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hsa-miR-340-5p靶基因预测及生物信息学分析
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作者 刘清华 陶秀丽 +3 位作者 尹崇高 李洪利 刘雨清 张宝刚 《中国老年学杂志》 CAS 北大核心 2023年第8期1880-1884,共5页
目的 通过对hsa-miR-340-5p的靶基因进行预测和生物信息学分析,探讨其靶基因所发挥的生物学功能及参与的信号传导通路。方法 应用RNAcentral和miRBase数据库在线对比分析miR-340-5p序列在不同物种之间的保守性。运用在线数据库DIANA-mic... 目的 通过对hsa-miR-340-5p的靶基因进行预测和生物信息学分析,探讨其靶基因所发挥的生物学功能及参与的信号传导通路。方法 应用RNAcentral和miRBase数据库在线对比分析miR-340-5p序列在不同物种之间的保守性。运用在线数据库DIANA-microT、Target Scan、miRWalk和miRDB分别预测hsa-miR-340-5p的靶基因,随后使用Venny2.1绘制韦恩图得到交集靶基因的集合,并对其交集靶基因的集合进行基因本体论(GO)功能注释分析、京都基因与基因组百科全书信号通路(KEGG Pathway)富集分析、蛋白互作(PPI)网络构建及关键(hub)基因筛选。结果 通过对比序列分析发现,miR-340-5p的成熟碱基序列在8个不同的物种中高度保守。采用4个miRNA靶基因在线数据库预测后,发现与hsa-miR-340-5p存在结合位点的交集靶基因集合共有92个,占其预测靶基因总和的1.9%。GO功能注释分析发现,hsa-miR-340-5p交集靶基因集合主要富集在核质、黏着斑、细胞间连接等细胞组分,同时,还参与了RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录和蛋白质结合等多种生物学过程和分子功能。KEGG Pathway富集分析发现,hsa-miR-340-5p所结合的交集靶基因集合主要富集在癌症中的蛋白多糖、癌症通路、人类嗜T细胞病毒Ⅰ型(HTLV-I)感染等7个信号通路中。基于hsa-miR-340-5p交集靶基因集合的PPI网络构建,筛选出了度(degree)值前10位的hub基因,分别是:母体抗生物皮肤生长因子同源物(SMAD)2、无翅型MMTV整合位点家族成员(WNT)3、激活素A的1C型受体(ACVR1C)、F-框蛋白(FBXO)30、重组人缺陷于清选蛋白neddylation蛋白1域含1(DCUN1D1)、PH结构域相互作用蛋白(PHIP)、CUB和Sushi多结构域(CSMD)3、分拣连接蛋白(SNX)9、人免疫缺陷病毒Ⅰ增强子结合蛋白(HIVEP)2、RWD结构域蛋白(RWDD)2A。结论 hsa-miR-340-5p调控的靶基因参与了癌症、炎症等疾病的多种生物学过程。 展开更多
关键词 hsa-mir-340-5p 靶基因 生物信息学
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miR-34在肿瘤疾病中的研究进展 被引量:2
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作者 吴静 张明洁 +1 位作者 张婷素 胡学谦 《中国医药科学》 2023年第9期51-54,58,共5页
肿瘤的发病率和病死率日益增高,严重危害人类身心健康。研究其发生发展的分子调控机制对疾病的诊疗十分重要。微小RNA(miRNA或miR)是一类单链非编码RNA分子,对包括肿瘤在内的各种疾病的进展过程具有重要作用。其中,miR-34是近年来发现... 肿瘤的发病率和病死率日益增高,严重危害人类身心健康。研究其发生发展的分子调控机制对疾病的诊疗十分重要。微小RNA(miRNA或miR)是一类单链非编码RNA分子,对包括肿瘤在内的各种疾病的进展过程具有重要作用。其中,miR-34是近年来发现的具有肿瘤抑制作用的miRNA。通过多种机制调节基因表达,参与调控细胞的各项生物学行为,抑制多种肿瘤的发生发展。因此miR-34不仅可作为肿瘤预后的生物标志物,也有望成为新的治疗靶点。本文就miR-34在肿瘤疾病中的研究进展进行综述,以期为肿瘤的诊断和治疗提供参考。 展开更多
关键词 mirNA mir-34 肿瘤 抑癌基因
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miR-34c-5p/PAICS轴调节肺腺癌细胞生物学行为研究
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作者 曹加欢 王布 +2 位作者 梁国彩 李少华 季雅君 《联勤军事医学》 CAS 2023年第5期375-382,共8页
目的分析miR-34c-5p靶向结合磷酸核糖基氨基咪唑羧化酶(phosphoribosylaminoimidazole carboxylase,PAICS)促进肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)增殖、迁移和侵袭的能力。方法生物信息学分析miR-34c-5p和PAICS在LUAD组织中的表达情况... 目的分析miR-34c-5p靶向结合磷酸核糖基氨基咪唑羧化酶(phosphoribosylaminoimidazole carboxylase,PAICS)促进肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)增殖、迁移和侵袭的能力。方法生物信息学分析miR-34c-5p和PAICS在LUAD组织中的表达情况及与临床特征之间的关系。实验将A549、Calu-3细胞分为miR-NC组、miR-34c-5p组、miR-34c-5p+PAICS组。实时荧光逆转录定量聚合酶链反应(real-time reverse transcription quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)测定miR-34c-5p表达水平。细胞计数试剂盒(cell counting kit 8,CCK-8)检测各组细胞增殖能力。Transwell实验检测各组细胞迁移和侵袭能力。裸鼠成瘤实验检测瘤体重量、体积。Western blot测定各组细胞PAICS蛋白表达水平。数据库预测miR-34c-5p靶基因,双荧光酶素报告实验进行验证。结果miR-34c-5p在LUAD组织中低表达,PAICS在LUAD组织中高表达,且均与临床不良表型有关。miR-34c-5p组中miR-34c-5p表达高于miR-NC组(P<0.05)。与miR-NC组相比,miR-34c-5p组细胞增殖、迁移和侵袭能力明显降低(P均<0.05)。与miR-NC组相比,miR-34c-5p组瘤体重量变轻,体积减小(P均<0.05)。生物信息学和双荧光酶素报告实验均表明PAICS是miR-34c-5p作用靶点。与miR-NC组相比,miR-34c-5p组PAICS mRNA和PAICS蛋白表达水平明显下降(P均<0.05)。miR-34c-5p抑制PAICS的表达,促进LUAD细胞增殖、迁移、侵袭的能力。结论miR-34c-5p通过靶向结合PAICS促进LUAD细胞增殖、迁移和侵袭,从而促进LUAD的发展进程。 展开更多
