mNGS在肺部感染病原学中的诊断价值及应用分析

目的探讨宏基因组新一代测序(mNGS)在肺部感染病原体中的诊断价值及应用分析。方法选取2022年1月至2022年12月孝感市中心医院呼吸与危重症医学科收治的肺部感染(由常见的院内细菌如金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯杆菌、铜绿假胞单菌、大肠埃希菌、鲍曼不动杆菌等,病毒如单纯疱疹病毒、人类疱疹病毒7型等,真菌如白色念珠菌、曲霉菌等引起)患者258例作为研究对象。分别采集患者的肺泡灌洗液标本进行病原微生物mNGS检测与常规痰培养的检测,评估mNGS的诊断价值与应用分析。结果纳入研究的258例患者中,有200例患者通过mNGS检测得出,检出率为77.52%。有58例患者进行常规痰培养检测得出,检出率为22.48%。由此得出mNGS检测的病原微生物总检出率高于进行常规痰培养检测(P<0.05)。结论mNGS对肺部感染患者的病原微生物检出率高于常规痰培养检测,应用价值较高。但是具有一定的局限性。mNGS无法确定它所检测的序列是来自活菌还是死菌,同时也不能区分定植菌与致病菌。另外,mNGS的费用较高,临床上可酌情使用。

mNGS技术和血清G试验在判断耶氏肺孢子菌感染与定植中的价值及二者相关性研究

背景耶氏肺孢子菌(PJ)既可定植于肺部,亦可引起肺部感染。为避免临床过度治疗及延误治疗,识别定植与感染很重要。多项研究显示宏基因组二代测序(mNGS)技术及血清1,3-β-D葡聚糖定量检测(G试验)可辅助诊断耶氏肺孢子菌肺炎(PJP),但二者有无鉴别PJ定植和感染的截断值呢?目的探讨肺泡灌洗液mNGS技术、血清G试验在判断PJ感染与定植中的价值及二者之间相关性。方法收集2018年9月至2022年5月在江汉大学附属湖北省第三人民医院住院治疗,且行肺泡灌洗液mNGS技术检出PJ序列数的40例肺部感染患者病例资料进行回顾性分析。根据mNGS检出PJ是否抗PJ治疗分为PJ感染组21例,PJ定植组19例。收集患者一般资料包括性别、年龄、体质指数(BMI)、吸烟史、基础疾病及用药史〔慢性肾脏疾病、血液系统疾病、自身免疫性疾病、恶性肿瘤、人类免疫缺陷病毒(HIV)感染、实体器官移植、慢性肺部疾病、糖皮质激素/免疫抑制剂使用情况〕,临床症状(发热、咳嗽、咳痰、呼吸困难、胸痛、咯血),影像学特点(磨玻璃渗出影、间质改变、实变、结节、胸腔积液、囊状),实验室指标〔白细胞计数、中性粒细胞计数、淋巴细胞计数、降钙素原(PCT)、C反应蛋白(CRP)、乳酸脱氢酶(LDH)、动脉血氧分压/吸入氧浓度百分比(PaO_(2)/FiO_(2))、CD_(4)^(+)T淋巴细胞计数〕,绘制mNGS序列数、血清G试验判断PJ感染与定植的受试者工作特征曲线(ROC曲线),分析二者的相关性。结果PJ感染组较PJ定植组糖皮质激素/免疫抑制剂使用率高(P<0.05);PJ感染组磨玻璃渗出影、间质改变比例高于PJ定植组(P<0.05);PJ感染组CD_(4)^(+)T淋巴细胞计数低于PJ定植组,而mNGS序列数、血清G试验高于PJ定植组(P<0.05);ROC曲线示mNGS序列数与血清G试验鉴别PJ感染与定植的最佳截断值分别为24个、106.7 ng/L,ROC曲线下面积(AUC)分别为0.95、0.89,灵敏度分别为95.2%、76.2%,特异度分别为78.9%、89.5%。Spearman秩相关结果示mNGS序列数与血清G试验水平呈正相关(rs=0.769、P<0.001)。结论PJ感染患者糖皮质激素/免疫抑制剂使用率高,影像学表现为典型磨玻璃渗出影及间质改变,外周血CD_(4)^(+)T淋巴细胞计数下降(尤其<200个/μl),血清G试验及mNGS检出PJ序列数明显升高,分别≥106.7 ng/L、≥24个时,有助于PJ感染的诊断。

液基夹层杯技术检测支气管肺泡灌洗液中抗酸杆菌对菌阴肺结核的诊断价值

目的评估利用液基夹层杯离心涂片集菌技术检测支气管肺泡灌洗液中抗酸杆菌对菌阴肺结核的临床诊断价值。方法选取我院收治的106例菌阴肺结核患者,所有患者均进行支气管肺泡灌洗液液基夹层杯离心涂片集菌法,荧光定量PCR（FQ-PCR）法,罗氏培养进行抗酸杆菌检测。并通过与罗氏培养法的比较分析液基夹层杯离心涂片集菌法的灵敏度、特异度及临床应用价值。结果罗氏培养法和液基夹层杯离心涂片集菌法对临床确诊的菌阴肺结核患者支气管肺泡灌洗液抗酸杆菌检出率分别为66.0%,70.7%,两者的阳性率比较,差异无统计学意义（χ^2=1.231,P=0.267,P〉0.05）。结论液基夹层杯离心涂片集菌法检测支气管肺泡灌洗液抗酸杆菌,具有快速、敏感度和特异度较高的优点,对肺结核具有较高的诊断价值,为痰涂片阴性及无痰患者提供良好的诊断依据。

