基于TCGA数据挖掘筛选肺鳞癌预后相关lncRNA分子标签

目的:通过对TCGA数据库的挖掘,筛选与肺鳞癌预后相关的lncRNA。方法:提取TCGA数据库中肺鳞癌患者临床数据以及肺鳞癌和癌旁组织中的lncRNA表达数据,采用LASSOCox回归筛选肺鳞癌预后相关的lncRNA,并构建lncRNA分子标签。采用Cox模型研究该分子标签的表达水平对肺鳞癌患者预后的影响。结果:首先筛选出322个在癌和癌旁组织中差异表达的lncRNA。经LASSOCox回归分析从中筛选出6个与肺鳞癌预后相关的lncRNA,分别为KTN1-AS1、FAM83A-AS1、AF131217.1、RP11-108M12.3、CTD-2555C10.3和AC068831.16。根据这6个lncRNA构建的分子标签表达水平中位数-0.09将肺鳞癌病人分为高表达组和低表达组,高表达组病人死亡风险是低表达组的2.14倍(HR=2.14,95%CI:1.50～3.04,P<0.01)。预测模型的Harrell’sC统计量为0.69(95%CI:0.64～0.75)。结论:通过对TCGA数据库的挖掘,发现KTN1-AS1、FAM83A-AS1、AF131217.1、RP11-108M12.3、CTD-2555C10.3和AC068831.16对肺鳞癌的预后有影响,且构建的lncRNA分子标签表达水平与肺鳞癌病人的预后有显著性关联。

婴幼儿配方乳粉中双歧杆菌的分子鉴定及标签相符性研究

完成了对我国市场常见益生菌婴幼儿配方乳粉标签标识情况的调查;利用16Sr RNA技术建立了基于双歧杆菌基因组序列的分子鉴定方法,对市场常见的19例益生菌乳粉中分离得到的28株双歧杆菌进行菌株分子鉴定和标签相符性分析,为该类产品的安全监管提供技术参考和建议。

红麻线粒体基因atp9克隆及不育细胞质分子标签的利用

【目的】快速克隆红麻线粒体atp9基因编码区(CDS)序列并分析其系统进化关系,为atp9基因功能验证奠定基础;利用基于atp9基因开发的不育细胞质分子标签MM556检测红麻种质资源的细胞质育性,为鉴定红麻不育细胞质种质资源提供参考。【方法】以红麻细胞质雄性不育系P3A及保持系P3B为材料,采用同源克隆方法克隆线粒体基因atp9的CDS区并进行序列比对和进化分析。利用分子标签MM556对84份未知细胞质育性的红麻种质资源进行不育细胞质材料筛选,并利用6个金钱吊芙蓉品种进行验证。【结果】红麻细胞质雄性不育系与保持系的CDS区碱基均为339 bp,两者间存在4个碱基的差异,推导编码112个氨基酸。红麻atp9基因与葡萄的亲缘关系最近,其节点支持率为72,其次为十字花科的油菜和拟南芥,与韭菜亲缘关系最远。MM556分子标签鉴定结果表明,84份红麻种质资源中,UG93-2ms-1、UG93-2ms-2、UG93-2ms-3、UG93-2ms-4、UG93-2-22、KN250、KN250-1、KN142、ZB90和09-7等10份材料具有不育细胞质,其中UG93-2ms-1、UG93-2ms-2、UG93-2ms-3和UG93-2ms-4均为红麻野败型UG93雄性不育突变体的衍生株系。经对金钱吊芙蓉品种的分子检测和田间育性验证,发现MM556分子标签同样适用于金钱吊芙蓉材料育性的辨别。【结论】克隆获得的红麻atp9基因编码区序列及筛选获得的不育细胞质种质资源可用于进一步研究红麻细胞质雄性不育分子机理;基于atp9基因开发的分子标签MM556可用于红麻不育细胞质的鉴定。

一种基于表达序列标签(EST)的新型目标分子标记技术——保守区域扩增多态性(CoRAP)