关键词 肺腺癌 mir-34c-5p 磷酸核糖基氨基咪唑羧化酶 靶基因
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东方蜜蜂微孢子虫侵染过程中nce-miR-15338及候选靶基因的表达谱
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作者 王思懿 高旭泽 +7 位作者 赵浩东 荆欣 刘小玉 冯佩林 宋宇轩 刘彩珍 陈大福 郭睿 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期89-95,共7页
【目的】本研究旨在为探究nce-miR-15338调控东方蜜蜂微孢子虫(Nosema ceranae)侵染意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica)工蜂的功能及作用机制提供参考和依据。【方法】采用Stem-loop RT-PCR和Sanger测序验证nce-miR-15338的存在和表... 【目的】本研究旨在为探究nce-miR-15338调控东方蜜蜂微孢子虫(Nosema ceranae)侵染意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica)工蜂的功能及作用机制提供参考和依据。【方法】采用Stem-loop RT-PCR和Sanger测序验证nce-miR-15338的存在和表达。利用相关软件预测nce-miR-15338的靶基因并进行数据库注释。通过RT-qPCR检测nce-miR-15338及其候选靶基因在东方蜜蜂微孢子虫侵染过程中的表达谱。【结果】nce-miR-15338在东方蜜蜂微孢子虫孢子中真实存在和表达;nce-miR-15338共靶向LCFAL 2和20s PS等16个基因;分别有16、7、8、3个靶基因可注释到Nr、Swiss-Prot、GO和KEGG数据库;相较于接种后1 d,nce-miR-15338的表达量在2 d极显著上调,在4、6、8 d均极显著下调;LCFAL 2的表达量在接种2、4、6、8 d后皆为极显著下调;20s PS在接种2、4、6、8 d的表达水平均为极显著下调。【结论】研究结果证实了nce-miR-15338的真实存在和表达,并明确了东方蜜蜂微孢子虫侵染意大利蜜蜂工蜂过程中nce-miR-15338及其候选靶基因LCFAL 2和20s PS的表达规律。 展开更多
关键词 东方蜜蜂微孢子虫 蜜蜂 意大利蜜蜂 nce-mir-15338 靶基因 表达谱
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miR-29a up-regulation in AR42J cells contributes to apoptosis via targeting TNFRSF1A gene 被引量:7
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作者 Qiang Fu Tao Qin +6 位作者 Lin Chen Chuan-Jiang Liu Xu Zhang Yu-Zhu Wang Ming-Xing Hu Hao-Yuan Chu Hong-Wei Zhang 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS 2016年第20期4881-4890,共10页
AIM: To investigate the expression of mi R-29 a in rat acute pancreatitis and its functional role in AR42 J cell apoptosis.METHODS: Twelve SD rats were divided into a control group and an acute edematous pancreatitis(... AIM: To investigate the expression of mi R-29 a in rat acute pancreatitis and its functional role in AR42 J cell apoptosis.METHODS: Twelve SD rats were divided into a control group and an acute edematous pancreatitis(AEP) group randomly. AEP was induced by intraperitoneal injection of L-arginine(150 mg/kg) in the AEP group and equal volume of 0.9% Na Cl was injected in the control group. The apoptosis of acinar cells in pancreatic tissue was determined by TUNEL assay. mi RNA chip assay was performed to examine the expression of mi RNAs in two groups. Besides, to further explore the role of mi R-29 a in apoptosis in vitro, recombinant rat TNF-α(50 ng/m L) was