浦市黑猪保种群体基于SNP芯片的遗传结构分析

【目的】通过SNP芯片技术分析浦市黑猪群体遗传多样性和家系结构,为保护和利用浦市黑猪资源提供支撑。【方法】利用“中芯一号”50K SNP芯片,对79头成年浦市黑猪(10头公猪、69头母猪)进行SNP测定,采用多种分析软件(Plink、 Gmatix及Mega X)对群体遗传多样性和亲缘关系开展分析,进而构建群体家系结构。【结果】在79头浦市黑猪中共检出57 466个SNPs位点,平均基因型检出率为99.15%。遗传多样性分析提示SNP位点具有多态性,群体存在近交(有效群体含量Ne仅为1.5,且平均观察杂合度<平均期望杂合度)。群体平均状态同源(Idengtical by state,IBS)遗传距离为(0.294 9±0.072 6),公猪为(0.277 1±0.091 8),共检测到长纯合片段(Runs of hemozygosity,ROH)(29.60±16.12)个,其中长度在0~100 Mb的占40.5%,且群体基于ROH的平均近交系数为0.108。IBS距离矩阵、G矩阵结果以及群体ROH值的分析结果均反映出群体内个体之间存在较近的亲缘关系。根据群体进化树结果,将群体划分成2个含公猪的家系,以及1个不含公猪的家系。【结论】浦市黑猪群体家系少,各家系的个体数量差异大,近交程度高。因此,应注重引入或创建新的血统,扩大有效群体含量,降低近交系数。

版纳小耳猪近交系5家系35个微卫星座位的遗传分析

利用３５个微卫星座位对版纳小耳猪近交系５个家系进行了遗传检测。统计各家系的等位基因组成，计算各家系的平均基因纯合率，利用基因频率计算出各家系的平均杂合度及品系间的遗传距离，并进行系统聚类。结果表明各家系的平均基因纯合率均较高，其１５１家系达到８８．７９％；ＰＩＣ（多态信息含量）和平均杂合度均较普通商品猪低；各家系等位基因组成差别较大；各家系间亲缘关系与其近交过程一致。据此认为版纳小耳猪近交系５家系均具有较高的近交程度；其基因多态性和遗传多样性较普通商品猪低；各家系均已构成独立遗传群体。

五种品系猪亲缘关系的RAPD分析

应用190个RAPD引物对贵州小型猪,巴马小型猪、西双版纳近交系小耳猪JB和JS亚系、荣昌猪Ⅰ系、长白猪的亲缘关系进行了初步分析,其中39个引物的扩增结果具有非常明显的品系间多态性,将其扩增结果以RAPDistancepackageVersion1 04程序进行分析,计算相对遗传距离指数1 -F,再用NJ法进行聚类分析,构建系统树。结果表明,三种小型猪相互间亲缘关系较近,尤以贵州小型猪与巴马小型猪更近。荣昌猪Ⅰ系和长白猪关系较近,但与小型猪关系较远。

贵州小型香猪和广西巴马小型猪微卫星位点的遗传学分析

利用35个微卫星位点对贵州小型香猪、广西巴马小型猪的封闭群进行了遗传检测;计算出两个小型猪品系个体样本微卫星位点的平均杂合度、多态信息含量（PIC）、有效等位基因数及品系间的遗传距离。结果表明两个品系的小型猪平均杂合度和PIC均较低;有效等位基因数与实测等位基因数较接近,也表明两品系均有稳定的遗传;两者的遗传距离表明贵州小型香猪和广西巴马小型猪亲缘关系较近,同时表明两者已分别成为两个独立的封闭群动物。

