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永久性心房颤动患者心房组织相关微小核糖核酸调控网络研究
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作者 高杰 周建 +4 位作者 顾松 刘岩 安向光 张希涛 苏丕雄 《心肺血管病杂志》 2016年第6期431-435,共5页
目的:寻找永久性心房颤动(p AF)发病相关的关键微小核糖核酸(miRNA)及其调控靶基因。方法:表达谱芯片比较pAF患者(n=7)和窦性心律健康成人(n=4)的左心房组织的转录组,miRNA芯片筛选pAF相关差异表达miRNA,进行靶基因预测,与表达谱芯片的... 目的:寻找永久性心房颤动(p AF)发病相关的关键微小核糖核酸(miRNA)及其调控靶基因。方法:表达谱芯片比较pAF患者(n=7)和窦性心律健康成人(n=4)的左心房组织的转录组,miRNA芯片筛选pAF相关差异表达miRNA,进行靶基因预测,与表达谱芯片的筛选结果进行负相关分析后的基因集合进行显著性功能分析(GO-Analysis),得到显著性、低误判率、靶向性的功能以及对应的靶基因;利用miRNA与靶基因之间的靶向调控关系,构建差异miRNA与分析后得到的显著性GO所属交集靶基因的调控网络(miRNA-Gene-Network),得到网络中起核心调控作用的miRNA和被miRNA调控的关键靶基因;采用qRT-PCR方法检验另一组pAF患者(n=5)和窦性心律健康成人(n=4)的左心房组织标本,验证所寻找的miRNA和被调控的关键靶基因。结果:26个差异表达的miRNA(16个上调、10个下调)和610个靶基因有显著性改变(fold change>2,P<0.05),与miRNAs芯片预测靶基因负相关后建立miRNA-靶基因调节网络发现与pAF显著相关的20个miRNA和107个靶基因,相关度最高的是miR-144、miR-1284、miR-1827、miR-1、miR-3613-3p及miR-101;其调控的重要靶基因包括PTEN、TAOK1、RUNX1及TPM3等,参与心房电生理改变、成纤维细胞及胎儿基因表达等心房重构机制。qRT-PCR验证结果提示,这些主要的miRNA和靶基因与pAF发生密切相关。结论:通过表达谱基因芯片与miRNA芯片联合分析pAF左心房组织标本,构建miRNA-靶基因调控网络,是发现pAF相关关键miRNA及其调控靶基因一种方法。 展开更多
关键词 永久性心房颤动 微小核糖核酸 信使核糖核酸 靶基因 网络调控
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精神分裂症患者外周血中mRNA/miRNA网络综合分析
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作者 祁冬冬 马世发 +1 位作者 李小龙 王克刚 《国际检验医学杂志》 CAS 2024年第15期1867-1873,共7页
目的探索精神分裂症患者外周血中mRNA/微小核糖核酸(miRNA)网络综合分析。方法纳入2022年12月至2023年2月就诊于该院的精神分裂患者6例作为实验组,志愿者4例作为对照组。收集两组人群血液样本,采用RNA-seq技术检测mRNA及miRNA的表达水... 目的探索精神分裂症患者外周血中mRNA/微小核糖核酸(miRNA)网络综合分析。方法纳入2022年12月至2023年2月就诊于该院的精神分裂患者6例作为实验组,志愿者4例作为对照组。收集两组人群血液样本,采用RNA-seq技术检测mRNA及miRNA的表达水平。最后利用基因表达综合数据库中GSE145554基因集进行生物信息学验证分析。结果与对照组相比,实验组中共分析出差异mRNA 2133个,其中包括上调mRNA 1410个,下调mRNA 723个;差异miRNA 150个,其中包括上调miRNA 72个,下调miRNA 78个。京都基因与基因组百科全书和基因本体论富集的生物学过程和信号途径主要包括哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT)信号通路、坏死性凋亡及内质网中的蛋白质加工信号通路等。结论PI3K-AKT、mTOR、坏死性凋亡及内质网中的蛋白质加工信号通路参与精神分裂的发生发展过程,为阐明精神分裂症的预防、诊断及治疗提供新的研究方向。 展开更多
关键词 精神分裂症 mrna/微小核糖核酸网络 生物信息学
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基于微小核糖核酸-信使核糖核酸网络探讨重复经颅磁刺激治疗缺血性脑卒中的分子机制
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作者 陈建敏 李菁 +2 位作者 黄华垚 陈振强 陈清法 《中华物理医学与康复杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期593-600,共8页