administered to treat the rat pancreatic acinar cell line AR42 J for inducing AR42 J cell apoptosis. Quantitative real-time PCR(q RT-PCR) was adopted to measure mi R-29 a expression. Then, mi RNA mimic, mi RNA antisense oligonucleotide(AMO) and control vector were used to transfect AR42 J cells. The expression of mi R-29 a was confirmed by q RT-PCR andthe apoptosis rate of AR42 J cells was detected by flow cytometry analysis. Western blot was used to detect the expression of activated caspase3. Moreover, we used bioinformatics software and luciferase assay to test whether TNFRSF1 A was the target gene of mi R-29 a. After transfection, q RT-PCR and Western blot was used to detect the expression of TNFRSF1 A in AR42 J cells after transfection.RESULTS: The expression of mi R-29 a was much higher in the AEP group compared with the control group as displayed by the mi RNA chip assay. After inducing apoptosis of AR42 J cells in vitro, the expression of mi R-29 a was significantly increased by 1.49 ± 0.04 times in comparison with the control group. As revealed by q RT-PCR assay, the expression of mi R-29 a was 2.68 ± 0.56 times higher in the mi R-29 a mimic group relative to the control vector group, accompanied with an obviously increased acinar cell apoptosis rate(42.83 ± 1.25 vs 24.97 ± 0.15, P < 0.05). Moreover, the expression of mi R-29 a in the mi RNA AMO group was 0.46 ± 0.05 times lower than the control vector group, and the cell apoptosis rate was much lower accordingly(17.27 ± 1.36 vs 24.97 ± 0.15, P < 0.05). The results of bioinformatics software and luciferase assay showed that TNFRSF1 A might be a target gene of mi R-29 a. TNFRSF1 A expression was up-regulated in the mi R-29 a mimic group, while the mi R-29 a AMO group showed the reverse trend.CONCLUSION: mi R-29 a might promote the apoptosis of AR42 J cells via up-regulating the expression of its target gene TNFRSF1 A. 展开更多
关键词 Acute EDEMATOUS PANCREATITIS mi R-29a APOPTOSIS AR42J target gene TNFRSF1A
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德宏奶水牛乳腺组织miR-21-5p基因及其脂类代谢靶基因表达研究
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作者 赵洪晓 徐思慧 +4 位作者 庞双龙 孙政 杨忠 李卫真 黎明 《饲料研究》 CAS 北大核心 2024年第2期53-57,共5页
试验旨在探究德宏奶水牛乳腺组织miR-21-5p基因及其靶基因的表达规律。选取饲养条件相同、同一胎次、年龄相近、处于泌乳中期的健康德宏奶水牛,分为高乳脂率组(H组)、中乳脂率组(M组)和低乳脂率组(L组)。每组选取3头奶水牛,屠宰后采集... 试验旨在探究德宏奶水牛乳腺组织miR-21-5p基因及其靶基因的表达规律。选取饲养条件相同、同一胎次、年龄相近、处于泌乳中期的健康德宏奶水牛,分为高乳脂率组(H组)、中乳脂率组(M组)和低乳脂率组(L组)。每组选取3头奶水牛,屠宰后采集乳腺组织,提取总RNA。采用生物信息学方法预测miR-21-5p的靶基因。利用荧光定量PCR技术检测miR-21-5p及其靶基因的表达水平,并与课题组前期测定的乳脂率进行相关性分析。结果显示,miR-21-5p的靶基因可能为AGPAT6和GPAM。L组德宏奶水牛乳腺组织中miR-21-5p的表达水平高于M组和H组(P<0.01)。相关性分析结果显示,miR-21-5p与靶基因AGPAT6的表达水平呈极显著负相关(P<0.01),与靶基因GPAM的表达水平呈显著负相关(P<0.05),德宏奶水牛乳腺组织miR-21-5p表达量与乳脂率呈显著负相关(P<0.05),靶基因AGPAT6和GPAM与乳脂率呈极显著正相关(P<0.01)。蛋白互作网络结果显示,AGPAT6和GPAM互作关系最强。研究表明,miR-21-5p可能通过负调控靶基因AGPAT6和GPAM的表达影响乳脂合成,进而影响乳脂率。 展开更多
