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龙眼miR172家族成员进化特性及其时空表达分析
被引量:
7
1
作者
张舒婷
朱晨
+7 位作者
王培育
陈旭
陈晓慧
白玉
张梓浩
陈裕坤
赖钟雄
林玉玲
《果树学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第11期1385-1393,共9页
【目的】研究龙眼miR172家族的进化特性及其在龙眼不同组织部位中的表达模式。【方法】采用生物信息学分析及实时荧光定量PCR的方法,对龙眼miR172家族5条前体(pre-miR172)序列及1条成熟体序列进行分析,并预测其前体二级结构,构建系统发...
【目的】研究龙眼miR172家族的进化特性及其在龙眼不同组织部位中的表达模式。【方法】采用生物信息学分析及实时荧光定量PCR的方法,对龙眼miR172家族5条前体(pre-miR172)序列及1条成熟体序列进行分析,并预测其前体二级结构,构建系统发育进化树,预测靶基因及分析不同组织部位的定量表达情况。【结果】对龙眼miR172家族5条前体序列进行多序列比对,发现miR172家族两端相对保守,中间区域则形成各自的特异性区域。对miR172家族5条前体及1条成熟体进行多序列比对,发现6条序列间存在1个约20个碱基的保守区域,推测该区域可能为miR172家族成熟体所在区域。Mfold软件预测结果显示,pre-miR172家族成员均能形成典型的茎环二级结构,其最小折叠自由能为-35.80^-54.45 kal·mol-1,较为稳定。系统发育进化树结果显示,龙眼pre-miR172家族成员与甜橙、毛果杨等植物的miR172亲缘关系较近。靶基因预测结果显示,龙眼miR172a的靶基因包括AP2、蝶呤型钼辅因子(molybdopterin cofactor)、谷氨酰-t RNA(glutamyl-t RNA)、假定蛋白(hypothetical protein)等。实时荧光定量PCR结果显示,miR172家族各成员在龙眼不同组织部位中的表达模式总体相似,均在叶芽和生殖生长阶段中大量表达,在营养生长阶段及果实中表达量则较低,但dlo-miR172-scaffold4293特异地在叶片中高表达。【结论】龙眼miR172家族在进化过程中保守性与特异性并存,且可能参与了龙眼部分器官的形成及发育过程。
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关键词
龙眼
mir172家族
进化特性
实时荧光定量PCR
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职称材料
植物miR172家族成员进化与分子特性分析
被引量:
8
2
作者
刘炜婳
林玉玲
+2 位作者
林争春
倪珊珊
赖钟雄
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2018年第3期525-533,共9页
为了解植物miR172家族成员的进化与分子特性,对mi Rbase数据库中37个物种的161个miR172前体序列和196个miR172成熟体序列进行进化规律分析,并对植物miR172家族的保守基序、二级结构和靶基因进行预测分析。结果表明:miR172家族成员分布...
为了解植物miR172家族成员的进化与分子特性,对mi Rbase数据库中37个物种的161个miR172前体序列和196个miR172成熟体序列进行进化规律分析,并对植物miR172家族的保守基序、二级结构和靶基因进行预测分析。结果表明:miR172家族成员分布的37个物种都是被子植物,被子植物很可能是miR172家族进化来源的祖先。进化分析表明,植物miR172家族成员序列相似性是其聚类的首要影响因素,其次才是物种差异的影响。植物miR172家族成员成熟体序列分析表明,5p臂上形成的成熟体序列特异性较大,3p臂上形成的成熟体序列保守性较高。二级结构分析发现,植物miR172家族成员具有典型的茎环二级结构,且茎序列的保守性较环序列高。植物miR172前体序列包含1个UNCG环。靶基因预测分析发现,同一物种不同miR172成员的靶基因可能不同;不同物种miR172的靶基因也可能不同,AP2或AP2-like出现频率最高,其次还有arginine decarboxylase 1、Pathogenesis-related、MYB84等靶基因,表明其靶基因功能的多样性。
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关键词
mir172家族
进化规律
分子特性
二级结构
靶基因
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职称材料
杜仲miR172基因家族的生物信息学分析与功能预测
被引量:
1
3
作者
叶靖
杨元玲
+2 位作者
史庆秋
吴龙飞
宋国涛
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2022年第1期70-78,共9页
为了解杜仲miR172家族成员的进化特征及其在杜仲生长发育过程中的作用。从杜仲小RNA高通量测序结果(登录号:SRP216820)及已发表文献中获取杜仲miR172家族前体和成熟体序列,进行序列比对、WebLogo保守性分析、系统发育树构建、前体茎环...
