基于TCGA数据集分析脑胶质瘤中TEFM基因mRNA的表达及意义

目的基于癌症基因组图谱(TCGA)数据集分析人脑胶质瘤中线粒体转录延伸因子(TEFM)基因mRNA的表达及其临床意义。方法基因表达谱动态分析(GEPIA)207例非肿瘤脑组织和518例脑胶质瘤组织中TEFM基因mRNA的表达差异。分析518例脑胶质瘤患者的TEFM基因mRNA表达量与临床病理参数和患者预后的相关性,探讨影响脑胶质瘤患者预后的因素。分析脑胶质瘤中TEFM基因与其他线粒体转录调控基因mRNA表达水平的相关性。结果与非肿瘤脑组织相比,人脑胶质瘤组织中TEFM基因mRNA表达水平显著升高(P<0.05)。脑胶质瘤中TEFM基因mRNA表达量与患者年龄、WHO分级、病理类型、头痛史与幕上定位具有显著相关性(P<0.05); TEFM mRNA表达量与脑胶质瘤患者的总体生存率相关性显著(P<0.05)。脑胶质瘤患者年龄、WHO分级、病理类型与幕上定位是影响患者预后的独立因素(P<0.05)。脑胶质瘤中TEFM基因的表达水平与TFAM、TFB1M、TFB2M、MTERF1～4、NRF1基因的表达水平呈显著正相关性(均P<0.01,R=0.59、0.51、0.68、0.70、0.36、0.51、0.51、0.48),与POLRMT基因的表达水平呈显著负相关性(P<0.01,R=-0.18)。结论 TEFM基因mRNA表达量在人脑胶质瘤组织比非肿瘤脑组织中显著升高,且和病理特征具有良好相关性,其表达可能具有预测脑胶质瘤进展和预后的价值。

线粒体转录延伸因子在人脑胶质瘤组织中的表达及预后意义

目的:研究TEFM基因在人脑胶质瘤组织中的表达情况,并探讨其与脑胶质瘤患者临床病理特征及预后的相关性。方法:采集我校附属医院2019年01月至2021年06月经手术切除后病理确认的68例脑胶质瘤组织及35例非肿瘤脑组织。采用qRT-PCR、Western blot法和免疫组化SP法检测脑胶质瘤组织和非肿瘤脑组织中TEFM mRNA和蛋白的表达水平。分析TEFM基因mRNA表达量与脑胶质瘤患者临床病理参数的相关性。根据随访资料采用Kaplan-Meier生存曲线分析TEFM mRNA表达量和患者预后的相关性。采用COX回归模型分析患者预后的独立风险因素。结果:免疫组织化学结果显示,TEFM蛋白主要表达于细胞质,且在不同级别脑胶质瘤组织中的阳性表达率(91.18%)明显高于非肿瘤脑组织中的阳性表达率(37.14%),组间差异极显著(P<0.01)。Western blot和qRT-PCR结果显示,TEFM蛋白和mRNA在脑胶质瘤组织中均显著增高(P<0.01)。脑胶质瘤患者TEFM基因mRNA表达量与患者年龄、病理分级、病理类型、偏侧性及幕上位置均显著相关(P<0.05);Kaplan-Meier生存分析显示,TEFM mRNA表达水平显著影响脑胶质瘤患者的总生存期(overall survival,OS)和无病生存期(disease-free survival,DFS),TEFM高表达的患者OS和DFS显著缩短(Log-rank P<0.05);根据COX多因素回归模型分析表明,年龄、病理分级、病理类型和异柠檬酸脱氢酶(IDH1)突变情况是对脑胶质瘤患者预后造成影响的独立风险因素(P<0.05)。结论:与非肿瘤脑组织相比,TEFM蛋白和mRNA在脑胶质瘤组织中表达均明显增高,且TEFM高表达的患者OS和DFS明显缩短。

肝细胞性肝癌中线粒体转录延伸因子的表达及意义

目的探讨线粒体转录延伸因子(mitochondrial transcription elongation factor,TEFM)在肝细胞性肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达和临床意义。方法采用Western blot法检测人正常肝细胞(THLE-2)和6种HCC细胞中TEFM蛋白的表达差异。对HCC组织芯片进行免疫组化检测,在70例HCC组织和对应的癌旁组织中检测TEFM表达量和细胞阳性率的差异,分析TEFM表达与临床病理学特征及预后的关系。结果TEFM蛋白在6种HCC细胞与人正常肝细胞(THLE-2)相比,其TEFM蛋白均显著上调[(1.803±0.275)倍](P<0.05);HCC组与对应的癌旁组织相比,TEFM蛋白表达量增高,其细胞阳性率也增高(P<0.05)。TEFM蛋白在HCC组织中的表达量与患者AFP含量有相关性(P=0.002),而与患者年龄、性别、肿瘤分期、淋巴结转移、分化程度、HBV感染、肝硬化、血管侵犯、肿瘤数量、肿瘤大小、肿瘤包膜完整性和肿瘤复发无相关性(P均>0.05)。TEFM蛋白表达量与HCC患者总生存期(overall survival,OS)和无瘤生存期(disease-free survival,DFS)无相关性。结论TEFM蛋白在HCC细胞和组织中的表达增高,且与HCC患者的血清AFP含量呈正相关。TEFM蛋白表达量与HCC患者预后无关。

