食用植物油DNA提取方法比较及优化研究

以油菜籽、芝麻和亚麻籽为原料,螺旋压榨法制油,采用乳化法、富集法、十六烷基三甲基溴化胺(CTAB)法、树脂试剂盒法和冷冻干燥法提取植物油DNA,并通过超微量可见分光光度计、实时聚合酶链式反应(PCR)、微卫星(SSR)分子标记评价DNA质量。结果表明CTAB法提取的DNA质量浓度高、纯度好、耗时短、起始油量低、费用低、适合分子分析。选择CTAB法,考察起始油量、有机化合物添加、裂解缓冲液组成、裂解和沉淀时间的提取效率。优化条件为最低起始油量100μL,有机化合物添加CTAB-氯仿∶异戊醇(CTAB-C∶I),裂解缓冲液组成为CTAB-β巯基乙醇-蛋白酶K(CTAB-βME-PK),裂解20 min,沉淀9 h。该方法在7种精炼植物油中提取到适合分子溯源的DNA,为植物油可追溯性和真实性检测提供了技术支撑。

单核苷酸多态性的检测及应用

单核苷酸多态性(singlen ucleotide polymorphisms,SNPs)是近年来发展起来的一种高效便捷的分子标记。它是由单个碱基的转换、颠换、插入或缺失引起的点突变,使得群体之间和个体之间产生了差异。最初SNPs主要运用在与人体重要疾病的关联性研究中,随着检测技术不断提高以及多种生物SNP数据库的不断完善,单核苷酸多态性已经成为开展生物遗传进化及性状关联性分析等领域研究的重要工具。综合介绍了单核苷酸多态性的特点及主要检测方法,并简要概述了SNPs的应用领域和前景。

试论DNA分子标记技术在植物学科上的研究进展与应用前景

分子标记是继形态标记、细胞标记和生化标记之后发展起来的一种新的较为理想的遗传标记。本文对其发展历程、研究现状及其应用前景进行了综述。从方法、原理、应用技术及优缺点等方面对几种新发展起来的分子标记技术,如RFLP、RAPD、AFLP和SSR等进行了综合比较分析。

作物种质资源遗传多样性的评价方法

通过总结目前遗传多样性研究中的常用分子标记方法和统计指标,介绍了遗传多样性评价的新的研究方法。通过对分子数据采用分子方差(AMOVA),了解作物种质资源在不同时期的变异来源。对种质资源进行系统遗传多样性提供了一种更为有效的方法。

小麦高分子量麦谷蛋白亚基组成和检测研究进展

小麦高分子量麦谷蛋白亚基(HMW-GS)组成与面包品质密切相关。为了从目前经常使用的一些HMW-GS检测方法中选择满足试验要求的最佳方法,笔者总结了HMW-GS组成,以及利用十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE),反相高效液相色谱(RP-HPLC)和聚合酶链式反应(PCR)3种方法检测小麦HMW-GS组成的研究进展,讨论了3种方法检测小麦HMW-GS组成的优缺点,指出SDSPAGE和PCR方法适合常规育种材料或栽培小麦品种中HMW-GS的检测,双向电泳或RP-HPLC方法适合检测含有远缘遗传物质的小麦或近缘种属中HMW-GS的检测。最后展望了SDS-PAGE和PCR方法在小麦分子标记辅助育种中应用前景。

74株草菇遗传多样性分析

为了保护和充分利用草菇遗传资源,利用RAPD、ISSR、SRAP 3种分子标记对来源于不同地区的74个草菇菌株进行遗传多样性分析,并根据3种分子标记建立综合聚类图。结果表明：当相异系数D=0.28时,可将74个草菇菌株分为16个类群,其中有9个菌株各自为一类,其它类群包括多个菌株,最大的一个类群包括32个菌株。供试的74个菌株间的相异系数范围从0-0.79,具有较丰富的遗传多态性。74个菌株中只有V0020（26号）、V0059（71号）、V0060（72号）3个菌株的相异系数为0,而其它的菌株均有一定的差异性。3种分子标记各自的分析结果有差异,因此单独应用一种分子标记对种质资源进行遗传多样性分析,具有较大的局限性。本文综合运用RAPD、ISSR、SRAP 3种分子标记,结果此3种分子标记单独分析更可靠。本研究可为其它物种间的遗传资源多样性分析提供新方法。

