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A NEW UNSTEADY THREE DIMENSIONAL MODEL FOR MACROMOLECULAR TRANSPORT AND WATER FILTRATION ACROSS THE ARTERIAL WALL
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作者 黄浩 温功碧 《应用数学和力学》 EI CSCD 北大核心 2001年第10期1043-1057,共15页
A new unsteady three-dimensional convective-diffusive mathematical model for the transportation of macromolecules and water across the arterial wall was proposed . After the formation of leaky junctions due to the mit... A new unsteady three-dimensional convective-diffusive mathematical model for the transportation of macromolecules and water across the arterial wall was proposed . After the formation of leaky junctions due to the mitosis of endothelial cell of the arterial wall, the macromolecular transport happens surrounding the leaky cells. The arterial wall was divided into four layers: the endothelial layer, the subendothelial intima, the internal elastic lamina and the media for the convenience of research. The time-dependent concentration growth, the effect of the shape of endothelial cell and the effect of physiological parameters were analyzed. The analytical solution of velocity field and pressure field of water flow across the arterial wall were obtained; and concentration distribution of three macromolecules; LDL, HRP and Albumin, were calculated with numerical simulation method. The new theory predicts, the maximum and distribution areas of time dependent concentration with round-shape endothelial cell are both larger than that with ellipse-shape endothelial cell. The model also predicts the concentration growth is much alike that of a two-dimensional model and it shows that the concentration reaches its peak at the leaky junction where atherosclerotic formation frequently occurs and falls down rapidly in a limited area beginning from its earlier-time growth to the state when macromolecular transfer approaches steadily. These predictions of the new model are in agreement with the experimental observation for the growth and concentration distribution of LDL and Albumin. 展开更多
