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基于全基因组重测序的白化茶树mSNP标记开发及验证
1
作者
刘浩然
张晨禹
+5 位作者
龚洋
叶圆圆
陈杰丹
陈亮
刘丁丁
马春雷
《茶叶科学》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期27-39,共13页
为探究白化茶树遗传变异信息及mSNP液相芯片在茶树种质资源鉴定中的可行性,利用全基因组重测序对18份白化茶树资源进行遗传多样性分析和突变位点检测。结果表明,基于全基因组水平的SNP标记可将18份白化茶树资源分为3类,且基本呈现出具...
为探究白化茶树遗传变异信息及mSNP液相芯片在茶树种质资源鉴定中的可行性,利用全基因组重测序对18份白化茶树资源进行遗传多样性分析和突变位点检测。结果表明,基于全基因组水平的SNP标记可将18份白化茶树资源分为3类,且基本呈现出具有亲缘关系或地理位置接近的资源聚在一起的趋势;对重测序数据进行功能注释后发现,在18份白化茶树资源中存在17 056个共有非同义突变基因,其中14个叶绿素合成相关基因中存在98个错义突变位点。随后,基于前期获得的基因组变异信息开发了一套包含59个mSNP、222个SNP位点的液相芯片,利用该液相芯片检测13份茶树资源的基因型信息。结果表明,同一品种两两之间的遗传相似度在92%~98%,不同品种间的遗传相似度则在84%以下,表明该芯片可对18份白化茶树资源进行准确鉴别,研究结果可为mSNP液相芯片在茶树种质资源鉴定、分子标记辅助育种等方面的应用奠定基础。
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关键词
茶树
msnp分子标记
靶向测序基因型检测
遗传多样性
全基因组重测序
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职称材料
题名
基于全基因组重测序的白化茶树mSNP标记开发及验证
1
作者
刘浩然
张晨禹
龚洋
叶圆圆
陈杰丹
陈亮
刘丁丁
马春雷
机构
中国农业科学院茶叶研究所/农业农村部特种经济动植物生物学与遗传育种重点实验室
中国农业科学院研究生院
出处
《茶叶科学》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期27-39,共13页
基金
国家重点研发计划课题(2021YFD1200203)
浙江省农业(茶树)新品种选育重大科技专项子课题(2021C02067-6-1)
+1 种基金
中国农业科学院茶叶研究所基本科研业务费(1610212022009)
浙江省自然科学基金(LQ20C160010)。
文摘
为探究白化茶树遗传变异信息及mSNP液相芯片在茶树种质资源鉴定中的可行性,利用全基因组重测序对18份白化茶树资源进行遗传多样性分析和突变位点检测。结果表明,基于全基因组水平的SNP标记可将18份白化茶树资源分为3类,且基本呈现出具有亲缘关系或地理位置接近的资源聚在一起的趋势;对重测序数据进行功能注释后发现,在18份白化茶树资源中存在17 056个共有非同义突变基因,其中14个叶绿素合成相关基因中存在98个错义突变位点。随后,基于前期获得的基因组变异信息开发了一套包含59个mSNP、222个SNP位点的液相芯片,利用该液相芯片检测13份茶树资源的基因型信息。结果表明,同一品种两两之间的遗传相似度在92%~98%,不同品种间的遗传相似度则在84%以下,表明该芯片可对18份白化茶树资源进行准确鉴别,研究结果可为mSNP液相芯片在茶树种质资源鉴定、分子标记辅助育种等方面的应用奠定基础。
关键词
茶树
msnp分子标记
靶向测序基因型检测
遗传多样性
全基因组重测序
Keywords
tea plant
msnp
GBTS
genetic diversity
whole genome resequencing
分类号
S571.1 [农业科学—茶叶生产加工]
S326 [农业科学—作物遗传育种]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于全基因组重测序的白化茶树mSNP标记开发及验证
刘浩然
张晨禹
龚洋
叶圆圆
陈杰丹
陈亮
刘丁丁
马春雷
《茶叶科学》
CAS
CSCD
北大核心
2023
0
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