关键词 德宏奶水牛 乳脂率 靶基因 mir-21-5p基因
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miR-34a靶向MMP-13调控大鼠软骨细胞凋亡的机制 被引量:8
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作者 刘宁 谭文成 +4 位作者 夏吉生 黃馨霈 潘京华 顾容赫 查振刚 《暨南大学学报(自然科学与医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期139-145,共7页
目的:探讨调控miR-34a的表达对大鼠软骨细胞凋亡的影响.方法:大鼠关节软骨原代细胞培养,慢病毒转染miR-34a、miR-34a inhibitor分别使大鼠关节软骨细胞miR-34a过表达和抑制表达,另设无关序列对照组,Annexin V/PI双染流式细胞术分析对比... 目的:探讨调控miR-34a的表达对大鼠软骨细胞凋亡的影响.方法:大鼠关节软骨原代细胞培养,慢病毒转染miR-34a、miR-34a inhibitor分别使大鼠关节软骨细胞miR-34a过表达和抑制表达,另设无关序列对照组,Annexin V/PI双染流式细胞术分析对比各组大鼠软骨细胞凋亡率,通过生物信息学方法预测miR-34a调控软骨细胞凋亡潜在基因靶点,采用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(real time-PCR)检测各组软骨细胞miR-34a的表达,检测软骨凋亡相关因子MMP-13、Col2a1的mRNA转录水平;免疫印迹法检测各组的MMP-13、Col2a1、caspase-3的蛋白表达水平.结果:miR-34a过表达后大鼠软骨细胞凋亡增多,抑制miR-34a表达后大鼠软骨细胞凋亡减少,同时miR-34a过表达后caspase-3的表达增高(P<0.05),miR-34a过表达后Col2a1在mRNA和蛋白水平表达下降,而MMP-13的表达增加(P<0.05).沉默miR-34a的表达后Col2a1在mRNA和蛋白水平表达增加,而MMP-13的表达下降.MMP-13是miR-34a调控大鼠软骨细胞凋亡的潜在靶点.结论:miR-34a的表达调控大鼠软骨细胞凋亡,MMP-13是miR-34a其机制中的潜在靶点. 展开更多
关键词 mir-34a 软骨细胞 凋亡 基质金属蛋白酶13 靶点基因
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家蚕bmo-miR-34对BmE74基因表达的调控 被引量:1
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作者 王欣 范洋洋 +4 位作者 陈晨 谢雨辰 蒋涛 汪生鹏 沈兴家 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2016年第1期51-57,共7页
为了研究家蚕bmo-miR-34(一类高度保守的miRNA)对E74基因(BmE74)的表达调控作用,首先利用生物信息学软件RNAhybrid和RNA22进行结合位点预测,然后从家蚕丝腺组织中克隆了bmo-miR-34前体序列,分别构建bmo-miR-34表达载体和靶基因BmE74 3&#... 为了研究家蚕bmo-miR-34(一类高度保守的miRNA)对E74基因(BmE74)的表达调控作用,首先利用生物信息学软件RNAhybrid和RNA22进行结合位点预测,然后从家蚕丝腺组织中克隆了bmo-miR-34前体序列,分别构建bmo-miR-34表达载体和靶基因BmE74 3'UTR重组表达载体,利用双报告基因荧光检测系统在细胞水平研究bmo-miR-34对BmE74基因的转录后调控作用。生物信息学预测结果表明,BmE74 3'UTR具有bmo-miR-34潜在结合位点;体外转染试验结果显示,与对照相比,转染bmo-miR-34重组质粒的细胞荧光素酶活性极显著下调(P<0.01),但是当加入人工合成的bmo-miR-34抑制物后荧光素酶活性显著上调(P<0.01)。说明bmo-miR-34对BmE74的转录后表达具有抑制作用。 展开更多
关键词 mir-34 家蚕 BmE74基因 表达调控
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hsa-miR-342-3p 生物信息学分析 被引量:1
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作者 马占兵 耿芝 +1 位作者 焦海燕 霍正浩 《生物信息学》 2015年第4期212-219,共8页
通过生物信息学方法预测hsa-miR-342-3p靶基因及其功能机制。检索Pub Med有关hsa-miR-342-3p的研究报道并进行功能分析;检索miRBase获取hsa-miR-342-3p序列;通过Target Scan,Pictar和PITA数据库预测靶基因并取交集,对其进行组织和疾病... 通过生物信息学方法预测hsa-miR-342-3p靶基因及其功能机制。检索Pub Med有关hsa-miR-342-3p的研究报道并进行功能分析;检索miRBase获取hsa-miR-342-3p序列;通过Target Scan,Pictar和PITA数据库预测靶基因并取交集,对其进行组织和疾病特异性表达谱分析、功能富集分析(GO enrichment analysis)、信号转导通路富集分析(Pathway enrichment analysis)和蛋白质相互作用网络分析(PPI analysis)。结果发现:hsa-miR-342-3p序列在多物种间具有高度保守性;hsa-miR-342-3p在肾脏组织和急性淋巴细胞性白血病、乳腺癌疾病中表达水平较高(RPM≥1 000);预测得到14个hsa-miR-342-3p靶基因;靶基因分子功能分别富集于转化生长因子活性、DNA结合和蛋白激酶激活等(P<0.05);hsa-miR-342-3p靶基因GO生物学过程主要集中于大分子代谢抑制,肺部组织发育、呼吸系统发育及管状组织发育建成(P<0.05);细胞信号通路主要富集于TGF-Beta信号通路、细胞因子、受体作用信号通路及前列腺疾病信号通路(P<0.01)。hsa-miR-342-3p在体内分布广泛,预测的靶向TGF-Beta信号通路可能在疾病发生中发挥重要调控作用,是具有潜在研究价值的生物学靶标。 展开更多
