mariner转座子pKKma的序列分析及转座性能

【目的】本研究针对携带mariner转座子的质粒pKKma,进行序列分析和功能注释。【方法】根据已知序列设计引物测定质粒序列。构建转座子突变文库,分析转座子转座效率。【结果】序列分析发现,质粒pKKma全长6879 bp,具有7个开放阅读框。其中,阅读框ORF6编码mariner转座酶(348 aa),属于mariner转座子Himar1转座酶的C9变种;pKKma有2个相同的27 bp的反向重复序列(inverted terminal repeats);阅读框ORF7为庆大霉素抗性基因aacC 1,位于转座子反向重复序列之间,与其它mariner转座子可转移序列比对发现,覆盖率仅为2.0%-47.7%,相应同源程度为3.2%-99.7%,可转移序列具有较大差异。转座效率分析显示,该转座子对于粘质沙雷氏菌的转座效率为(3.1×10-4)-(4.8×10-4),对于弗氏柠檬酸菌的转座效率为(1.3×10-3)-(1.7×10-3)。【结论】质粒pKKma携带一种新的mariner转座子,可在多种细菌中构建转座子文库,研究细菌基因的功能。