云南致病疫霉交配型、甲霜灵敏感性、mtDNA单倍型及其群体演替研究

【目的】对致病疫霉群体特征的认识,是控制晚疫病危害的必要前提。【方法】对云南32个马铃薯和番茄产区的致病疫霉群体的交配型、甲霜灵敏感性、mtDNA单倍型进行了研究。【结果】云南马铃薯致病疫霉群体主要由A1交配型组成,番茄致病疫霉全部为A1交配型。A2交配型和自育型菌株总体发生频率较低,分别为3.4%和4.4%。自从2002年以后,致病疫霉的群体结构发生了明显的变化,没有检测到A2交配型或自育型菌株。致病疫霉对甲霜灵敏感性的离体测定显示马铃薯和番茄上均存在抗性、中抗和敏感菌株。甲霜灵抗性、中抗、敏感菌株分别占测定菌株的13.2%、9.4%和77.4%。分离自番茄的甲霜灵抗性菌株比例高于分离自马铃薯的菌株。Ⅰa、Ⅱa和Ⅰb三种mtDNA单倍型被检测到,马铃薯致病疫霉有Ⅰa和Ⅱa两种单倍型,全部为第二次全球迁移后出现的“新”群体。Ⅰa单倍型在群体中的比例为96%,分布于所有马铃薯产区;番茄致病疫霉则为Ⅰa和Ⅰb两种单倍型,“新”、“旧”群体共存。【结论】马铃薯和番茄致病疫霉群体的遗传结构有明显差异;致病疫霉“新”、“旧”群体在云南已发生演替,马铃薯致病疫霉“新”群体已成功替代了“旧”群体;迁移和有限的有性生殖可能在云南致病疫霉群体的演替中担当了重要的作用。

四川马铃薯晚疫病菌交配型、生理小种、甲霜灵敏感性及mtDNA单倍型组成分析

【目的】对马铃薯晚疫病菌群体特征进行系统分析,为马铃薯晚疫病的防控提供科学依据。【方法】对2008—2011年采集自四川的马铃薯晚疫病菌的交配型、甲霜灵敏感性、生理小种及mtDNA单倍型进行分析。【结果】四川马铃薯晚疫病菌以A2交配型为主,占测定菌株的62.5%,A1交配型和自育型菌株的发生频率分别为18.8%和18.4%,A1交配型菌株集中在九龙县和普格县。192个菌株中共测定出55个生理小种,其中生理小种1.2.3.4.5.6.7.8.9.10.11发生频率最高,99.48%的供试菌株含有多个毒力基因。甲霜灵敏感性测定发现四川马铃薯晚疫病菌群体包含抗性、中抗和敏感菌株,分别占测定菌株的63.0%、22.0%和15.0%,敏感菌株分布于普格县、道孚县和九龙县。检测到四川马铃薯晚疫病菌有Ⅰa和Ⅱa两种单倍型,分别占测定菌株的97.4%和2.6%,为第二次全球迁移后出现的"新"群体,Ⅰa单倍型马铃薯晚疫病菌广泛分布于四川各马铃薯产区,其中存在A1交配型、A2交配型、自育型和未知交配型菌株。【结论】四川马铃薯晚疫病菌群体组成日趋复杂,亟待发掘新抗源和培育水平抗病品种,以及合理布局已有抗病品种和利用马铃薯晚疫病预警系统,科学防控马铃薯晚疫病。

鸡mtDNA D-loop区单倍型簇频率与中国家鸡多母系起源研究

本研究旨在通过分析家鸡和原鸡D-loop区单倍型簇的区域性分布和频率揭示中国家鸡多母系起源的区域和传播途径。通过对1 347条鸡D-loop序列进行完全对比排序,共发现198种单倍型,聚成12个单倍型簇。分析结果显示,海岛型红色原鸡与家鸡和大陆型红色原鸡有明显差异;苏门答腊大陆型红色原鸡作为独立分支,也体现出与东南亚大陆型红色原鸡的区别。单倍型簇频率分析显示,Clade C代表的母系可能更早在东南亚及云南等地驯化并对我国南方家鸡形成产生影响,但并非直接由云南引入我国,应该另有途径;Clade D代表的母系可能更早在山东及河南一带驯化繁衍,后引入四川,并在四川开始大规模繁育饲养,此后向周边区域传播扩散,成为中国家鸡重要母系来源。本研究结果进一步支持了我国家鸡多母系起源的论断,并指出东南亚是我国南方家鸡重要的母系来源;同时,河南和山东一带也可能是我国家鸡起源的区域之一。

