鸡miR-1749生物信息学分析及真核表达载体构建

为研究鸡miR-1749功能及其前体rs15860000(C>T)不同基因型对成熟miRNA生成的影响,采用Mfold软件预测C>T突变对miR-1749前体二级结构能值的影响;选用pc DNA3.1-EGFP质粒,构建miR-1749前体不同等位基因的真核表达载体并转染DF1细胞,检测成熟miR-1749的表达;利用Target Scan和miRDB软件预测miR-1749的靶基因,并将靶基因的并集在DAVID数据库进行GO功能富集和KEGG信号转导通路分析。Mfold预测结果显示,miR-1749前体C>T突变影响其前体二级结构自由能值;成功构建pc DNA3.1-EGFP-pre-miR-1749-C和pc DNA3.1-EGFP-pre-miR-1749-T真核表达载体,转染DF1细胞后,不同基因型重组质粒miR-1749的表达量均显著高于空质粒组(P<0.01),T等位基因成熟miR-1749的表达量显著高于C等位基因(P<0.05)。2个软件预测结果显示,miR-1749靶基因的并集有250个基因,这些基因显著富集于Ras蛋白信号转导调控、GTPase介导信号转导调控、细胞稳态及胚后发育的生物学过程和GnRH、MAPK及细胞黏附分子的信号转导通路。