RNA pull-down联合质谱分析lncRNA HSFAS在增生性瘢痕中的作用及机制

背景:课题组前期研究发现,增生性瘢痕特异性长链非编码RNA HSFAS是一种可用于增生性瘢痕诊断的新型生物标志物,但其如何在增生性瘢痕中发挥作用尚不清楚。目的:探讨长链非编码RNA HSFAS在增生性瘢痕中的作用及机制。方法:临床收集3例行增生性瘢痕组织切除手术患者的新鲜增生性瘢痕皮肤组织和增生性瘢痕旁正常皮肤组织标本,应用免疫荧光技术检测两种皮肤组织冰冻切片中长链非编码RNA HSFAS的表达。应用酶消化法体外分离增生性瘢痕皮肤组织与正常皮肤组织原代成纤维细胞,采用qRT-PCR检测细胞中长链非编码RNA HSFAS mRNA表达,通过RNA pull-down联合质谱技术检测与长链非编码RNA HSFAS相互结合的蛋白,利用GO和KEGG分析长链非编码RNA HSFAS参与增生性瘢痕进展的主要功能和通路,通过catRAPID和RPISeq网站分析确定长链非编码RNA HSFAS与蛋白的靶向结合。结果与结论:①与正常皮肤组织相比,增生性瘢痕组织中的长链非编码RNA HSFAS表达升高(P<0.05);与正常皮肤组织来源成纤维细胞相比,增生性瘢痕组织来源成纤维细胞中长链非编码RNA HSFAS mRNA表达升高(P<0.05);②RNA pull-down联合质谱技术明确与长链非编码RNA HSFAS相互结合的蛋白有510个;GO和KEGG分析结果显示:这些蛋白主要涉及RNA剪接和加工、染色体合成和分离、细胞周期等过程,其中涉及RNA剪接和加工的蛋白有支架附着因子B2和DICER1,并且与长链非编码RNA HSFAS的结合分数较高;生物信息学技术分析验证结果显示,长链非编码RNA HSFAS与支架附着因子B2和DICER1蛋白存在相互结合;③结果显示,长链非编码RNA HSFAS可能通过与支架附着因子B2和DICER1蛋白相互结合调控RNA剪接和加工修饰影响基因表达,从而促进增生性瘢痕的发生发展。

基于铜死亡相关lncRNAs的胰腺癌预后模型构建与验证

目的研究铜死亡相关lncRNAs在胰腺癌(PAAD)患者中的预后预测价值,并进一步构建预后预测模型。方法从TCGA数据库中下载胰腺癌患者的转录组测序数据和相应临床信息,通过Pearson相关性分析筛选与预后相关的铜死亡相关lncRNAs,先后利用单因素Cox回归和Lasso回归分析并进一步构建预后模型。根据模型的风险评分中位数,将所有患者分为高风险组和低风险组。通过Kaplan-Meier生存分析、亚组分析、ROC曲线分析及一致性指数分析评估模型的预后预测价值,并利用单因素和多因素回归分析验证模型的独立性。对高、低风险组的差异表达基因进行GO及KEGG功能富集分析,并对高、低风险组患者进行肿瘤突变负荷(TMB)分析、免疫治疗反应预测以及药物敏感性分析。结果通过Pearson相关性分析,确定了127个铜死亡相关的lncRNAs,先后利用单因素Cox回归分析及Lasso回归分析构建了一个基于6个铜死亡相关lncRNAs的预后预测模型。根据模型计算结果将PAAD患者队列分成高风险组和低风险组,Kaplan-Meier生存分析表明低风险组患者的生存时间要长于高风险组(P<0.05)。ROC曲线证明了该模型对胰腺癌患者预后的预测性能良好:1、3、5年ROC曲线下面积分别为0.687、0.753、0.771;基因功能富集分析表明,高、低风险组差异表达基因主要富集于免疫相关通路。此外,高风险组患者的TMB值明显大于低风险组,而TIDE评分明显低于低风险组。最后,通过药物敏感性分析发现不同组的胰腺癌患者对特定药物的敏感性存在统计学差异,对临床用药具有一定的指导意义。结论本研究基于铜死亡相关lncRNAs成功构建了一个PAAD患者预后模型,可精准预测PAAD患者的预后,并为患者的临床药物治疗选择提供个性化指导。

