目的:探讨肝细胞癌(HCC)患者血清及癌组织中miR-203a和其靶基因的表达及其与患者临床病理特征和预后的关系。方法:利用生物信息学方法从TargetScan、miRDB和PicTar网站预测HCC组织中miR-203a的靶基因,通过双荧光素酶报告基因实验进行验...目的:探讨肝细胞癌(HCC)患者血清及癌组织中miR-203a和其靶基因的表达及其与患者临床病理特征和预后的关系。方法:利用生物信息学方法从TargetScan、miRDB和PicTar网站预测HCC组织中miR-203a的靶基因,通过双荧光素酶报告基因实验进行验证。选取2018年1月至2019年6月在常州市金坛区第二人民医院手术切除的96例HCC患者的癌和癌旁组织标本、血清和临床资料,以及90例健康体检者的血清作为对照。qPCR法检测血清miR-203a水平,以及HCC组织和癌旁组织中miR-203a及其靶基因表达,比较分析不同临床病理特征HCC患者miR-203a及其靶基因表达。随访3年,采用Kaplan-Meier法进行生存(OS)分析。结果:从数据库筛选出HCC中miR-203a相关的靶基因共10个,包括APC、CDK6、GATA6、HOXD3、IGF1R、IGFBP5、KCNE2、PAQR3、PRMT5和SOSC3。HCC组织中mi R-203a和APC、PAQR3 mRNA表达水平均显著低于癌旁组织(均P<0.01),CDK6、GATA6、HOXD3、IGF1R、IGFBP5、KCNE2、PRMT5和SOSC3 m RNA表达水平均显著高于癌旁组织(均P<0.01);血清miR-203a、HCC组织miR-203a及其靶基因表达均与患者肿瘤临床分期、分化程度、肝功能分级、OS率有关(均P<0.01)。结论:HCC组织中miR-203a呈低表达,miR-203a及靶基因表达均与患者肿瘤临床分期、分化程度、肝功能及远期OS率有关。展开更多
【目的】试验旨在对hsa-miR-21-5p的序列保守性和靶基因进行生物信息学分析,为进一步探讨其在卵母细胞成熟过程中的功能及调节机制提供思路。【方法】从GEO数据库获取人卵母细胞不同成熟阶段对应的卵丘细胞基因表达谱数据(GSE31681),利...【目的】试验旨在对hsa-miR-21-5p的序列保守性和靶基因进行生物信息学分析,为进一步探讨其在卵母细胞成熟过程中的功能及调节机制提供思路。【方法】从GEO数据库获取人卵母细胞不同成熟阶段对应的卵丘细胞基因表达谱数据(GSE31681),利用R软件筛选差异表达基因(DEGs),通过FunRich软件预测DEGs的靶向miRNAs,找出hsa-miR-21-5p靶向的DEGs,获得miRNA-mRNA关系对;利用BLAST程序进行相似性比对,通过Mega 11.0软件构建系统进化树,采用ViennaRNA Web Services预测pre-miR-21-5p的二级结构;使用miRTarBase网站预测hsa-miR-21-5p靶基因,并进行GO功能和KEGG通路富集分析;通过STRING数据库建立蛋白质互作网络,并利用Cytoscape软件进行可视化分析。【结果】共筛选出7个卵母细胞成熟过程中GV/MⅡ期对应卵丘细胞中hsa-miR-21-5p靶向的DEGs。对物种间miR-21-5p序列分析发现,人pre-miR-21-5p与小鼠、褐家鼠、黄牛、绵羊、笔尾树鼩、猕猴的相似性均达95%以上,且miR-21-5p在进化过程中高度保守。ViennaRNA Web Services预测结果显示,pre-miR-21-5p的二级结构具有典型的单一茎环结构。靶基因预测发现,hsa-miR-21-5p共有潜在的723个靶基因。GO功能富集结果显示,靶基因主要富集到细胞增殖调控、内源性凋亡信号通路、蛋白激酶活性的正向调节等功能。KEGG通路富集表明,靶基因主要富集到MAPK和p53等信号通路。蛋白互作分析发现,靶基因MYC、FOXO 3、STAT 3等编码的蛋白与其他蛋白存在较多靶向关系,参与了PI3K/Akt、JAK-STAT等信号通路。【结论】miR-21-5p在生物进化过程中具有高度保守性,其主要通过调节卵丘细胞中相关基因的表达来调控MAPK和p53等信号通路,进而在卵母细胞成熟过程中发挥作用。展开更多
目的:通过对miR-29a进行靶基因预测及相关生物信息学分析,为miR-29a靶基因的实验验证提供数据支持,以期为深入研究miR-29a的生物学功能和调控机制提供理论指导。方法:利用PubMed检索miR-29a相关文章,通过miRBase在线工具分析miR-29a序...目的:通过对miR-29a进行靶基因预测及相关生物信息学分析,为miR-29a靶基因的实验验证提供数据支持,以期为深入研究miR-29a的生物学功能和调控机制提供理论指导。方法:利用PubMed检索miR-29a相关文章,通过miRBase在线工具分析miR-29a序列。应用TargetScan及miRNAda两种计算方法预测miR-29a靶基因并取其交集作为分析的基因集合,分别进行基因本体(gene ontology,GO)中的分子功能和生物学过程以及KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)生物通路富集分析。结果:(1)miR-29a序列在多物种间具有高度保守性。(2)两种方法预测miR-29a靶基因交集共191个。(3)miR-29a靶基因GO分子功能集中于转录因子活性、DNA结合和钙离子结合等(P<0.05);miR-29a靶基因GO生物学过程集中于调控转录、细胞粘附、细胞增殖与凋亡等(P<0.05);KEGG生物通路主要富集于PI3K-AKT信号通路、JAK-STAT信号通路、T细胞受体信号通路和胰岛素信号通路等信号转导通路,以及肺小细胞癌和子宫内膜癌等疾病通路(P<0.05)。结论:miR-29a可能通过参与多个靶基因信号通路的调控,在机体的多种生理病理过程中发挥重要作用,是一个颇有研究价值的生物学靶标。展开更多
