mNGS技术和血清G试验在判断耶氏肺孢子菌感染与定植中的价值及二者相关性研究

背景耶氏肺孢子菌(PJ)既可定植于肺部,亦可引起肺部感染。为避免临床过度治疗及延误治疗,识别定植与感染很重要。多项研究显示宏基因组二代测序(mNGS)技术及血清1,3-β-D葡聚糖定量检测(G试验)可辅助诊断耶氏肺孢子菌肺炎(PJP),但二者有无鉴别PJ定植和感染的截断值呢?目的探讨肺泡灌洗液mNGS技术、血清G试验在判断PJ感染与定植中的价值及二者之间相关性。方法收集2018年9月至2022年5月在江汉大学附属湖北省第三人民医院住院治疗,且行肺泡灌洗液mNGS技术检出PJ序列数的40例肺部感染患者病例资料进行回顾性分析。根据mNGS检出PJ是否抗PJ治疗分为PJ感染组21例,PJ定植组19例。收集患者一般资料包括性别、年龄、体质指数(BMI)、吸烟史、基础疾病及用药史〔慢性肾脏疾病、血液系统疾病、自身免疫性疾病、恶性肿瘤、人类免疫缺陷病毒(HIV)感染、实体器官移植、慢性肺部疾病、糖皮质激素/免疫抑制剂使用情况〕,临床症状(发热、咳嗽、咳痰、呼吸困难、胸痛、咯血),影像学特点(磨玻璃渗出影、间质改变、实变、结节、胸腔积液、囊状),实验室指标〔白细胞计数、中性粒细胞计数、淋巴细胞计数、降钙素原(PCT)、C反应蛋白(CRP)、乳酸脱氢酶(LDH)、动脉血氧分压/吸入氧浓度百分比(PaO_(2)/FiO_(2))、CD_(4)^(+)T淋巴细胞计数〕,绘制mNGS序列数、血清G试验判断PJ感染与定植的受试者工作特征曲线(ROC曲线),分析二者的相关性。结果PJ感染组较PJ定植组糖皮质激素/免疫抑制剂使用率高(P<0.05);PJ感染组磨玻璃渗出影、间质改变比例高于PJ定植组(P<0.05);PJ感染组CD_(4)^(+)T淋巴细胞计数低于PJ定植组,而mNGS序列数、血清G试验高于PJ定植组(P<0.05);ROC曲线示mNGS序列数与血清G试验鉴别PJ感染与定植的最佳截断值分别为24个、106.7 ng/L,ROC曲线下面积(AUC)分别为0.95、0.89,灵敏度分别为95.2%、76.2%,特异度分别为78.9%、89.5%。Spearman秩相关结果示mNGS序列数与血清G试验水平呈正相关(rs=0.769、P<0.001)。结论PJ感染患者糖皮质激素/免疫抑制剂使用率高,影像学表现为典型磨玻璃渗出影及间质改变,外周血CD_(4)^(+)T淋巴细胞计数下降(尤其<200个/μl),血清G试验及mNGS检出PJ序列数明显升高,分别≥106.7 ng/L、≥24个时,有助于PJ感染的诊断。

mNGS技术在免疫缺陷重症肺炎患者病原体诊断中的意义

重症肺炎是呼吸系统常见疾病,表现为咳嗽、咳痰、呼吸困难等,治疗难度大,预后差,具有高病死率的特点[1-5]。因免疫缺陷,不能抵御病原菌的入侵,合并重症感染的可能性更大[6-8]。早期诊断重症肺炎、明确病原菌种类对患者的预后有意义。目前重症肺炎的病原菌检测的主要手段为培养法,但是受到取样、检测方式等的影响,检测准确性不高,因此提高重症肺炎患者的病原菌诊断准确性对于提升重症肺炎的诊疗质量至关重要[9-12]。分子诊断和基因诊断是目前感染性疾病病原学诊断中的一个重要方向,是目前研究的热点[13-15]。宏基因组学测序(mNGS)通过将待测样本的所有RNA或者DNA混合测序,并且将待测序列与病原体据库进行比对,可在短时间内完成基因检测,并且一次可检测病毒、细菌、真菌等多种病原菌,整个过程不需要特定基因引物的序列扩增,具有耗时短、检测便捷的特点[16-18]。本文探讨mNGS技术对存在免疫缺陷的重症肺炎患者病原体诊断,报道如下。

新型冠状病毒肺炎与mNGS技术

新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019,COVID-19)是指2019新型冠状病毒(Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2,SARS-CoV-2)感染导致的肺炎。截至2020年5月21日已造成全球超过496万人感染、30万人以上死亡。宏基因组下一代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术是在发现和检测新冠肺炎中发挥重要作用的技术。本文介绍了mNGS在新冠肺炎疫情中的作用及核心技术特点,并为mNGS在抗击全球疫情中的应用做出技术性归纳总结。