目的基于微小核糖核酸(miRNA)-信使核糖核酸(mRNA)调控网络探讨重复经颅磁刺激(rTMS)促进缺血性脑卒中(IS)神经修复的潜在分子机制。方法从基因表达综合数据库(GEO)下载rTMS干预7 d后的IS大鼠皮质miRNA表达谱。使用R软件分析差异miRNAs... 目的基于微小核糖核酸(miRNA)-信使核糖核酸(mRNA)调控网络探讨重复经颅磁刺激(rTMS)促进缺血性脑卒中(IS)神经修复的潜在分子机制。方法从基因表达综合数据库(GEO)下载rTMS干预7 d后的IS大鼠皮质miRNA表达谱。使用R软件分析差异miRNAs,通过在线数据库预测其对应的下游mRNAs,构建miRNA-mRNA调控网络,筛选关键miRNAs。对靶基因进行功能富集分析,构建靶基因所编码的蛋白质相互作用网络,识别网络中的核心mRNAs。选取无特定病原体动物(SPF)级雄性Sprague-Dawley大鼠24只,按随机数字表法随机分为假手术组、模型组和磁刺激组,每组8只大鼠。模型组和磁刺激组制备IS大鼠模型,仅磁刺激组接受连续7 d的rTMS干预,其余2组不进行干预。采用改良神经功能评分(mNSS)于造模前和造模成功1 d、3 d、7 d后评价3组大鼠的神经功能缺损程度;于造模成功8 d后深度麻醉大鼠,取脑组织行苏木精-伊红和尼氏染色观察组织缺失情况和神经元形态,利用实时荧光定量聚合酶链反应验证差异基因在3组大鼠缺血侧皮质中的表达趋势。结果共筛选出167个差异miRNAs和预测到25个mRNAs。富集分析表明,这些基因与细胞迁移的正向调节、神经营养因子受体信号通路的正向调节等生物学过程有关,涉及腺苷酸激活蛋白激酶、神经营养因子通路、大鼠肉瘤等信号通路。通过构建miRNA-mRNA调控网络,识别出miR-206-3p、miR-378a-3p、miR-107-3p、miR-92a-3p和miR-29b-3p共5个关键miRNAs;通过蛋白互作网络分析筛选出4个核心mRNAs,分别为整合素亚基β1、水通道蛋白4、脑源性神经生长因子(BDNF)、溶质载体家族2成员4。造模成功7 d后,磁刺激组的mNSS评分显著低于模型组同时间点(P<0.05)。与模型组相比,磁刺激大鼠右侧皮质的miR-206-3p表达明显降低(P<0.05),BDNF表达则显著增高(P<0.05)。结论miR-206-3p-BDNF调控网络和相关作用途径在rTMS促进IS大鼠神经修复过程中发挥重要的作用。 展开更多
关键词 缺血性脑卒中 生物信息学 重复经颅磁刺激 基因表达综合数据库数据库 微小核糖核酸-信使核糖核酸调控网络
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基于TCGA数据库筛选与三阴型乳腺癌预后相关的miRNAs及其基因网络
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作者 宋玥莹 高超 +3 位作者 陈文俊 邵艾彧 乔乙春 李卓林 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期392-399,共8页
目的:筛选与三阴型乳腺癌(TNBC)预后相关的关键微小RNA(miRNAs)及其靶基因,探讨其参与调控的生物学功能和信号通路,为TNBC患者预后标志物的筛选提供理论依据。方法:基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库筛选TNBC患者与非TNBC患者差异表达miRN... 目的:筛选与三阴型乳腺癌(TNBC)预后相关的关键微小RNA(miRNAs)及其靶基因,探讨其参与调控的生物学功能和信号通路,为TNBC患者预后标志物的筛选提供理论依据。方法:基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库筛选TNBC患者与非TNBC患者差异表达miRNAs,通过生存分析明确与患者预后相关的miRNAs。利用miRDB和miRWalk3.0在线数据库筛选miRNAs的靶基因,Cytoscape 3.8.2软件明确miRNA-信使核糖核酸(mRNA)调控网络,利用R软件limma数据包筛选TNBC患者与非TNBC患者差异表达miRNAs,利用R软件clusterProfiler包分析靶基因参与的生物学功能和通路。结果:生存分析,miR-9、miR-17、miR-31、miR-146a、miR-188和miR-190b与TNBC患者的预后有关,且上述miRNAs表达量越低,TNBC患者预后越差。筛选出受这6种miRNAs调控的靶基因224个。基因本体论(GO)功能富集分析,靶基因主要参与乳腺腺泡的发育、DNA转录的正向调控以及血管生成等功能;京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,靶基因主要富集在细胞因子-细胞因子受体相互作用以及胰岛素分泌信号等通路。网络分析,miR-9、miR-17、溶质载体家族24成员2(SLC24A2)、vav鸟苷酸交换因子3(VAV3)、三部结构域含有36(TRIM36)、突触标记素1(SYT1)、富勒林和Sec7结构域含有3(PSD3)、过氧化物酶体增殖物活化受体α(PPARA)、RNA聚合酶Ⅲ亚基G(POLR3G)、多形性腺瘤基因1(PLAG1)、泛素相关和SH3结构域含有B(UBASH3B)及SH3结构域和四重肽重复2(SH3TC2)是调控网络中的关键基因,其中miR-9-SYT1、miR-9-KIF13B、miR-9-KITLG、miR-17-SLC24A2、miR-31-SLC24A2、miR-146a-SYT1、miR-146a-KIF13B、miR-188-SLC24A2和miR-188-SLC24A2的miRNA-mRNA相互作用最为密切。结论:miR-9、miR-17、miR-31、miR-146a、miR-188和miR-190b及其靶基因参与乳腺腺泡发育和血管生成等生理过程,与TNBC患者的不良预后密切相关。 展开更多