我国部分地方鸭品种mtDNA D-loop区单倍型分析

为进一步研究鸭品种或遗传资源的遗传多样性,对22个地方鸭品种(遗传资源群体)、2个野鸭群体和2个番鸭群体,共计208个个体的mtDNA D-loop区部分DNA序列的多态性进行了检测,结果发现:单倍型多样度(Hd)为0.886±0.00033,平均核苷酸多样度(Pi)为0.02252,并且在所有群体中共发现了60种单倍型,表明我国地方鸭品种遗传多样性丰富,其中单倍型H8在2种野鸭中均有发现,为我国地方鸭品种起源判定提供了新的参考依据。

西方蜜蜂的线粒体DNA细胞色素氧化酶亚基-Ⅰ~细胞色素氧化酶亚基-Ⅱ富含A+T非编码区单倍型类群

西方蜜蜂（Apis砌ZZ澹ra）的线粒体DNA（mitochondrial DNA，mtDNA）细胞色素氧化酶亚基-I（cytochrome C oxidase subunit I,COI）～细胞色素氧化酶亚基-II（COII）富含A＋T非编码区（AT-rich noncoding region，NC）属于高变异DNA序列，既呈现mtDNA长度变异又呈现mtDNA序列变异，它作为mtDNA多态性标记广泛地应用于A．m．地理亚种的DraI酶限制性片段长度多态性（restriction fragment length polymorphism, DraI RFLP）分析和单核苷酸多态性（ single nucleotide polymorphism, SNP）分析。在本文中，A．m．非洲世系mtDNA的28种DraI RFLP谱图被归纳为3种COI—COIINC单倍型类群，即P0、Q元件组成类群，P1、Q元件组成类群以及P2、Q元件组成类群；A．m.西部欧洲世系mtDNA的90种DraI RFLP谱图被归纳为1种COI—COIINC单倍型类群，即P、Q元件组成类群；A．砚东部欧洲世系mtDNA的25种SNP谱图被归纳为1种COI—COIINC单倍型类群，即Q元件组成类群；A．m．亚洲世系mtDNA的29种DraIRFLP谱图被归纳为3种COI—COIINC单倍型类群，即P0、Q元件组成类群，P0’、Q元件组成类群以及P1＇,Q元件组成类群。本文综述了这个研究进展。

基于mtDNA控制区新单倍型的斑背大尾莺种群遗传结构分析

采用非损伤DNA分析技术,在上海崇明岛自然保护区和辽宁双台河口自然保护区斑背大尾莺(Lo-custella pryeri)种群样本中检测出15个新的mtDNA控制区单倍型。结合已发表的数据进行综合分析,结果表明:在崇明岛自然保护区的种群与江西南矶山、辽宁双台河口、黑龙江扎龙地理种群间没有显著的遗传差异,该结果显示出上海崇明岛种群与其他3个地理种群的巢形相异在遗传学上缺乏关联。此外,双台河口新定义的3个单倍型与南矶山、双台河口、扎龙地区的单倍型以及双台河口以往发现的单倍型发生了明显分化,其分支间遗传距离显著大于各栖息地种群(约10倍)。这暗示了双台河口分布的斑背大尾莺种群部分发生了分化,或者后分化出的进化支(W,R)属于斑背大尾莺指名亚种或新亚种。

线粒体基因组单倍型类群与喉鳞状细胞癌的相关性研究

目的检测常见线粒体基因组(mtDNA)单倍型A、B、C、D、F、G、M在正常人群及喉癌患者中的分布频率,探讨mtDNA单倍型与喉鳞状细胞癌(laryngeal squamous cell carcinoma,LSCC)发病的相关性。方法选取2013年12月~2015年12月80例LSCC患者作为实验组,同期选取健康体检者74例作为对照组(normal control,NC),提取两组病例的全血DNA,经PCR-扩增、基因测序,划分单倍型及其子单倍型,计算mtDNA单倍型及其子单倍型在不同组的分布频率,运用SPSS 20.0统计学软件进行统计分析,P<0.05为有统计学意义。结果mtDNA单倍型B及D4在LSCC组的分布频率高于NC组(P﹤0.05),且与临床分期无关(P>0.05)。结论mtDNA单倍型B和D4可能是LSCC的风险因素,可以作为LSCC发病的基因筛查参考指标。

南海野生斑节对虾的线粒体16S rRNA基因序列单倍型分析

采用聚合酶链式反应（PCR）技术对我国南海海域5个地点（三亚、深圳、阳江、湛江、北海）的野生斑节对虾100个个体的mtDNA16S rRNA序列进行扩增,扩增产物经纯化后进行测序。用Clustal_X排序软件对所得的100个mtDNA16S rRNA序列进行比对。通过ARLEQUIN软件对所得100个mtDNA16S rRNA序列进行比较分析,共检测出28个变异位点,19种单倍型。19单倍型序列的碱基组成显示出较高的A＋T比例（69.0%）。19种单倍型序列的遗传距离在0.002-0.033。根据构建的单倍型进化关系网,5个地点群体中的单倍型呈现一种混杂的分布格局。此外,根据单倍型在5个地点群体出现的频率和单倍型进化关系网,单倍型7是最为原始的单倍型,其他18种单倍型均起源于单倍型7。