藏猪、川乡黑猪妊娠期子宫体繁殖功能相关lncRNA鉴定和功能预测

[目的]探讨长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在藏猪、川乡黑猪繁殖过程中的调控机理,筛选相关lncRNA。[方法]采集具有不同产仔数的藏猪和川乡黑猪妊娠期的子宫体组织作为样本,建立特异性猪子宫mRNA文库,利用Illumina PE150 HiSeq平台进行测序,测序结果经过质控、比对与拼接后,筛选出差异表达lncRNA并预测其靶基因,对靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析。随机选取7个差异表达lncRNAs进行实时荧光定量PCR验证。[结果]在藏猪和川乡黑猪子宫体中存在32个共同差异表达lncRNAs,共得到168个靶基因。GO功能分析显示,不同繁殖能力的样本共同差异表达lncRNA的靶基因主要富集于分子代谢、转录活性调节、细胞增殖调节、子宫体修饰、微量元素代谢等条目中;KEGG通路分析显示,共同差异表达lncRNA的靶基因主要富集在糖酵解过程、卵母细胞分裂、细胞寿命调节、Ras信号通路、RIG-Ⅰ信号通路、FoxO信号通路、HIF-1信号通路、调控稳态过程等。实时荧光定量PCR结果显示,7个差异表达lncRNAs的表达与转录组测序结果一致。[结论]本研究在藏猪和川乡黑猪子宫体中发现了32个可能通过调控潜在靶基因参与母猪妊娠过程的lncRNAs,为进一步研究lncRNA在母猪繁殖过程中的调节机制提供了参考依据。这些lncRNA可作为新的繁殖性状生物标记用于猪的育种过程中。

LncRNA NORAD通过miR-513b-5p/GREM1轴调节颅内动脉瘤血管平滑肌细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的作用机制

目的:探讨长链非编码RNA DNA损伤诱导的非编码RNA(LncRNA NORAD)通过miR-513b-5p/GREM1轴调节颅内动脉瘤血管平滑肌细胞(VSMC)增殖、迁移、侵袭和凋亡的机制。方法:采用实时荧光定量聚合酶链式反应(PCR)法检测人颅内动脉瘤组织和正常组织中LncRNA NORAD、miR-513b-5p及GREM1表达。体外分离培养人VSMC,随机分为对照组、LncRNA NORAD siRNA组、miR-513b-5p mimics组、共转染(LncRNA NORAD siRNA+miR-513b-5p inhibitor)组、共转染阴性对照(LncRNA NORAD siRNA阴性对照+miR-513b-5p inhibitor阴性对照)组,分组转染后,采用实时荧光定量PCR法检测各组细胞LncRNA NORAD、miR-513b-5p及GREM1 mRNA表达;采用细胞计数试剂盒(CCK-8)和免疫荧光染色检测各组细胞增殖情况;采用Hoechst 33342染色和免疫荧光染色检测各组细胞凋亡情况;采用细胞划痕实验和Transwell实验检测各组细胞迁移、侵袭情况;采用免疫印记实验检测各组细胞上皮间充质转化(EMT)标志蛋白神经钙黏素(N-cadherin)、E-钙黏素(E-cadherin)、波形蛋白(Vimentin)表达;采用双荧光素酶报告实验分析VSMC中LncRNA NORAD对miR-513b-5p、miR-513b-5p对GREM1的靶向调控。结果:与正常组织比较,颅内动脉瘤组织LncRNA NORAD、GREM1 mRNA表达明显升高(P<0.05),miR-513b-5p表达明显降低(P<0.05)。与对照组比较,LncRNA NORAD siRNA组、miR-513b-5p mimics组细胞GREM1 mRNA表达、增殖率、Ki67阳性率、迁移率、侵袭数及N-cadherin、Vimentin蛋白表达降低(P<0.05),miR-513b-5p表达、凋亡率及Bax/Bcl-2、E-cadherin蛋白表达升高(P<0.05);共转染阴性对照组各指标差异无统计学意义(P>0.05)。与LncRNA NORAD siRNA组比较,共转染组细胞GREM1 mRNA表达、增殖率、Ki67阳性率、迁移率、侵袭数及N-cadherin、Vimentin蛋白表达升高(P<0.05),miR-513b-5p表达、凋亡率及Bax/Bcl-2、E-cadherin蛋白表达降低(P<0.05)。结论:敲低LncRNA NORAD可通过上调miR-513b-5p表达而降低GREM1表达,从而抑制VSMC增殖与侵袭迁移,并促使其凋亡。

基于高通量测序技术构建糖尿病肾病小鼠lncRNA相关ceRNA调控网络

目的:筛选糖尿病肾病(DKD)小鼠肾脏组织中差异表达的长链非编码RNA(lncRNA)、小RNA(miRNA),构建lncRNA相关竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络。方法:选取6只BKS-db/m雄性小鼠为对照组,6只BKS-db/db雄性小鼠为模型组,模型组构建DKD小鼠模型。处死小鼠后取肾脏组织进行高通量测序,利用DESeq软件筛选两组差异表达的lncRNA、miRNA,使用Miranda软件进行差异表达的miRNA靶基因预测。构建lncRNA相关ceRNA调控网络并进行GO功能富集分析以及KEGG信号通路富集分析。结果:共筛选出DKD小鼠差异表达的lncRNA 1495个、差异表达的miRNA 72个。成功构建由MSTRG.7252.3、MSTRG.10465.2、MSTRG.16253.3等23个lncRNA、23个miRNA与2个mRNA组成,与lncRNA相关的ceRNA网络。GO功能富集分析显示,该网络主要涉及生物学过程、细胞组成和分子功能;KEGG信号通路富集显示,主要与PPAR信号通路、造血细胞谱系、细胞黏附分子、TNF信号通路等有关。结论:成功构建DKD小鼠lncRNA相关的ceRNA调控网络。

