施氏假单胞菌75 mRNA差异显示PCR方法的建立

为丰富原核生物基因表达差异的研究方法,将应用于真核生物中的差异显示PCR方法应用于原核生物基因差异表达的研究,以1株有机磷农药乐果的降解菌施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzer)75为研究材料,以5′末端依赖性的RNA外切酶(Terminator Exonuclease)降解其中的16S rRNA和tRNA,并用随机引物替代锚定引物,改良真核生物差异显示PCR,建立原核生物mRNA差异显示PCR的试验体系。以LB培养基培养的菌株为对照组,以无机盐培养基(乐果为唯一碳源)为试验组。结果表明:提取总RNA,通过5′-磷酸基团依赖的核酸外切酶降解法获得mRNA,经逆转录,用双随机引物扩增获得253个差异基因,16S rRNA、tRNA的污染较少,其中之一为硫酸盐运输蛋白基因。

利用5′帽子亲和层析纯化IVT mRNA

mRNA作为指导蛋白质合成的活性分子,在翻译基础研究和mRNA药物研发中具有广阔的研究价值和应用前景.真核生物细胞质mRNA通常具有区别于其他类型RNA分子的5′端帽结构,在mRNA核转运、抵御核酸外切酶和介导翻译起始过程中发挥重要作用.无帽mRNA分子在机体内引起严重的免疫反应,因此mRNA的加帽率是评判其成药性的核心指标.虽然加帽mRNA可以通过基于T7 RNAP的共转录加帽技术和基于牛痘加帽酶的酶法加帽技术获得,但仍缺乏精确分选加帽mRNA的底盘技术.针对这一现象,本研究选取了覆盖真核生物、古菌、病毒在内的18种帽结合蛋白进行表达纯化测试,并表征了热稳定性、帽结构亲和性等参数.从中筛选获得3种代表性帽结合蛋白进行加帽RNA的亲和层析测试,实验结果表明,Hs IF4E K119A和Ct IF4E可以有效地富集加帽RNA,并且可以通过改变盐浓度的方法实现加帽RNA的洗脱.本研究开发的基于帽结构的亲和层析技术具有成本低、效率高、易于放大的特征,有望为分选加帽mRNA提供新的解决方案.