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基于双向长短时记忆网络和注意力机制的RNA m5C甲基化位点预测
被引量:
1
1
作者
胡梦
李慧敏
+2 位作者
唐轶
王煜
陈鹏辉
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第2期303-310,共8页
RNA 5-甲基胞嘧啶(m5C)修饰在许多生物过程中发挥重要的作用,对m5C位点的准确识别有助于更好地理解其生物学功能,所以识别m5C甲基化位点十分必要。尽管已发展了多种识别m5C甲基化位点的机器学习方法,但预测能力仍有待提高。本文基于双...
RNA 5-甲基胞嘧啶(m5C)修饰在许多生物过程中发挥重要的作用,对m5C位点的准确识别有助于更好地理解其生物学功能,所以识别m5C甲基化位点十分必要。尽管已发展了多种识别m5C甲基化位点的机器学习方法,但预测能力仍有待提高。本文基于双向长短时记忆网络和注意力机制,提出了一种预测RNA m5C甲基化位点的深度学习算法。用该方法在人、小鼠、酿酒酵母和拟南芥共4种生物的RNA m5C数据集上进行实验,m5C位点预测AUC值分别达到92.5%、99.7%、93.6%和86.5%。与现有预测方法相比,该方法具有较好的预测性能,并且具有更优的泛化能力,为RNA m5C甲基化位点预测提供了一种新方法。
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关键词
双向长短时记忆网络
注意力机制
m5c甲基化位点
深度学习
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职称材料
题名
基于双向长短时记忆网络和注意力机制的RNA m5C甲基化位点预测
被引量:
1
1
作者
胡梦
李慧敏
唐轶
王煜
陈鹏辉
机构
云南民族大学数学与计算机科学学院
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第2期303-310,共8页
基金
国家自然科学基金项目(No.61866040)
云南民族大学研究生科研项目(No.SJXY-2021-011)资助。
文摘
RNA 5-甲基胞嘧啶(m5C)修饰在许多生物过程中发挥重要的作用,对m5C位点的准确识别有助于更好地理解其生物学功能,所以识别m5C甲基化位点十分必要。尽管已发展了多种识别m5C甲基化位点的机器学习方法,但预测能力仍有待提高。本文基于双向长短时记忆网络和注意力机制,提出了一种预测RNA m5C甲基化位点的深度学习算法。用该方法在人、小鼠、酿酒酵母和拟南芥共4种生物的RNA m5C数据集上进行实验,m5C位点预测AUC值分别达到92.5%、99.7%、93.6%和86.5%。与现有预测方法相比,该方法具有较好的预测性能,并且具有更优的泛化能力,为RNA m5C甲基化位点预测提供了一种新方法。
关键词
双向长短时记忆网络
注意力机制
m5c甲基化位点
深度学习
Keywords
bi-dire
c
tional long short-ter
m
m
e
m
ory
attention
m
e
c
hanis
m
s
m
5
c
m
ethylation sites
deep learning
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
Q52 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于双向长短时记忆网络和注意力机制的RNA m5C甲基化位点预测
胡梦
李慧敏
唐轶
王煜
陈鹏辉
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
1
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