CoRAP分子标记技术是一种基于表达序列标签的目标分子标记新技术,具有操作简单、重复性高和特异性强等优点。该分子标记的原理是:根据表达序列标签来设计1个固定引物,根据大多数内含子内部的一段保守序列设计另1个随机引物,在退火温度为52℃的常规3步法PCR程序下,扩增产生偏向表达序列标签附近区域的显性或共显性标记。该分子标记可以作为SRAP、TRAP标记有效补充的目标分子标记新技术,在生物多样性分析、遗传图谱构建、重要性状基因标记、QTL定位及分子标记辅助育种等方面均有较大的应用潜力。

带有组氨酸标签的马传染性贫血病毒感染性分子克隆的构建

马传染性贫血(EIA)弱毒疫苗的广泛使用存在野毒和疫苗毒鉴别困难的问题。本研究以已构建的马传染性贫血驴白细胞弱毒疫苗株的感染性分子克隆(pOK8266)为基础,在其S2基因内引入NspV酶切位点,将人工合成的编码6个组氨酸的寡核苷酸插入NspV位点,获得带有组氨酸标签的重组质粒pOK8266_HIS。将pOK8266_HIS转染驴白细胞,将驴白细胞转染产物传至第6代时,在电镜下观察到了典型的马传染性贫血病毒粒子。提取pOK8266_HIS衍生病毒的前病毒基因组DNA,通过PCR扩增和测序表明,衍生病毒基因组中引入了6个组氨酸标签,从而获得了带有分子标志的马传染性贫血弱毒疫苗株,为野毒株和疫苗病毒的鉴别诊断奠定了基础。本研究还证明了S2基因中的插入突变并不影响马传染性贫血病毒的体外复制。

lncRNAs的分子功能及其在干细胞多能性中的研究进展

长链非编码RNAs(long noncoding RNAs,lncRNAs)是调控基因表达的新重点,其本身的脱帽和降解可能会是它功能的一个极其重要的方面,尤其是在可诱导基因的转录调控中起到重要作用。lncRNAs具有作为信号、诱饵、向导和支架等多种分子功能。干细胞的研究证实lncRNAs在维持干细胞多能状态中起作用,是干细胞多能性及神经生成等的关键调节器,而且主要通过反式作用影响全体基因表达。随着研究的深入,越来越多的具有重要调控功能的lncRNAs被发现,但是要阐明其调控生物学进程的具体的分子机制及信号通路还需要更多更深入的研究。

民族药分子教学模拟库中二维码数据化标签的建立

使用二维码技术建立了民族药分子教学模拟库数据化标签,使之能够成为一种快捷的分类手段,方便随时查阅和学习。同时将首次将成熟的二维码技术引入到民族药物的检索中,解决了如何归纳和统计众多民族药中有机化合物涉及结构、立体构型、图谱等数据信息问题,以减少样品与统计数据间的错误。

lncRNA MEG3通过调控miR-543/PTEN分子轴抑制胰腺癌细胞增殖及转移的机制

目的探讨lncRNA MEG3(MEG3)通过调控miR-543/PTEN分子轴介导胰腺癌细胞增殖和转移的分子机制。方法采用qRT-PCR检测胰腺癌组织及细胞系中MEG3的表达水平;采用CCK-8、Transwell和Westernblot探讨过表达MEG3对PANC-1细胞增殖、侵袭和上皮间质转化(EMT)的影响;采用双荧光素酶报告基因检测MEG3、miR-543及PTEN的靶向调控关系。进一步探讨MEG3通过调控mi R-543/PTEN分子轴对PANC-1细胞增殖、侵袭和EMT的作用机制。结果 MEG3在胰腺癌组织和细胞系中低表达。同时,过表达MEG3抑制PANC-1细胞增殖、侵袭和EMT。双荧光素酶报告基因和体外实验证实MEG3通过靶向下调miR-543对PTEN的抑制作用,进而抑制PANC-1细胞增殖、侵袭和EMT。结论 MEG3通过调控miR-543/PTEN分子轴抑制PANC-1细胞增殖、侵袭和EMT,并可能为胰腺癌临床早期诊断和治疗提供潜在的分子靶点。