关键词 非定常三维模型 大分子传质 动脉粥样硬化 浓度分布 跨血管壁流动
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A NEW UNSTEADY THREE DIMENSIONAL MODEL FOR MACROMOLECULAR TRANSPORT AND WATER FILTRATION ACROSS THE ARTERIAL WALL 被引量:1
2
作者 HUANG Hao(黄浩) +1 位作者 WEN Gong-bi(温功碧) 《Applied Mathematics and Mechanics(English Edition)》 SCIE EI 2001年第10期1155-1172,共18页
A new unsteady three-dimensional convective-diffusive mathematical model for the transportation of macromolecules and water across the arterial wall was proposed . After the formation of leaky junctions due to the mit... A new unsteady three-dimensional convective-diffusive mathematical model for the transportation of macromolecules and water across the arterial wall was proposed . After the formation of leaky junctions due to the mitosis of endothelial cell of the arterial wall, the macromolecular transport happens surrounding the leaky cells. The arterial wall was divided into four layers: the endothelial layer, the subendothelial intima, the internal elastic lamina and the media for the convenience of research. The time-dependent concentration growth,the effect of the shape of endothelial cell and the effect of physiological parameters were analyzed. The analytical solution of velocity field and pressure field of water flow across the arterial wall were obtained; and concentration distribution of three macromolecules ; LDL,HRP and Albumin, were calculated with numerical simulation method. The new theory predicts, the maximum and distribution areas of time dependent concentration with round shape endothelial cell are both larger than that with ellipse-shape endothelial cell. The model also predicts the concentration growth is much alike that of a two-dimensional model and it shows that the concentration reaches its peak at the leaky junction where atherosclerotic formation frequently occurs and falls down rapidly in a limited area beginning from its earlier time growth to the state when macromolecular transfer approaches steadily. These predictions of the new model are in agreement with the experimental observation for the growth and concentration distribution of LDL and Albumin. 展开更多
