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Closed circle DNA algorithm of change positive-weighted Hamilton circuit problem 被引量:5
1
作者 Zhou Kang Tong Xiaojun Xu Jin 《Journal of Systems Engineering and Electronics》 SCIE EI CSCD 2009年第3期636-642,共7页
Chain length of closed circle DNA is equal. The same closed circle DNA's position corresponds to different recognition sequence, and the same recognition sequence corresponds to different foreign DNA segment, so clos... Chain length of closed circle DNA is equal. The same closed circle DNA's position corresponds to different recognition sequence, and the same recognition sequence corresponds to different foreign DNA segment, so closed circle DNA computing model is generalized. For change positive-weighted Hamilton circuit problem, closed circle DNA algorithm is put forward. First, three groups of DNA encoding are encoded for all arcs, and deck groups are designed for all vertices. All possible solutions are composed. Then, the feasible solutions are filtered out by using group detect experiment, and the optimization solutions are obtained by using group insert experiment and electrophoresis experiment. Finally, all optimization solutions are found by using detect experiment. Complexity of algorithm is concluded and validity of DNA algorithm is explained by an example. Three dominances of the closed circle DNA algorithm are analyzed, and characteristics and dominances of group delete experiment are discussed. 展开更多
关键词 closed circle dna computing model change positive-weighted Hamilton circuit problem group insert experiment group delete experiment.
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基于闭环DNA的边着色问题DNA算法 被引量:14
2
作者 周康 王延峰 +1 位作者 刘文斌 许进 《华中科技大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第9期25-28,共4页
提出一种新的DNA计算模型———闭环DNA计算模型,引进了批删除实验,讨论了其实现过程;提出并证明了边着色问题的基本定理,设计并实现了闭环DNA计算算法.该算法将边的DNA编码分为两部分,一部分存储边和色位置的二维数据,另一部分存储色号... 提出一种新的DNA计算模型———闭环DNA计算模型,引进了批删除实验,讨论了其实现过程;提出并证明了边着色问题的基本定理,设计并实现了闭环DNA计算算法.该算法将边的DNA编码分为两部分,一部分存储边和色位置的二维数据,另一部分存储色号值;在DNA计算的主体部分用批删除实验得到全部正常的边着色,并通过电泳实验和检测实验获得χ′-正常边着色.举例说明了算法的有效性和可行性. 展开更多