线粒体转录延伸因子:调控线粒体DNA复制与转录转换的分子开关

线粒体转录延伸因子(TEFM)最早是基于其氨基酸序列与真核细胞核转录因子Spt6具有同源性而被鉴定,其包括两个串联重复的螺旋-发夹-螺旋结构域(Helix-Hairpin-Helix,(HhH)2)和一个RNase H折叠。TEFM二聚化对于TEFM与线粒体RNA聚合酶的结合至关重要。近年的研究发现,TEFM是调控线粒体DNA(mtDNA)复制与转录相互转换的关键分子开关,参与人类线粒体基因转录延伸过程及其表达调控。本文首先介绍了TEFM蛋白的序列同源性、蛋白质结构特征,为后续功能研究奠定结构基础。其次,阐明了TEFM在线粒体转录延伸过程中的作用和抗转录终止功能,以及线粒体转录延伸复合体的功能。TEFM避免了mtDNA转录和复制过程发生冲突,使线粒体转录延伸复合体具有更高的稳定性和持续合成能力,体内和体外都能增强mtDNA转录延伸活性,在mtDNA的复制和转录调控中发挥重要作用。最后,阐述了TEFM参与线粒体RNA加工,以及在线粒体能量代谢和线粒体相关疾病的发生发展中的作用。TEFM的缺失严重损害氧化呼吸链,证明mtDNA转录延伸对于维持线粒体氧化磷酸化功能是必需的。1型神经纤维瘤、胰腺癌、脑胶质瘤等疾病的发生机制可能与TEFM基因缺失或表达异常有关,因此,本文进一步探讨和展望了TEFM对人类线粒体相关疾病研究的应用前景。

原发性肝癌TEFM基因表达及临床意义数据挖掘分析

目的利用癌症基因图谱(TCGA)数据评估分析人线粒体转录延伸因子(TEFM)基因在原发性肝癌中的表达及临床意义,为原发性肝癌的诊治提供新思路。方法从TCGA中下载肝癌数据集,获得TEFM基因表达谱和临床数据;利用R语言及Perl语言对数据进行整理分析,比较肝癌组织及癌旁组织中TEFM表达量差异,并分析表达量与患者生存时间的关联性;通过Wilcoxon检验、Kruskal-Wallis检验及logistic回归进行临床关联性分析;利用基因富集化分析及蛋白相互作用网络分析TEFM可能参与的信号通路及潜在靶基因。结果与正常肝组织相比,TEFM基因在肝癌组织中高表达(FPKM=424,W=3591.00,P<0.05);TEFM基因高表达患者的5年生存率较低(χ^(2)=32.243,DF=1,P<0.05);TEFM基因表达量与临床病理分级(χ^(2)=19.082,DF=3,P<0.05)、病理分期(χ^(2)=13.373,DF=3,P<0.05)、肿瘤原发灶情况(χ^(2)=10.276,DF=3,P<0.05)关联;TEFM基因可以作为原发性肝癌独立预后因子(P<0.01);与TEFM基因编码蛋白相互作用的蛋白有POLRMT、TFB2M、MTERF1、MRPL21、ATAD5、TRMT10C、ADAP2、RAB11FIP4和CRLF3等;TEFM高表达样本富集到细胞周期、碱基修复、转录、RNA降解等相关基因集。结论TEFM可作为一种促癌基因,调控线粒体基因组转录,参与肝细胞癌的发生发展,有望为肝细胞癌的诊断与治疗提供新的靶点。

人线粒体DNA复制与转录调控

线粒体是真核细胞能量代谢、物质代谢和信号调控的核心细胞器。线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)的复制与转录调控对维持正常的线粒体功能至关重要。研究表明,线粒体转录延伸因子(mitochondrial transcription elongation factor,TEFM)和线粒体DNA单链结合蛋白(mitochondrial DNA single-strand binding protein,mtSSB)作为调控mtDNA复制与转录之间转换的分子开关,实现特异性调控mtDNA的维持和表达。本文就TEFM和mtSSB对mtDNA复制与转录的调控作简要总结,以期为相关疾病的致病机制和干预研究提供思路。

人线粒体转录延伸因子蛋白结构与功能的生物信息学分析

[目的]基于生物信息学方法分析人线粒体转录延伸因子TEFM蛋白的结构和功能。[方法]检索Uniprot数据库中人线粒体转录终止因子TEFM蛋白的氨基酸序列,利用生物信息学方法对人TEFM的理化性质、物种间的蛋白质同源性、跨膜区、亲水性/疏水性、亚细胞定位、蛋白质二级结构、保守结构域、蛋白质三级结构、蛋白质相互作用进行预测与分析。[结果]人TEFM全长360个氨基酸,理论等电点9.39,属于TEFM蛋白超家族,不含跨膜区,属于亲水蛋白;人TEFM含有一个保守的螺旋-发夹-螺旋(HHH_3)结构域,二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,三维建模空间结构与二级结构预测结果相符,进一步分析建模结果可靠。与人TEFM相互作用的蛋白质均为线粒体DNA转录因子或线粒体RNA聚合酶。[结论]人TEFM具有线粒体转录延伸因子蛋白超家族的典型结构,生物信息学分析结果对深入研究人TEFM在线粒体基因转录调控中的作用具有一定的理论指导意义。