关键词 UNSTEADY three-dimensional model flow ACROSS the ARTERIAL wall macromolecular TRANSPORTATION ATHEROSCLEROSIS concentration distribution
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瘦煤化学结构表征及分子模型构建
3
作者 赵海波 秦乐静 《煤矿安全》 CAS 北大核心 2024年第4期19-25,共7页
为了高效清洁利用高阶煤,以瘦煤为研究对象,通过X射线光电子能谱(XPS)和固体核磁共振碳谱(^(13)C NMR)实验表征方法对瘦煤的元素赋存形态以及碳原子结构进行了表征分析,构建了瘦煤大分子模型,并对其进行结构优化。结果表明:瘦煤分子的... 为了高效清洁利用高阶煤,以瘦煤为研究对象,通过X射线光电子能谱(XPS)和固体核磁共振碳谱(^(13)C NMR)实验表征方法对瘦煤的元素赋存形态以及碳原子结构进行了表征分析,构建了瘦煤大分子模型,并对其进行结构优化。结果表明:瘦煤分子的芳香结构由1个萘、8个蒽、1个四连苯、1个芘、2个吡啶、2个吡咯以及1个噻吩构成;含氧结构包括2个环内氧接脂碳,2个氧取代芳碳以及1个羰基碳;脂肪烃则由2个脂甲基、3个芳甲基、2个亚甲基以及4个次甲基组成;最终构建的瘦煤大分子模型为C_(200)H1_(40)O_(5)N_(4)S;初始模型经优化后,煤分子的价电能和非键能都有所下降,但最终模型中煤分子的价电子能比非键能要高,是总能量的主要部分;从煤表面对不同气体所能提供的吸附空间角度来讲,煤中CO_(2)气体的吸附优势要强于CH_(4)气体。 展开更多
关键词 煤化工 瘦煤 化学结构表征 大分子模型 分子模型构建 吸附空间
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晋城高硫煤大分子结构表征及模型构建
4
作者 靳亮亮 相建华 +1 位作者 相兴华 常天翼 《煤矿安全》 CAS 北大核心 2023年第12期48-55,共8页
从分子水平上认识、表征高硫煤的结构特征对于清洁高效利用高硫煤具有关键意义。利用工业元素分析、高分辨率透射电镜、激光解吸飞行时间质谱、13C核磁共振波谱和X射线光电子能谱技术对晋城高硫煤的分子结构进行表征。结果表明:晋城高... 从分子水平上认识、表征高硫煤的结构特征对于清洁高效利用高硫煤具有关键意义。利用工业元素分析、高分辨率透射电镜、激光解吸飞行时间质谱、13C核磁共振波谱和X射线光电子能谱技术对晋城高硫煤的分子结构进行表征。结果表明:晋城高硫煤中的芳香层片长度分布范围较宽,且以2×2和3×3形式居多;杂原子结构中氮原子以吡啶氮和吡咯氮为主,硫原子的存在形式包含硫醇、硫醚、噻吩、亚砜和砜等多种结构,氧原子主要存在于羟基、羰基、和醚氧中,同时,结构中脂肪侧链长度较短,且支链化程度较低。根据高分辨图像提供的芳香碳骨架信息,从中选取327个芳香层片作为结构模型的基本骨架,在依次实现脂肪结构和杂原子官能团的添加后对其进行优化,得到了与上述实验数据吻合的高硫煤分子结构模型,模型由95个单体分子组成,原子数量为18882个,分子式为C_(12119)H_(6279)O_(214)N_(118)S_(152),分子量为161647Da。通过构建的分子结构模型可应用于进一步研究高硫煤的物理化学性质及反应性等。 展开更多
关键词 高硫煤 结构特征 基本骨架 大分子结构 分子结构模型
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兖州煤大分子结构模型构建及其分子模拟 被引量:24
5
作者 相建华 曾凡桂 +4 位作者 梁虎珍 孙蓓蕾 张莉 李美芬 贾建波 《燃料化学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第7期481-488,共8页