参芪复方对糖尿病GK大鼠肝脏组织mRNA、lncRNA表达谱的影响

目的应用全转录组测序与实时聚合酶链锁反应(Real-time polymerase chain reaction,RT-qPCR)技术,探索参芪复方调控糖尿病GK大鼠肝脏信使RNA(messenger RNA,mRNA)、长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)表达谱的机制研究。方法采用高脂高糖饲料建立2型糖尿病模型,将GK大鼠随机分为模型组、参芪复方组和西药组。另将10只Wistar大鼠设为空白组,予普通饲料喂养。参芪复方组大鼠予参芪复方浸膏灌胃,西药组予西格列汀混悬液灌胃,模型组及空白组灌服生理盐水。干预12周,每周检测空腹血糖(fasting blood glucose,FBG)。运用HE染色法观察大鼠肝脏组织病理形态,在空白组、模型组和参芪复方组中每组随机选取4只大鼠进行全转录组测序,构建mRNA、lncRNA差异表达谱,分析差异基因生物学功能,并进行RT-qPCR验证。结果与空白组相比,糖尿病GK大鼠FBG显著升高(P<0.05),模型组大鼠肝脏可见肝细胞排列紊乱,边界模糊,出现弥漫空泡状改变,呈中度脂肪变性,伴见炎性浸润、弥漫水肿;与模型组相比,参芪复方组大鼠FBG在12周时明显降低(P<0.05),肝脏组织排列较整齐,脂质沉积、细胞水肿及炎细胞浸润明显减轻。全转录组结果显示,与空白组相比,模型组大鼠mRNA、lncRNA表达谱存在显著差异,决定了糖尿病大鼠生理病理上的差异表现。参芪复方可广泛调控mRNA、lncRNA的差异表达,富集分析显示参芪复方通过调控多条内分泌系统及代谢过程相关信号通路改善糖尿病,包括胰岛素分泌、非酒精性脂肪性肝病、胆固醇代谢、鞘脂代谢、胰岛素抵抗等信号通路。RT-qPCR结果显示,基因Irf1、Trim30、Tmcc3、Insig1与转录组结果一致,转录组准确性较高。结论参芪复方发挥调节血糖及改善肝脏脂质沉积、水肿的作用,可能与广泛调控mRNA、lncRNA的差异表达有关。

结直肠癌组织LncRNA LINC00342和miR-203a-3p表达及与预后的关系

目的分析结直肠癌组织长链非编码RNA(LncRNA)LINC00342、微小RNA-203a-3p(miR-203a-3p)表达水平与患者术后5年内预后的关系。方法采集133例结直肠癌患者的结直肠癌组织及癌旁组织。荧光定量PCR法检测LncRNA LINC00342和miR-203a-3p表达;术后随访5年记录患者生存和死亡情况。比较不同情况下LncRNA LINC00342、miR-203a-3p表达及临床病理参数。分析结直肠癌组织中LncRNA LINC00342、miR-203a-3p表达的相关性、与预后的关系及对预后的预测价值。结果结直肠癌组织中LncRNA LINC00342表达水平高于癌旁组织,miR-203a-3p表达水平低于癌旁组织(P<0.05)。结直肠癌组织中LncRNA LINC00342与miR-203a-3p表达水平呈负相关(P<0.05)。LncRNA LINC00342高表达组、miR-203a-3p低表达组肿瘤低分化、TNMⅢ期、有淋巴结转移患者比例分别高于LncRNA LINC00342低表达组和miR-203a-3p高表达组(P<0.05)。LncRNA LINC00342高表达组、miR-203a-3p低表达组术后5年总生存率更低(P<0.05)。死亡组肿瘤低分化、TNMⅢ期、有淋巴结转移患者比例、LncRNA LINC00342表达水平高于存活组,miR-203a-3p表达水平低于存活组(P<0.05)。肿瘤低分化、TNMⅢ期、有淋巴结转移、LncRNA LINC00342高表达、miR-203a-3p低表达是影响患者术后5年内死亡的独立危险因素(P<0.05)。LncRNA LINC00342和miR-203a-3p联合对预后的预测价值高于单独预测。结论结直肠癌组织中LncRNA LINC00342呈高表达,miR-203a-3p呈低表达,二者联合检测有望成为预测术后生存的临床评估指标。