关键词 闭环dna dna计算 边着色问题 批删除实验
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基于闭环DNA模型的八皇后问题算法 被引量:18
3
作者 周康 同小军 许进 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2007年第6期4-6,13,共4页
给出了闭环DNA计算模型及其基本生化实验,提出了基于闭环DNA的求解八皇后问题全部可行解的DNA算法,分析了算法的实现步骤及其实现方式并得到了全部的可行解。最后讨论了算法的复杂性。
关键词 八皇后问题 闭环dna模型 dna编码 删除实验
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最短路问题的闭环DNA算法 被引量:14
4
作者 周康 同小军 +1 位作者 刘文斌 许进 《系统工程与电子技术》 EI CSCD 北大核心 2008年第3期556-560,共5页
提出了不等长闭环DNA分子的概念,由此推广了闭环DNA计算模型。给出了固定端点的最短路问题闭环DNA算法,该算法首先对每条弧进行了三组DNA编码,再用有目的的终止技术合成固定端点的所有链,然后通过接入实验和电泳实验得到最短路,并通过... 提出了不等长闭环DNA分子的概念,由此推广了闭环DNA计算模型。给出了固定端点的最短路问题闭环DNA算法,该算法首先对每条弧进行了三组DNA编码,再用有目的的终止技术合成固定端点的所有链,然后通过接入实验和电泳实验得到最短路,并通过检测实验输出所有最短路径。得出了算法的复杂性,为说明算法的有效性给出了一个算例。最后讨论了最短路问题闭环DNA算法在变权网络、自由终点或固定中间点的最短路问题中的应用,并给出了相应的解决方法。由此说明该算法具有广泛的适应性。 展开更多
关键词 闭环dna计算模型 最短路问题 有目的的终止技术 接入实验
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基于闭环DNA计算的最大独立集问题的算法 被引量:12
5
作者 周康 同小军 +1 位作者 刘文斌 许进 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期40-41,44,共3页
提出闭环DNA计算模型及其基本生化实验,给出解决最大独立集问题的闭环DNA算法。在闭环DNA算法中,提出并实现了用删除实验直接构造所有最大独立集的构想,即通过多次删除实验使顶点集合逐步满足独立集的要求,最后达到最大独立集。该方法... 提出闭环DNA计算模型及其基本生化实验,给出解决最大独立集问题的闭环DNA算法。在闭环DNA算法中,提出并实现了用删除实验直接构造所有最大独立集的构想,即通过多次删除实验使顶点集合逐步满足独立集的要求,最后达到最大独立集。该方法使得算法的设计简单明了。算法仅用到基本的删除实验,实现简捷、可靠。 展开更多
关键词 闭环dna计算模型 最大独立集问题 删除实验 电泳实验
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排课表问题的闭环DNA计算模型的算法 被引量:17
6
作者 周康 同小军 刘文斌 《计算机应用》 CSCD 北大核心 2007年第4期991-993,共3页
排课表问题是NP-完全问题。基于闭环DNA计算模型引入多种生化实验得出求解排课表问题的DNA算法。本算法采用两部编码方式产生初始数据池,引入批删除实验解决了教师和班级的冲突问题和同班课问题;引入批分离实验解决了正常合班课问题和... 排课表问题是NP-完全问题。基于闭环DNA计算模型引入多种生化实验得出求解排课表问题的DNA算法。本算法采用两部编码方式产生初始数据池,引入批删除实验解决了教师和班级的冲突问题和同班课问题;引入批分离实验解决了正常合班课问题和教师时间要求问题;引入电泳实验解决了排课的均衡分配问题;引入标记实验得到了排课表问题的全局最优解集,并给出了算法的生化实现过程。最后,对算法的正确性进行了证明,并讨论了算法的复杂性。 展开更多
关键词 闭环dna计算模型 排课表问题 批删除实验 批分离实验
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背包问题的闭环DNA算法 被引量:12
7
作者 周康 同小军 许进 《系统仿真学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第17期4605-4608,共4页
