基于线粒体COⅠ基因序列的梭鲈野生群体遗传结构

为了解梭鲈种群的遗传结构,实验利用线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因部分序列分析了中国6个和中亚2个群体的遗传差异,并与欧洲群体的单倍型序列进行了比较。结果在640 bp的COⅠ基因序列中检测到5个变异位点,定义了7种单倍型,发现Hap1为8个梭鲈群体的共享单倍型,且与欧洲群体的HapA相同,在中国群体所占比例(93.36%)高于中亚群体(72.58%)和欧洲群体(53.85%);Hap2和Hap3是中国群体的特异单倍型,而Hap4~Hap7为中亚群体的特异单倍型。单倍型序列的聚类图和网络图均显示Hap1/A为梭鲈群体的原始单倍型,中国和中亚群体的特异单倍型相对于原始单倍型仅有1~2个位点的变异,属于Hap1/A的亚型,与欧洲群体的特异单倍型具有较大的差异。每个群体检测到1~4种单倍型,斋桑湖(ZS)群体单倍型最多,而中国的腾格里湖(NX)、兴凯湖(XK)和鸭绿江(YJ)群体仅有1个单倍型(Hap1);塔什干(TS)群体的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)最高(Hd=0.514±0.069;π=0.00079±0.00011),其次是ZS群体,而中国梭鲈群体的多样性参数较低。AMOVA分析结果显示,梭鲈群体间遗传变异占20.74%,群体间遗传分化程度较高(0.15≤F_(st)=0.20736<0.25),TS群体与ZS群体和中国群体间的遗传分化极大(F_(st)>0.25),中国群体中仅黑河(HH)群体与其他群体的遗传分化较大,而中国其他5个群体间无遗传分化。基于群体间遗传距离的系统进化树显示,来自中国的6个梭鲈群体与哈萨克斯坦的ZS群体聚为一支,而乌兹别克斯坦的TS群体独立为一支。研究结果为梭鲈群体的繁殖及放流管理提供了参考。

山东省济南市和济宁市白纹伊蚊线粒体mtDNA-COⅠ基因序列测定及分析

目的分析山东省济南市和济宁市白纹伊蚊(Aedes albopictus)线粒体细胞色素c氧化酶的一个亚基I基因(mitochondrial cytochrome c oxidase subunitⅠ,mtDNA-COⅠ),揭示白纹伊蚊不同亚群体间的遗传差异、亲缘关系,探讨白纹伊蚊遗传多样性与地理分布之间的关系。方法分别从济南市历城区和济宁市任城区采集白纹伊蚊样本,利用PCR技术扩增白纹伊蚊种群的mtDNA-COⅠ基因序列,结果通过NCBI的BLAST比对工具进行比对,运用BioEdit 7.0、DnaSP v6和PopART 1.7软件进行数据分析,计算白纹伊蚊遗传多样性参数并绘制单倍型网络图。结果对山东省济南市和济宁市的白纹伊蚊mtDNA-COⅠ基因进行了基因测序,分别获得了86条和84条基因片段。与BLAST比对结果显示,全部序列存在5个突变位点,核苷酸多样性(nucleotide diversity,Pi)为0.00097,G+C含量为33.4%,表现出线粒体DNA特性。与济宁市相比,济南市的白纹伊蚊种群在核苷酸多样性和单倍型多样性上均较高,核苷酸差异也更大,但这些差异无统计学意义。济南市和济宁市的白纹伊蚊种群各自拥有6种单倍型,其中3种是共同存在的,而另外3种仅在济南市的种群中发现。种群结构分析结果显示,济南与济宁两地的白纹伊蚊种群的群体间核苷酸差异很小。结论mtDNA-COⅠ基因可用于物种鉴定以及研究白纹伊蚊种群遗传多样性的分子标志,为更有效的分类和防控策略提供支持。

草鱼MHCⅠα基因克隆及其多态性特征分析

主要组织相容性复合体(MHC)是存在于脊椎动物染色体上、呈高度多态性的基因群,与机体的抗病性密切关系。MHCⅠ类分子由α链和β_(2m)微球蛋白组成,α链呈高度多态性。为探究草鱼MHCⅠα基因的多态性特征,本研究对3个草鱼个体的MHCⅠα基因进行克隆和测序,并使用生物信息学方法分析比较草鱼与小鼠、牛和鸡的MHCⅠα基因多态性特征。结果:共获得了5条草鱼MHCⅠα基因型序列,其基因编码332个氨基酸,包括信号肽、α1、α2、α3和TM/CY区域。草鱼MHCⅠα基因的氨基酸变异位点主要分布在α1和α2区域,与小鼠、牛和鸡MHCⅠα基因肽结合区(PBR)空间结构相似,多态性位点分布在抗原递呈的关键部位α螺旋或β折叠上。草鱼MHCⅠα基因的进化受自然环境的负向选择作用,而其他3个物种的进化方式均为正向选择。此外,草鱼MHCⅠα基因与其他脊椎动物亲缘关系较远,单独构成进化树上一大分支,且个体间继续分化为不同的亚支。本研究从基因层面阐述了草鱼MHCⅠα基因多态性特征和分子进化规律,为进一步探究低等脊椎动物MHCⅠα基因的生物学特征奠定基础。