脑小血管病患者血清lncRNA BIRF,lncRNA FAL1表达水平与脑白质病变程度的相关性分析

目的探究脑小血管病(CSVD)患者血清长链非编码RNA(lncRNA)脑缺血相关因子(BIRF)、1号染色体上的局部扩增lncRNA(lncRNA FAL1)表达与脑白质病变(WML)程度的相关性分析。方法选取承德医学院附属医院2021年6月~2023年6月收治的102例CSVD患者,根据WML诊断标准将CSVD患者分为WML组(n=72)和非WML组(n=30)。并根据Fazekas评分进一步将WML组分为轻度WML组(n=24)、中度WML组(n=36)和重度WML组(n=12)。采用实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)检测血清中lncRNA BIRF,lncRNA FAL1水平;采用Pearson相关分析血清lncRNA BIRF,lncRNA FAL1水平的相关性。采用受试者工作特征(ROC)曲线分析血清lncRNA BIRF,lncRNA FAL1水平对CSVD患者发生重度WML的诊断价值。结果WML组患者年龄(70.50±5.86岁)、高血压史(有/无:43/29例)、糖尿病史(有/无:45/27例)、IL-33(68.35±6.80 pg/ml),IL-18(97.78±9.65 ng/L)、泛素羧基末端水解酶L1(UCH-L1)(0.29±0.10μg/L),lncRNA BIRF水平(2.45±0.30)显著高于非WML组(67.10±5.76岁,11/19例,9/21例,62.48±6.13 pg/ml,92.56±9.37 ng/L,0.24±0.06μg/L,1.02±0.11),血清lncRNA FAL1表达(0.52±0.10)显著低于非WML组(1.04±0.15),差异具有统计学意义(t=2.683,4.518,8.978,4.085,2.510,2.550,25.346,20.500,均P<0.05)。轻度WML组、中度WML组、重度WML组CSVD患者血清lncRNA BIRF水平(2.23±0.23,2.47±0.31,2.82±0.42)依次升高,血清lncRNA FAL1水平(0.60±0.15,0.51±0.09,0.40±0.04)依次降低,差异具有统计学意义(F=14.913,13.899,均P<0.05)。Pearson相关分析,WML组患者血清lncRNA BIRF与lncRNA FAL1水平呈负相关(r=-0.603,P<0.001);WML患者血清lncRNA BIRF与Fazekas评分呈正相关(r=0.483,P<0.001),血清lncRNA FAL1与Fazekas评分呈负相关(r=-0.507,P<0.001)。血清lncRNA BIRF,lncRNA FAL1水平单独及二者联合诊断CSVD患者发生重度WML的AUC(95%CI)分别为0.756(0.641~0.850),0.839(0.733~0.915)和0.892(0.796~0.953),二者联合检测优于血清lncRNA BIRF单独检测(Z=2.111,P=0.035)。结论CSVD伴WML患者血清lncRNA BIRF水平显著升高,lncRNA FAL1水平显著降低,均与CSVD患者WML程度相关。

血清lncRNA-XIST、lncRNA-MALAT1水平与多囊卵巢综合征不孕症患者胰岛素抵抗及促排卵治疗后妊娠结局的关联性研究

目的探讨lncRNA-XIST、lncRNA-MALAT1与多囊卵巢综合征(PCOS)不孕症患者胰岛素抵抗及促排卵治疗后妊娠结局的关联性。方法招募2020年2月至2022年1月于唐山市妇幼保健院进行促排卵治疗的125例PCOS不孕症患者(PCOS不孕症组),另选取同期体检健康的女性125名作为对照组。比较两组血清lncRNA-XIST、lncRNA-MALAT1水平及稳态模型评估的胰岛素抵抗指数(HOMA-IR)。采用Pearson相关分析探讨血清lncRNA-XIST、lncRNA-MALAT1水平与HOMA-IR的相关性。采用多因素logistic回归分析探讨影响PCOS不孕症患者促排卵治疗后妊娠结局的因素。结果与对照组比较,PCOS不孕症组血清lncRNA-XIST水平及HOMA-IR较高,lncRNA-MALAT1水平较低,差异有统计学意义(P<0.05)。HOMA-IR与血清lncRNA-XIST水平呈正相关(r=0.689,P<0.001),与血清lncRNA-MALAT1水平呈负相关(r=-0.771,P<0.001)。PCOS不孕症患者经促排卵治疗后累积临床妊娠率为43.20%(54/125)。多因素logistic回归分析结果显示,较高的促黄体生成素(LH)/卵泡刺激素(FSH)比值[OR(95%CI)=1.121(1.005~1.278)]和血清lncRNA-XIST水平[OR(95%CI)=1.252(1.014~1.449)]是促进PCOS不孕症患者治疗后未妊娠的独立危险因素(P<0.05),较高的血清抗米勒管激素(AMH)水平[OR(95%CI)=0.518(0.348~0.771)]、lncRNA-MALAT1水平[OR(95%CI)=0.394(0.238~0.652)]是促进PCOS不孕症患者治疗后获得妊娠的保护因素(P<0.05)。结论PCOS不孕症患者血清lncRNA-XIST呈高表达,lncRNA-MALAT1呈低表达,且两个指标水平与胰岛素抵抗、促排卵治疗后妊娠结局密切相关。