宏基因组学第二代测序技术对比传统实验室微生物培养在脓毒症病原学诊断中的优势

目的通过对宏基因组学第二代测序技术(mNGS)获得的病原体与实验室培养结果进行对比,了解mNGS在脓毒症病原学诊断中的优势及其临床指导意义。方法将入选的脓毒症患者的标本(肺泡灌洗液、痰液、血液、脑脊液、胸水、腹水、分泌物等)同时送检mNGS和实验室细菌培养,对结果进行对比分析,评价mNGS在脓毒症病原学诊断方面的临床价值。结果mNGS的阳性率为78.9%;细菌培养的阳性率为40.4%(P<0.05)。通过mNGS共检出致病病原体57种,其中细菌31种,真菌16种,病毒7种,非典型病原体3种;细菌培养共检出病原体24种,其中细菌18种,真菌6种。以培养结果为金标准,mNGS的敏感度为76.2%,特异度为29.8%,阳性预测值为42.3%,阴性预测值为64.8%。根据病原学结果的抗生素调整将患者分为三组:按mNGS调整为mNGS组、经验性调整为经验组、按培养结果调整为传统培养组。mNGS组ICU住院时间更短(P<0.05),培养组降钙素原下降更明显(P<0.05)。结论mNGS在感染性疾病病原体的诊断方面较传统微生物培养时间更短,阳性率更高,在少见病原体、罕见病原体诊断方面有显著优势,可缩短患者ICU住院时间。

新型冠状病毒感染危重症救治细节的探讨

新型冠状病毒具有较强的传染性,感染的患者早期症状相对较轻,但是随着病情的不断加重,体内病毒不断复制,人体免疫反应逐渐激烈,可能演变成危重症。患者会出现一系列呼吸道症状,如呼吸短促、呼吸困难、低氧血症,甚至呼吸衰竭;严重者可迅速进展为急性呼吸窘迫综合征、脓毒性休克、难以纠正的代谢性酸中毒、出凝血功能障碍及多器官功能衰竭等.

6例鹦鹉热衣原体重症肺炎的临床特点分析

目的分析6例鹦鹉热衣原体重症肺炎临床特点,为诊断及治疗鹦鹉热衣原体重症肺炎提供参考。方法选择2020年6月至2020年12月由安徽医科大学第一附属医院ICU(综合ICU、RICU)收治的6例诊断为鹦鹉热衣原体重症肺炎患者,对其临床资料进行回顾性分析,总结该疾病的临床特征及诊治要点。结果 6例患者以高热、咳嗽、胸闷气促为主要临床表现起病,均有家禽接触史。血白细胞计数正常或轻度升高,淋巴细胞计数明显下降,中性粒细胞百分比、C-反应蛋白(CRP)、降钙素原(PCT)明显升高。胸部CT表现为某一肺叶或多个肺叶炎症渗出和实变,纤维支气管镜检查主要表现为气道黏膜充血水肿,气道中痰液较少。所有患者均因呼吸衰竭及感染性休克入ICU治疗。利用宏基因组学二代测序技术(m NGS)检测出肺泡灌洗液中鹦鹉热衣原体核酸序列,结合临床表现及接触史明确诊断为鹦鹉热衣原体重症肺炎。及时调整以多西环素为基础的治疗方案后病情好转,缩短了鹦鹉热衣原体重症肺炎的确诊时间和病程,减少不必要抗菌药物的使用。其中4例患者经治疗好转出院;1例患者继发嗜血细胞综合征,经地塞米松联合依托泊苷治疗后完全缓解;1例患者因继发肺炎克雷伯杆菌感染而死亡。在鹦鹉热衣原体重症肺炎中需警惕继发其他细菌感染和并发症。结论鹦鹉热衣原体感染的危险因素是家禽接触史,其临床表现、实验室检查、影像学检查无特异性。应用m NGS可提高鹦鹉热衣原体重症肺炎诊断的准确性,减少漏诊及误诊。以多西环素为基础的治疗方案对鹦鹉热衣原体重症肺炎治疗效果明显,但需警惕在病程中继发细菌感染及其他并发症。

1例支气管扩张伴肺孢子菌感染患者的抗感染治疗分析

目的探讨支气管扩张伴肺孢子菌感染患者的抗感染治疗方案。方法临床药师对1例支气管扩张伴肺孢子菌感染患者的抗感染药物用药方案、宏基因组高通量技术检测结果、药学监护及治疗效果进行分析评估。结果通过抗感染、抗炎、化痰等治疗,患者感染症状显著改善。结论结合患者感染特点及宏基因组高通量技术检测病原体,精准治疗少见病原菌所致感染性疾病。

8例鹦鹉热衣原体肺炎的诊治体会

目的总结鹦鹉热衣原体肺炎的临床特点及诊治方法。方法回顾性分析2022年1月至2022年4月南京梅山医院呼吸科收治的8例鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床资料、诊治经过。结果8例患者均高热起病,伴其他临床特征如下:8例咳嗽、1例胸痛、4例肌肉酸痛、1例腹泻、1例呼吸困难、2例乏力;8例患者均有鸟类/家禽接触史:2例养鸽子,3例养鸡,1例养鹦鹉,1例运输家禽、1例邻居养鸽子;实验室检查可见淋巴细胞计数降低、C反应蛋白升高,谷丙转氨酶升高、低钠血症;胸部CT示8例患者单肺病变居多且以下肺为主,主要胸部CT影像学表现是磨玻璃影、实变影、支气管空气征及细网格征;8例患者均收集肺泡灌洗液(BALF)进行宏基因组二代测序(mNGS)进行检测,mNGS检测出鹦鹉热衣原体(39~757条),确诊为鹦鹉热衣原体肺炎,调整抗生素为米诺环素、莫西沙星治疗后患者均好转出院。结论鹦鹉热衣原体肺炎以发热、咳嗽为主要临床表现,鸟类/家禽接触史是重要诊断线索,对疑似患者肺泡灌洗液mNGS检测能明确诊断,米诺环素为治疗首选。