基于基因功能相似性预测小分子药物与lncRNA的相关关系

目的开发靶向表达失调的非编码RNA的小分子药物,以提供一种全新的癌症治疗策略。方法通过整合小分子与lncRNA的靶基因数据,基于基因功能相似性,构建小分子与lncRNA关联关系模型,预测小分子潜在相关的lncRNAs,对显著相关的小分子-lncRNA关联网络进行拓扑性和功能性分析,依据数据库和文本挖掘评价预测的小分子-lncRNA关系。结果得到280个小分子与79个lncRNA之间805对显著相关关系;网络中小分子节点呈现幂律分布;同一小分子靶向的lncRNA对共享疾病(5.0995×10-6),同一lncRNA关联的小分子对共享疾病(3.1577×10-28)和副作用(2.1668×10-67),并具有相似的化学结构(2.053×10-62);在慢性骨髓白血病、恶性胃肠道间质瘤中,MEG3、H19、HOTAIR与伊马替尼存在潜在关联;FENDRR与Glisoxepide在糖尿病肾病治疗中存在潜在关联。结论基于基因功能相关性为预测小分子相关lncRNAs提供了一条新途径,促进了癌症靶向治疗的发展。

LncRNA分子生物学属性及其在中枢神经系统发育中的调控作用

长非编码RNA(lnc RNA)是指长度大于200个核苷酸的非编码RNA,以RNA形式直接发挥作用。它们的功能受其二级结构、转录后修饰等因素的影响。Lnc RNA种类繁多,作用机制复杂。在人类诱导多能干细胞(i PSCs)及胚胎干细胞(ESCs)的神经分化过程中,人们已监测到多种lnc RNA的动态表达,并发现了一系列对中枢神经系统发育过程有重要调控作用的lnc RNA。该文就lnc RNA的分子生物学属性及目前已发现的lnc RNA在中枢神经系统发育中的调控作用进行归纳总结。这将有利于揭示神经系统疾病发生发展的机制,并为其诊治开辟新思路。

基于分子标签二代测序技术的非小细胞肺癌驱动基因变异分析

目的 通过对非小细胞肺癌(NSCLC)患者的血浆 ctDNA标本采用基于分子标签(UMI) 的二代测序(NGS)技术进行相关驱动基因突变分析,评估血浆 ctDNA二代测序技术指导靶向用药的价 值及注意事项。 方法 纳入了163例2017年7月至2019年7月期间在中山大学附属肿瘤医院就诊的 NSCLC患者血液标本,采用基于分子标签的二代测序方法,检测患者血浆ctDNA中与NSCLC相关的 11个驱动基因的突变情况。 结果 98例初诊初治的NSCLC患者中,37.8%(37例)患者未检出肺癌驱 动基因突变。其余患者中 TP53、EGFR、ERBB2、RET、KRAS、ALK、PIK3CA、BRAF、MET、ROS1、NRAS的突 变频率分别为33%、24%、10%、8%、7%、6%、4%、3%、3%、3%和1%。57例EGFR TKI靶向治疗后进展的 NSCLC患者中,21例(36.8%)检出T790M突变,3例(27.3%)接受三代EGFR TKI治疗后进展的患者出 现T790M与T797S顺式耐药突变。其他耐药突变包括KRAS基因突变(2例)、MET基因扩增(1例)以 及PIK3CA基因突变(8例)。29例组织样本ARMS PCR检测结果阳性的患者,组织EGFR突变阳性患者 与ctDNA检测EGFR阳性患者之间的一致性为13.8%。 结论 该方法不仅能够检出初诊初治NSCLC 患者中靶向治疗的敏感突变,还可以对靶向治疗进展后的耐药突变情况进行监测。因此,可选择基于分 子标签的二代测序检测技术来指导 NSCLC患者的个性化用药。

应用机器学习方法构建平滑肌肉瘤分子分型预测标签

[目的]应用机器学习方法,利用TCGA与GEO数据,构建平滑肌肉瘤分子分型预测标签。[方法]收集TCGA和GSE45510数据,建立机器学习模型,利用pamr包预测标签,将预测亚型与实际值对比以评估预测效果。[结果]经测试,阈值取6.639时,分类准确率为87.8%,相关基因159个。[结论]利用机器学习方法构建平滑肌肉瘤分子分型预测标签,可以用于预测平滑肌肉瘤分子亚型,提高诊断精度,指导未来平滑肌肉瘤亚型特异性靶向治疗,推动精准治疗发展。

