海南五指山猪遗传多样性的微卫星分析

海南五指山猪 (Wuzhishanpig)是我国珍稀的小型猪品种。它的解剖学、生理学、疾病发生机理等都与人类极其相似 ,具有重要的应用价值 ,可用于心血管病、皮肤烧伤和新药评价等许多方面的研究。作者利用多重PCR和基因扫描技术对五指山猪 32个微卫星基因座进行了遗传检测。统计了全群、核心群和近交群的等位基因组成 ,并计算了它们的平均纯合率、多态信息含量 (PIC)和平均杂合度。结果显示 ,全群、核心群和近交群 32个基因座的平均等位基因数分别为 14 .5 90个、9.4 10个、13.6 6 0个 ,平均基因纯合率分别为 4 4 %、4 4 .3%、4 4 % ,平均PIC分别为0 .74 2、0 .70 8、0 .731,平均杂合度分别为 0 .5 6 0、0 .5 5 8、0 .5 5 9。这表明海南五指山猪虽然遗传基础比较稳定 ,但仍具有较大的遗传变异。上述结果对于海南五指山猪的保种、定向选育。

利用微卫星标记对中国4种小型猪的遗传多样性研究

本研究通过 1 0个微卫星位点对我国特有的 4个小型猪种 (五指山猪、滇南小耳猪、贵州小型香猪、巴马香猪 )进行了遗传学检测 ,结果表明 :除S0 0 0 3位点表现为单态外 ,其它 9个位点均为高度或中度多态位点 ;4个小型猪种群体内的遗传多样性比较高 ,平均基因杂合度分别为 0 71 65、0 661 1、0 660 2、0 5990 ;多态信息含量在 0 5774～0 6871之间 ;五指山猪与贵州小型香猪的遗传距离较近 ,与滇南小耳猪次之 。

利用微卫星标记分析7品种(类群)小型猪的遗传多样性

采用世界粮农组织（FAO）和国际动物遗传学会（ISAG）推荐的27个微卫星，对久仰香猪、剑白香猪、从江香猪、环江香猪、黑香猪（贵州省种猪场）、五指山猪和滇南小耳猪等我国7个小型猪种（类群）及杜洛克、长白和大白等3个外来猪种的群内遗传变异性和群间遗传差异进行了分析。结果表明，7个小型猪品种（类群）均有较高的群内遗传变异，但久仰、剑白、从江和环江4个香猪类群的群内遗传变异（平均多态信息含量（PIO）为0．61～0．64）显著低于其他3个小型猪种（平均PIC为0．80—0．84）。久仰、剑白、从江和环江4个香猪类群彼此间的遗传差异较小（奈氏标准遗传距离为0．12～0．22），但它们与其他3个小型猪种有较大的遗传差异（奈氏标准遗传距离为1．61～1.96），与3个外来猪种的遗传差异更大（奈氏标准遗传距离为1．97—3.30）。通过聚类分析，可将这些猪种清晰地分为3大类，久仰、剑白、从江和环江4个香猪类群紧密地聚为一类，其他3个小型猪种聚为一类，3个外来猪种聚为另一类。这一结果基本符合这些猪种的地理分布和品种来源。

南阳黑猪与栾川黑猪的种群遗传关系研究

利用10个微卫星位点对南阳黑猪和栾川黑猪的遗传关系进行研究。计算并统计了平均观察等位基因数、平均有效等位基因数、平均多态信息含量、平均期望杂合度、平均观察杂合度、遗传相似系数和遗传距离等遗传参数,并进行t检验分析。结果表明,10个微卫星位点在南阳黑猪46个个体中共检测到116个等位基因,平均每个位点有11.6个等位基因;在栾川黑猪30个个体中共检测到88个等位基因,平均每个位点8.8个。各遗传参数t检验分析结果显示:南阳黑猪与栾川黑猪间均有极显著性差异(P<0.01)。南阳黑猪和栾川黑猪群体间遗传相似系数为0.7317,遗传距离为0.3124。研究表明,南阳黑猪与栾川黑猪两群体间存在显著遗传分化,因而可能属于不同的黑猪品种。