山东猪种mtDNA D-loop区部分序列遗传多样性及系统进化研究

为了解山东省猪种的遗传资源状况,阐明猪种间的亲缘关系,对山东省猪种（莱芜黑猪、大蒲莲黑猪、里岔黑猪、烟台黑猪、沂蒙黑猪、五莲黑猪、昌潍白猪和鲁烟白猪）及引进猪种（杜洛克、大约克和长白猪）共165个样本的mtDNA D-loop区部分序列（1102 bp）进行PCR扩增和序列测定,并采用现代生物信息学软件进行了数据处理分析,结果表明：山东各猪种之间遗传距离较小（0.0005~0.0046）,远小于国外猪种杜洛克、长白与山东各猪种间的遗传距离（〉0.14）,但大约克与山东各猪种的平均遗传距离较小（0.005）。构建的NJ分子系统进化树将所测样本分为2个独立的支系,第一支由山东各猪种和部分大约克构成,另一支全部为引进猪种。莱芜黑猪和大蒲莲黑猪在NJ系统树上分布集中,各自聚为一小类,其它6个猪种都很分散,说明莱芜黑猪和大蒲莲黑猪母源血统单一,其它6个猪种母源血统遗传复杂,彼此之间基因交流多。

山东省猪种mtDNA CytB基因遗传多样性及系统进化研究

【目的】利用mtDNA CytB基因为标记,从分子水平探讨12个猪种166个样本(8个山东省猪种,3个引进猪种和梅山猪种)的遗传多样性和各猪种间的亲缘关系,为山东省猪种合理利用以及生物多样性保护提供基础资料。【方法】对各猪种样本mtDNA CytB基因进行PCR扩增和测序,采用现代生物信息学方法进行数据处理分析。【结果】山东8个猪种种内遗传变异和种间遗传距离均较小,有共享单倍型。山东各猪种和梅山猪与大约克的遗传距离也较小,但与引进猪种杜洛克和长白的遗传距离较大。利用分子系统进化树和CytB基因4个SNP位点的分类方法将上述样本分为2个独立的支系,第一支以中国猪种为主,将除鲁烟白猪的一种单倍型在内的所有山东猪种、梅山猪和大约克的两种单倍型聚为一类,第二支以引进猪种为主,将长白、杜洛克、大约克的一种单倍型和鲁烟白猪的一种单倍型聚为一类。【结论】山东猪种有共同的母系祖先,品种内母系遗传多样性较贫乏;外来猪种引入山东后主要是用作父本以提高生产速度和瘦肉率等,对本地猪种未有母系贡献;利用CytB基因4个SNP位点对欧洲单倍型和亚洲单倍型的分类方法,可以方便地估测利用中外猪种结合培育的猪新品种(配套系)的母系血统情况。

西藏小型猪线粒体DNA控制区的分子遗传学研究

通过扩增102头西藏小型猪以及16头巴马小型猪、17头贵州香猪的线粒体DNA控制区,测序并与国内其他猪种进行比较,研究西藏小型猪的遗传标记以及与其他国内地方猪种的亲缘关系。结果显示,西藏小型猪线粒体DNA D-loop区分3个区域。串联重复序列区处于中间位置,包含有15~29个10 bp的重复片段,分为A、B 2种类型。3′端340 bp,与国内其他猪种的序列相同,比较保守 D-loop 5′端704 bp,共有22个变异位点。由22个变异位点中归纳出25个单倍型,其中有2种主要的单倍型,分别占34.4%和36.6%。根据3个转换位点：305、500、691,将西藏小型猪分成了2组,几乎与串联重复序列所分的A、B 2组类型相对应。与西藏小型猪相比,巴马小型猪和贵州香猪D-loop 5′端变异位点较少,分别只有4种和2种单倍型,串联重复区也只有1个类型。说明西藏小型猪可能有2个母系祖先,并且与我国西南地区的猪种有较近的亲缘关系 不同的串联重复片段类型和5′端的变异位点可以联合组建西藏小型猪的遗传标记。