金丝桃苷抑制鼻咽癌细胞生物学行为的分子机制研究

目的 探讨金丝桃苷对鼻咽癌细胞增殖、迁移和侵袭等生物学行为的影响和机制。方法 采用10、20及40 mg/L金丝桃苷的培养液孵育SUNE1细胞,依次记为低、中、高剂量组;将长链非编码RNA(lncRNA)配对盒基因8反义RNA 1(PAX8-AS1)过表达或敲低质粒、miR-494-3p模拟物及其阴性对照分别转染至40 mg/L金丝桃苷处理的SUNE1细胞,采用CCK-8实验、平板克隆实验、Transwell实验检测SUNE1细胞活力、克隆形成以及迁移和侵袭。蛋白质印记法分析基质金属蛋白酶(MMP)-2和MMP-9蛋白表达。实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测lncRNA PAX8-AS1和miR-494-3p表达。双荧光素酶报告实验分析lncRNA PAX8-AS1和miR-494-3p靶向关系。结果低、中、高剂量金丝桃苷降低SUNE1细胞活力、迁移数和侵袭数,下调MMP-2蛋白、MMP-9蛋白以及miR-494-3p表达水平,上调lncRNA PAX8-AS1表达水平(P<0.05)。lncRNA PAX8-AS1靶向负调控miR-494-3p表达。过表达lncRNA PAX8-AS1增强40 mg/L金丝桃苷对SUNE1细胞活力、迁移、侵袭以及MMP-2、MMP-9蛋白表达的抑制作用(P<0.05)。敲低lncRNA PAX8-AS1和过表达miR-494-3p均减弱40 mg/L金丝桃苷对SUNE1细胞活力、迁移、侵袭以及MMP-2、MMP-9蛋白表达的抑制作用(P<0.05)。结论 金丝桃苷可能通过上调lncRNA PAX8-AS1/miR-494-3p轴来抑制鼻咽癌细胞增殖、迁移和侵袭。

LncRNA HOTTIP调节miR-615/IGF2分子轴促进肺癌细胞增殖和侵袭的实验研究

目的探讨长链非编码RNA同源异型基因簇A远端转录本(lncRNA HOTTIP)对肺癌细胞增殖、侵袭和迁移的影响及可能机制。方法体外培养A549细胞,构建HOTTIP敲降载体、miR-615 inhibitor转染A549细胞,分为空白对照组、阴性对照组、HOTTIP shRNA组、HOTTIP shRNA+无序序列组、HOTTIP shRNA+miR-615 inhibit表达ors组。采用MTT、Transwell、免疫荧光法检测下调HOTTIP表达对A549细胞增殖、侵袭和迁移的影响。采用双荧光素酶报告实验检测lncRNA HOTTIP、miR-615及IGF2的靶向调控关系。采用实时荧光定量PCR(qPCR)和Western blotting检测HOTTIP、miR-615和IGF的表达量。结果A549细胞中HOTTIP相对表达量为1.74±0.08,高于BEAS-2B细胞的1.00±0.05(P<0.001)。HOTTIP shRNA组,HOTTIP相对表达量为0.43±0.04,低于空白对照组和阴性对照组(P<0.05)。下调HOTTIP表达后,A549细胞增殖、侵袭和迁移活性低于空白对照组(P<0.05),细胞凋亡率相应增加(P<0.05)。双荧光素酶报告实验证实HOTTIP靶向作用miR-615,而miR-615可负调控IGF2的表达。HOTTIP shRNA组细胞miR-615表达量高于空白对照组,IGF2 mRNA表达量低于阴性对照组,而HOTTIP shRNA+miR-615 inhibitors组IGF2 mRNA和蛋白表达量较HOTTIP shRNA组升高(P<0.05)。结论敲除A549细胞中lncRNA HOTTIP表达后可通过上调miR-615并下调IGF2进而抑制肺癌细胞的增殖、迁移和侵袭活性。