太行花DNA提取的优化和适用分子标记检测

比较了常规CTAB法、改良CTAB法和SDS法对太行花叶片总DNA的提取效果,并对改良CTAB法提取的DNA在多种分子标记中的适用性进行了测试。结果表明:常规CTAB法提取的DNA难以完全溶解,且有褐化现象;SDS法提取的DNA产率及纯度都很低;改良CTAB法提取的DNA产率高且稳定,无明显降解,杂质少,OD260/OD280值在1.8左右。以改良CTAB法提取的DNA为模板,应用叶绿体和线粒体通用引物扩增出了特异性的高效产物,ISSR和RAPD引物对总DNA的扩增也获得理想结果。因此,改良CTAB法适用于太行花总DNA提取,其产物能满足核、叶绿体和线粒体基因组分子实验的要求。

云斑尖塘鳢微卫星分子标记的筛选与检测

用磁珠富集法分离云斑尖塘鳢的微卫星序列,由所获得的1032个克隆中筛选出146个阳性克隆,经测序81个含有微卫星序列,52个为完美型,27个为非完美型,2个为复合型,其中43个微卫星序列重复次数在10以上。所获得的云斑尖塘鳢微卫星序列中除探针中使用的CA重复单元和GA重复单元外,还有TAC等其他类型的重复单元。设计合成38对微卫星引物,其中29对引物可稳定扩增出条带,使用这些引物对云斑尖塘鳢48个个体进行检测显示:观测杂合度平均值为0.63,期望杂合度平均值为0.43。29对引物中1对引物表现为单态,7对表现为高度多态,14对表现为中度多态,7对表现为低度多态,多态性较为丰富,说明本研究开发的绝大部分微卫星分子标记较为理想。

波纹唇鱼微卫星分子标记的筛选及适用性分析

采用磁珠富集法及利用生物素标记的（CA）15寡核苷酸探针从波纹唇鱼（Cheilinusundulatus）基因组DNABspl43I酶切位点的400～1000bp片段中筛选CA／GT微卫星位点。洗脱的杂交片段克隆到PMD18．T载体上构建富集微卫星基因组丈库后，通过PCR筛选出阳性克隆进行测序。在120条序列中有88条序列包含有重复次数不少于5次的微卫星位点，阳性序列比例达到73．33％。其中完美型（perfect）类型微卫星最多的重复次数为26次。在88条非冗长序列中，共有28条r31．82％）微卫星重复序列两端有侧翼序列能够进行引物设计。用波纹唇鱼3个个体的混合基因进行引物筛选，其中的24对具有清晰的扩增条带。将筛选的24对引物对波纹唇鱼1个群体的39个个体进行遗传多样性分析，其中4对引物扩增产物为单态，20对扩增产物呈多态性；20对扩增多态的引物在39个个体中扩增出等位基因数为2～12，平均有效等位基因数为3．5。该波纹唇鱼群体的P／C、Ho，He的平均值分别为0．0782、0．8513、0．5667。这20个微卫星位点适于波纹唇鱼群体遗传结构的研究分析。

致病疫霉菌株交配型的检测及其检测方法的比较

致病疫霉(Phytophthora infestans)是马铃薯晚疫病的病原体,可导致马铃薯大面积减产。致病疫霉的有性生殖可以产生卵孢子,由于其抗逆性较强,利于致病疫霉渡过不利的生存环境,给马铃薯晚疫病的有效防治带来巨大的困难。致病疫霉的有性生殖属于异宗配合,即A1、A2交配型同时培养时才会产生卵孢子。因此,快速而有效地检测致病疫霉菌株的交配型将为致病疫霉有性生殖分子机理的研究及致病疫霉的防治奠定基础。通过直接配对法、纸盘法和分子标记法三种方法,对5株来源不同的致病疫霉菌株进行了交配型检测。三种方法的检测结果均表明,菌株HQK8-3、2PO-D、USA1的交配型与ATCC标准菌株64093的交配型一致,为A1交配型,而菌株2PO82001、P7723的交配型与ATCC标准菌株32835的交配型一致,为A2交配型。说明三种方法均可有效鉴定致病疫霉交配型,但三种方法各有优缺点,应根据实验条件,采取合适的方法进行菌株交配型测定。