关键词 三阴型乳腺癌 微小核糖核酸 预后 调控网络 靶基因
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基于miRNA-mRNA调控网络的鼻咽癌相关分子机制研究 被引量:3
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作者 郭伟茜 高劲 +4 位作者 花蕾 郑先斌 张洋洋 孙斌 陶振超 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2021年第8期1205-1212,共8页
目的通过构建鼻咽癌微小核糖核酸(miRNA)调控网络筛选与鼻咽癌发病相关的分子标志物。方法从基因表达数据库(GEO)数据库下载鼻咽癌miRNA芯片数据GSE70970和基因芯片数据GSE12452,利用R软件筛选出差异表达miRNA和mRNA,并对其进行功能富... 目的通过构建鼻咽癌微小核糖核酸(miRNA)调控网络筛选与鼻咽癌发病相关的分子标志物。方法从基因表达数据库(GEO)数据库下载鼻咽癌miRNA芯片数据GSE70970和基因芯片数据GSE12452,利用R软件筛选出差异表达miRNA和mRNA,并对其进行功能富集分析。应用FunRich软件预测差异miRNA的转录因子及靶基因,将靶基因与差异基因取交集获得核心基因,并通过Cytoscape软件构建miRNA-mRNA调控网络。通过Kaplan-Meier plotter数据库对核心基因进行生存分析。结果一共筛选出47个差异表达miRNA、797个差异表达基因。功能富集分析表明差异表达的miRNA主要参与信号转导、转录调控等过程,差异表达基因主要参与细胞因子受体相互作用、细胞周期、小细胞肺癌等信号通路。靶基因与差异表达基因取交集后筛选出23个核心基因,构建miRNA-mRNA调控网络。生存分析显示其中4个核心基因对鼻咽癌患者的预后有影响,包括多聚磷酸肌醇磷酸酶1(MINPP1)、锌指环指蛋白3(ZNRF3)、纤毛顶结构蛋白(SNTN)、β微管蛋白2A(TUBB2A),其相对应的miRNA分别为hsa-miR-199b-5p、hsa-miR-520e、hsa-miR-107、hsa-miR-421。结论通过构建miRNA-mRNA调控网络同时结合生存分析,筛选鼻咽癌相关的分子标志物,为鼻咽癌诊断、治疗提供潜在的分子靶点。 展开更多
关键词 鼻咽癌 微小核糖核酸 差异表达基因 调控网络 生物信息学
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基于加权基因共表达网络鉴定肾移植术后排斥反应中巨噬细胞M1亚型相关基因 被引量:1
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作者 董博清 李杨 +6 位作者 石玉婷 张静 冯新顺 郑瑾 李潇 丁小明 薛武军 《器官移植》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期83-92,共10页
目的鉴定肾移植术后排斥反应中巨噬细胞M1亚型表达的相关基因并构建风险模型预测移植肾存活。方法在基因表达综合(GEO)数据库下载肾移植术后的GSE36059及GSE21374数据集。GSE36059包括发生排斥反应和稳定移植物的样本,使用该数据集进行... 目的鉴定肾移植术后排斥反应中巨噬细胞M1亚型表达的相关基因并构建风险模型预测移植肾存活。方法在基因表达综合(GEO)数据库下载肾移植术后的GSE36059及GSE21374数据集。GSE36059包括发生排斥反应和稳定移植物的样本,使用该数据集进行加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异分析筛选差异表达的巨噬细胞M1亚型相关差异表达基因(M1-DEG)。随后将GSE21374数据集(包含了移植物丢失的随访数据)按照7∶3拆分为训练集以及验证集,在训练集中使用最小绝对收缩和选择算法(LASSO)筛选变量构建多因素Cox模型,并评估模型预测移植物存活的能力。使用CIBERSORT分析高、低风险组浸润的免疫细胞的差异,并分析两组间人类白细胞抗原(HLA)相关基因的分布,基因集富集分析(GSEA)用于进一步明确高风险组中富集的生物学过程以及通路。最后使用数据库预测与预后基因互作的微小核糖核酸(miRNA)。结果在GSE36059数据集中,筛选得到14个M1-DEG。