线粒体DNA突变致聋家系检测及单倍型分析

目的探讨母系遗传氨基糖甙类抗生素诱发致聋家系的线粒体DNA突变情况及其单倍型背景。方法收集贵州遵义地区6个母系遗传非综合征性耳聋家系的临床资料及血液样本,经PCR-RFLP(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,聚合酶链反应-限制性片段长度多态)及测序技术检测线粒体DNA1555G突变,并通过对各家系线粒体DNA高变区序列测定及编码区限制性片段多态性分析以划分单倍型类群。结果经酶切及测序证实其中4个家系存在线粒体DNA1555G突变,分别属于A、D6、G及M单倍型。结论该地区线粒体DNA1555G突变引起氨基糖甙类抗生素高度敏感致聋的家系发生率较高,线粒体DNA1555G突变致聋家系呈现不同的线粒体单倍型类型。

中国黄牛mtDNA D-loop遗传多样性及起源

Complete mitochondrial D-loop sequences of 140 samples obtained from 15 Chinese local cattle breeds were analyzed.The result showed 67 different haplotypes with 113 polymorphic sites.The haplotype diversity and nucleotide diversity were 0.608-1.000 and 0.002-0.028,respectively,indicating abundant genetic diversity in Chinese cattle.The constructed Neighbor-Joining(NJ) tree revealed that there were two maternal origins of Bos taurus and Bos indicus in Chinese cattle.Among them,the Bos taurus lineage had rich mtDNA genetic diversity,while Bos indicus lineage had poor mtDNA genetic diversity,respectively.It can be concluded that the cattle in Northern China originated from the Bos taurus lineage,while the cattle in Central China and Southern China originated from Bos taurus and Bos indicus lineages.In our study,two mtDNA haplotypes belonging to African cattle were detected,thus providing molecular evidence for an African lineage in Chinese cattle.

关中马mtDNA D-loop区遗传多态性分析

利用测序技术和生物信息学分析技术,对关中马27个个体的线粒体DNA D-loop 247 bp序列的遗传多态性及系统进化进行分析,检测到9种单倍型,其核苷酸多态位点19个,约占所测核苷酸总长的7.69%,均为转换。关中马mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值)为0.0219±0.0076,单倍型多样度(H)为0.843±0.041,表明关中马mtDNA遗传多态性丰富。根据mtDNA序列构建了关中马的NJ分子系统树,发现存在A、C、D、F和G共5个支系,表明关中马是多起源的。

云南文山牛和迪庆牛mtDNA的多态性研究

云南文山牛和迪庆牛ｍｔＤＮＡ的多态性研究文际坤，俞英，赵开典，朱芳贤（云南省肉牛和牧草研究中心，昆明６５０２１２）王文，刘爱华，李维智，张亚平，施立明（中国科学院昆明动物研究所，昆明６５０２２３）通过线粒体ＤＮＡ限制性片段长度多态性（ｍｔＤＮＡＲＦＬ...

我国根瘤蚜mtDNA CO Ⅰ遗传多样性与系统发育(英文)

通过线粒体DNA COⅠ多态性研究了我国根瘤蚜Daktulosphaira vitifoliae Fitch的遗传分化与系统发育,并将我国根瘤蚜单倍型与GenBank中已发表的85个单倍型进行了聚类分析。结果表明:序列中A,C,T,G4种核苷酸的比例分别为34.8%,15.8%,39.2%和10.2%,29个变异位点中单一多态位点12个,简约信息位点17个。确定了13种单倍型,检测5种单倍型,其中上海群体单倍型相对丰富,且上海葡萄根瘤蚜群体与其他3个群体之间没有共享单倍型。同时上海群体与其他3个群体的遗传距离最大(0.039～0.040),Nm最小(0.02),在分子系统发育树和单倍型网络图上为独立分支,说明我国根瘤蚜至少有两个独立的起源。

鸭mtDNA控制区遗传变异与进化研究

利用DNA测序技术测定了我国6个家鸭品种31个个体线粒体DNA控制区多变序列。序列分析结果显示:A、T、C、G碱基的平均含量分别为0.313、0.201、0.355和0.130;检测到6个变异位点,约占分析位点总数的1.80%;检测到两种变异类型:颠换和转换,没有插入缺失类型;确定了9种单倍型,其中单倍型A1为本研究中6个地方鸭种的共享单倍型;本研究系统发育树结果支持我国家鸭起源于绿头野鸭(Anas platyryhynchos)和斑嘴鸭(Anas peocilorhycha)的"二元论"。