结合兖州煤的工业分析与元素分析及13C CP/MAS NMR实验结果构建了其大分子结构模型;芳香化合物以苯为主;脂肪结构以脂肪侧链、环烷烃和氢化芳环的形式存在,且甲基、亚甲基和次甲基的含量相当;17个氧原子分别以羧基、羰基与羟基型式存在... 结合兖州煤的工业分析与元素分析及13C CP/MAS NMR实验结果构建了其大分子结构模型;芳香化合物以苯为主;脂肪结构以脂肪侧链、环烷烃和氢化芳环的形式存在,且甲基、亚甲基和次甲基的含量相当;17个氧原子分别以羧基、羰基与羟基型式存在;三个氮原子分别以吡啶与吡咯的形式存在;五个硫原子以噻吩型硫的型式存在。采用分子力学(MM)和分子动力学(MD)对兖州原煤化学结构模型进行能量最小化模拟,显示稳定大分子结构的主要能量按大小排序依次为范德华能、键扭转能、键角能与键伸缩能;分子内芳香层片之间的π-π相互作用,使其以近似平行的方式排列。量子化学半经验方法(AM1)模拟结果表明,羰基碳原子相连的C-C键的活性比较高;模型中与S相连的C原子、边缘C原子都有较多的负电荷,易于发生氧化反应,而芳香碳原子所带电荷较少,稳定性很高。 展开更多
关键词 兖州煤 大分子结构模型 分子力学 分子动力学 量子化学
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成庄无烟煤大分子结构模型及其分子模拟 被引量:35
6
作者 相建华 曾凡桂 +3 位作者 李彬 张莉 李美芬 梁虎珍 《燃料化学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第4期391-399,共9页
利用晋城矿区成庄矿煤的工业分析、元素分析、13C-NMR、XPS等实验结果,构建了其大分子结构模型。模型中,芳香碳以2、3、4环结构为主,最大环数达五个;脂肪碳以甲、乙基侧链及环烷烃的形式存在。九个氧原子分别以七个羰基(主要为醌基)、... 利用晋城矿区成庄矿煤的工业分析、元素分析、13C-NMR、XPS等实验结果,构建了其大分子结构模型。模型中,芳香碳以2、3、4环结构为主,最大环数达五个;脂肪碳以甲、乙基侧链及环烷烃的形式存在。九个氧原子分别以七个羰基(主要为醌基)、一个羟基及一个醚氧的型式存在;两个氮原子以吡咯的形式存在。硫原子含量很低,在模型构建中没有体现。采用分子力学(MM)和分子动力学(MD)方法,对成庄煤结构模型进行能量最小化模拟。结果表明,分子内及分子间芳香层片之间的π-π相互作用,使其以近似平行的方式排列;高煤级煤结构中,短程有序的原因主要是分子间芳香层片的定向排列。分子间的氢键能及范德华能使结构达到最稳构型。 展开更多
关键词 成庄无烟煤 分子结构模型 分子力学 分子动力学 能量最小化构型
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煤变质程度对CH_4吸附行为影响研究 被引量:11
7
作者 唐巨鹏 马圆 +1 位作者 田虎楠 孙胜杰 《西南石油大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期143-150,共8页
为分析变质程度对CH_4吸附行为的影响,构建了肥煤、焦煤、瘦煤、贫煤和无烟煤等5种不同变质程度煤的大分子结构模型,采用巨正则系综蒙特卡洛方法(GCMC)研究了CH_4在5种不同变质程度煤中的吸附行为。研究结果表明,CH_4吸附能力强弱顺序... 为分析变质程度对CH_4吸附行为的影响,构建了肥煤、焦煤、瘦煤、贫煤和无烟煤等5种不同变质程度煤的大分子结构模型,采用巨正则系综蒙特卡洛方法(GCMC)研究了CH_4在5种不同变质程度煤中的吸附行为。研究结果表明,CH_4吸附能力强弱顺序为无烟煤、贫煤、瘦煤、焦煤、肥煤,均为范德华能与静电能的相互作用,且吸附相稳定性差别不大;CH_4分子吸附量均随温度增加线性减少,减少幅度相近;CH_4分子吸附量均随含水率增加而线性减少,且煤变质程度越低,含水率对其CH_4分子吸附量影响越大;CH_4与H_2O同时吸附时,均呈现CH_4分子吸附量极小,且不再符合Langmuir等温吸附特征现象。煤层瓦斯含量与煤变质程度有关,受水分影响较大,且煤变质程度越低影响越显著,温度改变对不同变质程度煤层瓦斯含量影响几乎相同。 展开更多
关键词 变质程度 大分子结构模型 CH4 蒙特卡洛方法 吸附
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神东2^(-2)煤镜质组大分子结构模型^(13)C-NMR谱的构建与修正 被引量:19
8
作者 贾建波 曾凡桂 孙蓓蕾 《燃料化学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第9期652-657,共6页
