trnLCUN之间的基因间隔序列N链可形成一个包含完整起始、终止密码子(ATT/TAA)、编码103个氨基酸的未知开放阅读框。同义密码子使用偏好与线粒体基因组编码的tRNA反密码子匹配情况无关,但与密码子第3位点的碱基组成紧密相关;相对密码子使用频率(relative synonymous codon usage,RSCU)大于1的密码子,其第3位点全部是A或T。在已经测定的直翅目昆虫线粒体基因组tRNAs中,均存在一定数量的碱基错配,且以G-U弱配对为主,表明G-U配对在线粒体基因组中可能是一种正常的碱基配对形式。本研究测定的斑翅草螽线粒体基因组序列,和先前已经测定的直翅目线粒体基因组序列一起,可以为重建直翅目的进化历史提供数据资源。

酵母核小体中心序列与连接序列的差异分析

基于Brogaard等2012年给出的酵母全基因组单碱基精度的核小体定位图谱,从中提取出酵母基因组全部的核小体中心序列和连接序列.计算k-mer(k取4、5、6和8)在两类序列中的相对频率,分析两类序列中k-mer的使用差异.按照k-mer相对使用频率对数增序的方式排列模体,得到两类序列k-mer相对频率对数比的分布.结果显示模体长度越长两类序列的使用差异越明显,当k>7以后差异分布逐渐稳定.按照中心序列8-mer相对频率增序的方式排列模体,发现在相对频率小于0.5的区域,两类序列的8-mer使用差异显著.分别计算了7个抽样点附近中心序列偏好的8-mer和连接序列偏好的8-mer的G+C含量和二核苷含量.结果显示两类序列模体的G+C含量随着相对频率的增大而逐步减小,中心序列更加偏好GC和CG二核苷,而连接序列更加偏好GG二核苷和CC二核苷.这些主要的差异特征与实验分析结果一致.

欧美留学生汉语有标复句习得顺序研究

文章以六部对外汉语教学大纲为依据,遴选出52个常用汉语有标复句句式,并基于60万字的中介语语料,采取正确使用相对频率法与蕴含量表法相结合的研究方法,系统考察了欧美留学生汉语有标复句的习得顺序。文章首先从整体上揭示了欧美留学生对52个有标复句的习得顺序,进而以此为基础推断出12大类有标复句的习得顺序。本研究的相关数据与结论可以为对外汉语教学大纲和教材的编写、修订以及复句教学提供直接的依据。

大肠杆菌不同表达水平基因之间的关联模式

以密码子适应性指数(CAI)作为描述基因表达水平特征的参数,运用信息论的方法研究了大肠杆菌不同表达水平的双基因间的关联强度;统计分析了各种3基因模式、4基因模式和6基因模式出现的相对使用频率.结果发现:同等表达水平的基因组成的模式不仅关联性很强,而且其相对使用频率也很高,而相反表达水平的基因组成的模式虽然基因间关联性也较强,但其对应的相对使用频率很低.

英语母语学习者汉语连词习得过程研究

汉语连词大约有120个,与名动词等类别相比,数量不算多。但其使用频率高、范围广,在篇章结构的衔接中起重要作用,因此被认为是对外汉语关联词和复句教学的重要内容之一。另一方面,汉语连词也是对外汉语教学的重点和难点之一。本文借助HSK动态作文语料库,以英国留学生汉语考试作文中连词的使用情况为统计分析基础,通过对各类连词使用相对正确率的比较,对二语习得者汉语连词的习得过程进行描述并探究连词习得顺序。

取经何时成正果?

近些年来,“取经”这个词的使用频率已越来越高,换言之,全国各地外出考察学习的队伍在日益壮大。导致这一现象的原因是什么?主要是许多地方学先进、赶先进的势头越来越猛,改革和发展的意识不断增强,建立和完善市场经济体制的步伐在逐步加快。但是,综观当今神州大地上涌起的“取经潮”,便会发现这其中尚有一股不可轻视的浊流。许多人有那么一种感觉:好象取经越来越不是那么回事了,都想问上那么一句:取经何时成正果? 取经何其多 充满喜和忧 国内一家大报在评述“取经热”时,曾打过这样一个比方:如果我们在经济发达地区某一交通要道上随便调查三、四十辆小车,必定可以发现其中有不少是“取经车”。经常外出的有心人大多是有这种感觉的,有时坐在车中一天跑下来,能发现几十支取经队伍。

近年来北京地区多器官功能障碍综合征流行病学调查

目的 调查 1 998年 5月～ 2 0 0 3年 5月北京地区多器官功能障碍综合征 (MODS)的临床诊治现状。 方法 回顾性调查分析北京地区 4 1 3例MODS患者的临床资料。 结果 MODS原发病因仍然是重症感染、创伤、重症胰腺炎、大手术后。 4 1 3例MODS患者 ,总的住院病死率为 5 3.5 %(2 2 1 41 3) ,住院 2 8d内病死率为 37.3%(1 5 4 41 3)。发生功能障碍器官的数为 2～ 6个 ,相对应的MODS病死率为 4 2 .5 %～ 1 0 0 %。住院第 1周内并发脑、心、肾、呼吸功能障碍者病死率分别为 72 .8%、6 4 .3%、6 1 .7%、5 4 .8%。治疗中呼吸机使用频率为 76 .0 %,而透析的应用频率为8.2 %。结论 MODS总的病死率依然较高。重症感染、创伤、重症胰腺炎、大手术后是MODS的主要原发病因。MODS病死率随着发生功能障碍器官的数增加而显著升高。

双生病毒的同义密码子用法及其进化分析

对双生病毒编码基因的变异进行了密码子用法分析,推测双生病毒基因的表达水平普遍不高,而外壳蛋白基因的表达水平相对较高,它们在密码子第3位上偏好使用A或T。双生病毒的密码子用法主要受到突变偏好和翻译选择等因素的影响。双生病毒的密码子使用具有基因特异性和一定程度的寄主特异性。基于相对同义密码子使用频率的聚类分析可以很好反映侵染单子叶植物和双子叶植物双生病毒之间的差异,也在一定程度上反映出双生病毒之间的亲缘关系。

圆红冬孢酵母的密码子用法分析

运用CodonW等软件,分析了圆红冬孢酵母Rhodosporidium toruloides基因组中191个蛋白质编码基因的密码子使用模式,包括密码子3个位置上的GC含量、有效密码子数和密码子使用频率。圆红冬孢酵母有效密码子数ENc值为38.9,密码子GC含量为63%,密码子第三位GC含量为78.3%,且偏好使用G或C结尾的密码子,确定了圆红冬孢酵母R. toruloides的21个高表达优越密码子。研究发现,圆红冬孢酵母与毕赤酵母、酿酒酵母、大肠杆菌和拟南芥在密码子使用频率上有较大差异,而与解脂耶氏酵母和果蝇差异相对较小。研究结果对提高外源基因在圆红冬孢酵母中表达效率及相关代谢工程和合成生物学研究有一定意义。