提出了闭环DNA分子的结构多样性,即闭环DNA分子在同一个位置上具有不同的DNA序列。提出了双约束的整数规划背包问题闭环DNA算法,即对变量取值进行DNA编码并形成所有可能解;用批接入实验、电泳实验和批删除实验筛选出可行解,用批接入实... 提出了闭环DNA分子的结构多样性,即闭环DNA分子在同一个位置上具有不同的DNA序列。提出了双约束的整数规划背包问题闭环DNA算法,即对变量取值进行DNA编码并形成所有可能解;用批接入实验、电泳实验和批删除实验筛选出可行解,用批接入实验、电泳实验得到最优解;通过检测实验输出所有最优解。由一个算例说明算法的有效性。针对减少DNA编码和内切酶数量的问题改进了算法;对有特殊要求的背包问题提出了解决方法。 展开更多
关键词 闭环dna计算模型 背包问题 批接入实验 批删除实验
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基于闭环DNA的指派问题算法 被引量:9
8
作者 周康 同小军 许进 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2007年第12期211-213,共3页
给出了闭环DNA计算模型及其生化实验。用闭环DNA计算模型设计出了指派问题的DNA算法。首先对决策变量进行二维DNA编码来存放决策变量和效益值,然后通过有目的的终止技术和删除实验得到指派问题的全部可行解,最后通过电泳实验和检测实验... 给出了闭环DNA计算模型及其生化实验。用闭环DNA计算模型设计出了指派问题的DNA算法。首先对决策变量进行二维DNA编码来存放决策变量和效益值,然后通过有目的的终止技术和删除实验得到指派问题的全部可行解,最后通过电泳实验和检测实验获得最优指派问题的最优解。举例说明了算法的可行性。最后,为减少DNA编码数量和缩短DNA编码的码长,讨论了算法的两种改进方法。 展开更多
关键词 闭环dna计算模型 指派问题 删除实验 有目的的终止技术
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最小顶点覆盖问题的闭环DNA算法 被引量:28
9
作者 周康 许进 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2006年第20期7-9,28,共4页
提出了闭环DNA计算模型的基本概念及其基本生化实验,并给出了解决最小顶点覆盖问题的闭环DNA算法。在闭环DNA算法中,提出并实现了用删除实验直接构造顶点覆盖补集的构想;再通过电泳实验得到最小顶点覆盖的补集,由补集得到最小顶点覆盖... 提出了闭环DNA计算模型的基本概念及其基本生化实验,并给出了解决最小顶点覆盖问题的闭环DNA算法。在闭环DNA算法中,提出并实现了用删除实验直接构造顶点覆盖补集的构想;再通过电泳实验得到最小顶点覆盖的补集,由补集得到最小顶点覆盖。这使得算法的设计独特而新颖;由于算法仅用到基本的生化实验,这使得算法的实现简捷、可靠。 展开更多
关键词 闭环dna计算模型 最小顶点覆盖问题 补集 删除实验
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0-1规划问题的闭环DNA算法 被引量:5
10
作者 周康 覃磊 +1 位作者 同小军 许进 《系统工程与电子技术》 EI CSCD 北大核心 2009年第4期947-951,共5页
提出了闭环DNA分子的结构灵活性的两个方面,即DNA分子链长的可控性和DNA分子之间的相互转化。针对非负整数系数的0-1规划问题,提出了闭环DNA算法。该算法首先对0-1变量按照0和1的取值、对应的各项系数和检测标记进行五组DNA编码并形成... 提出了闭环DNA分子的结构灵活性的两个方面,即DNA分子链长的可控性和DNA分子之间的相互转化。针对非负整数系数的0-1规划问题,提出了闭环DNA算法。该算法首先对0-1变量按照0和1的取值、对应的各项系数和检测标记进行五组DNA编码并形成所有可能解;再利用接入实验、电泳实验和删除实验筛选出可行解,进而得到所有最优解;最后通过检测实验输出实验结果。给出了算法的正确性的证明并讨论了算法复杂性,给出一个算例说明了算法的有效性。对算法进行了改进,改进后的算法适用于可以含有负数的实数系数0-1规划问题。 展开更多
关键词 闭环dna计算模型 0-1规划问题 接入实验 删除实验
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基于DNA计算的指派问题 被引量:3
11
作者 周康 同小军 许进 《华中科技大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第2期35-38,共4页