咪达唑仑通过调控LncRNA NR2F2-AS1对肾癌786-O细胞增殖、迁移及凋亡的影响

目的 探讨咪达唑仑对肾癌786-O细胞增殖、迁移及凋亡的影响及其可能作用机制。方法 体外培养人肾癌细胞786-O,随机分组:咪达唑仑0、20、40、60μmol/L组、si-NC组、si-核受体亚家族2组F成员反义RNA(NR2F2-AS)1组、咪达唑仑+pcDNA组、咪达唑仑+pcDNA-NR2F2-AS1组;CCK-8法、流式细胞术与Transwell实验分别检测细胞增殖、凋亡及迁移;实时荧光定量-聚合酶链反应(RT-qPCR)检测LncRNA NR2F2-AS1表达量;Western印迹检测B细胞淋巴瘤(Bcl)-2、Bcl-2相关蛋白(Bax)表达量。结果 与咪达唑仑0μmol/L组比较,咪达唑仑20、40、60μmol/L组细胞增殖抑制率、细胞凋亡率和Bax蛋白水平明显升高,迁移细胞数和Bcl-2蛋白水平明显降低,长链非编码(Lnc)RNA NR2F2-AS1表达量明显降低,且呈剂量依赖性(P<0.05);转染si-NR2F2-AS1可明显抑制细胞增殖及迁移,并可明显提高细胞凋亡率(P<0.05);与咪达唑仑+pcDNA组比较,咪达唑仑+pcDNA-NR2F2-AS1组细胞增殖抑制率、细胞凋亡率和Bax蛋白水平明显降低,迁移细胞数和Bcl-2蛋白水平明显升高(P<0.05)。结论 咪达唑仑可通过抑制LncRNA NR2F2-AS1表达而减弱肾癌细胞增殖及迁移能力,并可诱导肾癌细胞凋亡。

LncRNA MAFG-AS1:恶性肿瘤的潜在生物标志物和治疗靶点

长链非编码RNA(long non-coding RNAs,LncRNAs)在肿瘤发展中的调控作用已引起广泛关注。LncRNA MAFG-AS1是一种新型的致癌长链非编码RNA,在肺癌、乳腺癌和肝细胞癌等多种肿瘤组织中高表达,与肿瘤细胞增殖、迁移、侵袭等恶性行为密切相关。此外,大量证据表明,LncRNA MAFG-AS1的上调与肿瘤患者的临床病理分期和不良生存预后有关。本文系统总结了近年来LncRNA MAFG-AS1在各种肿瘤中的表达、生物学功能、分子机制和临床意义的研究,并强调了LncRNA MAFG-AS1可作为新型诊断、预后生物标志物,以及癌症治疗的重要靶标。

LncRNA MALAT1对PCOS颗粒细胞凋亡、自噬和PI3K/Akt/mTOR通路的影响

目的探讨长链非编码RNA-肺腺癌转移相关转录子1(LncRNA MALAT1)对多囊卵巢综合征(PCOS)颗粒细胞的凋亡、自噬和磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)通路的影响。方法qRT-PCR检测PCOS卵巢组织、正常卵巢组织、人卵巢颗粒细胞KGN及正常卵巢上皮细胞IOSE80中LncRNA MALAT1的表达水平。体外培养KGN细胞,将KGN细胞分为control组、si-NC组、si-MALAT1组、pc-NC组、pc-MALAT1组、pc-MALAT1+740Y-P(PI3K激活剂)组。q RT-PCR检测各转染组细胞MALAT1 mRNA的表达水平;CCK-8检测细胞活力;流式细胞术检测细胞凋亡率;透射电镜观察KGN细胞中自噬小体;Western blot检测细胞B细胞淋巴瘤2(Bcl-2)、Bcl-2关联X蛋白(Bax)、微管相关蛋白Ⅱ轻链3(LC3Ⅱ)、微管相关蛋白Ⅰ轻链3(LC3Ⅰ)、Beclin1、p-PI3K、PI3K、p-Akt、Akt、p-mTOR、mTOR蛋白表达水平。结果PCOS卵巢组织MALAT1 mRNA表达水平低于正常卵巢组织,KGN细胞中MALAT1 mRNA表达水平低于正常卵巢上皮IOSE80细胞;control组KGN细胞中可见少量的自噬小体;干扰MALAT1表达后KGN细胞OD_(450)值(24、48、72 h)、Bcl-2蛋白表达降低,细胞凋亡率、Bax、LC3Ⅱ/LC3Ⅰ、Beclin1、p-PI3K/PI3K、p-Akt/Akt、p-mTOR/mTOR增高(P<0.05),自噬小体数量增多;过表达MALAT1后上述指标变化均逆转(P<0.05);与pc-MALAT1组相比,pc-MALAT1+740Y-P组OD_(450)(24、48、72 h)值、Bcl-2蛋白表达降低,凋亡率、Bax、LC3Ⅱ/LC3Ⅰ、Beclin1、p-PI3K/PI3K、p-Akt/Akt、p-mTOR/mTOR升高(P<0.05),自噬小体数量增多。结论过表达MALAT1可能通过抑制PI3K/Akt/mTOR信号通路,进而抑制PCOS颗粒细胞凋亡和自噬。