关键词 hsa-mir-342-3p 靶基因 基因本体 信号通路 生物信息学
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LncRNA RUNX1-IT1对恶性多形性腺瘤miR-195/CyclinD1的调控作用探讨 被引量:1
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作者 魏军水 孙鑫 +1 位作者 徐金标 陈逸达 《上海口腔医学》 CAS 北大核心 2023年第1期85-90,共6页
目的 :探讨恶性多形性腺瘤(malignant pleomorphic adenoma, MPA)细胞中长链非编码RNA(long non-coding RNA, LncRNA)RUNX1-IT1对微小RNA-195(microRNA-195, miR-195)/细胞周期蛋白D1(CyclinD1)的调控作用。方法:收集手术切除的MPA组织... 目的 :探讨恶性多形性腺瘤(malignant pleomorphic adenoma, MPA)细胞中长链非编码RNA(long non-coding RNA, LncRNA)RUNX1-IT1对微小RNA-195(microRNA-195, miR-195)/细胞周期蛋白D1(CyclinD1)的调控作用。方法:收集手术切除的MPA组织及癌旁组织,检测LncRNA RUNX1-IT1、miR-195、CyclinD1 mRNA的表达水平,分析三者与MPA临床病理的关系。培养MPA细胞系SM-AP1,转染阴性对照(NC)siRNA、LncRNA RUNX1-IT1 siRNA、miRNC、miR-195抑制物,检测细胞增殖水平A490及miR-195、CyclinD1的表达水平,分析LncRNA RUNX1-IT1靶向miR-195、miR-195靶向CyclinD1的关系。采用SPSS 21.0软件包对数据进行统计学分析。结果 :MPA中LncRNA RUNX1-IT1、CyclinD1的表达水平显著高于癌旁组织,miR-195的表达水平显著低于癌旁组织(P<0.05)。LncRNA RUNX1-IT1与miR-195呈负相关、与CyclinD1呈正相关,miR-195与CyclinD1呈负相关。肿瘤直径≥3 cm、复发、远处转移的MPA癌组织中,LncRNA RUNX1-IT1、CyclinD1表达更高(P<0.05),miR-195表达更低(P<0.05)。敲低LncRNA RUNX1-IT1后,SM-AP1细胞的A490水平、CyclinD1表达水平降低,miR-195表达水平增加(P<0.05)。LncRNA RUNX1-IT1通过直接靶向作用于SM-AP1细胞中的miR-195,miR-195通过直接靶向作用于SM-AP1细胞中的CyclinD1。抑制miR-195后,敲低LncRNA RUNX1-IT1降低A490水平及CyclinD1表达水平的作用减弱(P<0.05)。结论:LncRNA RUNX1-IT1可能通过调控miR-195/CyclinD1表达,参与MPA的发生、发展。 展开更多
关键词 恶性多形性腺瘤 LncRNA RUNX1-IT1 mir-195 CYCLIND1 增殖 靶基因
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基于TCGA探讨急性髓系白血病患者miR-363表达与其临床特征及靶基因的关系 被引量:1
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作者 张冉 逄瑷博 靖彧 《标记免疫分析与临床》 CAS 2023年第8期1402-1406,共5页
目的 探讨急性髓系白血病(AML)患者miR-363表达与其临床特征及靶基因的关系。方法 下载TCGA数据库中AML患者的miRNA、RNA表达谱及临床数据,按照miR-363表达水平由高到低排序,将前50%设为高表达组(n=81),后50%设为低表达组(n=81),比较两... 目的 探讨急性髓系白血病(AML)患者miR-363表达与其临床特征及靶基因的关系。方法 下载TCGA数据库中AML患者的miRNA、RNA表达谱及临床数据,按照miR-363表达水平由高到低排序,将前50%设为高表达组(n=81),后50%设为低表达组(n=81),比较两组患者生存曲线及年龄差异;利用Omisc软件,采用Pearson相关性分析筛选与miR-363表达相关的靶基因。将2021年12月至2022年12月在我院诊治的52例AML患者纳入研究,采用RT-qPCR技术检测患者骨髓miR-363表达水平,按照表达水平由高到低排序,将前50%设为高表达组(n=26),后50%设为低表达组(n=26),比较两组患者初诊白细胞计数、血小板计数、血红蛋白及血浆靶基因水平、年龄、性别及预后分层的差异。结果 TCGA数据库分析显示,miR-363低表达组患者中位生存时间高于miR-363高表达组(822d vs 365d,P<0.05);miR-363高表达组高龄患者比例明显高于低表达组(54.32%vs 45.68%,P<0.05);共筛选出5 404个miR-363相关基因,KIAA1377相关性最高(r=0.62,P<0.05)。miR-363高表达组高龄患者比例、预后不良患者比例、初诊白细胞计数≥50×109/L比例、血浆KIAA1377水平明显高于低表达组(均P<0.05);血小板计数、血红蛋白水平明显低于低表达组(均P<0.05)。结论 miR-363高表达与AML患者生存率降低、高龄、预后不良、初诊白细胞计数升高、血小板计数及血红蛋白水平降低有关,且KIAA1377可能是miR-363的靶基因之一。miR-363可能是AML基因治疗和预后评估的新靶点。 展开更多
关键词 癌症基因组图谱 急性髓系白血病 微小RNA-363 靶基因
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miR-340在膀胱尿路上皮癌中的表达及其靶基因预测的生物信息学分析
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作者 潘寿华 朱智荣 《浙江医学》 CAS 2018年第6期560-563,共4页
