microRNA计算发现方法的研究进展

microRNA(miRNA)是近几年发现的一类长度为～21nt的内源非编码小RNA,在植物和动物中发挥着重要而广泛的调控功能。它的发现主要有cDNA克隆测序和计算发现两条途径。由于cDNA克隆测序方法受miRNA表达的时间和组织特异性以及表达水平的影响,而计算发现可以弥补其不足,因此miRNA的计算发现方法研究受到了广泛的重视。文章对近几年计算发现miRNA的研究进展进行了综述,根据计算发现方法的本质,将计算发现方法归纳为5类,分别是同源片段搜索方法、基于比较基因组学的预测方法、基于序列和结构特征打分的预测方法、结合作用靶标的预测方法和基于机器学习的预测方法,并对各类方法的原理、核心思想、优点和局限性进行了分析,最后探讨了进一步的发展方向。

计算方法预测microRNA研究进展

microRNA(miRNA)是一类内源性、长度为19-24个碱基的非编码小分子RNA。它在调控动植物的基因表达、生长发育等方面起着重要的作用。现阶段寻找miRNA的方法主要分为实验方法和计算预测两大类,其中,实验的方法很难测定表达量偏低或者特异表达的miRNA,也不适合进行基因组范围的发现。而计算预测的方法则恰好可以弥补这些不足。总结近几年计算预测miRNA的方法,归纳为三类,分别是基于同源性比较的方法、基于机器学习的方法和基于高通量测序的方法。最后对miRNA计算预测方法未来的发展方向作出了探讨。