乳腺癌中长非编码RNA及LncRNA编码多肽的功能

长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的序列长度超过200核苷酸(nucleotide,nt),部分可编码多肽。生物信息分析和多组学技术已被用于在乳腺癌中批量鉴定lncRNA与lncRNA编码肽。本文通过在线软件分析了Spencer数据库中收录的919个lncRNA编码的乳腺癌肿瘤特异性多肽,结果显示,这些多肽涉及抗癌、抗炎和细胞穿透等活性。乳腺癌的发生发展与lncRNAs的异常表达密切相关,lncRNAs通过编码多肽、调控表观遗传、调节免疫等多种途径影响乳腺癌发展。部分lncRNA编码肽独立于lncRNA,通过表观遗传调控、抑制血管生成等途径调控乳腺癌的发展。lncRNA与lncRNA编码肽在乳腺癌的诊断与治疗中也有较大的应用潜力。因此,本文系统综述了lncRNA与lncRNA编码肽在乳腺癌发生发展与诊断治疗中的作用,对该研究领域目前存在的问题和挑战进行了分析。

lncRNA在肿瘤心脏病中的研究进展

随着医疗技术的发展,越来越多的肿瘤病人寿命延长,与此同时,肿瘤合并心血管疾病的风险大大升高,肿瘤病人中心血管疾病的患病率稳步上升,肿瘤及其相关治疗越来越被认为是重要的中长期心血管风险因素,而肿瘤心脏病作为一门新兴的交叉学科应运而生。非编码长链RNA在肿瘤中的作用已被广泛研究,其在心脏病的发生发展过程中也发挥重要作用,现对相关研究进行综述。

黄芪糖蛋白干扰lncRNA GAS5/miR-21/TLR4信号轴抑制细胞焦亡改善佐剂性关节炎大鼠心肌损伤

目的基于长链非编码RNA生长停滞特异性转录本5/微小RNA 21/Toll样受体4(lncRNA GAS5/miR-21/TLR4)信号轴探究黄芪糖蛋白(HQGP)对佐剂性关节炎(AA)大鼠心肌损伤的作用及机制。方法将SD大鼠随机分为正常对照组、模型组、甲氨蝶呤(MTX)组、HQGP组,每组6只。复制AA模型,第19天开始给药,连续4周。检测各组AA大鼠足趾肿胀度、关节炎指数(AI),HE染色观察大鼠心肌组织病理变化,透射电镜观察心肌组织超微结构的变化及焦亡小体情况,ELISA检测血清白细胞介素6(IL-6)、IL-18、IL-1β和肿瘤坏死因子α(TNF-α)水平,乳酸脱氢酶(LDH)试剂盒检测心肌组织LDH释放量,实时荧光定量PCR检测心肌组织核因子κB p65(NF-κB p65)、胱天蛋白酶1(caspase-1)、含pyrin结构域核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3(NLRP3)、消皮素D(GSDMD)的mRNA以及lncRNA GAS5/miR-21/TLR4信号轴分子的表达,Western blot法检测心肌组织TLR4、NF-κB p65、caspase-1、NLRP3和GSDMD蛋白水平。结果与正常对照组相比,模型组大鼠足趾肿胀度、AI显著升高;大鼠心肌纤维溶解、断裂,肌节结构模糊,心肌纤维排列紊乱,组织间有炎性细胞浸润,线粒体嵴明显断裂稀疏,焦亡小体数量增加;血清促炎细胞因子IL-6、IL-18、IL-1β和TNF-α表达显著升高;心肌组织中GAS5表达显著降低,miR-21表达显著升高,LDH释放量、TLR4、NF-κB p65、caspase-1、NLRP3、GSDMD的mRNA和蛋白表达水平显著升高。与模型组比较,HQGP组大鼠足趾肿胀度、AI和心肌组织病理状态明显改善;血清IL-6、IL-18、IL-1β和TNF-α表达显著降低;心肌组织中GAS5表达显著升高,miR-21表达显著降低,LDH释放量、TLR4、NF-κB p65、caspase-1、NLRP3的mRNA和蛋白表达水平显著降低,GSDMD的mRNA表达降低且蛋白水平显著降低。结论HQGP通过上调lncRNA GAS5抑制miR-21/TLR4信号传导,抑制细胞焦亡,减少促炎细胞因子表达,改善AA大鼠心肌损伤。

