百合斑驳病毒大连分离物基因组全序列测定及其分析

根据GenBank上已登录的百合斑驳病毒(LMoV)基因组序列设计7对交叉重叠的引物,利用RT-PCR技术对铁炮百合白天堂进行检测,并经克隆测序获得百合斑驳病毒大连分离物(LMoV-DL)基因组全序列。序列分析表明:LMoV基因组由长度为9 648 bp的线状单链正义RNA组成,包括一个poly(A)尾巴,编码一个由3 096个氨基酸组成的分子量为351 kDa的多聚蛋白。同时多聚蛋白系统发育分析说明LMoV隶属于Potyvirus属一个较大的分支,在进化关系上与BYMV和ClYVV最近。

百合斑驳病毒浙江分离物的基因组3′端序列分析

经RT PCR扩增从浙江丽水的亚洲百合 [Liliumcvs.(AsiaticHybrids) ]获得 2个Potyvirus病毒分离物G和X的 3′ 端cDNA片段 ,序列分析表明均为百合斑驳病毒 (Lilymottlevirus,LMoV) ;将 1 2个来源于不同地区百合与郁金香上的Potyvirus分离物进行序列同源性比较和系统进化树分析 ,结果表明G、X、ML6 1、1 2 2 9、2b、MD、HZ、J这 8个分离物的CP核苷酸序列同源性达 85 9%～ 1 0 0 % ,在进化树中聚集成簇 ,归为LMoV ;2b2、TM和TBV1 3个分离物同源性达 91 2 %～ 99 3% ,在进化树中也单独成簇 ,归为郁金香碎色病毒 (Tulipbreakingvirus,TBV) ;2b3与其它 1 1个分离物同源性在 74 4 %～ 79 8%之间 ,为伦布兰特郁金香碎色病毒 (Rembrandttulipbreakingvirus,ReTBV)。NIb基因序列和 3′ UTR序列分析也表明G、X、ML6 1、1 2 2 9、J、HZ这 6个分离物之间亲缘关系较近 ,属于LMoV ,而TM与它们的亲缘关系很远 ,属于TBV。LMoV分离物存在着两个群体 ,G和X分别处在第 1群体和第 2群体中 ,不表现地域相关性及寄主相关性。根据研究结果 ,将迄今世界各地侵染百合与郁金香的Potyvirus分离物归为LMoV、TBV和ReTBV3个种。

应用IC-RT-PCR方法检测水仙中百合斑驳病毒

水仙病毒严重影响水仙的品质与规模化生产，而快速检测水仙病毒可以有效防控其危害与扩散。根据已报道的百合斑驳病毒外壳蛋白基因序列设计PCR引物，利用免疫捕获PCR检测了水仙样品中百合斑驳病毒。PCR扩增产物回收后克隆到PMD19-T载体中测序。把克隆得到的百合斑驳病毒外壳蛋白基因部分序列提交到Genbank中。结果表明：基因登录号为JF714974，克隆的百合斑驳病毒外壳蛋白基因部分序列与国内外百合斑驳病毒同源性为90．4%～99．5％。建立了水仙中百合斑驳病毒的IC-RT-PCR的检测方法，简化了试验步骤，适合于水仙中百合斑驳病毒的快速检测。