基于双向长短时记忆网络和注意力机制的RNA m5C甲基化位点预测

RNA 5-甲基胞嘧啶(m5C)修饰在许多生物过程中发挥重要的作用,对m5C位点的准确识别有助于更好地理解其生物学功能,所以识别m5C甲基化位点十分必要。尽管已发展了多种识别m5C甲基化位点的机器学习方法,但预测能力仍有待提高。本文基于双向长短时记忆网络和注意力机制,提出了一种预测RNA m5C甲基化位点的深度学习算法。用该方法在人、小鼠、酿酒酵母和拟南芥共4种生物的RNA m5C数据集上进行实验,m5C位点预测AUC值分别达到92.5%、99.7%、93.6%和86.5%。与现有预测方法相比,该方法具有较好的预测性能,并且具有更优的泛化能力,为RNA m5C甲基化位点预测提供了一种新方法。

线粒体tRNA m5C甲基化修饰及与疾病的关联

在真核细胞中,线粒体参与能量生产、细胞凋亡、钙稳态调节和先天免疫应答等关键生命活动^([1])。人类线粒体基因组包含37个基因,编码氧化磷酸化的13个亚基、2个核糖体RNA(rRNA)和22个转运RNA(tRNA)^([2])。RNA甲基化是RNA转录后修饰中主要的表观遗传修饰之一,主要包括5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine, m5C)、3-甲基胞嘧啶(3-methylcytosine, m3C).

NSun2在胃癌中的作用及机制初探

为了探究RNA甲基转移酶NSun2在胃癌发生发展中的生物学功能和作用机制,尝试利用构建的过表达和敲低NSun2的胃癌细胞系,运用蛋白质双向电泳联合质谱的方法,寻找其潜在的下游底物.实验结果显示,在体外NSun2可以促进胃癌细胞的增殖,蛋白质组学方法筛选并鉴定出34个差异蛋白,其中蛋白谷胱甘肽S转移酶P(GSTP1-1)和蛋白激酶C抑制蛋白1(KCIP-1)可能是NSun2在胃癌中的潜在作用靶点.这对于认识胃癌发生发展的分子机制具有重要意义.