LncRNA靶向miRNA调控子宫内膜癌发生发展的研究进展

长链非编码RNA(LncRNA)在多种肿瘤进展中扮演重要角色,MicroRNAs(miRNAs)是目前研究最多的LncRNA下游靶点,LncRNA靶向miRNAs可以直接参与肿瘤细胞生物学行为的调控。高表达或低表达的LncRNA可靶向miRNA调控下游信号通路,促进或抑制子宫内膜癌(endometrial cancer, EC)进展。随着对LncRNA/miRNA调控轴在子宫内膜癌研究的深入,LncRNA和miRNA有望成为EC诊疗的新靶点和预后标志物。本文围绕LncRNA及miRNA对EC的调控、lncRNA调控miRNA在EC中的作用进行综述。

桃红四物汤对大脑中动脉闭塞大鼠lncRNA表达的影响

目的研究中药复方桃红四物汤(Tao Hong Si Wu decoction,THSWD)治疗大脑中动脉闭塞(middle cerebral artery occlusion,MCAO)大鼠长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的表达,并确定THSWD治疗MCAO大鼠可能的分子机制。方法从对照组、MCAO组和MCAO+THSWD组各获得3个大脑半球组织。采用RNA测序技术鉴定三组中的lncRNA基因表达。鉴定了THSWD调节的lncRNA基因,然后构建了THSWD调节的lncRNA-mRNA网络。通过MCODE插件鉴定lncRNA-mRNA网络的模块。基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书数据库(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)用于分析富集的生物功能和信号通路。鉴定了THSWD调节的lncRNA的顺式和反式调控基因。采用逆转录实时定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)验证lncRNA。分子对接用于验证lncRNA-mRNA网络靶点和通路相关蛋白结合能力。结果在MCAO大鼠中,THSWD共调节了302个lncRNA。生物信息学分析表明,一些核心lncRNA可能在THSWD治疗MCAO大鼠中发挥重要作用,此外,我们进一步发现THSWD可能也通过lncRNA-mRNA网络以及网络富集的补体和凝血级联反应等多通路治疗MCAO大鼠。分子对接结果表明,THSWD活性化合物没食子酸和苦杏仁苷与蛋白质靶点具有一定的结合能力。结论THSWD可以通过调节lncRNA保护MCAO大鼠脑损伤,为THSWD治疗缺血性中风提供了新见解。

