miRBase-microRNA序列数据库

miRBase是集miRNA命名、序列存储、注释、靶标预测和搜索功能于一身的主要在线数据库。使用者可以通过名称、关键词或序列等方式进行检索,并可通过链接查询有关该miRNA的主要文献,对miRNA进行基因组背景分析及靶标预测等。

获得构建miRNA高表达载体的pre-miRNA及其侧翼DNA序列的生物信息学方法

近年研究发现pre-miRNA发夹结构两侧的序列对miRNA的成熟至关重要。文章主要介绍了利用"miRBase"和"Ensembl"数据库获得构建microRNA高表达载体的pre-miRNA及其侧翼DNA序列的生物信息学方法:即先通过"miRBase"数据库获得pre-miRNA在"Ensembl"数据库的位置链接;然后在"Ensembl"数据库内获得pre-miRNA在基因组上的位置及碱基序列;最后在pre-miRNA序列导出窗口5'和3'侧翼序列输入框内填写所需侧翼序列的长度,进而获得pre-miRNA及其侧翼的DNA序列。