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基于TCGA数据库分析miRNA-151a-3p在食管癌中的表达及与免疫细胞浸润的相关性
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作者 黄恒彬 《医学理论与实践》 2023年第13期2166-2170,共5页
目的:采用生物信息学数据库癌症基因组图谱(TCGA)分析miRNA-151a-3p在食管癌(ESCA)中的表达情况及临床意义,研究miRNA-151a-3p在ESCA中与免疫细胞浸润的相关性。方法:样本下载:从TCGA数据库下载182例ESCA组织(肿瘤组)与16例癌旁组织(癌... 目的:采用生物信息学数据库癌症基因组图谱(TCGA)分析miRNA-151a-3p在食管癌(ESCA)中的表达情况及临床意义,研究miRNA-151a-3p在ESCA中与免疫细胞浸润的相关性。方法:样本下载:从TCGA数据库下载182例ESCA组织(肿瘤组)与16例癌旁组织(癌旁对照组)miRNAseq以及对应的临床数据;分析miRNA-151a-3p在ESCA中的表达情况;使用R软件中的pROC包制作受试者工作特征曲线(ROC)评价miRNA-151a-3p诊断ESCA的特异性和敏感性,并使用R软件中的survminer包绘制K-M生存曲线研究miRNA-151a-3p的表达水平对ESCA患者预后的影响。通过R软件中的GSVA包ssGSEA算法研究miRNA-151a-3p在ESCA中与免疫细胞浸润的相关性。运用Targetscan数据库对miRNA-151a-3p靶基因进行预测并通过DAVID在线分析工具对预测得到的靶基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:miRNA-151a-3p在ESCA肿瘤组中的表达水平显著高于癌旁对照组,差异有统计学意义(P<0.001);K-M生存曲线分析差异无统计学意义(P>0.05),表明miRNA-151a-3p的表达水平与ESCA患者的预后无关;分析ROC曲线得出其曲线下面积(AUC)为0.814,在ESCA的诊断中具有良好的特异性和敏感性;研究miRNA-151a-3p在ESCA中与免疫细胞浸润的相关性,表明miRNA-151a-3p与树突状细胞、巨噬细胞、肥大细胞、NK细胞、Tcm细胞、Th1细胞的浸润水平呈负相关性。GO分析结果显示miRNA-151a-3p靶基因主要参与RNA聚合酶Ⅱ转录的正负调节、细胞凋亡、蛋白质结合等生物学进程(P<0.05)。KEGG分析结果显示miRNA-151a-3p靶基因显著富集于MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、肿瘤中枢碳代谢等信号通路上(P<0.05)。结论:miRNA-151a-3p在ESCA的诊断中具有较高的特异性和敏感性。对miRNA-151a-3p靶基因富集分析,结果显示其富集的信号通路均与肿瘤密切相关,并且其可能通过树突状细胞、巨噬细胞、肥大细胞、NK细胞、Tcm细胞、Th1细胞影响肿瘤免疫微环境进而促进ESCA的发生、发展,因此miRNA-151a-3p有望成为ESCA患者诊疗的新分子标志物。 展开更多
关键词 mirna-151a-3p 食管癌 癌症基因组图谱 免疫细胞浸润 富集分析
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miRNAs在原发性肝癌中的表达及临床意义分析 被引量:7
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作者 周卫 赵林静 高建芝 《中国医药导刊》 2018年第2期97-101,共5页
目的:验证miRNAs在肝癌及癌旁组织样本中的表达,并探讨miRNAs表达水平与2年乙肝相关性肝癌复发转移的相关性。方法:采用实时荧光定量逆转录聚合酶链式反应(real-time PCR)检测miR-21、miR-151、miR-96及miR-198在30例肝癌及癌旁组织样... 目的:验证miRNAs在肝癌及癌旁组织样本中的表达,并探讨miRNAs表达水平与2年乙肝相关性肝癌复发转移的相关性。方法:采用实时荧光定量逆转录聚合酶链式反应(real-time PCR)检测miR-21、miR-151、miR-96及miR-198在30例肝癌及癌旁组织样本中的表达情况,并分析miRNAs的表达水平与临床病理特征的关系。结果:与癌旁组织相比,miR-21、miR-96及miR-151肝癌组织较癌旁组织中表达上调,占总体样本的76.7%、70%、66.7%;而miR-198在肝癌组织中表达下调,占总体样本的66.7%。通过对临床资料的分析,本研究发现miRNAs在肝癌组织中的表达差异与肝癌患者肿瘤数目、分化程度、TNM分期、门静脉癌栓及2年复发转移等密切相关(P<0.05)。结论:miRNAs在肝癌及癌旁组织样本中的表达水平存在明显差异,并与肝癌的恶性表型显著相关;miR-21、miR-151和miR-96能促进肝癌的侵袭转移,而miR-198能抑制肝癌的侵袭转移;miRNAs的共同作用可影响患者的预后。 展开更多
关键词 mirna-21 mirna-198 mirna-151 mirna-96 肝癌 复发转移
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Structure of precursor micro RNA's terminal loop regulates human Dicer's dicing activity by switching DExH/D domain 被引量:1
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作者 Zhongmin Liu Jia Wang +1 位作者 Gang Li Hong-Wei Wang 《Protein & Cell》 SCIE CAS CSCD 2015年第3期185-193,共9页
Almost all pre-miRNAs in eukaryotic cytoplasm are recognized and processed into double-stranded microRNAs by the endonuclease Dicer protein comprising of multiple domains. As a key player in the small RNA induced gene... Almost all pre-miRNAs in eukaryotic cytoplasm are recognized and processed into double-stranded microRNAs by the endonuclease Dicer protein comprising of multiple domains. As a key player in the small RNA induced gene silencing pathway, the major domains of Dicer are conserved among different species with the exception of the N-terminal components. Human Dicer's N-terminal domain has been shown to play an autoinhibitory function of the protein's dicing activity. Such an auto-inhibition can be released when the human Dicer protein dimerizes with its partner protein, such as TRBP, PACT through the N-terminal DExH/D (ATPase- helicase) domain. The typical feature of a pre-miRNA contains a terminal loop and a stem duplex, which bind to human Dicer's DExH/D (ATPase-helicase) domain and PAZ domain respectively during the dicing reaction. Here, we show that pre-miRNA's terminal loop can regulate human Dicer's enzymatic activity by interacting with the DExH/D (ATPase-helicase) domain. We found that various editing products of pre-miR-151 by the ADAR1P110 protein, an A-to-I editing enzyme that modifies pre-miRNAs sequence, have different terminal loop structures and different activity regulatory effects on human Dicer. Single particle electron microscopy reconstruction revealed that pre-miRNAs with different terminal loop structures induce human Dicer's DExH/D (ATPase-helicase) domain into different conformational states, in correlation with their activity regulatory effects. 展开更多
关键词 human Dicer DExH/D (ATPase-helicase)domain pre-mirna-151 A-to-I editing single particle electron microscopy
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