在GSE21374数据集中,使用LASSO-Cox回归筛选出Toll样受体8(TLR8)、Fcγ受体1B(FCGR1B)、BCL2相关蛋白A1(BCL2A1)、组织蛋白酶S(CTSS)、鸟苷酸结合蛋白2(GBP2)及半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶招募域家族成员16(CARD16),基于这6个M1-DEG构建多因素Cox模型。风险模型在训练集中预测1年及3年移植物存活的受试者工作特征曲线下面积(AUC)分别为0.918和0.877,在验证集中预测1年及3年移植物存活的AUC分别为0.765及0.736。免疫浸润分析表明,高风险组静息及活化的CD4+记忆T细胞、γδT细胞、巨噬细胞M1亚型浸润增多(均为P<0.05)。高风险组HLAⅠ类基因表达上调。GSEA分析表明,高风险组免疫反应及移植物排斥反应富集。CTSS与8个miRNA相互作用、BCL2A1和GBP2与3个miRNA相互作用、FCGR1B与1个miRNA相互作用。结论本研究基于6个M1-DEG构建的预后风险模型对于预测移植肾存活具有良好的表现,可为早期对高风险受者干预提供依据。 展开更多
关键词 肾移植 排斥反应 移植肾丢失 巨噬细胞 M1亚型 加权基因共表达网络分析 差异表达基因 免疫反应 微小核糖核酸
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初探以微小核糖核酸为核心的分子网络调控在针灸作用机制研究中的意义 被引量:8
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作者 卢圣锋 于美玲 +2 位作者 唐勇 余曙光 尹海燕 《针刺研究》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期506-510,共5页
分子网络调控的生物信息分析是构成系统生物学的主要内容,能从分子之间相互作用的角度揭示复杂的生命现象,将对我们目前所认识的生物体系产生深远的影响。微小核糖核酸(miRNA)能以翻译抑制和靶标降解等方式来调控信使核糖核酸的转录,在... 分子网络调控的生物信息分析是构成系统生物学的主要内容,能从分子之间相互作用的角度揭示复杂的生命现象,将对我们目前所认识的生物体系产生深远的影响。微小核糖核酸(miRNA)能以翻译抑制和靶标降解等方式来调控信使核糖核酸的转录,在转录后水平调控蛋白编码基因,广泛地参与细胞内各种生物过程。其分子网络调控特点与针灸多途径、多靶点、多水平作用特点存在一定契合。因此,本文结合分子网络调控意义、miRNA产生及其生物学特性,试探以miRNA为核心的分子网络调控在针灸作用机制研究中的意义,为针灸机制研究提供新的思路。 展开更多
关键词 微小核糖核酸 分子网络调控 针灸疗法 研究思路
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基于微小核糖核酸-信使核糖核酸调控网络的骨关节炎病变的相关分子机制研究
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作者 程晓平 郑文伟 倪国新 《中华物理医学与康复杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期306-311,共6页
目的基于miRNA-mRNA调控网络进行生物信息学分析,探讨骨关节炎病变的相关分子机制。方法从GEO数据库下载人血清样本miRNA表达数据集,通过R语言limma包获取差异表达miRNA,采用miRwalk 2.0版数据库预测其对应靶基因(mRNA),并构建miRNA-mRN... 目的基于miRNA-mRNA调控网络进行生物信息学分析,探讨骨关节炎病变的相关分子机制。方法从GEO数据库下载人血清样本miRNA表达数据集,通过R语言limma包获取差异表达miRNA,采用miRwalk 2.0版数据库预测其对应靶基因(mRNA),并构建miRNA-mRNA调控网络。对靶基因进行功能GO分析和KEGG信号通路分析,构建靶基因所编码的蛋白质相互作用网络(PPI),从中筛选出骨关节炎病变的核心基因。结果共筛选出7个差异表达的miRNA(表达均为下调)和900个mRNA,这些基因主要涉及蛋白结合、DNA结合、转录等生理过程,参与Cell cycle、p53、Neurotrophin、PI3K-Akt等信号通路。蛋白相互作用分析表明MAPK1、TP53、MAPK14、CCND1、EP300、POLR2E、POLR2F、ABL1、RAC1、SKIV2L2为该调控网络的核心靶基因。结论OA的发生和发展涉及多个的miRNA、靶基因和作用途径,而通过构建骨关节炎相关miRNA-mRNA调控网络,可为找出骨关节炎病的分子机制和今后临床上诊疗提供新的思路。 展开更多
关键词 骨关节炎 微小核糖核酸 信使核糖核酸 调控网络
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基于Cytoscape的miRNA调控网络的构建与研究 被引量:6