广西5个猪种和国外3个猪种mtDNA D-loop序列遗传多样性及进化分析

为了比较广西猪种和国外3个猪种的遗传资源多样性和进化关系,利用文献报道的1对引物测定了广西5个地方猪种(巴马香猪、东山猪、桂中花猪、陆川猪、环江香猪)共85个样本的mtDNA D-loop序列,结合已报道的国外3个猪种(杜洛克猪、大约克猪和长白猪)的45条mtDNA D-loop序列,进行单倍型、遗传多样性和系统发育树分析。结果表明,8个群体样本的130条序列共定义38种单倍型;广西各猪种之间遗传距离较小,远小于其与国外猪种杜洛克猪、长白猪间的遗传距离;构建的NJ分子系统进化树将所分析样本分为2个独立的支系:一支包含了所有广西地方猪种和部分大约克猪的单倍型,另一支则全部是3个国外猪种的单倍型,广西猪种和3个国外猪种有着两个明显不同的母系起源。陆川猪在系统树上分布较为紧密,其他4个猪种都很分散,表明陆川猪母源血统单一,其他4个猪种母源血统遗传背景比较复杂,彼此之间有基因交流。广西猪种母系资源没有受到国外引进猪种资源的影响,在其开发利用中依然适合用作母本。

野猪和几种家猪亲缘关系的RAPD分析

对二花脸猪、红灯笼猪、姜曲海猪、香猪、约克夏猪及华东地区野猪共２４个个体进行了随机扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）分析，以探讨家猪与野猪间的亲缘关系．实验从４０个引物中选用重复性较好的１３个引物对所有个体进行了随机扩增，共获得１９２个ＲＡＰＤ标记．ＲＡＰＤ研究结果表明：（１）长江下游江苏地区家猪品种或类群内遗传变异相对较小，群体的遗传趋异程度处于较低水平；（２）二花脸猪、红灯笼猪及姜曲海猪与华东地区的野猪可能起源于一个共同的祖先；

河南地方猪mtDNA D-loop序列遗传多样性及系统进化分析

为了解河南省地方猪种的遗传资源状况,探究猪种间的亲缘关系,对河南省地方猪种(南阳黑猪、确山黑猪、淮南猪、豫西黑猪)及2个参考猪种(莱芜黑猪、二花脸猪)和野猪共计282个样本的mtDNA D-loop序列进行PCR扩增及序列测定,并结合GenBank中3个国外猪种(杜洛克猪、长白猪、约克夏猪)的38条mtDNA D-loop序列,进行单倍型、遗传多样性、系统发育树、网络分析、歧点分布分析。结果表明,河南省地方猪4个品种共236条序列,定义了32种单倍型,单倍型多样度(Hd)和核苷酸多样度(Pi)分别为0.788~0.854、0.00156~0.00455。构建的NJ系统进化树将所有样本分为2个独立分支,一支包含所有河南各猪种和部分约克夏猪,另一支全部为引进猪种,表明河南地方猪和3个国外猪种具有2个明显不同的母系起源。网络中介图和歧点分布显示,在历史驯养过程中,整个河南地方猪群体曾经历过群体扩张事件。说明河南地方猪种具有较为丰富的遗传多样性,且彼此之间有一定的基因交流。

中国矮马与普氏野马的亲缘关系

产于中国西南山地的矮马是一种珍贵的资源,它的优良品质可以与原产于设得兰群岛的欧洲矮马媲美。本文研究了产自广西德保的中国矮马骨骼标本,通过与欧洲矮马的对比,发现它们之间在头骨、颊齿和肢骨上都存在较大的差异,显然亲缘关系较远。而中国矮马与普氏野马的头骨在比例上却相当一致,头骨在马属的系统演化中具有非常重要的意义,因此,这一结果证明中国矮马与普氏野马有密切的亲缘关系。尽管从汉代起中国已广泛引入西方马种,但起源于普氏野马的本地马种仍然在一定地区得以保存,中国矮马即是在特殊环境下继承了普氏野马矮化突变基因的后代。

应用RAPD技术对中国3品系实验用小型猪进行亲缘关系的分析

The phylogenetic relationship was studied among three strains of Chinese laboratory miniature pig including Guizhou miniature pig,Guangxi Bama pig,Xishuangbanna inbred pig with RAPD of 100 single primers.39 polymorphic primers were selected out,in which 15 single could be used to distinguish among three strains,8 primers among Guizhou miniature pig and the other two,4 primers among Guangxi Bama miniature pig and the other two,12 primers among Xishuangbanna inbred miniature pig and the other two.By using 15 polymorphic primers,RAPD analysis showed the phylogenetic index was 0 780 between Guizhou and Guangxi Bama miniature,0 663 between Xishuangbanna inbred and Guizhou miniature Pigs.The results suggested that phylogenetic relationship was closer between Guizhou and Gangxi Bama miniature pigs than that between Xishuangbanna and the other two miniature pigs.