利用浮沉离心法得到了神东原煤的镜质组(SDV),并对其进行了固体13C-CP/MAS NMR测试和元素分析。由13 C-NMR实验得到了SDV中碳原子的结构分布特征和12种结构参数。结果表明,在SDV的结构中芳香碳原子的存在形式主要是缩合程度为2的萘,其... 利用浮沉离心法得到了神东原煤的镜质组(SDV),并对其进行了固体13C-CP/MAS NMR测试和元素分析。由13 C-NMR实验得到了SDV中碳原子的结构分布特征和12种结构参数。结果表明,在SDV的结构中芳香碳原子的存在形式主要是缩合程度为2的萘,其余则是以苯环和含杂原子的芳香环。利用结构参数和元素分析的结果构建了SDV的大分子结构模型,并运用13C-NMR预测软件ACD/CNMR predictor计算了SDV大分子结构模型的13C化学位移。根据计算结果对SDV的大分子结构模型进行了修正,获得了能和实验谱图吻合较好的大分子结构模型。 展开更多
关键词 镜质组 13C-NMR 神东2-2煤 化学位移 大分子结构模型
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内蒙五牧场矿区11号煤层原煤大分子结构特征及其形成机制 被引量:9
9
作者 张莉 曾凡桂 相建华 《燃料化学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第11期1294-1302,共9页
在对内蒙古自治区呼伦贝尔市伊敏盆地五牧场区11号煤层原煤工业分析、元素分析、13C-NMR、FT-IR、XPS等分析基础上,获得了煤大分子结构中碳骨架信息、脂肪结构以及含氧官能团类型及比例、氮原子的存在形式和比例等结构信息。以此为基础... 在对内蒙古自治区呼伦贝尔市伊敏盆地五牧场区11号煤层原煤工业分析、元素分析、13C-NMR、FT-IR、XPS等分析基础上,获得了煤大分子结构中碳骨架信息、脂肪结构以及含氧官能团类型及比例、氮原子的存在形式和比例等结构信息。以此为基础,构建了煤的大分子结构模型,并应用13C-NMR预测软件ACD/CNMR predictor对其进行了修正,获得与实验核磁共振谱图吻合较好的大分子结构模型。大分子结构的芳香结构单元以苯、萘、蒽、菲为芳香结构单元,数量分别是1、2、2、1,醚键、氢化芳环以及邻位亚甲基作为连接芳香结构的主要桥键;氧原子以酚羟基、羰基、羧基的形式存在,数量分别是7、3、2;氮原子分别以吡啶和吡咯的形式存在,甲基和脂肪短链分布在芳香单元的边缘。与相邻矿区的褐煤及相近变质程度的神东长焰煤的比较发现,其形成机制主要是在高温低压环境下,热演化过程中快速失去各种含氧官能团,导致短链脂肪类物质的形成,而低压环境则有利于热演化过程中形成的各种小分子物质逸散导致自由基的缩聚,形成较大的芳香结构单元,但是直链脂肪类物质的存在具有位阻效应,不利于芳香结构单元的定向排列,导致所谓的"化学成分成熟超前于其结构成熟"现象。 展开更多
关键词 五牧场 煤大分子结构模型 高温低压 超前芳香化作用 快速脱氧作用
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煤结构模型研究及展望 被引量:10
10
作者 陈德仁 秦志宏 +2 位作者 陈娟 华宗琪 陈冬梅 《煤化工》 CAS 2011年第4期28-31,共4页
从煤大分子结构模型、分子间结构模型和复合结构模型3个方面对煤的十几种典型结构模型进行了归类,对各模型的研究背景和研究方法进行了介绍和简要评述,并引入了我国学者新近发表的若干煤结构模型概念,指出其中的煤嵌布结构模型是目前煤... 从煤大分子结构模型、分子间结构模型和复合结构模型3个方面对煤的十几种典型结构模型进行了归类,对各模型的研究背景和研究方法进行了介绍和简要评述,并引入了我国学者新近发表的若干煤结构模型概念,指出其中的煤嵌布结构模型是目前煤化学界所提出的最为系统和全面的关于煤复合结构的概念描述,其研究过程反映了该嵌布结构模型是煤组成结构本质的一种自然体现,对煤溶解过程中的各种现象及煤的黏结性等可以作出合理的解释。 展开更多
关键词 结构模型 大分子结构 分子间结构 复合结构
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抚顺树脂残植煤中树脂体分子组成与结构模型研究 被引量:1
11
作者 杜美利 刘雷 +2 位作者 贺成杰 樊锦文 李刚 《煤炭科学技术》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期135-144,共10页