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作者 杨淼 杜菁 +3 位作者 李冬果 杨秋英 刘文艳 姚红串 《中国医学装备》 2018年第10期95-97,共3页
目的:建立乳腺癌生物标志物微小核糖核酸(miRNA)预测靶基因的调控网络,对靶基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库通路分析。从生物信息角度,为乳腺癌的治疗提供一定的理论指导。方法:从已发表文献获取... 目的:建立乳腺癌生物标志物微小核糖核酸(miRNA)预测靶基因的调控网络,对靶基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库通路分析。从生物信息角度,为乳腺癌的治疗提供一定的理论指导。方法:从已发表文献获取乳腺癌的生物标志物miRNA,借助5个预测工具预测出miRNA靶点。使用Cytoscape分析软件建立miRNA的预测靶基因调控网络,分别使用生物网络基因本体论工具(BiNGO)插件和miRWalk数据库对调控的靶基因进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果:构建一个包含801个节点、791个靶点及1062对调控关系的乳腺癌生物标志物miRNA的预测靶基因调控网络,GO分析靶基因在生物学过程中显著富集。KEGG通路分析中,得到85个富集的信号通路,以及7个与乳腺癌有关的信号通路。结论:从生物信息学角度,通过分析miRNA靶基因的GO富集和KEGG信号通路,为靶基因的生物学功能研究提供理论指导,有助于为乳腺癌治疗提供可靠靶点。 展开更多
关键词 微小核糖核酸 调控网络 Cytoscape软件 基因本体(GO)分析 KEGG通路
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微小核糖核酸和血管新生
10
作者 赵建辉 易成刚 郭树忠 《中华整形外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期477-480,共4页
人类编码蛋白的基因只有3万多个,剩下的都是非编码基因,这些非编码基因有着重要的表达调控功能。微小核糖核酸(micro ribonucleic acid,miRNAs)是近年来发现的一类在生物进化过程中高度保守的非编码小分子RNA,它通过结合靶mRNAs的... 人类编码蛋白的基因只有3万多个,剩下的都是非编码基因,这些非编码基因有着重要的表达调控功能。微小核糖核酸(micro ribonucleic acid,miRNAs)是近年来发现的一类在生物进化过程中高度保守的非编码小分子RNA,它通过结合靶mRNAs的3’非翻译区(3’-UTR)来抑制转录后的基因表达。迄今为止,已有超过17000个mRNAs分子先后在生物体内被鉴定。 展开更多
关键词 微小核糖核酸 血管新生 小分子RNA mrnaS 编码基因 编码蛋白 表达调控 生物进化
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微小核糖核酸与宫颈癌治疗及预后相关性的研究进展 被引量:2
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作者 胡尔西旦·尼亚孜 巴敬茹 赵化荣 《中国医师进修杂志》 2015年第9期697-699,共3页
微小核糖核酸(microRNA,miRNA)是一类非编码的内源RNA,通过与靶mRNA的3’端非编码区(3'-untranslational region,UTR)完全或不完全碱基互补,降解或抑制mRNA的翻译导致靶基因的转录后沉默,从而在转录后水平对靶基因进行调控。
关键词 微小核糖核酸 预后相关性 宫颈癌 治疗 mrna 靶基因 转录
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微小核糖核酸-122在肝脏疾病中的作用及相关机制 被引量:1
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作者 刘士军 赵龙凤 《中华传染病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期56-58,共3页
微小核糖核酸(miRNA)-122是一类18-24个核苷酸长度的非编码RNA,主要通过作用于mRNA来干扰翻译进程。研究表明,miRNA能够通过作用于miRNA3’端非编码区(UTR),在RNA水平调节基因的表达。此外,miRNA还能通过与mRNA5'-UTR区及一些... 微小核糖核酸(miRNA)-122是一类18-24个核苷酸长度的非编码RNA,主要通过作用于mRNA来干扰翻译进程。研究表明,miRNA能够通过作用于miRNA3’端非编码区(UTR),在RNA水平调节基因的表达。此外,miRNA还能通过与mRNA5'-UTR区及一些编码基因的外显子区域相结合而发挥相应的生物功能。 展开更多
关键词 微小核糖核酸 肝脏疾病 非编码RNA 关机 MIRNA mrna 非编码区 调节基因