目的探讨miR-340在膀胱尿路上皮癌中的表达,并对其预测的靶基因进行生物信息学分析,为miR-340在膀胱尿路上皮癌发生中的作用机制研究提供理论基础。方法采用miRNA芯片技术检测膀胱尿路上皮癌及正常膀胱黏膜组织中miRNA表达谱,用实时定量... 目的探讨miR-340在膀胱尿路上皮癌中的表达,并对其预测的靶基因进行生物信息学分析,为miR-340在膀胱尿路上皮癌发生中的作用机制研究提供理论基础。方法采用miRNA芯片技术检测膀胱尿路上皮癌及正常膀胱黏膜组织中miRNA表达谱,用实时定量PCR法进行验证,挑选具有显著表达差异的miR-340为进一步研究对象,利用生物信息学方法,对miR-340的靶基因进行预测,并对其靶基因进行基因本体(GO)功能富集分析及KEGG信号转导通路富集分析。结果 miRNA表达谱芯片、实时定量PCR法均提示miR-340在膀胱尿路上皮癌中较癌旁正常膀胱组织中表达明显降低。miR-340预测靶基因集合功能富集于细胞黏附(cell adhesion)、生物黏附(biological adhesion)和细胞间黏附(cell-cell adhesion)等,KEGG通路分析涉及癌通路(pathways in cancer)和细胞周期通路(pathways in cell cycle)等。结论 miR-340在膀胱尿路上皮癌中呈低表达,miR-340预测靶基因集合显著富集在与肿瘤发生相关的信号通路中。 展开更多
关键词 mir-340 膀胱肿瘤 靶基因 生物信息学
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miR-381-3p在宫颈癌中靶基因及信号通路的分析
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作者 魏林珍 马晓梅 +2 位作者 张郎 陈凡 秦天生 《医学理论与实践》 2023年第17期2886-2889,共4页
目的:分析miR-381-3p在宫颈癌组织中的表达情况,并探索其可能的靶基因及分子调控机制,为宫颈癌的防治提供思路。方法:本研究通过TCGA数据库了解miR-381-3p在宫颈癌与宫颈癌旁组织中的表达,采用miRWalk、miRDB和miRTarBase获取下游靶基因... 目的:分析miR-381-3p在宫颈癌组织中的表达情况,并探索其可能的靶基因及分子调控机制,为宫颈癌的防治提供思路。方法:本研究通过TCGA数据库了解miR-381-3p在宫颈癌与宫颈癌旁组织中的表达,采用miRWalk、miRDB和miRTarBase获取下游靶基因,并用DAVID对下游靶基因行GO功能注释及KEGG富集分析,再构建蛋白与蛋白相互作用网络并找出关键基因,最后验证关键基因的表达。结果:成熟的miR-381-3p在多个物种间的序列有高度保守性,TCGA数据库显示:相比癌旁组织,宫颈癌组织中的miR-381-3p表达下调。GO功能注释参与RNA聚合酶Ⅱ启动子转录进行正向调节的生物学过程、细胞核等细胞组分、蛋白质结合等分子功能。KEGG表明靶基因富集于癌症通路、乳腺癌、胃癌、Hippo、MAPK等信号通路。ESR1、LEF1、PBX1、CCND2、FGFR2、CADM1、TCF3、MPP6、PVRL1、UBE3A是miR-381-3p的关键基因,还发现ESR1、PBX1、CCND2在宫颈癌的表达水平低于正常组织。结论:miR-381-3p在宫颈癌中呈低表达,其可能作为抑癌基因对宫颈癌的生物学过程起一定的作用,有望成为宫颈癌诊治的新靶点。 展开更多
关键词 宫颈癌 mir-381-3p TCGA 靶基因
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miR-181基因家族在临床常见疾病中的研究进展
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作者 王春芳(综述) 柴富(审校) 《检验医学与临床》 CAS 2023年第16期2416-2420,共5页
微小RNA(miRNA)是一类小的非编码RNA,广泛存在于真核生物体内,能够在转录后通过抑制目的基因信使RNA(mRNA)的翻译或促进mRNA降解来调节基因表达。miRNA已成为多种生物过程的关键调控因子,各种调控机制不仅控制着它们的表达,还控制着它... 微小RNA(miRNA)是一类小的非编码RNA,广泛存在于真核生物体内,能够在转录后通过抑制目的基因信使RNA(mRNA)的翻译或促进mRNA降解来调节基因表达。miRNA已成为多种生物过程的关键调控因子,各种调控机制不仅控制着它们的表达,还控制着它们的活性和生物利用度,这取决于miRNA在人类相关蛋白质编码基因的潜在结合位点。miRNA在免疫系统的发育和调控中也发挥着重要的作用,可以调控机体关键的细胞过程,包括细胞分化、血管生成和炎症反应的发生。现已发现很多生理过程和病理结果高度依赖于miRNA,包括癌症、心血管疾病和代谢性疾病。其中,miR-181基因家族在胚胎发育、细胞增殖、凋亡、自噬、线粒体功能和免疫反应等关键生物过程中发挥调节作用。该文综述了近年来miR-181基因家族在临床疾病中的诊断和治疗方向及研究前沿,以期为miRNA的临床疾病治疗提供新的思路。 展开更多
关键词 mir-181 基因家族 生物标志物 靶标 疾病
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miR-34c在大鼠局灶性脑缺血模型中的表达 被引量:2
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作者 张淑艺 秦红亚 +3 位作者 商溪溪 王晓莹 张虎 王春梅 《济宁医学院学报》 2017年第1期72-76,共5页
目的通过检测miR-34c及其靶基因在大鼠局灶性脑缺血模型中的表达变化,初步探讨miR-34c及其靶基因在大鼠局灶性脑缺血中的作用。方法首先利用线栓法制备大鼠局灶性脑缺血模型;然后利用qRT-PCR检测miR-34c在大鼠脑缺血不同时间点的表达变... 目的通过检测miR-34c及其靶基因在大鼠局灶性脑缺血模型中的表达变化,初步探讨miR-34c及其靶基因在大鼠局灶性脑缺血中的作用。方法首先利用线栓法制备大鼠局灶性脑缺血模型;然后利用qRT-PCR检测miR-34c在大鼠脑缺血不同时间点的表达变化;利用生物信息学方法预测miR-34c的可能靶基因;再利用RT-PCR和qRT-PCR方法检测靶基因在大鼠脑缺血不同时间点的表达变化。结果成功制备大鼠局灶性脑缺血模型;miR-34c在大鼠脑缺血模型中随着缺血时间的延长其表达呈下降趋势;靶基因Hspa1b、Cacna2d1、Sperping1、Cntn2在大鼠脑缺血模型中随着缺血时间的延长其表达呈明显上升趋势。结论 miR-34c通过靶基因在大鼠局灶性脑缺血损伤过程中起到重要的保护作用。 展开更多