为了解杜仲miR172家族成员的进化特征及其在杜仲生长发育过程中的作用。从杜仲小RNA高通量测序结果(登录号:SRP216820)及已发表文献中获取杜仲miR172家族前体和成熟体序列,进行序列比对、WebLogo保守性分析、系统发育树构建、前体茎环结构预测、启动子结构分析、靶基因预测及功能预测。结果表明,杜仲miR172家族共有8条前体和8条成熟体序列,且前体序列均能形成稳定的茎环结构;序列比对和WebLogo分析表明,除eu-miR172d-5p以外的其他7个成员的成熟体序列保守性较高,但前体序列的保守性均较低;进化分析表明,该家族成熟体进化高度保守,而前体的进化保守性较低;启动子分析表明,杜仲miR172家族启动子包含丰富的光反应原件及激素响应元件和胁迫响应元件,说明其可能调控杜仲的花器官形成和发育及逆境胁迫响应等过程;靶基因预测表明,杜仲miR172家族的靶基因数目较多,其靶基因参与杜仲的生长发育和逆境胁迫等过程,该小RNA家族成员主要调控AP2基因的表达。表明杜仲miR172家族成员在进化过程中既保守又有一定分化,其主要通过调控AP2基因的表达在杜仲生长发育过程中发挥重要调控作用。
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关键词
杜仲
mir172家族
进化特征
靶基因
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职称材料
题名
龙眼miR172家族成员进化特性及其时空表达分析
被引量:
7
1
作者
张舒婷
朱晨
王培育
陈旭
陈晓慧
白玉
张梓浩
陈裕坤
赖钟雄
林玉玲
机构
福建农林大学园艺植物生物工程研究所
出处
《果树学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第11期1385-1393,共9页
基金
福建省自然科学基金杰出青年项目(2015J06004)
国家自然科学基金(31672127
+3 种基金
31572088)
福建省重大专项(2015NZ0002-1)
福建省新世纪人才项目(20151104)
福建农林大学"杰出青年科研人才"培养专项基金(xjq201405)
文摘
【目的】研究龙眼miR172家族的进化特性及其在龙眼不同组织部位中的表达模式。【方法】采用生物信息学分析及实时荧光定量PCR的方法,对龙眼miR172家族5条前体(pre-miR172)序列及1条成熟体序列进行分析,并预测其前体二级结构,构建系统发育进化树,预测靶基因及分析不同组织部位的定量表达情况。【结果】对龙眼miR172家族5条前体序列进行多序列比对,发现miR172家族两端相对保守,中间区域则形成各自的特异性区域。对miR172家族5条前体及1条成熟体进行多序列比对,发现6条序列间存在1个约20个碱基的保守区域,推测该区域可能为miR172家族成熟体所在区域。Mfold软件预测结果显示,pre-miR172家族成员均能形成典型的茎环二级结构,其最小折叠自由能为-35.80^-54.45 kal·mol-1,较为稳定。系统发育进化树结果显示,龙眼pre-miR172家族成员与甜橙、毛果杨等植物的miR172亲缘关系较近。靶基因预测结果显示,龙眼miR172a的靶基因包括AP2、蝶呤型钼辅因子(molybdopterin cofactor)、谷氨酰-t RNA(glutamyl-t RNA)、假定蛋白(hypothetical protein)等。实时荧光定量PCR结果显示,miR172家族各成员在龙眼不同组织部位中的表达模式总体相似,均在叶芽和生殖生长阶段中大量表达,在营养生长阶段及果实中表达量则较低,但dlo-miR172-scaffold4293特异地在叶片中高表达。【结论】龙眼miR172家族在进化过程中保守性与特异性并存,且可能参与了龙眼部分器官的形成及发育过程。
关键词
龙眼
mir172家族
进化特性
实时荧光定量PCR
Keywords
Longan
mir
172
family
Evolutionary characteristics
Real-time quantitative PCR
分类号
S667.2 [农业科学—果树学]
下载PDF
职称材料
题名
植物miR172家族成员进化与分子特性分析
被引量:
8
2
作者
刘炜婳
林玉玲
林争春
倪珊珊
赖钟雄
机构
福建农林大学园艺植物生物工程研究所
出处
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2018年第3期525-533,共9页
基金
国家自然科学基金(No.31572088
No.31078717)
福建省重大科技专项(No.2015NZ0002-1)