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构建微小RNA-mRNA互作网络预测绝经后骨质疏松的关键基因 被引量:3
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作者 唐澄阳 王爱飞 +4 位作者 张辉 周海斌 徐又佳 朱进 沈光思 《中华实验外科杂志》 CAS 北大核心 2021年第10期2011-2011,共1页
绝经后骨质疏松症(postmenopausal osteoporosis,PMOP)是最常见的骨质疏松类型,主要机制是雌激素水平降低导致骨形成和骨吸收不平衡[1]。本研究拟将Gene Expression Omnibus(GEO)中mRNA芯片和微小RNA(MicroRNA,miRNA)芯片联合分析,构建m... 绝经后骨质疏松症(postmenopausal osteoporosis,PMOP)是最常见的骨质疏松类型,主要机制是雌激素水平降低导致骨形成和骨吸收不平衡[1]。本研究拟将Gene Expression Omnibus(GEO)中mRNA芯片和微小RNA(MicroRNA,miRNA)芯片联合分析,构建miRNA-mRNA网络。 展开更多
关键词 绝经后骨质疏松症 微小RNA 骨质疏松 骨吸收 雌激素水平 互作网络 mrna miRNA
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用生物信息学分析预测绝经后骨质疏松症核心基因与互作miRNA的研究 被引量:10
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作者 柴毅 谭峰 樊巧玲 《中国骨质疏松杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第10期1267-1272,共6页
目的揭示参与绝经后骨质疏松症(postmenopausal osteoporosis,PMOP)生理病理过程的核心基因,并预测可能与之相互作用的微小核糖核酸(micro-ribonucleic acid,miRNA)。方法选取NCBI基因表达综合数据库基因芯片GSE57273,应用GEO2R和Morph... 目的揭示参与绝经后骨质疏松症(postmenopausal osteoporosis,PMOP)生理病理过程的核心基因,并预测可能与之相互作用的微小核糖核酸(micro-ribonucleic acid,miRNA)。方法选取NCBI基因表达综合数据库基因芯片GSE57273,应用GEO2R和Morpheus分析软件获得差异基因(differentially expressed genes,DEGs),并通过DAVID(Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery)进行功能富集分析。应用STRING(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes)、Cytoscape和MCODE(Molecular Complex Detection)软件建立蛋白相互作用网络计算DEGs的各个连接度并分析网络集簇模块。由CyTargetLinker预测与核心基因互作的miRNA。结果本研究共获得841个DEGs,其功能主要富集于基因表达过程,细胞大分子生物合成过程等。蛋白相互作用网络共包含523个节点与2 026条连线。本研究列出了前3个集簇模块,同时筛选出10个核心基因:HSP90AA1、EP300、SMARCA2、RANBP2、ASH1L、EIF4E、PTEN、CNOT6L、RPL7、KRAS,并预测出37个miRNA可与其中7个核心基因靶向性相互作用。结论核心基因与其相互作用的miRNA的发现可能有助于了解PMOP的病理机制,或为药物的开发提供治疗靶点。同时,通过对核心基因富集功能的鉴定为PMOP建立新的科学假说提供依据。 展开更多
关键词 骨质疏松 绝经后 生物信息学 蛋白互作网络 核心基因 微小核糖核酸
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miRNA与泌尿系恶性肿瘤的研究进展 被引量:2
15
作者 王玉玺 曾晓勇 《现代泌尿生殖肿瘤杂志》 2014年第1期60-62,共3页
微小核糖核酸(microRNA,miRNA)是一段高度保守非蛋白编码的单链小分子 RNA,在真核生物中广泛存在,可调控基因的表达。miRNA 通过与目的 mRNA 的3曚端非编码区(3'-UTR)互补配对,致使 mRNA 降解或抑制其翻译,在转录后水平对基因表达... 微小核糖核酸(microRNA,miRNA)是一段高度保守非蛋白编码的单链小分子 RNA,在真核生物中广泛存在,可调控基因的表达。miRNA 通过与目的 mRNA 的3曚端非编码区(3'-UTR)互补配对,致使 mRNA 降解或抑制其翻译,在转录后水平对基因表达进行调控。正常情况下,miRNA参与机体基本生命活动的调控,但当 miRNA 发生突变或表达水平明显改变时,机体也会随之发生异常。人们通过大量研究,对 miRNA 认识逐渐深入,发现它在肿瘤发生、肿瘤相关信号转导、肿瘤血管生成、肿瘤转移过程中均发挥重要作用。Catto 等[2]曾回顾总结了40余种 miRNA 在泌尿系肿瘤中的作用。本文主要就近年来相关研究的新进展综述如下。 展开更多