树脂体分子骨架由萜类衍生物为主的小分子和大分子构成,树脂体中小分子及大分子结构与现代植物分泌树脂的演化关系是本研究的核心。利用逐级溶剂萃取、元素分析、碳13核磁共振波谱(^(13)CNMR)、傅立叶变换红外光谱(FTIR)、气相色谱-质... 树脂体分子骨架由萜类衍生物为主的小分子和大分子构成,树脂体中小分子及大分子结构与现代植物分泌树脂的演化关系是本研究的核心。利用逐级溶剂萃取、元素分析、碳13核磁共振波谱(^(13)CNMR)、傅立叶变换红外光谱(FTIR)、气相色谱-质谱联用(GC/MS)和X射线光电子能谱(XPS)等方法,系统研究了抚顺古近纪树脂残植煤中树脂体(琥珀)的分子组成。结果显示,树脂体中小分子化合物主要由1~2环芳烃、酯类化合物和直链烷烃(C_(16)-C_(30))组成,含少量单萜、倍半萜类化合物。树脂体中的脂肪酸主要来源于酯类水解,脂肪烃则来源于树脂酸脱羧,芳烃(烷基苯、烷基萘及其衍生物)主要来源于萜烯酸与羟基脂肪酸或环状单萜及倍半萜歧化反应。树脂体的桥碳/周碳比(X_(BP))为0.18,脂碳质量分数(86.37%)高于芳碳质量分数(13.63%),说明其大分子结构具有低芳香度和长支链等特点;运用MS Materials studio软件构建了树脂体大分子结构模型,其分子式为C_(96)H_(152)O_(8),相对分子质量1432,芳香度0.126,大分子结构中主要含有环烷烃、萜类(单萜和倍半萜)、脂肪长链和烷基苯等结构片段,有机氧主要以不同含氧官能团存在(2个酚羟基、1个酯基、2个羧基)。树脂体小分子组成及演变方面的研究对其形成过程认识具有重要理论意义,对从分子尺度构建其大分子结构模型和研究其性质奠定了重要的理论基础。 展开更多
关键词 树脂体 小分子组成 结构演变 结构模型
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活性污泥的絮体结构模型 被引量:5
12
作者 龙向宇 唐然 +3 位作者 方振东 冯裕钊 蒋辉 刘春婷 《城市环境与城市生态》 CAS CSCD 2010年第2期36-39,共4页
采用Motic数码显微镜观察SRT为3 d和15 d的活性污泥絮体以及它们的LEPS和TEPS絮凝污泥悬浮液形成的生物絮体的结构。结果表明,高SRT(15 d)活性污泥絮体较低SRT(3 d)活性污泥絮体的颜色深且密实;同一活性污泥中,内层的絮体结构较外层的... 采用Motic数码显微镜观察SRT为3 d和15 d的活性污泥絮体以及它们的LEPS和TEPS絮凝污泥悬浮液形成的生物絮体的结构。结果表明,高SRT(15 d)活性污泥絮体较低SRT(3 d)活性污泥絮体的颜色深且密实;同一活性污泥中,内层的絮体结构较外层的絮体结构密实,细菌细胞与菌胶团之间的结合更为紧密。最后,结合絮体结构图片,从大分子作用力的角度,提出了活性污泥絮体结构模型,以形象地描述不同SRT活性污泥EPS及其表面性质变化对活性污泥絮凝沉降性能的影响。 展开更多
关键词 活性污泥 结构模型 胞外聚合物 大分子作用力
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褐煤大分子结构模型及静态微观参数特征 被引量:2
13
作者 王威 《煤炭技术》 CAS 北大核心 2015年第6期260-262,共3页
以前人的资料数据为基础,总结利用ACD/CNMR Predictor软件和Materials studio软件构建煤大分子结构模型及模拟方法,分析五牧场褐煤、神东褐煤、北宿褐煤的煤大分子结构模型特征,进而分析煤大分子结构模型微观静态参数。
关键词 褐煤 大分子结构模型 键级 键长 键能
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褐煤分子结构模型构建与优化 被引量:1
14
作者 朱红青 何欣 +3 位作者 霍雨佳 谢雨佚 王巍 方书昊 《矿业科学学报》 CSCD 2021年第4期429-437,共9页
针对煤分子建模方法较多且不统一的现状,本文从微观角度出发,选取对分子结构影响较小的物理方法,探究了褐煤大分子结构并对其进行优化,提出了一种较为简便的煤大分子建模方法。基于元素分析、核磁共振碳谱测试及X射线光电子能谱测试的... 针对煤分子建模方法较多且不统一的现状,本文从微观角度出发,选取对分子结构影响较小的物理方法,探究了褐煤大分子结构并对其进行优化,提出了一种较为简便的煤大分子建模方法。基于元素分析、核磁共振碳谱测试及X射线光电子能谱测试的实验方式,利用分子动力学模拟软件对褐煤进行了分析研究并搭建分子结构模型。研究表明,褐煤大分子中芳香结构多为并五苯,脂肪碳结构多为亚甲基及次甲基结构,烷烃链多为环烷烃结构;氧原子以醚键氧形式为主,其次为羧基氧和羰基氧;氮原子以吡啶氮结构形式存在。优化后煤分子模型结构更加紧凑,能量明显变小,范德华势能作为非键势能的主要组成部分及保持煤分子结构稳定的主要因素,变化最明显。为了构建煤分子晶胞,加入周期性边界条件,根据能量变化得到晶胞密度为1.2 g/cm^(3),总能量为1140.624 kJ/mol,与实际情况基本相符,验证了该建模方法的实效性。该研究为直观认识煤大分子结构提供了方法,并对煤与瓦斯突出、煤自燃等灾害事故的机理研究及防治具有重要意义。 展开更多
关键词 褐煤 大分子模型 分子动力学 结构优化