文摘
为了解植物miR172家族成员的进化与分子特性,对mi Rbase数据库中37个物种的161个miR172前体序列和196个miR172成熟体序列进行进化规律分析,并对植物miR172家族的保守基序、二级结构和靶基因进行预测分析。结果表明:miR172家族成员分布的37个物种都是被子植物,被子植物很可能是miR172家族进化来源的祖先。进化分析表明,植物miR172家族成员序列相似性是其聚类的首要影响因素,其次才是物种差异的影响。植物miR172家族成员成熟体序列分析表明,5p臂上形成的成熟体序列特异性较大,3p臂上形成的成熟体序列保守性较高。二级结构分析发现,植物miR172家族成员具有典型的茎环二级结构,且茎序列的保守性较环序列高。植物miR172前体序列包含1个UNCG环。靶基因预测分析发现,同一物种不同miR172成员的靶基因可能不同;不同物种miR172的靶基因也可能不同,AP2或AP2-like出现频率最高,其次还有arginine decarboxylase 1、Pathogenesis-related、MYB84等靶基因,表明其靶基因功能的多样性。
关键词
mir172家族
进化规律
分子特性
二级结构
靶基因
Keywords
mir
172
family
evolutionary regularity
molecular characteristics
secondary structure
target genes
分类号
Q789 [生物学—分子生物学]
下载PDF
职称材料
题名
杜仲miR172基因家族的生物信息学分析与功能预测
被引量:
1
3
作者
叶靖
杨元玲
史庆秋
吴龙飞
宋国涛
机构
石河子大学农学院林学系
出处
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2022年第1期70-78,共9页
基金
石河子大学高层次人才科研启动项目(RCZK201948)。
文摘
为了解杜仲miR172家族成员的进化特征及其在杜仲生长发育过程中的作用。从杜仲小RNA高通量测序结果(登录号:SRP216820)及已发表文献中获取杜仲miR172家族前体和成熟体序列,进行序列比对、WebLogo保守性分析、系统发育树构建、前体茎环结构预测、启动子结构分析、靶基因预测及功能预测。结果表明,杜仲miR172家族共有8条前体和8条成熟体序列,且前体序列均能形成稳定的茎环结构;序列比对和WebLogo分析表明,除eu-miR172d-5p以外的其他7个成员的成熟体序列保守性较高,但前体序列的保守性均较低;进化分析表明,该家族成熟体进化高度保守,而前体的进化保守性较低;启动子分析表明,杜仲miR172家族启动子包含丰富的光反应原件及激素响应元件和胁迫响应元件,说明其可能调控杜仲的花器官形成和发育及逆境胁迫响应等过程;靶基因预测表明,杜仲miR172家族的靶基因数目较多,其靶基因参与杜仲的生长发育和逆境胁迫等过程,该小RNA家族成员主要调控AP2基因的表达。表明杜仲miR172家族成员在进化过程中既保守又有一定分化,其主要通过调控AP2基因的表达在杜仲生长发育过程中发挥重要调控作用。
关键词
杜仲
mir172家族
进化特征
靶基因
Keywords
Eucommia ulmoides
mir
172
family
evolutionary characteristics
target gene
分类号
S727.34 [农业科学—林木遗传育种]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
龙眼miR172家族成员进化特性及其时空表达分析
张舒婷
朱晨
王培育
陈旭
陈晓慧
白玉
张梓浩
陈裕坤
赖钟雄
林玉玲
《果树学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017
7
下载PDF
职称材料
2
植物miR172家族成员进化与分子特性分析
刘炜婳
林玉玲
林争春
倪珊珊
赖钟雄
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2018
8
下载PDF
职称材料
3
杜仲miR172基因家族的生物信息学分析与功能预测
叶靖
杨元玲
史庆秋
吴龙飞
宋国涛
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2022
1
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职称材料
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