关键词 泌尿系恶性肿瘤 MIRNA 微小核糖核酸 调控基因 相关信号转导 肿瘤血管生成 mrna 泌尿系肿瘤
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miRNAs及其在医学领域的研究进展
16
作者 姜新民 张忠房 邵贝贝 《医学检验与临床》 2012年第1期55-58,共4页
1miRNAs简介 microRNA(miRNA,微小RNA,微小核糖核酸)是一类广泛存在于真核生物中、大小约由22(19—25)个核苷酸(nt)组成的内源性非编码小分子单链RNA。在生物进化过程中高度保守,在细胞中具有时空特异性表达模式。miRNA不编... 1miRNAs简介 microRNA(miRNA,微小RNA,微小核糖核酸)是一类广泛存在于真核生物中、大小约由22(19—25)个核苷酸(nt)组成的内源性非编码小分子单链RNA。在生物进化过程中高度保守,在细胞中具有时空特异性表达模式。miRNA不编码蛋白质,而是通过与靶基因分子mRNA的3’非编码区(uTR)特异性的碱基配对引起靶mRNA的降解或翻译抑制,从而在转录后水平上对基因表达进行负调控。miRNA虽然仅占真核细胞基因组的1-2%,但却调节编码蛋白基因的30%。 展开更多
关键词 MIRNAS 医学领域 真核细胞基因组 编码蛋白质 微小核糖核酸 mrna 微小RNA 真核生物
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microRNAs表达在泌尿系肿瘤中的研究进展 被引量:1
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作者 吴永璐 陈洁 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2017年第3期490-492,共3页
微小核糖核酸,简称微小RNA(即microRNAs,miR-NAs)是一类长度约为22个核苷酸的内源性非编码小分子单链RNA,广泛存在真核细胞中。miRNAs作用广泛,通过5’种子序列结合靶基因mRNA的3’非翻译端互补配对来调控胚胎发育、细胞增殖和凋... 微小核糖核酸,简称微小RNA(即microRNAs,miR-NAs)是一类长度约为22个核苷酸的内源性非编码小分子单链RNA,广泛存在真核细胞中。miRNAs作用广泛,通过5’种子序列结合靶基因mRNA的3’非翻译端互补配对来调控胚胎发育、细胞增殖和凋亡、肿瘤的发生发展、脂肪代谢以及激素合成等过程。随着对miRNAs认识的深入,不同肿瘤的miRNAs表达谱不同,大量研究发现miRNAs在泌尿系肿瘤表达异常,证明其具有作为新的泌尿系肿瘤诊断、治疗及判断预后的生物标志物的潜力。本文就近年来miRNAs表达在泌尿系肿瘤发生发展、诊断以及预后的相关进展回顾如下。 展开更多
关键词 MICRORNAS 泌尿系肿瘤 MIRNAS 肿瘤发生发展 微小核糖核酸 基因mrna 肿瘤诊断 判断预后
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冠心病患者血液外泌体mRNA、lncRNA及circRNA差异表达谱及竞争性内源RNA网络的构建 被引量:8
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作者 杨仕俊 周子华 陈芬 《临床心血管病杂志》 CAS 北大核心 2021年第7期620-625,共6页
目的:通过生物信息学方法构建冠心病患者血液外泌体中的竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络,探讨其发病机制。方法:在exoRbase数据库中下载冠心病患者和正常对照的血液外泌体测序数据,通过R语言分别对外泌体中mRNA、长链非编码RNA(lncRNA)、... 目的:通过生物信息学方法构建冠心病患者血液外泌体中的竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络,探讨其发病机制。方法:在exoRbase数据库中下载冠心病患者和正常对照的血液外泌体测序数据,通过R语言分别对外泌体中mRNA、长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)的表达谱作差异表达分析,使用TargetScan和miRanda数据库共同预测和差异表达mRNA结合的微小RNA(miRNA),使用miRcode数据库预测与差异表达lncRNA结合的miRNA,使用starBase数据库预测与差异表达circRNA结合的miRNA。对3组miRNA两两取交集,保留与差异表达mRNA、lncRNA、circRNA两者及以上均结合的miRNA,构建ceRNA网络,使用Cytoscape软件可视化,并对差异表达基因进行GO富集和KEGG通路分析。结果:冠心病患者外周血外泌体中差异表达mRNA为569种,差异表达lncRNA为1408种,差异表达circRNA为282种。其中与差异表达mRNA相结合的miRNA有178种,与差异表达lncRNA结合的miRNA有207种,与差异表达circRNA结合的miRNA有328种,两两取交集,共保留120个共有的miRNA成功构建ceRNA网络,GO分析的结果主要富集在磷酸化、去磷酸化和脂质磷酸化等功能,KEGG分析的结果主要富集在甘油脂代谢和甘油磷脂代谢通路。结论:本研究成功构建冠心病患者血液外泌体中的ceRNA调控网络,为冠心病的诊断治疗提供新靶点。 展开更多