给出了推广的闭环DNA计算模型及其生化实验.用闭环DNA计算模型设计出了指派问题的DNA算法.对决策变量进行4组DNA编码来存放决策变量和效益值;通过有目的的终止技术和删除实验得到指派问题的全部可行解;通过批接入实验、电泳实验和检测... 给出了推广的闭环DNA计算模型及其生化实验.用闭环DNA计算模型设计出了指派问题的DNA算法.对决策变量进行4组DNA编码来存放决策变量和效益值;通过有目的的终止技术和删除实验得到指派问题的全部可行解;通过批接入实验、电泳实验和检测实验获得最优指派问题的最优解.举例说明了算法的可行性.最后讨论了推广的闭环DNA计算模型的应用前景和不足之处. 展开更多
关键词 指派问题 闭环dna计算模型 批接入实验 有目的的终止技术
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移动Ad Hoc网络QoS路由的闭环DNA计算模型 被引量:2
12
作者 殷脂 叶春明 温蜜 《上海理工大学学报》 CAS 北大核心 2010年第6期593-596,601,共5页
提出针对移动Ad Hoc网络QoS路由问题的闭环DNA计算模型.对每条路径进行弧、费用、探针的3组编码,再采用有目的的终止技术合成所有从起点到终点的弧首尾相连路径,然后通过接入实验和电泳实验得到费用最小路径,并通过检测实验输出所有费... 提出针对移动Ad Hoc网络QoS路由问题的闭环DNA计算模型.对每条路径进行弧、费用、探针的3组编码,再采用有目的的终止技术合成所有从起点到终点的弧首尾相连路径,然后通过接入实验和电泳实验得到费用最小路径,并通过检测实验输出所有费用最小路径,同时给出了算法的生化实现过程.实验结果表明:在不增加算法复杂度情况下获得了QoS路由问题的最优解. 展开更多
关键词 QOS路由 闭环dna计算模型 dna编码 接入实验 单向链路
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最大权匹配问题的闭环DNA算法 被引量:1
13
作者 周康 殷燕芳 +1 位作者 李玉华 覃磊 《华中科技大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第8期63-66,共4页
给出并证明了在DNA计算中处理实数问题的策略,即首先在误差限范围内用有理数集合代替实数集合;再取出与有理数集合一一对应的最小的整数集合.针对赋权匹配问题,给出了基于闭环DNA计算模型的赋权匹配问题算法.该算法首先按边进行三组编... 给出并证明了在DNA计算中处理实数问题的策略,即首先在误差限范围内用有理数集合代替实数集合;再取出与有理数集合一一对应的最小的整数集合.针对赋权匹配问题,给出了基于闭环DNA计算模型的赋权匹配问题算法.该算法首先按边进行三组编码并合成初始闭环DNA;再以相邻两条边为约束条件用删除实验获得所有匹配,并用电泳实验得到所有最大权匹配,最后用检测实验输出最优解.证明了算法的正确性,讨论了算法复杂度,并以一个例子说明了算法的有效性. 展开更多
关键词 闭环dna计算模型 赋权匹配问题 接入实验 删除实验
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Ménage问题的一种粘贴DNA算法 被引量:1
14
作者 杨玉星 王世英 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第4期751-755,共5页
解决图论与排列组合难题是DNA计算领域的研究目标之一.为了使用分子生物方法解决Ménage问题,本文给出了Ménage问题的数学模型;并对解决该问题的难点进行了分析,提出一种解决方案,改进了该问题的数学模型;提出一种解决Mén... 解决图论与排列组合难题是DNA计算领域的研究目标之一.为了使用分子生物方法解决Ménage问题,本文给出了Ménage问题的数学模型;并对解决该问题的难点进行了分析,提出一种解决方案,改进了该问题的数学模型;提出一种解决Ménage问题的粘贴DNA算法并简要分析了该算法的复杂度.为了提高效率,引入广义分离和广义多级分离操作;通过一个实例给出了实验操作步骤,对实验进行了模拟. 展开更多
关键词 dna计算 圆周排列 Ménage问题 粘贴模型
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基于粘贴模型的两类全排问题的DNA算法
15
作者 栗青生 杨玉星 马季兰 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2010年第4期46-48,共3页
基于粘贴模型的巨大并行性,分别给出了线性全排列和圆周全排列问题的粘贴DNA算法;分析了两类问题的DNA算法的不同之处;通过一个实例给出了实验操作步骤,并对生化实验进行了模拟,得出了正确的结果,从而证明了算法的可行性。最后,对算法... 基于粘贴模型的巨大并行性,分别给出了线性全排列和圆周全排列问题的粘贴DNA算法;分析了两类问题的DNA算法的不同之处;通过一个实例给出了实验操作步骤,并对生化实验进行了模拟,得出了正确的结果,从而证明了算法的可行性。最后,对算法的操作复杂度进行了分析。 展开更多