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抗癌晶体蛋白Parasporin-2空间结构的研究 被引量:2
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作者 林毅 张同武 +1 位作者 陈智山 蔡福营 《激光生物学报》 CAS CSCD 2008年第2期181-185,171,共6页
通过同源建模得到了抗癌晶体蛋白Parasporin-2(Cry46Aa1)活性区的初始三维结构,利用分子动力学方法对初始三维结构进行优化。为了评估模型的好坏,利用Ramachandran plot和结构匹配等方法对模型进行评价。结果显示,所得的Parasporin-2空... 通过同源建模得到了抗癌晶体蛋白Parasporin-2(Cry46Aa1)活性区的初始三维结构,利用分子动力学方法对初始三维结构进行优化。为了评估模型的好坏,利用Ramachandran plot和结构匹配等方法对模型进行评价。结果显示,所得的Parasporin-2空间模型良好。比较了Cry46Aa1与Cry46Ab1这两种高度同源的抗癌晶体蛋白的空间结构,找出了其空间结构上的不同之处。通过大分子对接程序Hex4.5,模拟了Parasporin-2与受体GPI-瞄固蛋白(CD59)的相互作用。结果显示,Parasporin-2中参与对接的活性位点位于两个α-螺旋下方的凹槽内,而CD59中的四个loop倾向于插入该凹槽内。研究结果为Parasporin-2的抗癌机制研究及其理性改造奠定了基础。 展开更多
关键词 抗癌晶体蛋白 同源建模 分子动力学模拟 大分子对接
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概率统计方法在高分子共聚合反应中的应用
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作者 陈意秋 石明孝 《高校应用数学学报(A辑)》 CSCD 北大核心 1992年第4期603-609,共7页
本文从聚合反应的机理出发,给出了一般的s元共聚反应的概率模型和实现共聚物大分子链增长过程的随机模拟方法,并讨论了动力学参数的估计问题.这对研究共聚物的统计类别,大分子链的微结构和预测共聚物的组成等都有重要意义.作者对苯乙烯... 本文从聚合反应的机理出发,给出了一般的s元共聚反应的概率模型和实现共聚物大分子链增长过程的随机模拟方法,并讨论了动力学参数的估计问题.这对研究共聚物的统计类别,大分子链的微结构和预测共聚物的组成等都有重要意义.作者对苯乙烯—丙烯酸丁酯的二元共聚物的链增长过程做了实际模拟,并且采用Bayes方法估计动力学参数,所得结果与文献结果甚为一致. 展开更多
关键词 共聚反应 高聚物 概率统计法
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应用ABEEM方法计算含金属离子Ga^(3+)蛋白的电荷分布 被引量:1
17
作者 卢丽男 杨忠志 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2021年第1期39-45,共7页
首次开发ABEEM方法应用于含金属离子Ga^(3+)蛋白体系的研究.ABEEM方法将分子电荷分解到了原子区域、σ键区域、π键区域和孤对电子区域.对金属离子Ga^(3+)与蛋白之间的相互作用采用成键模型,Ga^(3+)与配体原子之间有键电荷分布.通过蛋... 首次开发ABEEM方法应用于含金属离子Ga^(3+)蛋白体系的研究.ABEEM方法将分子电荷分解到了原子区域、σ键区域、π键区域和孤对电子区域.对金属离子Ga^(3+)与蛋白之间的相互作用采用成键模型,Ga^(3+)与配体原子之间有键电荷分布.通过蛋白晶体数据库的搜索,总结出Ga^(3+)离子和蛋白相互作用的模型分子,确定了相关的新的电荷参数.应用ABEEM方法对模型分子的电荷分布、电荷转移和Ga^(3+)离子的电荷进行了计算和分析.结果表明,ABEEM方法计算的电荷可以和从头算的HF/STO-3G方法的结果相比拟,可以快速给出所有的模型分子的电荷分布.并且通过金属离子Ga^(3+)蛋白大分子体系的电荷计算验证了ABEEM方法以及电荷参数的正确性和可转移性.高价态的Ga^(3+)离子和蛋白的相互作用的理论研究,为其动力学模拟研究奠定了基础. 展开更多
关键词 ABEEM方法 Ga^(3+)金属蛋白模型分子 Ga^(3+)金属蛋白大分子体系 电荷分布 电荷转移
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柳林3#镜煤吡啶残煤大分子结构模型及分子模拟 被引量:3
18