关键词 冠心病 外泌体 mrna 长链非编码RNA 环状RNA 微小RNA 竞争性内源RNA 调控网络
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长链非编码RNA在移植免疫中的研究进展 被引量:2
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作者 杨佩军 李霄 窦科峰 《器官移植》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期91-96,共6页
长链非编码核糖核酸(lnc RNA)是长度大于200个核苷酸的非编码RNA,它具有广泛的组织表达谱。研究发现,lnc RNA在许多生物学活动中都发挥重要作用,它的异常表达与个体发育和疾病之间存在联系。移植后免疫排斥反应是目前移植工作中最困扰... 长链非编码核糖核酸(lnc RNA)是长度大于200个核苷酸的非编码RNA,它具有广泛的组织表达谱。研究发现,lnc RNA在许多生物学活动中都发挥重要作用,它的异常表达与个体发育和疾病之间存在联系。移植后免疫排斥反应是目前移植工作中最困扰研究者的问题之一,近些年来lnc RNA与免疫系统各组成部分之间的相关性逐渐有文献报道,但目前对移植免疫与lnc RNA之间的关系研究甚少。本文就近年来lnc RNA在免疫系统,特别是移植免疫中的研究进展作一简述,为移植免疫相关研究提供参考。 展开更多
关键词 长链非编码核糖核酸(lncRNA) 微小核糖核酸(miRNA) 信使核糖核酸(mrna) 器官移植 移植免疫 固有免疫 适应性免疫 自身免疫性疾病
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支气管肺发育不良中新型miRNA-TF-mRNA共调控网络的鉴定
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作者 胡诤贇 史建伟 +3 位作者 张丽斐 姚倩倩 沈慧慧 朱连海 《国际呼吸杂志》 2022年第19期1474-1480,共7页
目的筛选与新生儿支气管肺发育不良(BPD)发病相关的关键转录因子(TF)、微小核糖核酸(miRNA)和信使核糖核酸(mRNA), 并构建了调控网络。方法从高通量基因表达数据库GEO获取mRNA芯片数据集GSE108756, 筛选出的差异表达基因(DEGs)进行京都... 目的筛选与新生儿支气管肺发育不良(BPD)发病相关的关键转录因子(TF)、微小核糖核酸(miRNA)和信使核糖核酸(mRNA), 并构建了调控网络。方法从高通量基因表达数据库GEO获取mRNA芯片数据集GSE108756, 筛选出的差异表达基因(DEGs)进行京都基因和基因百科全书(KEGG)、基因本体注释(GO)功能富集分析;参照HumanTFDB数据库获取与DEGs对应的TF后利用cytoHubba插件筛选出degree值前10的Hub TF;通过hTFtarget数据库找出Hub TF中7个TF所对应的靶基因;在GSE108756中获取7个TF及其靶基因所对应的探针表达量后做相关性分析, 筛选出最终纳入研究的6个Hub TF及所对应的正相关TF-mRNA关系队;利用Targetscan Human数据库获取靶向调控6个Hub TF的miRNAs, 并与miRNA芯片数据集GSE166762差异miRNAs取交集后匹配出负向调节的miRNA-TF关系队, 最后构建BPD患儿潜在miRNA-TF-mRNA调控网络, 进一步筛选出关键miRNA、mRNA。结果共筛选出201个差异表达基因, KEGG富集结果主要涉及B细胞受体信号通路、造血系统、原发免疫缺陷等作用, GO功能富集分析主要富集在B细胞增殖活化及免疫应答调节细胞表面受体等生物学过程中。与Hub TF(EBF1、TCF4、JUN、BCL11A、SPIB、E2F1)表达谱强关联的正相关下游靶基因有159个, 负相关的上游miRNA有120个。BPD患儿发病潜在的关键miRNA-TF-mRNA网络包括has-miR-217-TCF4-Pou2AF1、has-miR-150-5p-E2F1-ADM。结论本研究构建了新生儿BPD的miRNA-TF-mRNA共调控网络, 从转录调控的崭新视角为揭示BPD发病机制奠定理论基础。 展开更多
关键词 支气管肺发育不良 微小核糖核酸 转录因子 信使核糖核酸 基因调控网络
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