遗传标记作图的通用最大似然模型

作者在构建连锁图谱时,发现Newton-Raphson迭代求解似然方程组,即便纳入合子和配子选择因子,各基因型的估计值仍不能很好的接近实测值。本文提出了一种偏分离遗传标记作图的通用最大似然模型。

稻米直链淀粉含量的低世代筛选方法研究

针对稻米直链淀粉含量在育种低世代遗传改良中的问题,提出了简易的碘蓝染色法:采用一定量的半粒糙米染色,按照染色后颜色由棕红到深蓝的差异,将稻米直链淀粉含量分为4个类别,分别对应的直链淀粉含量由低到高。使用该方法测定了28份供试水稻品种,染色结果与实测值呈极显著相关(r=0.95**)。利用低世代遗传群体的研究,并通过分子标记辅助验证了该方法对Wx基因筛选的准确性。22份恢复系与保持系育种亲本通过此法所得直链淀粉含量与稻米淀粉合成相关基因标记之间的符合率较高。

基于引物“随机组合”构建观赏桃SSR指纹图谱

近年来，我国观赏桃新品种日渐繁多、名称混乱、市场难以监管。同时用以区分品种的SSR指纹图谱的构建方法在研究界无统一的科学标准，尤其是构成最终引物组合的核心引物的确定。具体操作流程层出不穷、五花八门。为探索筛选SSR指纹图谱核心引物的科学方法，同时构建观赏桃SSR指纹图谱，该研究选用35对已报道的SSR引物对22份观赏桃种质进行试验。结果表明：通过PCR扩增与分析，多态性较高的8对引物——候选引物总共扩增出31个多态性条带，变幅为3～5个．PIC值变幅为0．458～0．668，MI值变幅为1．374～3.340。采用“随机组合”法对8对引物进行C18、C28、C38…依次分析，得到区分能力最强的3种不同的最少引物组合方式——候选组合，并能区分出18份种质．从中发现区分能力最强的3种引物组合方式并不都是由引物PIC值、alleles数量或MI值等多态性指标最高的引物组成，而是由互补性最强的引物组成。选用组合内各引物多态性条带总数最多的组合方式“4—3”（BPPCT001＋BPPCT015a＋BPPcT017＋BPPcT025）为22份观赏桃种质构建了指纹图谱。基于此，通过常规多态性指标筛选候选引物可以确定出单对引物鉴别能力最强的少量引物；通过“随机组合”筛选候选组合可以进一步确定出引物之间互补性最强的几种组合方式；根据组合内各引物的多态性条带总数确定最终核心引物可以确定出可扩容性最大的引物组合。该研究最终建立了候选引物——候选组合——核心引物组合“三步法”确定SSR指纹图谱核心引物组合的科学方法，不仅为22份供试观赏桃种质构建了SSR指纹图谱，也为其它作物SSR指纹图谱的构建提供了新的思路。

基于核基因组标记的群体遗传学研究中的数学分析方法

近些年来,各种数学分析方法被广泛的应用于群体遗传学的研究中。然而,对这些数学分析方法的应用缺乏统一的认识,某些研究甚至存在着误用、乱用等现象。对近些年来基于核基因组标记的群体遗传学研究中主要采用的数学分析方法进行了系统的归纳整理,明晰了它们的适用条件和范围。同时,也综述了显性分子标记中对隐性等位基因频率估算的研究进展以及常用的群体遗传学分析软件包含的主要数学分析方法,对合理应用这些参数和软件进行群体遗传学分析具有指导意义。

高粱DNA的提取纯化及抗丝黑穗病基因的初步分析

[目的]为快速选育抗病高粱新品种提供理论依据。[方法]采用CTAB法提取高粱基因组DNA,运用RAPD分子标记技术对高粱的抗丝黑穗病基因进行初步分析。[结果]琼脂糖凝胶电泳检测结果表明,采用CTAB法提取高粱叶片DNA有较好的提取效果。通过对70个随机引物进行筛选,获得了34个具有多态性扩增谱带的RAPD引物,确定为适宜引物。34个适宜引物共扩增出107条谱带,平均每个引物扩增出3.1条谱带,使高粱基因组呈现出1种多态性。[结论]高粱抗丝黑穗病基因的RAPD扩增谱带集中分布在600～3 000 bp。

