RNA pull-down联合质谱分析lncRNA HSFAS在增生性瘢痕中的作用及机制

背景:课题组前期研究发现,增生性瘢痕特异性长链非编码RNA HSFAS是一种可用于增生性瘢痕诊断的新型生物标志物,但其如何在增生性瘢痕中发挥作用尚不清楚。目的:探讨长链非编码RNA HSFAS在增生性瘢痕中的作用及机制。方法:临床收集3例行增生性瘢痕组织切除手术患者的新鲜增生性瘢痕皮肤组织和增生性瘢痕旁正常皮肤组织标本,应用免疫荧光技术检测两种皮肤组织冰冻切片中长链非编码RNA HSFAS的表达。应用酶消化法体外分离增生性瘢痕皮肤组织与正常皮肤组织原代成纤维细胞,采用qRT-PCR检测细胞中长链非编码RNA HSFAS mRNA表达,通过RNA pull-down联合质谱技术检测与长链非编码RNA HSFAS相互结合的蛋白,利用GO和KEGG分析长链非编码RNA HSFAS参与增生性瘢痕进展的主要功能和通路,通过catRAPID和RPISeq网站分析确定长链非编码RNA HSFAS与蛋白的靶向结合。结果与结论:①与正常皮肤组织相比,增生性瘢痕组织中的长链非编码RNA HSFAS表达升高(P<0.05);与正常皮肤组织来源成纤维细胞相比,增生性瘢痕组织来源成纤维细胞中长链非编码RNA HSFAS mRNA表达升高(P<0.05);②RNA pull-down联合质谱技术明确与长链非编码RNA HSFAS相互结合的蛋白有510个;GO和KEGG分析结果显示:这些蛋白主要涉及RNA剪接和加工、染色体合成和分离、细胞周期等过程,其中涉及RNA剪接和加工的蛋白有支架附着因子B2和DICER1,并且与长链非编码RNA HSFAS的结合分数较高;生物信息学技术分析验证结果显示,长链非编码RNA HSFAS与支架附着因子B2和DICER1蛋白存在相互结合;③结果显示,长链非编码RNA HSFAS可能通过与支架附着因子B2和DICER1蛋白相互结合调控RNA剪接和加工修饰影响基因表达,从而促进增生性瘢痕的发生发展。