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题名大豆miR-171基因家族的进化与功能分析
被引量:10
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作者
王艳芳
赵彦宏
张萍
周瑞莲
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机构
鲁东大学生命科学学院
鲁东大学农学院
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出处
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第5期1089-1092,共4页
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基金
国家自然科学基金资助项目(31201199)
山东省自然科学基金项目(ZR2013CL013)
水稻生物学国家重点实验室开放项目(120201)
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文摘
运用生物信息学方法在miRBase搜索大豆miR-171(gma-miR-171)基因家族的序列,分析gma-miR-171序列的进化特征并预测其靶基因。结果表明,在miRBase中共搜索到21条gma-miR-171基因家族序列。序列分析发现,gma-miR-171基因家族序列保守性较差,只有2个碱基完全保守。对gma-miR-171基因进行定位,21个成员分散在12条染色体上,其中Chr06上gma-miR-171基因最多,共4个。进化分析表明,位于同一条染色体上的gma-miR-171基因没有表现出较近的亲缘关系。靶基因预测获得14个gma-miR-171基因家族的靶基因,包括蛋白激酶、磷酸酶、输出蛋白、转录因子等,说明gma-miR-171基因家族在大豆中具有广泛的调控功能。
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关键词
大豆
mir-171
基因家族
靶基因预测
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Keywords
soybean
mir- 171
gene family
target gene predicting
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分类号
S565.1
[农业科学—作物学]
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题名miR-171基因家族进化分析及靶基因预测
被引量:13
- 2
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作者
王艳芳
周瑞莲
赵彦宏
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机构
鲁东大学生命科学学院
鲁东大学农学院
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出处
《生命科学研究》
CAS
CSCD
2015年第6期479-483,共5页
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基金
国家自然科学基金资助项目(31201199)
山东省自然科学基金项目(ZR2013CL013)
水稻生物学国家重点实验室开放项目(120201)
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文摘
运用生物信息学方法在miRBase中搜索植物miR-171基因家族的序列,分析miR-171序列的进化特征并预测其靶基因。结果表明,在38种植物中共搜索到219条miR-171序列,大部分miR-171基因都存在于基因间隔区。进化分析表明,miR-171基因家族的进化与物种进化关联不大。采用3个miRNA靶基因预测软件对大豆和玉米miR-171基因的靶基因进行预测,发现了miR-171可能参与生长因子、转录因子、蛋白酶等的调控,作用范围非常广泛。
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关键词
mir-171
基因家族
分子进化
靶基因预测
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Keywords
mir-171
gene family
molecular evolution
prediction of target gene
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分类号
Q752
[生物学—分子生物学]
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