丹酚酸A调控LncRNA TSPOAP1-AS1缓解H_(2)O_(2)诱导脑微血管内皮细胞凋亡及血管新生能力的影响

目的 探讨丹酚酸A调控lncRNA TSPAOP1-AS1缓解H2O2诱导脑微血管内皮细胞凋亡及血管新生能力的影响。方法 选取2021年1月-2023年3月在我院收治的80例高血压脑出血患者和健康体检者,分别设为研究组和对照组。将对数生长的HBMECs分为9组,即Control组、H_(2)O_(2)组、SAA-L组、SAA-M组、SAA-H组、si-TSPOAP1-AS1组、si-NC组和pcDNA-TSPOAP1-AS1组。RT-PCR法检测患者血清及细胞中TSPOAP1-AS1的相对表达水平;分别采用CCK-8法、流式细胞仪和Matrigel体外成管试验检测细胞存活率、凋亡率及血管生成能力;ELISA检测细胞氧化应激;蛋白质印迹法检测细胞中Caspase-3、Bax、Bcl-2蛋白表达。结果 与对照组(1.00±0.09)相比,研究组患者血清中TSPOAP1-AS1相对表达量(4.36±0.37)明显升高(P<0.01)。与Control组比较,H2O2组细胞中TSPOAP1-AS1相对表达水平(2.65±0.23)、细胞凋亡率(18.29±1.65)、细胞中MDA含量(40.81±3.72)和Caspase-3蛋白(0.78±0.08)、Bax蛋白(0.82±0.09)表达均明显增加,细胞存活率(35.36±3.65)、小管形成数目(85.32±7.68)、细胞中SOD活性(15.48±1.63)、GSH-Px含量(9.43±0.82)及Bcl-2蛋白(0.21±0.02)表达均明显降低(P<0.01);与H2O2组相比,SAA-H组和si-TSPOAP1-AS1组细胞中TSPOAP1-AS1相对表达水平(1.21±0.12)(1.30±0.13)、细胞凋亡率(5.31±0.50)(6.01±0.62)、细胞中MDA含量(8.95±0.82)(9.39±0.92)和Caspase-3蛋白(0.32±0.04)(0.35±0.04)、Bax蛋白(0.40±0.05)(0.45±0.05)表达均明显降低,细胞存活率(87.21±7.64)(82.31±7.50)、小管形成数目(198.75±18.32)(180.31±17.64)、细胞中SOD活性(60.27±5.89)(55.26±5.24)、GSH-Px含量(40.63±4.17)(38.76±3.27)及Bcl-2蛋白(0.70±0.08)(0.68±0.07)表达均明显升高(P<0.01)。与SAA-H组相比,pcDNA-TSPOAP1-AS1组细胞中TSPOAP1-AS1相对表达水平(2.49±0.20)、细胞凋亡率(16.90±1.60)、细胞中MDA含量(39.01±3.83)和Caspase-3蛋白(0.72±0.08)、Bax蛋白表(0.78±0.08)达均明显增加,细胞存活率(40.47±2.89)、小管形成数目(90.15±8.62)、细胞中SOD活性(20.16±2.11)、GSH-Px含量(11.56±1.08)及Bcl-2蛋白(0.28±0.03)表达均明显降低(P<0.01)。结论 丹酚酸A可促进H2O2诱导的HBMECs存活和血管生成,抑制细胞凋亡,减轻氧化应激反应,其作用机制可能和抑制lncRNA TSPOAP1-AS1相关。

lncRNA SNHG18在膀胱癌组织中的表达及其对细胞恶性生物学行为的影响

目的研究长链非编码RNA SNHG18基因在膀胱癌组织膀胱癌细胞系中的表达情况及其对细胞恶性生物学行为的影响。方法选取2021年8月至2022年10月行手术治疗的膀胱癌患者42例,应用RT-qPCR检测SNHG18基因在42例膀胱癌组织及3株膀胱癌细胞(5637、T24、SW780)中的表达情况;构建过表达载体pcDNA3.1-SNHG18与敲低载体SNHG18分别转染膀胱癌细胞,应用细胞增殖实验、细胞克隆形成实验、划痕实验、Transwell小室侵袭实验来观察膀胱癌细胞增殖、迁移、侵袭能力的变化。结果SNHG18在膀胱癌组织及细胞中的表达低于正常的膀胱上皮组织和膀胱上皮细胞,差异有统计学意义(P<0.05);SNHG18的表达量与性别、年龄、有无吸烟、有无高血压、有无糖尿病、有无淋巴结和远处转移及临床分期间无相关性(P>0.05);过表达SNHG18可抑制膀胱癌细胞的体外增殖、迁移和侵袭能力(P<0.05);敲低SNHG18可增强膀胱癌细胞的体外增殖、迁移和侵袭能力(P<0.05)。结论SNHG18在膀胱癌组织中表达量降低,与临床参数无关,与膀胱癌细胞增殖、迁移和侵袭能力有关。

乳腺癌患者lncRNA表达模式与抑郁症相关性分析

目的本研究旨在探索乳腺癌患者中重度抑郁状态下长链非编码RNA(lncRNA)的表达变化,并评估这些lncRNA在抑郁症筛查中的潜在诊断价值。方法研究对象为在某医院接受治疗且诊断后生存五年及以上的乳腺癌患者,分为中重度抑郁组(20例,PHQ-9≥15)和无抑郁组(20例,PHQ-9=0~4)。通过高通量测序技术对全血浆lncRNA进行测序,筛选差异表达显著的lncRNA,并利用定量PCR进行验证。通过受试者工作特征(ROC)曲线分析评估lncRNA在抑郁症筛查中的诊断效能。结果结果显示,共有173个lncRNA在中重度抑郁组和无抑郁组之间存在显著差异表达。特别是Dr1、Gm2694和Nr2f2在中重度抑郁组中显著上调,分别具有3.00、3.01和2.58的Fold Change(P<0.005)。ROC曲线分析结果表明,Dr1、Gm2694和Nr2f2的曲线下面积(AUC)分别为0.85、0.83和0.80,联合使用Dr1和Gm2694时,AUC达到0.88。结论本研究揭示了乳腺癌患者中重度抑郁状态下lncRNA表达谱的显著差异,并初步证实了这些lncRNA在抑郁症筛查中的潜在诊断价值。这些发现为乳腺癌患者的心理健康管理提供了新的理论依据,也为未来开发新型的抑郁症生物标志物奠定了基础。