作者 马延平 相建华 +1 位作者 李美芬 曾凡桂 《燃料化学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第11期1300-1309,共10页
对柳林3#镜煤吡啶抽提残煤(LLR)进行了13C CP/MAS NMR和XPS分析,结合元素分析和工业分析,构建了其大分子模型。LLR结构中芳香部分以蒽为主,脂肪结构主要以脂肪侧链的形式存在,氧原子分别以醚键、羟基和羰基形式存在,氮原子以吡咯和吡啶... 对柳林3#镜煤吡啶抽提残煤(LLR)进行了13C CP/MAS NMR和XPS分析,结合元素分析和工业分析,构建了其大分子模型。LLR结构中芳香部分以蒽为主,脂肪结构主要以脂肪侧链的形式存在,氧原子分别以醚键、羟基和羰基形式存在,氮原子以吡咯和吡啶的形式存在。运用13C NMR预测软件ACD/CNMR predictor计算了大分子结构模型的13C化学位移。与实验13CNMR谱图相比较,对LLR的大分子结构模型进行了修正,获得了13C NMR计算谱能和实验谱图吻合较好的大分子结构模型。采用分子模拟对LLR化学结构模型进行能量优化,结果表明,大分子结构的能量按其大小排序主要为范德华能、键扭转能、键角能与键伸缩能。芳环之间的平行排列在该结构模型中占有很小的比例。最后通过添加周期性边界条件得到该煤的密度为1.22 g/cm3。量子化学半经验方法(PM 3)模拟结构表明,脂肪侧链中的C-C键较长,因而活性较高;边缘碳原子带有较多的负电荷,易于发生氧化反应;芳香碳原子所带电荷较少,稳定性很高。 展开更多
关键词 柳林3#镜煤吡啶抽提残煤 13C NMR XPS 化学位移 大分子结构模型 量子化学
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生物大分子药物代谢消除途径及体外代谢研究方法进展 被引量:3
19
作者 许娜 田浤 姚文兵 《药学与临床研究》 2018年第4期273-277,共5页
由于理化及生物学性质的差异,生物大分子药物与传统小分子药物相比,药代动力学机制更加复杂,在体内表现出不同的吸收、分布、代谢、排泄过程。大分子药物一般不经CYP 450酶代谢,其体内消除途径主要有肾小球滤过、酶水解、受体介导的胞... 由于理化及生物学性质的差异,生物大分子药物与传统小分子药物相比,药代动力学机制更加复杂,在体内表现出不同的吸收、分布、代谢、排泄过程。大分子药物一般不经CYP 450酶代谢,其体内消除途径主要有肾小球滤过、酶水解、受体介导的胞吞消除和抗药物抗体介导的消除。近年来,除了常用的免疫分析法、放射性同位素示踪法、LC-MS/MS等分析方法外,还有计算机模型被开发用于模拟预测大分子药物药代动力学性质的研究并发挥越加重要的作用。本文主要综述了大分子药物主要代谢消除途径及体外研究模型TMDD、PBPK的应用和发展。 展开更多
关键词 生物大分子药物 药物代谢 代谢体外预测模型 TMDD PBPK
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基于高斯曲率的蛋白质嵌入到对称低温电镜密度图的方法
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作者 路建波 高华方 +1 位作者 卢本卓 马旭 《北京工业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第12期1881-1887,共7页
为了解决低温电镜三维重构得到的对称生物大分子三维结构分辨率低的问题,提出一种新的基于高斯曲率计算的自动化的方法.通过计算生物分子表面的高斯曲率和优化模型等数学方法把单个蛋白质或其他亚基嵌入到对称的低温电镜密度图中,通过... 为了解决低温电镜三维重构得到的对称生物大分子三维结构分辨率低的问题,提出一种新的基于高斯曲率计算的自动化的方法.通过计算生物分子表面的高斯曲率和优化模型等数学方法把单个蛋白质或其他亚基嵌入到对称的低温电镜密度图中,通过计算蛋白质和对称低温电镜密度图的离散高斯曲率来定义特征点,对低温电镜密度图,利用K-means分类来定义相应的特征点.用均方根偏差值、曲率的交叉关联系数和优化模型来匹配对应的特征点,用最小二乘法计算旋转矩阵和平移向量.最后,用同样的方法把其他部分也嵌入到对称的生物大分子中.给出了椭球体x^2+y^2/2+z^2/3=1的解析高斯曲率和数值计算的高斯曲率的比较、蛋白质1DOR的高斯曲率计算和特征点的计算结果、蛋白质1DOR和2REC的分子装配结果可视化.数值实验结果表明所提出来的一系列的方法是准确和有效的. 展开更多
关键词 大分子结构 低温电镜 表面高斯曲率 优化模型
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