黄河下游同域山羊种群mtDNA D-环多态性及系统发育

对黄河下游7个山羊种群共59个个体的mtDNAD-N533bp序列进行分析，发现59个多态位点，其中单一多态位点21个，简约信息位点38个，分别占全序列的11．7％、3．94％和7．13％。确定了37种单倍型，崂山奶山羊1个个体还发现了1处5碱基的缺失。各群体单倍型多样度为0．7857～0．9697，核苷酸多样度为1．27％～1．73％，遗传多样性较丰富。构建系统发育树将37种单倍型分为2个分支，由此推断黄河下游山羊资源至少具有2个母系起源，角猾羊与A类型聚为1支，7个群体具有角猾羊起源，未发现捻角山羊对7个群体有贡献的证据。错配分析表明，A类型经历过群体扩张，B类型未经历过群体扩张。并通过遗传距离分析了各群体的遗传分化。

9个地方绵羊品种mtDNA D-loop高变区序列分析

对中国9个绵羊品种的103个个体mtDNA D-loop高变区（763 bp）进行了研究,结果表明：获得的序列长度范围为522-683 bp,可归为21种分子类型,各分子类型在绵羊品种间分布趋于一致,不存在特异性,而在品种内却存在异质性;绵羊mtDNA D-loop区序列长度变异主要是由于75 bp基元重复序列重复次数的不同（2、3或4个）和少数碱基的插入或缺失造成的;103个个体mtDNA D-loop区序列中A＋T碱基组成比例（64.7%）明显高于G＋C碱基组成比例（35.3%）,说明了绵羊mtDNA D-loop区是A、T碱基富集区,且为高突变区,碱基突变类型包括转换、颠换、插入和缺失,且碱基转换频率远高于碱基颠换频率。

中国水牛mtDNA D-loop区遗传多样性与母系起源

[目的]检测中国水牛21个群体232条线粒体DNA D-loop 915 bp全序列的遗传多样性及系统进化关系。[方法]PCR扩增、测序和生物信息学方法。[结果]发现232条序列中共有87种单倍型,其核苷酸多态位点88个,其中有79个转换,6个颠换,3个颠换与转换共存。中国水牛mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值)为0.01403±0.00178,单倍型多样度(H)为0.8460±0.0240,表明中国水牛mtDNA遗传多样性丰富。根据单倍型构建了中国水牛的NJ分子系统树,发现中国水牛变异类型主要为两个大支系A和B,表明中国水牛有两个主要母系起源。进一步分析发现支系B具有较大的差异,可以细分为两个亚支B1和B2。[结论]中国水牛mtDNA遗传多样性丰富,有2个母系起源。

雷琼牛mtDNA D—loop遗传多态性研究

对雷琼牛6个个体的mtDNA D—loop区910bp进行分析，检测到2种单倍型，其核苷酸多态位点5个，约占所测核苷酸总长的0．55％，其中有2个转换，2个颠换，1个插入/缺失。雷琼牛mtDNA D—loop区核苷酸多样度(π值)为0．15％，单倍型多样度(H)为0．33，表明雷琼牛mtDNA遗传多样性贫乏。经比较分析，雷琼牛起源于瘤牛。

应用PCR-测序及SSCP技术分析mtDNA序列多态性

mtDNA以其拷贝数多、呈母系遗传、进化速度快等特点,为法医检案提供了一种有效的检测项目,特别是对微量、陈旧降解检材的DNA检验.应用PCR-自动测序和PCR-SSCP检测技术分析58例太原地区无关汉族个体mtDNA nt16081-16546区间(位于HV I)序列多态性,并对其进行统计学分析.

黑龙江省马铃薯晚疫病菌的交配型和multi-locus基因型分析

2015~2017年在黑龙江省哈尔滨市、绥化市和齐齐哈尔市各马铃薯主产区共采集分离了126株马铃薯晚疫病菌菌株,测定交配型、mtDNA单倍型、SSR基因型并进行multi-locus基因型分析。结果显示,126株菌株中发现了A1、A2、自育型3种交配型,分别占分离菌株总数的88.1%、6.3%和5.6%。126株菌株中共鉴定出Ⅰa和Ⅱa两种mt DNA单倍型,分别占分离菌株总数的17.5%和82.5%。126株菌株中共鉴定出7种SSR基因型,分别为F-01、F-02、F-03、F-05、F-06、D-03和G-02,其中F-01基因型(77.8%)为优势基因型。根据马铃薯晚疫病菌的mt DNA单倍型和SSR基因型,共划分了9种multi-locus基因型,其中multi-locus基因型A(65.1%)是黑龙江省发现的优势基因型。2015~2017年黑龙江省马铃薯晚疫病菌群体结构逐年复杂,绥化市马铃薯晚疫病菌群体结构最为复杂。