融水小型猪线粒体DNA结构和系统进化的分析

目的研究融水小型猪的线粒体DNA结构和系统进化关系。方法选取了全基因组鸟枪法的测序策略对融水小型猪的外周血液样本进行测序,使用Illumina基因组分析测序技术构建paired-end文库进行末端测序,最后进行拼接及分析。结果融水小型猪的完整线粒体序列呈环形,总长为16888 bp,由13个编码蛋白基因、22个转运RNA和两个核糖体RNA构成。线粒体DNA的GC含量约为44%。系统进化分析、遗传多样性分析和中性检验证明了,在融水小型猪、兰屿猪、海南野猪和滇南7号这一类群中,发生了种群扩张。结论融水小型猪是中国传统猪种中比兰屿猪更为古老的小型猪。

东北民猪线粒体DNA D-loop遗传多样性与母系起源研究

为了保护东北民猪的遗传资源,对东北地区民猪群体进行线粒体DNA D-loop遗传多样性进行了调查,本研究对30头东北民猪的线粒体D-loop区部分序列(697 bp)进行扩增和测序,共检测到7个变异位点,界定了8种单倍型,核苷酸多样度(Pi)及单倍型多样度(H)分别为:0.217和0.789。结合已收录的30个亚欧猪种的线粒体D-loop序列,采用最大似然法构建的分子进化树明显分为欧洲与亚洲2个主要类群,民猪的8个单倍型都聚在亚洲分支上,并与莱芜黑猪及沂蒙黑猪较为接近,表明民猪是多母系起源群体,主要来自山东地区的华北型黑猪种群。

广西3个猪种线粒体DNA D-loop序列遗传多样性及系统进化研究

本研究旨在了解广西石头猪、德保猪和隆林猪的起源、群体遗传结构和亲缘关系。通过PCR扩增和测序技术获得3个群体61个个体的线粒体D-loop序列,采用DNASP 5.0进行多态性分析,MEGA 6.0计算各品种间的遗传距离及构建系统发育树。结果显示,3个猪种mtDNA D-loop区全长1 124~1 325 bp,石头猪和德保猪的中间重复序列变异仅存在A型,隆林猪存在A型和B型;石头猪mtDNA D-loop区8个多态性位点归纳出10种单倍型,德保猪8个多态性位点归纳出5种单倍型,隆林猪11个多态性位点归纳出9种单倍型;3种猪单倍型多样度分别为0.857、0.81和0.917,核算多样度分别为0.002 29、0.002 9和0.002 83。石头猪和德保猪可能有相同的母源血统,隆林猪可能有2种母系起源;3个品种猪单倍型多样性较为丰富,但核苷酸多样性匮乏,亟需进行科学保护。

近交系小型猪线粒体基因组分析和家猪系统进化关系分析

广西巴马小型猪是长期近交培育而成的实验小型猪,遗传稳定。本研究拟通过线粒体基因组(mitochondrial DNA,mtDNA)分析来了解近交系的遗传背景,并从mtDNA角度进一步认识中国本土猪种的系统进化关系。实验设计29对特异性引物,PCR扩增和产物测序,拼接出广西巴马小型猪近交系7个世代猪的mtDNA序列;用42个品种猪的mtDNA D-loop区和基因编码区序列分布构建系统进化树。结果表明,广西巴马小型猪的mtDNA大小为16761 bp,碱基组成、基因结构与其他猪种相似;近交系7个世代个体mtDNA发现有46个碱基差异位点,变异率为0.28%,mtDNA序列同源性在99.9%以上,表明该近交系母源单一;基于mtDNA序列构建的系统进化树不能清晰地区分地方品种猪之间的遗传关系。研究结果进一步表明广西巴马小型猪近交系的遗传背景单一,中国本土品种猪的母系关系复杂。