用做标记的两种酵母菌完整染色体DNA的简化制备法

已知分子量大小的染色体ＤＮＡ分子标记是脉冲电泳研究中用以估算样本染色体ＤＮＡ分子大小必不可少的参照物。对用做标记的啤酒酵母（Ｓａｃｈａｒｏｍｙｃｅｓｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）和粟酒裂殖酵母（Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｈａｒｏｍｙｃｅｓｐｏｍｂｅ）完整染色体ＤＮＡ几种制备方法的比较研究以及改进研究表明，液氮冷冻研磨法，凝胶包埋法以及凝胶包埋破壁法效果均很好，都得到大量染色体ＤＮＡ，且彼此间无明显差异。表明液氮冷冻研磨法和凝胶包埋法制备上述两种酵母菌染色体ＤＮＡ分子标记是两种理想的方法，可完全取代凝胶包埋破壁法，即缩短处理时间又降低成本。此外，相同的电泳样本块在不同的电泳条件下，所得结果有一定的差异。

荧光定量PCR方法及分子标志物在海洋污染监测中的应用进展

荧光定量PCR作为一种核酸定量技术,可在PCR扩增时在体系中加入荧光染料或荧光基团,实时监测荧光信号从而对PCR扩增产物进行实时准确定量,技术灵敏度高,特异性强。通过对荧光定量PCR的原理、分类、优缺点及几种定量分析方法对比进行简述,并对其在国内外海洋环境污染监测中的广泛应用和研究进行了全面综述,从而对荧光定量PCR和分子标志物在海洋监测中的应用前景做进一步的展望。

近等基因系构建及其在育种中应用综述

近等基因系在蔬菜及作物育种中的研究十分广泛。近年来,随着分子标记技术的发展,近等位基因系的构建方法越来越简便,相关研究逐渐深入。文章分别从构建方法、育种应用等方面阐述近等基因系及其研究进展,并展望近等基因系的应用前景。

不同玉米自交系耐深播性评价及遗传多样性分析

为了筛选玉米耐深播鉴定指标,探讨耐深播综合评价方法并挖掘耐深播种质类群,本研究采用PVC管盆栽试验,在3,15和20cm三种深播处理下,测定各自交系的出苗率、中胚轴长、胚芽鞘长、中胚轴与胚芽鞘之和、苗长、根长,利用隶属函数法综合评价51份玉米自交系的耐深播性,并用70对SSR标记对其遗传多样性进行了分析。结果表明,随着播种深度的增加,各自交系的中胚轴长、胚芽鞘长、中胚轴与胚芽鞘之和大体呈增加趋势,而出苗率降低,苗长及根长先下降后增加。不同播深条件下,玉米自交系幼苗性状的方差分析表明,出苗率、中胚轴长、胚芽鞘长、中胚轴与胚芽鞘之和、苗长、根长与自交系间的差异极显著;同时5个性状（出苗率、中胚轴长、胚芽鞘长、中胚轴与胚芽鞘之和、苗长）与播深以及5个性状与自交系和播深间相互作用的差异极显著;同时根长与播深之间的差异达到显著水平,但是根长与自交系和播深间相互作用的差异不显著。另外,不同播深处理下各性状的相关分析表明,在3cm播深条件下的出苗率与中胚轴、中胚轴和胚芽鞘之和、苗长3个表型性状呈正相关;而在15和20cm播深下,出苗率与中胚轴长、胚芽鞘长、中胚轴与胚芽鞘之和、苗长、根长都极显著正相关。利用隶属函数法筛选出了6份强耐深播系,11份中等耐深播系。同时,利用70对SSR标记共检测出222个等位基因,平均3.17个,多态性信息量平均为0.579,幅度为0.265~0.801,遗传相似系数幅度为0.496~0.946,并将供试自交系划分成两大优势群或6个亚群,其中四平头亚群（SPT）、兰卡斯特亚群（Lan）和旅大红骨亚群（LRC）的耐深播性较强,出苗率、中胚轴长、胚芽鞘长、中胚轴与胚芽鞘之和、苗长、根长表现良好,含有较多的强或中等耐深播系,是重要的耐深播种质类群。

大麦干种子DNA提取研究

进行了应用改进后CTAB方法从半粒大麦种子中提取DNA的研究。结果表明,从干种子中提取的DNA是完整的,多糖等大分子及RNA也被去除;提取的DNA与大麦叶片中提取的DNA是一致的;其PCR扩增产物与从叶片中提取的DNA扩增产物有相同的条带类型。