肝选择性未知基因loc91614的功能预测及表达研究

目的:预测肝脏组织选择性未知基因loc91614的功能,实验验证其基因表达。方法:构建含未知基因的肝组织选择性细胞通讯(LSCC)基因网络,再进行聚类、文献挖掘、基因本体、KEGG通路、Transfac转录因子结合位点等分析,用以预测loc91614的功能特征,最后,从mRNA和蛋白质水平验证其基因表达。结果:获得21个节点的LSCC基因网络,聚类显示loc91614与apob密切关联;文献挖掘显示基因与肝组织、胞质、脂等关键词显著相关;GO功能富集分析揭示loc91614具有细胞通讯、信号转导、细胞内信号级联的功能,有7个TFBS可对含loc91614的靶基因集进行调控,loc91614基因在肝细胞表达明显高于肝癌细胞。结论:loc91614可能分布于肝细胞的胞质中,很可能在肝组织中发挥细胞通讯等功能,也可能参与肝脏的糖、脂代谢过程,在肝细胞选择性高表达。

LOC105375840基因单核苷酸多态性位点与四川地区汉族人群颅内动脉瘤的关联研究

目的探讨LOC105375840基因单核苷酸多态性(SNP)位点与四川地区汉族人群颅内动脉瘤(IA)的关联性。方法入选279例IA患者和670例正常对照样本,利用病例-对照关联研究的方法,选取LOC105375840基因内含子区2个SNP位点(rs6473928和rs4738837),并采用单碱基延伸法(SNa Pshot)进行基因分型,研究这2个SNP位点与颅内动脉瘤发病是否相关。结果 LOC105375840基因rs6473928和rs4738837位点基因型分布均符合哈迪-温伯格平衡(P>0.05)。两个位点基因型(rs6473928 P=0.0327,rs4738837 P=0.0277)和等位基因(rs6473928 P=0.0106,rs4738837 P=0.0098)频率在IA组与对照组之间差异具有统计学意义。通过Haploview单倍体型分析显示,rs6473928和rs4738837位于8号染色体同一连锁不平衡区,其中:AG为风险单倍体型,可增加IA患病风险54%(OR=1.54,P=0.0133),而GA则为保护型单倍体型,可降低IA易感性34%(OR=0.66,P=0.0274)。结论 LOC105375840基因内含子区SNP位点(rs6473928和rs4738837)与四川地区汉族人群颅内动脉瘤发病相关。

长链非编码RNA LOC 285194在恶性肿瘤中的研究进展

长链非编码RNA主要通过转录调节、表观遗传学调节、转录后调节、染色质重构等方式调节细胞的各种生物学功能,其表达水平的改变在肿瘤的致癌及抑癌途径中有重要作用,而长链非编码RNA LOC 285194在多种恶性肿瘤中低表达,表现出抑癌基因的功能,在肿瘤的发生发展中起调控作用,具有作为肿瘤诊断、评估预后的新分子标记物的潜能。现结合国内外文献对LOC 285194在恶性肿瘤研究中的进展作一综述。

TNRC9/LOC643714基因rs3803662多态与中国妇女乳腺癌易感性及临床病理特征的关系

目的研究TNRC9/LOC643714基因rs3803662多态与中国妇女乳腺癌易感性及临床病理特征的关系。方法抽取321例乳腺癌患者和330例健康妇女外周血,分离淋巴细胞,抽提基因组DNA,采用聚合酶链反应-连接酶检测反应(PCR-LDR)检测rs3803662基因多态。危险度比值比(OR)及95%可信区间(CI),应用非条件Logistic回归分析计算。结果rs3803662低频等位基因频率在病例组和对照组分别为35.2%和35.7%。以TT基因型为参照,CT或CC基因型没有显著性地提高乳腺癌的发病风险。其中,携带CT基因型风险为(OR=0.834,95%CI:0.491～1.415),携带CC基因型风险为(OR=0.726,95%CI:0.431～1.225)。TNRC9/LOC643714基因rs3803662单核苷酸多态性与发病年龄、淋巴结转移、雌、孕激素受体状态等临床病理参数无相关性。结论有别于其他种族,TNRC9/LOC643714基因rs3803662的单核苷酸多态性与中国人群乳腺癌发生的遗传易感性及临床病理特征无明显关系。

