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基于LAMMPS系统的集群运算系统架构 被引量:5
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作者 陶永兰 赵冬 +1 位作者 刘广武 郑楷 《吉林大学学报(信息科学版)》 CAS 2010年第4期414-418,共5页
为解决分子动力学计算系统LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)运算数据量大、不易控制的问题,应用云计算方法,设计了智能化、高效化的集群LAMMPS运算系统架构。该架构将FTP(File Transfer Protocol)存... 为解决分子动力学计算系统LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)运算数据量大、不易控制的问题,应用云计算方法,设计了智能化、高效化的集群LAMMPS运算系统架构。该架构将FTP(File Transfer Protocol)存储技术、UDP(User Datagram Protocol)快速网络传输、LAMMPS分子动力学计算技术相结合,降低了运算过程中的人工干预,提高了分子模型处理效率,并为分子级别物理、化学的计算机仿真研究提供了新的集群化解决方案。 展开更多
关键词 lammps 集群运算 分子动力学 云计算
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Simulation of Liquid Argon Flow along a Nanochannel: Effect of Applied Force 被引量:1
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作者 YIN Chun-Yang EI-Harbawi Mohanad 《Chinese Journal of Chemical Engineering》 SCIE EI CAS CSCD 2009年第5期734-738,共5页
Liquid argon flow along a nanochannel is studied using molecular dynamics (MD) simulation in this work.Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator (LAMMPS) is used as the MD simulator.The effects of redu... Liquid argon flow along a nanochannel is studied using molecular dynamics (MD) simulation in this work.Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator (LAMMPS) is used as the MD simulator.The effects of reduced forces at 0.5,1.0 and 2.0 on argon flow on system energy in the form of system potential energy,pressure and velocity profile are described.Output in the form of three-dimensional visualization of the system at steady-state condition using Visual Molecular Dynamics (VMD) is provided to describe the dynamics of the argon atoms.The equilibrium state is reached after 16000 time steps.The effects on system energy,pressure and velocity profile due to reduced force of 2.0 (F2) are clearly distinguishable from the other two lower forces where sufficiently high net force along the direction of the nanochannel for F2 renders the attractive and repulsive forces between the argon atoms virtually non-existent.A reduced force of 0.5 (F0.5) provides liquid argon flow that approaches Poiseuille (laminar) flow as clearly shown by the n-shaped average velocity profile.The extension of the present MD model to a more practical application affords scientists and engineers a good option for simulation of other nanofluidic dynamics processes. 展开更多
关键词 molecular dynamics large-scale atomic/molecular massively parallel simulator visual molecular dynamics nanofluidics ARGON
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耗散粒子动力学模拟细胞在硬基底上的粘附铺展
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作者 冯才懿 王鑫 《天津理工大学学报》 2024年第6期117-122,共6页
生物体内或体外培养的细胞基本都处于粘附状态,在生物体内,组织和器官会受到由细胞与胞外基质、细胞与细胞等相互作用产生的力;在体外,细胞在基底上粘附、迁移和铺展,细胞会受到基底对其力的作用。胞外力学微环境的改变会导致细胞骨架重... 生物体内或体外培养的细胞基本都处于粘附状态,在生物体内,组织和器官会受到由细胞与胞外基质、细胞与细胞等相互作用产生的力;在体外,细胞在基底上粘附、迁移和铺展,细胞会受到基底对其力的作用。胞外力学微环境的改变会导致细胞骨架重构,细胞形态会发生改变,因此定量地分析细胞由悬浮到粘附的过程对于了解粘附细胞的生物学行为具有一定意义。文中借助耗散粒子动力学(dissipative particle dynamics,DPD)的研究方法,通过矩阵实验室(matrix laboratory,MATLAB)建立了一个可以表征大多数真核细胞的细胞模型,通过大规模原子/分子并行器(large-scale atomic/molecular massive parallel simulator,LAMMPS)进行模拟,模拟了细胞由悬浮状态到粘附状态的过程及对于不同粘附力的力学响应,细胞在不同的粘附力作用下发生了机械重塑表现出不同的形态,可以为生物力学和机械生物学的研究提供一定的参考。 展开更多
关键词 耗散粒子动力学 粘附细胞 大规模原子/分子并行器 力学响应 粘附力
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