含组氨酸标签的小分子抗体临床应用现状

单链抗体（scFv）是由免疫球蛋白的重链可变区（VH）和轻链可变区（VL）通过一条连接肽，如（GGGGS）4连接而成的小分子抗体（图1）。与全抗相比，它因分子小、容易进入实体肿瘤、体内清除快、免疫原性低、成像清晰等优点成为目前医用抗体研究的热剧。

lncRNA在骨肉瘤发病机制中的作用

骨肉瘤是最常见的原发性骨肿瘤类型,主要发生在青少年和年轻人。由于骨肉瘤的恶性程度高,治疗效果差,严重影响了患者的健康和生命。长链非编码RNA (lncRNA)是一类没有或较低蛋白质的编码能力的RNA,可以调节染色质功能以及无膜核体的结构和功能,改变细胞质mRNA的稳定性和翻译,并干扰信号通路。近年来,lncRNA对骨肉瘤的研究报道越来越多,本文对当前较主流的lncRNA对骨肉瘤的作用机制进行了综述。

RNA上演“极品飞车”——分子标签决定RNA在卵母细胞中的运输速度和目的地

近日，来自德国海德堡欧洲分子生物学实验室（EMBL）的科学家发现了一种称为oskarRNA的小分子，它可以像安分守己的火车乘客一样有着自己的车票，这种“车票”最终决定了RNA的目的地以及运输形式，这项研究成果发表在3月18日刊出的《Nature Structural＆Molecular Biology》上，并在一定程度上解释了为何同一小分子在不同细胞中会有不同的运输目的地．

基于生物信息学方法挖掘胃癌相关lncRNA

目的本研究对4对胃癌患者癌组织及癌旁组织的lncRNA和mRNA进行表达谱定量分析,通过生物信息学方法挖掘到潜在胃癌相关的靶标分子。方法利用基因技术筛选样品得到差异lncRNA和mRNA,对差异lncRNA和mRNA构建共表达网络图,对候选lncRNA利用UCSC重新注释,预测lncRNA结合TF和蛋白,利用GO和KEGG数据库富集分析lncRNA共表达基因和结合蛋白从而推测lncRNA参与功能。结果共筛选出了543个差异lncRNA以及2705个mRNA,GO功能分析显示lncRNA共表达基因参与transferase activity、immune system process、regulation of cell differentiation、immune response、cell differentiation,KEGG通路富集分析显示lncRNA共表达基因参与transferase activity、cell differentiation、p53 signaling pathway、TGF-beta signaling pathway通路。ENST00000444102是一个保守lncRNA,胃癌中显著上调参与肿瘤通路过程。结论ENST00000444102这条lncRNA参与多种肿瘤相关通路,可能成为潜在的胃癌预后、诊断和治疗的治疗靶点。lncRNA参与多种肿瘤相关通路ENST00000444102,可能成为潜在的胃癌预后、诊断和治疗的治疗靶点。

应用DNA科学公司引入分子标签供应链

美国应用DNA科学公司致力于提供产品的真实性和可追溯性DNA制造解决方案。4月12日,该公司宣布与荷兰斯塔尔签署一个谅解备忘录,将应用于皮革产品生产过程的化学物质、性能涂料和其他基质进行DNA追溯,继谅解备忘录之后预计还将签署一项最终协议。根据谅解备忘录的条款,双方将继续评估过程化学品和涂料的分子标签,将斯塔尔的产品作为该公司分子标签进入供应链的切入点,斯塔尔为该公司提供与皮革制造过程中使用的化学品有关的技术监督。

“进口”水果作假成本低 不法分子网上售卖假标签

“如果你在商店购买进口水果,它的标签是4922,那这是一个传统的苹果,它是使用除草剂和有害肥料种植的;如果它的标签是99222,那是有机和可以安全食用的;如果它的标签89222,那就是转基因的.”日前,一则关于进口水果标签含义的帖子在网络热传.记者调查发现,进口水果目前有一套非强制性的编码体系,该编码模式下标签上的数字代表了水果的种植方式,但该编码体系在国内普及率并不高.此外,仍有不法商贩乱贴假冒的进口水果标签,只为给国产水果涨身价.随着国家食药监总局出台相关征求意见稿,超市生鲜食物标签将有新的管理规范.