功能未知基因LOC410296的表达载体构建及小鼠抗血清制备

目的为深入研究功能未知基因LOC401296,首先获取其全长序列,实现LOC401296分子的真核和原核表达,并制备针对LOC401296蛋白的抗血清。方法采用PCR方法克隆LOC401296编码区全长序列,利用pET28B和pCMV-Myc质粒构建LOC401296原核表达和真核表达载体,用异丙基硫代半乳糖苷(IPTG)诱导目的蛋白原核表达,目的蛋白经纯化、复性后免疫小鼠制备抗血清。结果 PCR克隆得到LOC401296编码区全长序列,成功构建LOC401296原核及真核表达载体,IPTG诱导目的蛋白在大肠杆菌体内表达,用纯化蛋白免疫小鼠获得抗人LOC401296蛋白血清,ELISA检测抗血清效价达1∶64 000,Western印迹证实LOC401296真核表达载体成功表达且抗血清特异性良好。结论获得LOC401296基因编码区全长序列,成功构建了LOC401296基因表达载体,分别在大肠杆菌和真核细胞内实现LOC401296蛋白原核表达和真核表达,获得小鼠抗人LOC401296蛋白抗血清,为LOC401296基因功能研究奠定了基础。

家蚕蚕蛹基因LOC101743840的原核表达、免疫学鉴定及生物信息学分析

目的原核表达家蚕蚕蛹LOC101743840(以下简称LOC)基因,鉴定LOC蛋白的免疫学特性,并进行生物信息学分析。方法将合成的家蚕蚕蛹LOC基因(gi|512917985)连接至克隆载体p MD18-T,用限制性内切酶Xho I和Bam H I分别对p MD18-T-LOC阳性质粒与原核表达载体p ET-28a双酶切,构建重组表达质粒p ET-28a-LOC并转化到E.coli BL21(DE3)中进行表达(经IPTG诱导);用Western blot鉴定重组LOC蛋白的免疫活性;用Clustalw2和MEGA5工具包分析LOC的基因;用Prot Param Tools预测LOC蛋白的理化性质;用PSIPRED和SWISS-MODEL预测其蛋白质结构。用IEDB、Preprod和DNAStar预测其细胞抗原表位。结果成功表达了家蚕蚕蛹LOC基因,其开放阅读框768 bp,编码255组氨基酸;由E.coli BL21(DE3)原核表达的重组LOC蛋白为可溶性,分子量约33 k D;Western bolt结果显示重组LOC蛋白可特异性结合家蚕蚕蛹过敏患者血清中的特异性Ig E;家蚕蚕蛹LOC与脐橙螟LOC106139919(gi|913330692)蛋白的同源性为69%。系统进化树显示家蚕蚕蛹与美国白蛾亲缘关系比较近。理化性质预测结果显示LOC蛋白质不稳定。蛋白质结构预测结果显示LOC主要的结构为无规则卷曲。T细胞抗原表位预测得到8个肽段(9-17、79-87、93-102、104-115、124-132、152-160、223-231和244-251)。B细胞抗原表位预测得到个5肽段(34-49、59-74、127-142、202-217和213-228)。结论成功表达了家蚕蚕蛹LOC,并证实重组LOC蛋白具有良好的免疫活性,为进一步研究家蚕蚕蛹蛋白的结构成分、免疫学特性及理化性质提供了实验数据。

长链非编码RNA LOC101928316对胃癌细胞BGC-823细胞周期和靶基因的调控

目的探讨长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)LOC101928316对胃癌BGC-823细胞周期及靶基因的调控作用。方法通过慢病毒对BGC-823细胞稳定转染LOC101928316,RT-qPCR法验证转染效果。运用MTT检测LOC101928316转染对BGC-823细胞增殖的影响;流式细胞术检测LOC101928316转染对BGC-823细胞周期和凋亡的影响;使用KEEG数据库对LOC101928316相关基因进行生物信息学分析,探讨其潜在调控的靶基因;应用RT-qPCR和Western blot检测LOC101928316对靶基因和蛋白表达的调控。结果与阴性对照组相比,LOC101928316过表达稳定转染可引起BGC-823细胞增殖能力降低(P<0.05);细胞周期出现S期阻滞(P<0.05),且细胞凋亡率升高,差异有统计学意义(P<0.05)。LOC101928316主要参与PI3K信号通路的调控,AKT3和PTEN基因为其潜在调控的靶基因。与阴性对照组相比,LOC101928316过表达转染可引起BGC-823细胞p-AKT3蛋白表达降低(P<0.05);PTEN基因mRNA表达和蛋白表达均升高(P<0.05)。结论 LOC101928316可能通过抑制PI3K信号通路而引起胃癌细胞的细胞周期阻滞,进而负向调控胃癌细胞的增殖。研究结果为LOC101928316在胃癌中的功能发挥和调控机制研究提供一定的线索。