关键词 mir-34c 大鼠局灶性脑缺血 靶基因
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miR-449a在乳腺癌组织中的表达及生物信息学分析
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作者 林慧 陈佳菁 +2 位作者 王灿明 郑素琼 邱建龙 《生物信息学》 2023年第3期171-178,共8页
探讨miR-449a在乳腺癌组织中的表达及其在乳腺癌发生发展过程中的作用。利用实时荧光定量PCR检测83例乳腺癌和癌旁组织中miR-449a的相对表达量,发现miR-449a在乳腺癌组织中的表达水平高于癌旁组织,并与肿瘤组织学级别、大小、雌激素受... 探讨miR-449a在乳腺癌组织中的表达及其在乳腺癌发生发展过程中的作用。利用实时荧光定量PCR检测83例乳腺癌和癌旁组织中miR-449a的相对表达量,发现miR-449a在乳腺癌组织中的表达水平高于癌旁组织,并与肿瘤组织学级别、大小、雌激素受体状态和孕激素受体状态有关(P<0.05)。miR-449a在三阴性乳腺癌中的表达水平显著低于管腔型。使用Kaplan-Meier Plotter数据库进行生存分析,结果显示在三阴性乳腺癌中miR-449a低表达组总生存率显著低于高表达组,而在管腔B型乳腺癌中miR-449a高表达组总生存率显著降低(P<0.05)。利用ENCORI数据库预测得到靶基因186个,通过metascape数据库进行富集分析,发现其功能涉及间充质细胞分化、细胞迁移、内分泌抵抗、粘附连接、肌动蛋白细胞骨架调节以及NOTCH、TGF-β、Wnt、PI3K-Akt等介导的信号通路。通过string数据库进行蛋白互作网络分析,并使用Cytoscape软件筛选出由NOTCH1、JAG1和cyclin D1等蛋白构成的关键子网络。应用ENCORI数据库分析miR-449a与NOTCH途径靶基因的相关性,发现miR-449a与NOTCH1在乳腺癌组织中的表达呈负相关。本研究结果表明miR-449a在乳腺癌组织中的表达具有明显的异质性,可通过影响多种信号通路参与肿瘤发展过程,调控NOTCH信号通路可能是其在乳腺癌中的重要机制。 展开更多
关键词 mir-449a 乳腺癌 靶基因 生物信息学
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bta-miR-34b/c和bta-miR-449a/b/c靶基因预测及生物信息学分析 被引量:2
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作者 杜鑫泽 马鑫浩 +5 位作者 张殿琦 杜嘉伟 马婧 谢琨成 何杰 昝林森 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2022年第7期2451-2461,共11页
【目的】试验旨在对bta-miR-34b/c和bta-miR-449a/b/c的序列保守性、转录因子和靶基因进行生物信息学预测和分析,探究其影响精子发生的作用机制,为研究其生物学功能及作用机制提供指导和思路。【方法】利用miRBase数据库获取不同物种的b... 【目的】试验旨在对bta-miR-34b/c和bta-miR-449a/b/c的序列保守性、转录因子和靶基因进行生物信息学预测和分析,探究其影响精子发生的作用机制,为研究其生物学功能及作用机制提供指导和思路。【方法】利用miRBase数据库获取不同物种的bta-miR-34b/c和bta-miR-449a/b/c序列并进行相似性分析;通过TargetScan、miRWalk、miRDB等方法预测bta-miR-34b/c和bta-miR-449a/b/c的靶基因,对获得的靶基因集合分别进行GO功能和KEGG通路富集分析;通过AnimalTFDB获取共同调控bta-miR-34b/c和bta-miR-449a/b/c的转录因子,并构建TF-miRNA-mRNA作用网络。【结果】bta-miR-34b/c和bta-miR-449a/b/c在不同物种间高度保守。预测得到2个转录因子和49个候选靶基因,这些靶基因主要富集在精子发生、钙离子依赖性胞吐的调节、胰岛素分泌的调节等GO条目,以及HIF-1信号通路、甲状腺激素信号通路、Wnt信号通路等KEGG通路。bta-miR-34b/c、bta-miR-449a/b/c与上游转录因子NR2C2和HIC1,下游靶基因AXL、E2F3、DAAM1等共同构成的作用网络通过调控减数分裂、细胞周期、细胞凋亡、精子细胞能量代谢等生物过程影响精子发生。【结论】bta-miR-34b/c、bta-miR-449a/b/c通过上游转录因子和下游靶基因组成的分子调控网络共同调节精子发生过程。 展开更多
关键词 mir-34b/c mir-449a/b/c 精子发生 靶基因 转录因子
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胰腺癌患者中miR-34a表达及其靶基因生物信息学分析 被引量:2
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作者 王丹 沙岩 葛东伟 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期1255-1259,共5页
目的:应用生物信息学分析方法检测miR-34a及其靶基因在胰腺癌发生发展过程中的作用。方法:运用Oncomine工具检测胰腺癌患者miR-34a靶基因差异表达水平;使用miRecords在线软件进行靶基因预测,并结合Genecards数据库中胰腺癌相关基因,对... 目的:应用生物信息学分析方法检测miR-34a及其靶基因在胰腺癌发生发展过程中的作用。方法:运用Oncomine工具检测胰腺癌患者miR-34a靶基因差异表达水平;使用miRecords在线软件进行靶基因预测,并结合Genecards数据库中胰腺癌相关基因,对所得到的靶基因进一步进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果:miR-34a在胰腺癌患者中表达水平明显降低,其核苷酸序列在多物种间呈高度保守性,受miR-34a调控且与胰腺癌相关的潜在靶基因共73个,包括BCL2、MYC、Met、CDK6、SIRT1等。GO分析发现miR-34a的靶基因参与生物过程调节、细胞过程调节、器官发育、多细胞有机体发育、系统开发、胚胎发育等多个生物过程;KEGG分析发现miR-34a显著富集在结肠癌通路、小细胞肺癌通路、膀胱癌通路、Notch、Wnt等信号通路中。结论:miR-34a通过靶向作用及其靶基因调控,影响胰腺癌患者体内多种信号通路的网络调控,从而参与胰腺癌疾病的发生和发展。 展开更多
