miRNA靶位点多态性与大肠癌的研究进展

特异微小RNA(miRNA)的过度表达和沉默与大肠癌(colorectal cancer,CRC)的发生发展相关。目前发现,miRNA的调节作用同时受其靶位点多态性的影响,并参与了多种恶性肿瘤的演进。该文将就miRNA靶位点的多态性作为遗传标志物在肿瘤风险预警中的潜在作用作一综述,旨在为阐明CRC易感性和药物反应性个体差异提供新的解释。

鸡Lpin1基因3′-UTR遗传变异及其对miRNA结合位点的潜在效应

【目的】研究鸡Lpin1基因3′-UTR遗传变异/单倍型及其在品种间的分布,并预测这些变异对miRNA结合位点的潜在效应。【方法】根据鸡Lpin1基因组序列(GenBank登录号:NC_006090)设计一对特异性引物,采用PCR直接测序结合克隆测序的方法,进行鸡Lpin1基因3′-UTR及其邻近外显子在品种间的遗传变异/单倍型分析【。结果】①从6个品种中发现了8个变异位点,包含两个插入/缺失变异。这些变异均位于鸡Lpin1基因的3′-UTR,3′-UTR的变异频率为17SNPs/kb;②在鸡Lpin1基因3′-UTR区域,从固始鸡、卢氏绿壳蛋鸡中分别检测到7个变异位点,未检测到河南斗鸡品种内的变异;③用次要等位基因频率≥5%的6个变异位点(g.11A>T,g.77C>G,g.108_109delinsG,g.110_111delinsG,g.270A>G和g.348G>T)进行单倍型的构建和分析,从6个品种鸡中共检测到6种单倍型,其中P1和P4单倍型是群体的优势单倍型,频率均大于30%,河南斗鸡仅包含一种单倍型;④g.77C>G变异可引起多个miRNA结合位点的增加/丢失。【结论】鸡Lpin1基因3′-UTR具有丰富的变异,3′-UTR变异位点/单倍型在品种间的分布存在明显的差异。

基于多工具的山羊circRNA-miRNA靶向关系分析

环状RNA(circular RNA,circRNA)是一类共价键成环、高稳定性的非编码RNA分子,不包含5'端帽子和3'poly A尾,其发挥调控作用的机制之一是利用“分子海绵”作用吸附microRNA(miRNA)。miRNA靶标预测工具众多,但大多不支持山羊miRNA靶标的预测。本研究选择5款支持序列分析的本地化miRNA靶标预测工具来进行山羊环状RNA circ_0008219序列中miRNA结合关系的联合预测,介绍了上述软件的安装、使用和分析等内容;获得了10个潜在候选miRNA,选取其中5个8mer site类型的miRNA,利用双荧光素酶报告系统研究发现4个miRNA可与靶序列结合。本研究表明利用多种支持序列分析的本地化工具进行联合预测miRNA靶标具有较高的阳性率,可为circRNA与miRNA靶向关系预测提供新的思路和方法。