房山封闭群小型猪微卫星位点的测定

目的依据北京市地方标准DB11/T828.3-2011,在DNA水平上对房山封闭群小型猪进行种群遗传质量评价与分析。方法按照北京市地方标准DB11/T828.3-2011规定,利用25对微卫星引物,对22头房山封闭群小型猪进行PCR检测,利用群体遗传分析软件Popgen32对所得结果进行处理。结果 25对引物中,4对引物经反复调整PCR反应条件不能得到稳定扩增结果,其余21对引物得以稳定扩增;共得到91个有效等位基因型,平均多态性信息含量(PIC)为0.4630,平均杂合度为0.5331。同时,SWr1008位点上的产物与DB11/T828.3-2011标准有所差异;标准对SW271位点所在染色体报道也与美国农业部官网等数据库不同。结论房山封闭群小型猪群体具有一定的遗传稳定性,符合封闭群动物的遗传结构特征。

北京中国农大小型猪三个亚系群体的遗传状况分析

目的对北京地区中国农大小型猪三个亚系群体进行遗传质量评价与分析。方法利用DB11/T828.3-2011中的25对微卫星引物,对3个中国农大小型猪亚系群体进行微卫星分型,利用群体遗传分析软件Popgen32对所得结果进行处理分析。结果农大I系、农大II系和农大III系小型猪群体分别得到130、122和138个等位基因,平均杂合度分别为0.6759、0.5967、0.6779,平均多态信息含量(PIC)分别为0.6344、0.5540、0.6403;农大II系和农大III系的遗传距离为0.4251,农大I系与农大II系的遗传距离为0.2084。结论三个亚系中,农大II系和农大III系小型猪均具有较好的遗传多样性和稳定性,符合封闭群动物的群体遗传特征。

一个剑白香猪实验群体的遗传多样性

选用荧光标记的19个微卫星DNA标记,通过PCR扩增和AB13700遗传分析仪基因分型,对贵阳中医学院实验猪场的一个剑白香猪群体进行了遗传多样性研究。结果表明,在19个微卫星位点中,仅S0128位点存在哑等位基因(Null allele),SW951和S0218两个位点极显著地偏离哈德-温伯格平衡,其他位点皆处于哈德-温伯格平衡状态;该剑白香猪实验群体的平均等位基因数、平均多态信息含量和平均期望杂合度分别是3.680、0.452和0.521,在近期内没有发生过瓶颈效应。并用STRUCTURE软件对所研究的群体进行了群体结构的分析,表明作为实验猪群的剑白香猪群体,虽经多年的培育,仍然保持了较丰富的遗传多样性。

西藏小型猪群体遗传结构分析

目的了解西藏小型猪的群体遗传结构。方法针对所优选出的40个微卫星位点设计引物,对35头南方医科大学饲养的西藏小型猪样本进行PCR扩增,扩增产物采用STR扫描技术进行测定,分析西藏小型猪的群体遗传结构。结果西藏小型猪群体平均有效等位基因数为4.6187,平均杂合度为0.7576,平均多态性信息含量0.7463。结论西藏小型猪群体具有丰富的遗传多样性,符合封闭群动物遗传特性。

筛选适用于小型猪遗传检测的微卫星位点

目的筛选用于封闭群小型猪遗传检测的微卫星位点。方法从资料和GenBank中选取扩增效果好、等位基因多、均匀分布于小型猪18条常染色体和X染色体上的100个微卫星位点,合成引物,对封闭群小型猪基因组进行PCR扩增及条件优化。PCR产物采用琼脂糖凝胶电泳、聚丙烯酰胺凝胶电泳和STR扫描技术进行分析和比较,选择多态性好的位点。结果筛选出32个分布于不同染色体且等位基因多的微卫星位点。结论筛选出了应用于封闭群小型猪遗传检测的微卫星位点。

云南高黎贡山猪微卫星DNA多态性分析

高黎贡山猪是云南省独特的小型猪种,其肌内脂肪的非饱和脂肪酸和营养必需脂肪酸的含量远高于其他猪种,具有发展优质保健猪肉的良好潜质。本研究选用世界粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)联合推荐的20个微卫星位点对高黎贡山猪和杂种群体进行遗传学检测和分析。结果表明:20个微卫星座位在群体中均表现为多态,每位点等位基因数2～5个。群体平均多态信息含量高黎贡山猪为0.6829,杂种群体为0.5924,平均杂合度分别为0.7302和0.6465。