文摘目的:探讨肝细胞癌(HCC)患者血清及癌组织中miR-203a和其靶基因的表达及其与患者临床病理特征和预后的关系。方法:利用生物信息学方法从TargetScan、miRDB和PicTar网站预测HCC组织中miR-203a的靶基因,通过双荧光素酶报告基因实验进行验证。选取2018年1月至2019年6月在常州市金坛区第二人民医院手术切除的96例HCC患者的癌和癌旁组织标本、血清和临床资料,以及90例健康体检者的血清作为对照。qPCR法检测血清miR-203a水平,以及HCC组织和癌旁组织中miR-203a及其靶基因表达,比较分析不同临床病理特征HCC患者miR-203a及其靶基因表达。随访3年,采用Kaplan-Meier法进行生存(OS)分析。结果:从数据库筛选出HCC中miR-203a相关的靶基因共10个,包括APC、CDK6、GATA6、HOXD3、IGF1R、IGFBP5、KCNE2、PAQR3、PRMT5和SOSC3。HCC组织中mi R-203a和APC、PAQR3 mRNA表达水平均显著低于癌旁组织(均P<0.01),CDK6、GATA6、HOXD3、IGF1R、IGFBP5、KCNE2、PRMT5和SOSC3 m RNA表达水平均显著高于癌旁组织(均P<0.01);血清miR-203a、HCC组织miR-203a及其靶基因表达均与患者肿瘤临床分期、分化程度、肝功能分级、OS率有关(均P<0.01)。结论:HCC组织中miR-203a呈低表达,miR-203a及靶基因表达均与患者肿瘤临床分期、分化程度、肝功能及远期OS率有关。
文摘【目的】试验旨在对hsa-miR-21-5p的序列保守性和靶基因进行生物信息学分析,为进一步探讨其在卵母细胞成熟过程中的功能及调节机制提供思路。【方法】从GEO数据库获取人卵母细胞不同成熟阶段对应的卵丘细胞基因表达谱数据(GSE31681),利用R软件筛选差异表达基因(DEGs),通过FunRich软件预测DEGs的靶向miRNAs,找出hsa-miR-21-5p靶向的DEGs,获得miRNA-mRNA关系对;利用BLAST程序进行相似性比对,通过Mega 11.0软件构建系统进化树,采用ViennaRNA Web Services预测pre-miR-21-5p的二级结构;使用miRTarBase网站预测hsa-miR-21-5p靶基因,并进行GO功能和KEGG通路富集分析;通过STRING数据库建立蛋白质互作网络,并利用Cytoscape软件进行可视化分析。【结果】共筛选出7个卵母细胞成熟过程中GV/MⅡ期对应卵丘细胞中hsa-miR-21-5p靶向的DEGs。对物种间miR-21-5p序列分析发现,人pre-miR-21-5p与小鼠、褐家鼠、黄牛、绵羊、笔尾树鼩、猕猴的相似性均达95%以上,且miR-21-5p在进化过程中高度保守。ViennaRNA Web Services预测结果显示,pre-miR-21-5p的二级结构具有典型的单一茎环结构。靶基因预测发现,hsa-miR-21-5p共有潜在的723个靶基因。GO功能富集结果显示,靶基因主要富集到细胞增殖调控、内源性凋亡信号通路、蛋白激酶活性的正向调节等功能。KEGG通路富集表明,靶基因主要富集到MAPK和p53等信号通路。蛋白互作分析发现,靶基因MYC、FOXO 3、STAT 3等编码的蛋白与其他蛋白存在较多靶向关系,参与了PI3K/Akt、JAK-STAT等信号通路。【结论】miR-21-5p在生物进化过程中具有高度保守性,其主要通过调节卵丘细胞中相关基因的表达来调控MAPK和p53等信号通路,进而在卵母细胞成熟过程中发挥作用。
文摘目的:通过对miR-29a进行靶基因预测及相关生物信息学分析,为miR-29a靶基因的实验验证提供数据支持,以期为深入研究miR-29a的生物学功能和调控机制提供理论指导。方法:利用PubMed检索miR-29a相关文章,通过miRBase在线工具分析miR-29a序列。应用TargetScan及miRNAda两种计算方法预测miR-29a靶基因并取其交集作为分析的基因集合,分别进行基因本体(gene ontology,GO)中的分子功能和生物学过程以及KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)生物通路富集分析。结果:(1)miR-29a序列在多物种间具有高度保守性。(2)两种方法预测miR-29a靶基因交集共191个。(3)miR-29a靶基因GO分子功能集中于转录因子活性、DNA结合和钙离子结合等(P<0.05);miR-29a靶基因GO生物学过程集中于调控转录、细胞粘附、细胞增殖与凋亡等(P<0.05);KEGG生物通路主要富集于PI3K-AKT信号通路、JAK-STAT信号通路、T细胞受体信号通路和胰岛素信号通路等信号转导通路,以及肺小细胞癌和子宫内膜癌等疾病通路(P<0.05)。结论:miR-29a可能通过参与多个靶基因信号通路的调控,在机体的多种生理病理过程中发挥重要作用,是一个颇有研究价值的生物学靶标。