关键词 全排列 圆排列 dna计算 粘贴模型
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最大匹配问题的闭环DNA算法
16
作者 王明春 陈超 许瑞麟 《天津工程师范学院学报》 2007年第4期8-11,共4页
给出了一个解决最大匹配问题的闭环DNA算法模型,并对相应的生化实验做出了说明,实现了仅用删除实验直接构造最大匹配的构想。由于算法仅用到基本删除操作,使得算法的实现简捷、可靠。
关键词 闭环dna计算模型 最大匹配 NP完全问题
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旅行商问题的闭环DNA算法 被引量:4
17
作者 徐京雷 赵洪超 刘希玉 《计算机工程与科学》 CSCD 北大核心 2014年第1期111-114,共4页
旅行商问题TSP是NP完全问题,在工程实践中有着广泛的应用,利用常规算法很难在多项式时间内解决。DNA计算是一种新兴的计算模式,与生俱来的强大并行计算能力使得它在解决众多NP问题上表现出了巨大的优势。尝试利用DNA计算中改进的闭环模... 旅行商问题TSP是NP完全问题,在工程实践中有着广泛的应用,利用常规算法很难在多项式时间内解决。DNA计算是一种新兴的计算模式,与生俱来的强大并行计算能力使得它在解决众多NP问题上表现出了巨大的优势。尝试利用DNA计算中改进的闭环模型解决TSP问题。首先介绍了闭环DNA计算模型及其改进;随后提出了一种基于改进的闭环模型求解TSP问题的算法,并对算法的实验过程进行了详细的描述;最后运用该算法解决了一个小规模的TSP问题算例,结果表明,该算法能在较低的时间复杂度内有效地解决TSP问题。 展开更多
关键词 TSP问题 dna计算 闭环模型 dna算法
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可满足性问题的闭环DNA算法 被引量:8
18
作者 周康 魏传佳 +1 位作者 刘朔 王防修 《华中科技大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第7期75-78,共4页
给出并证明了可满足性问题有解的一个充分必要条件,即合取范式的成假赋值仅由与简单析取式个数相等的有限个向量决定.在此条件基础上设计出用这些向量对初始赋值进行筛除的可满足性问题过滤算法,该算法的时间复杂性仅与向量个数和维数有... 给出并证明了可满足性问题有解的一个充分必要条件,即合取范式的成假赋值仅由与简单析取式个数相等的有限个向量决定.在此条件基础上设计出用这些向量对初始赋值进行筛除的可满足性问题过滤算法,该算法的时间复杂性仅与向量个数和维数有关.为了在DNA计算模型上实现可满足性问题过滤算法,采用2n维向量的数据结构进行DNA编码代表可满足性问题的赋值;而闭环DNA计算模型的删除实验恰好能够完成对初始赋值的筛选,得到可满足性问题的可行解.最后用闭环DNA计算模型实现了可满足性问题过滤算法,并用实例说明了算法的有效性和可行性. 展开更多
关键词 可满足性问题 闭环dna计算模型 过滤算法 删除实验 接入实验
原文传递
集合覆盖问题闭环DNA算法 被引量:1
19
作者 周康 解智 +1 位作者 魏传佳 易校尉 《华中科技大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第2期21-25,共5页
介绍了闭环DNA计算模型及其生化实验,分析了集合覆盖问题及其数学模型.根据任何一个元素至少属于一个集合构成可行集合覆盖的原理,设计了集合覆盖问题闭环DNA算法,该算法首先对集合的0-1决策变量按照0和1的取值、对应的价值系数进行两组... 介绍了闭环DNA计算模型及其生化实验,分析了集合覆盖问题及其数学模型.根据任何一个元素至少属于一个集合构成可行集合覆盖的原理,设计了集合覆盖问题闭环DNA算法,该算法首先对集合的0-1决策变量按照0和1的取值、对应的价值系数进行两组DNA编码并形成所有可能解;再用接入实验和删除实验筛选出全部可行解;然后用接入实验得到这些可行解的目标函数值,并用电泳实验得到全部最优解;最后通过检测实验输出所有最优解.首次提出基于电泳技术检测实验以"接入-电泳-删除"为实验顺序,可以检测多种DNA编码.算例说明了算法的有效性. 展开更多
关键词 dna算法 闭环dna计算模型 集合覆盖问题 检测实验 电泳技术
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