关键词 胰腺癌 mir-34a 靶基因 生物信息学
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miR-340靶向Lgr5基因抑制结肠癌细胞增殖及β-catenin通路的研究
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作者 陈婧华 宋慧东 +3 位作者 盖云竹 温凌 李敏燕 袁燚 《标记免疫分析与临床》 CAS 2021年第1期122-126,共5页
目的研究miR-340靶向富含亮氨酸重复序列的G蛋白偶联受体5(Lgr5)基因抑制结肠癌细胞增殖及β-连环蛋白(β-catenin)通路的作用。方法培养人结肠癌细胞株HT29、SW480、LoVo及正常肠上皮细胞HIEC,检测miR-340的表达水平;将SW480细胞分为mi... 目的研究miR-340靶向富含亮氨酸重复序列的G蛋白偶联受体5(Lgr5)基因抑制结肠癌细胞增殖及β-连环蛋白(β-catenin)通路的作用。方法培养人结肠癌细胞株HT29、SW480、LoVo及正常肠上皮细胞HIEC,检测miR-340的表达水平;将SW480细胞分为miR-NC组(转染miR-NC mimic)、miR-340组(转染miR-340 mimic)、pcDNA3.1组(转染pcDNA3.1质粒),pcDNA3.1+miR-340组(转染pcDNA3.1质粒及miR-340 mimic)、pcDNA3.1-Lgr5+miR-340组(转染pcDNA3.1-Lgr5质粒及miR-340 mimic),MTS法检测增殖活力A490,荧光定量PCR检测miR-340的表达水平,Western blot检测Lgr5、β-catenin、cyclinD1的表达水平,双荧光素酶报告基因验证miR-340靶向Lgr5。结果HT29、SW480、LoVo细胞中miR-340的表达水平均低于HIEC细胞,且SW480细胞中miR-340的表达水平最低;miR-340组的A490水平、Lgr5、β-catenin、cyclinD1的表达水平、Lgr5野生型双荧光素酶报告基因的荧光活力均低于miR-NC组;pcDNA3.1+miR-340组的A490水平、Lgr5、β-catenin、cyclinD1的表达水平均低于pcDNA3.1组,pcDNA3.1-Lgr5+miR-340组的A490水平、Lgr5、β-catenin、cyclinD1的表达水平均高于pcDNA3.1+miR-340组。结论miR-340能够抑制结肠癌细胞的增殖,靶向Lgr5基因并抑制β-catenin通路是可能的分子机制。 展开更多
关键词 结肠癌 mir-340 LGR5 Β-CATENIN 增殖 靶基因
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东方蜜蜂微孢子虫侵染意大利蜜蜂工蜂过程中nce-miR-10660及其靶基因表达谱 被引量:3
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作者 张凯遥 张文德 +9 位作者 王紫馨 胡颖 钱加珺 王思懿 赵浩东 顾小雨 牛庆生 付中民 陈大福 郭睿 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期181-189,共9页
【目的】本研究旨在为探究nce-miR-10660调控东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae侵染的作用机制提供理论和实验依据。【方法】采用Stem-loop RT-PCR对前期鉴定到的东方蜜蜂微孢子虫nce-miR-10660进行表达验证,再通过Sanger测序验证nce-miR-... 【目的】本研究旨在为探究nce-miR-10660调控东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae侵染的作用机制提供理论和实验依据。【方法】采用Stem-loop RT-PCR对前期鉴定到的东方蜜蜂微孢子虫nce-miR-10660进行表达验证,再通过Sanger测序验证nce-miR-10660的序列。利用相关生物信息学软件预测和分析nce-miR-10660的靶基因。通过RT-qPCR检测nce-miR-10660及其靶基因在东方蜜蜂微孢子虫侵染意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica工蜂过程中中肠中的表达谱。【结果】Stem-loop RT-PCR和Sanger测序结果分别证实了nce-miR-10660在东方蜜蜂微孢子虫孢子中的表达和真实存在。靶向预测结果显示nce-miR-10660共靶向RRDRP和RCDP 42等9个基因;分别有2和6个靶基因可被分别注释到KEGG数据库中的4条通路和GO数据库中的23个条目。RT-qPCR结果显示,相较于东方蜜蜂微孢子虫侵染后1 d时意大利蜜蜂工蜂中肠中nce-miR-10660的表达量,东方蜜蜂微孢子虫侵染后2 d时意大利蜜蜂工蜂中肠中nce-miR-10660的表达量显著上调,在东方蜜蜂微孢子虫侵染后4,6和8 d时意大利蜜蜂工蜂中肠中nce-miR-10660的表达量均显著下调;东方蜜蜂微孢子虫侵染后4,6和8 d时意大利蜜蜂工蜂中肠中靶基因RRDRP的表达量均显著下调表达;东方蜜蜂微孢子虫侵染后2,4,6和8 d时意大利蜜蜂工蜂中肠中靶基因RCDP 42的表达量显著下调。【结论】nce-miR-10660在东方蜜蜂微孢子虫孢子中真实存在和表达;nce-miR-10660及其靶向的RRDRP和RCDP 42在东方蜜蜂微孢子虫侵染意大利蜜蜂工蜂过程中差异表达;nce-miR-10660通过正调控RRDRP和RCDP 42表达潜在参与调节东方蜜蜂微孢子虫侵染。 展开更多
关键词 东方蜜蜂微孢子虫 意大利蜜蜂 nce-mir-10660 靶基因 表达谱
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