肺泡灌洗液二代测序在学龄儿童大叶性肺炎病原学诊断中的应用

目的探讨肺泡灌洗液二代基因测序(mNGS)在学龄儿童大叶性肺炎病原学诊断中的应用。方法选取2019年8月至2020年2月在西安交通大学第一附属医院住院治疗的24例学龄期大叶性肺炎患儿为研究对象,采用二代基因测序检测肺泡灌洗液(BALF)病原者为研究组(n=12),其余为对照组。统计血清学及肺泡灌洗液病原学常规检测结果,分析肺泡灌洗液mNGS结果。结果24例标本中血清肺炎支原体抗体(Mp)阳性21例(87.5%),嗜肺军团菌抗体阳性5例(20.8%),流感B型抗体阳性2例(8.3%),合胞病毒抗体阳性1例(4.2%),研究组与对照组的病原检出率比较差异无统计学意义(P>0.05);24例患儿BALF细菌、结核、真菌涂片均阴性;对照组菌培养均阴性,研究组菌培养阳性2例(16.7%),其中1例BALF培养为肺炎链球菌,1例痰培养及BALF培养均为耐甲氧西林金黄色葡萄球菌;研究组肺泡灌洗液mNGS分析显示,5例单一肺炎支原体拷贝数阳性,其拷贝数为19101~139304,其余均为混合性感染;所有肺炎支原体感染患儿的序列数与C反应蛋白、红细胞沉降率、住院时长有强正相关性(r值分别为0.891、0.861、0.814,P<0.05),其中序列数最高的2例患儿临床诊断均为重症难治性支原体肺炎。结论mNGS可提高儿童大叶性肺炎的病原诊断准确率,对临床治疗有指导作用。

TCT技术在支气管肺泡灌洗液细胞学制片中的应用

目的探讨膜式薄层液基细胞学技术(TCT)在支气管肺泡灌洗液细胞学制片中的应用价值。方法收集2010年1月至2012年8月所有支气管肺泡灌洗液标本共计238例,同时采用传统离心沉淀涂片和膜式薄层细胞学检测系统进行细胞学检查,对结果进行统计分析,数据采用Vilcoxon秩和检验。结果 TCT制片细胞结构及背景清晰,细胞单层分布,无重叠;细胞量优于传统离心沉淀涂片,TCT法的阳检率和优片率均高于传统离心沉淀涂片,差异有显著性(P<0.005)。结论 TCT技术在支气管肺泡灌洗液细胞学制片上明显优于传统涂片方法,能提高制片中的细胞量及阳检率,从而减少复检次数,为临床提供准确、及时的诊断依据。

非实时超声支气管镜联合病原宏基因组二代测序在局灶性肺部感染性疾病诊断中的应用

目的研究非实时超声支气管镜联合病原宏基因组二代测序(Metagenomic Next-Generation Sequencing,m NGS)在局灶性肺部感染性疾病诊断中的应用。方法前瞻性纳入住院的局灶性肺部感染性疾病患者,随机分为试验组和对照组,试验组采用非实时超声支气管镜定位收集支气管肺泡灌洗液(bronchial alveolar lavage fluid,BALF),对照组采用术前胸部CT定位采集BALF,两组BALF均进行病原宏基因学检测和传统微生物检测,包括传统培养、半乳甘露聚糖试验阳性率(真菌GM试验)和结核分枝杆菌检测及利福平耐药试验(Xpert MTB/RIF)。比较两组不同检测结果的阳性率、平均住院时间和平均住院费用。结果试验组和对照组相比,普通培养阳性率(39.58%比16.67%,P=0.013)和m NGS阳性率(89.58%比72.92%,P=0.036)均更高,差异有统计学意义。两组Xpert MTB/RIF(4.17%比2.08%,P=1)和真菌GM试验阳性率相似(6.25%比4.17%,P=0.765),差异无统计学意义。两组患者综合分析,m NGS与传统微生物检测方法相比,检出细菌真菌的阳性率比普通培养更高(61.46%比28.13%,P<0.001);检出结核分枝杆菌的阳性率与Xpert MTB/RIF相似(8.33%比3.13%,P=0.21);检测曲霉菌阳性率与真菌GM试验相似(7.29%比5.21%,P=0.77)。两组患者传统病原学检测总阳性率为36.46%,m NGS结果阳性率为81.25%,m NGS的阳性率更高,差异有统计学意义(P<0.001)。对照组m NGS结果显示35例患者为阳性,共检测出13种病原体;试验组m NGS结果显示43例患者为阳性,共检测出17种病原体。试验组的平均住院时间更短[(12.92±3.54)d比(16.35±7.49)d],平均住院费用更低[(12209.17±3956.17)元比(19044.10±17350.85)元],差异有统计学意义(P<0.001)。结论非实时超声支气管镜定位,可提高标本阳性率。与传统微生物学检测方法相比,m NGS的病原学检出率更高。因此非实时超声支气管镜联合m NGS可提高局灶性肺部感染性疾病的诊断率,值得在临床中推广应用。