辐射诱导lncRNA LOC102606465靶基因的筛选及生物信息学分析

目的筛选电离辐射诱导的长链非编码RNA LOC102606465靶基因,探索其潜在生物学功能。方法基因芯片检测LOC102606465下游差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),qRT-PCR对部分DEGs进行验证。对DEGs进行GO和KEGG功能富集分析,构建PPI蛋白互作网络,以筛选显著模块及关键枢纽基因。结果siRNA-447和siRNA-541的LOC102606465表达量显著低于siRNA-NC,差异具有统计学意义(t=29.095、13.751,P<0.01)。siRNA-447,siRNA-541共同变化的DEGs有374个(112个上调,262个下调)。qRT-PCR验证发现DEGs表达变化趋势与基因芯片结果一致。GO富集分析发现,下调DEGs显著富集于"氧化还原酶活性作用集群"(分子功能),"基底层"(细胞组分),"铵离子代谢过程"(生物过程);上调DEGs显著富集于"蛋白磷酸酶抑制剂活性"(分子功能),"SNARE复合体"(细胞组分),"纤维蛋白溶解负调节"(生物过程)。KEGG分析发现,DEGs显著富集在外源物质细胞色素P450代谢通路,背腹轴形成信号通路,溶酶体信号通路,甘油酯代谢通路和P53信号通路。基于STRING数据库构建蛋白互作网络(包括194个节点与268个边缘),筛选出1个显著功能模块和5个关键枢纽基因ACTRT3、CDKN1A、DPYD、TMP4、PRKACB。结论LOC102606465可能是调节电离辐射敏感性潜在的生物标志物,其表达下调在细胞响应辐射过程中发挥重要作用,并有望成为调节辐射敏感性的重要靶标。

基于基因表达数据库(GEO)的大鼠中暑神经损伤mRNA表达差异分析

目的基于基因表达数据库(GEO)分析大鼠中暑神经损伤的基因表达差异,探讨lncRNA-miRNA-mRNA共表达调控网络(ceRNA网络)参与中暑神经损伤的作用。方法通过GEO数据库检索中暑相关数据集GSE64778获得差异表达基因(differential expression genes,DEGs),结合GeneCards和CTD数据库检索中暑相关靶基因,取交集筛选获得候选靶基因。采用R语言对中暑相关候选靶基因进行GO和KEGG富集分析;进一步STRING数据库构建靶基因的交互作用网络图,并对关键基因进行相关性分析获得核心基因。通过RNAInter、miRWalk及RAID2数据库对候选靶基因的上游miRNA进行预测,再利用miRDB数据库预测与lncRNA靶向结合的miRNA,筛选并构建lncRNA-miRNA-mRNA共表达调控通路。结果GSE64778数据集的SRA数据筛选,共获得1178个DEGs,其中322个上调,856个下调。GeneCards数据库筛选到2914个基因,CTD数据库筛选到2377个基因。将GSE64778数据集差异表达排名前300的基因,与GeneCards和CTD数据库检索结果取交集,最终筛出25个候选DEGs。GO功能注释结果表明靶基因主要参与细胞凋亡、应激反应以及细胞过程的负调控,在蛋白质二聚化和蛋白结合等过程中发挥功能。KEGG富集分析提示候选靶基因主要富集在PI3K-Akt信号通路。蛋白-蛋白交互作用(PPI)网络分析Hsp90aa1是degree值最高的枢纽基因,且在PI3K-Akt信号通路中富集。对Hsp90aa1基因的上游miRNA以及候选lncRNA的靶miRNA进行预测,锁定3个lncRNAs、8个miRNAs和1个mRNA,DIANA TOOLS数据库通路富集和相关性分析得到LOC102547734与miR-206-3p、miR-206-3p与Hsp90aa1存在靶向结合位点。结论基于生物信息学分析,中暑神经损伤与细胞凋亡、应激反应以及细胞过程的负调控相关;LOC102547734-miR-206-3p-Hsp90aa1调控网络可能抑制中暑神经损伤的发生。

LOC103693069抑制骨髓间充质干细胞缺氧性凋亡

骨髓间充质干细胞(bone marrow mesenchymal stem cells,BMSCs)移植治疗缺血缺氧性疾病已经有了较多研究,然而移植外源性BMSCs后在缺氧微环境中出现大量凋亡,严重限制其修复作用。近年报道了长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在缺血缺氧相关疾病中对细胞增殖、凋亡发挥重要作用[1]。本研究通过高通量基因测序结合生信分析筛选出LOC103693069作为调控基因,采用细胞功能实验检测LOC103693069对BMSCs缺氧性凋亡的影响。