组织桥接整合因子1、Ⅰ型胶原蛋白基因、核转运蛋白基因2与三阴性乳腺癌术后复发关系

目的探究组织桥接整合因子1(BIN1)、Ⅰ型胶原蛋白基因(COL1A1)、核转运蛋白基因2(KPNA2)表达与三阴性乳腺癌(TNBC)术后复发关系及联合检测意义。方法选取2019年5月至2020年5月上海市第八人民医院行手术治疗的TNBC病人80例,根据术后2年是否复发分为复发组、未复发组,比较两组临床资料、组织BIN1、COL1A1、KPNA2基因表达,复发的相关影响因素采用单因素与多因素logistic回归分析,组织BIN1、COL1A1、KPNA2基因表达预测术后复发的价值采用受试者操作特征曲线(ROC曲线)分析,组织BIN1、COL1A1、KPNA2基因表达与复发时间关系采用Pearson分析,比较不同组织BIN1、COL1A1、KPNA2基因表达病人无复发生存期(RFS)。结果复发组T分期、N分期与未复发组比较,差异有统计学意义(P<0.05);复发组组织BIN1mRNA表达为0.24±0.07,低于未复发组的0.35±0.10(P<0.05),复发组组织COL1A1mRNA、KPNA2mRNA表达分别为2.07±0.62、2.91±0.84,高于未复发组的1.48±0.43、1.85±0.60(P<0.05);T分期、N分期、COL1A1 mRNA、KPNA2 mRNA均是复发相关独立危险因素,BIN1 mRNA是复发相关独立保护因素(P<0.05);BIN1 mRNA、COL1A1 mRNA、KPNA2 mRNA的AUC分别为0.76、0.80、0.78,三者联合的AUC为0.94;BIN1mRNA与复发时间呈负相关(r=-0.79,P<0.001),COL1A1mRNA、KPNA2mRNA与复发时间呈正相关(r=0.77、0.78,均P<0.001);BIN1mRNA高水平病人RFS长于低水平病人,COL1A1mRNA、KPNA2mRNA高水平病人RFS短于低水平病人(P<0.05)。结论BIN1mRNA、COL1A1mRNA、KPNA2mRNA与TNBC术后复发风险、复发时间有关,联合检测可作为早期预测术后复发的一个可靠方案,为临床治疗提供重要的参考信息。

戊二酸血症Ⅰ型病儿5例临床及基因突变分析

目的回顾性分析5例确诊戊二酸血症Ⅰ型病儿临床特点及戊二酰辅酶A脱氢酶(GCDH)基因突变情况,为临床诊治提供参考依据及产前诊断提供借鉴。方法回顾性分析山西省儿童医院2019年1月至2022年12月收治及随访的5例戊二酸血症Ⅰ型病儿临床资料及基因检测结果。结果5例病儿中男4例,女1例,5例病儿就诊年龄分别为8个月26 d、3个月24 d、4个月8 d、10个月25 d、1个月5 d。5例病儿的临床表型各异。3例经新生儿筛查确诊,2例因运动发育落后经遗传代谢病检测确诊,其中1例以抽搐为首发症状,2例出现运动发育落后且1例伴有运动发育倒退。5例病儿血戊二酰肉碱及比值均升高、尿戊二酸水平均增高。基因检测证实5例病儿均为复合杂合突变,以错义突变为主。结论5例病儿中有3例病儿是通过新生儿疾病筛查发现的,新生儿串联质谱筛查可以对于戊二酸血症病儿的早期诊断、早期治疗及预后具有重要的意义;戊二酸血症Ⅰ型病儿临床表现具有明显异质性,对临床可疑的病儿可进行血串联质谱检测、尿气相色谱分析及基因检测,以便进行早期严格的干预治疗及饮食管理,从而改善预后;此外,该研究发现了1个新的GCDH基因突变位点,丰富了GCDH基因的突变谱。

Ⅰ型神经纤维瘤病一家系基因检测

目的:明确Ⅰ型神经纤维瘤病(neurofibromatosis type 1,NF1)一家系的致病基因。方法:本研究招募了一例NF1患儿,具有典型的皮肤咖啡牛奶斑、腋窝雀斑及神经纤维瘤。切除眼眶、上颚肿物行组织病理学和免疫组化检查,提取患儿及其家庭成员的外周血DNA,进行了全外显子组测序(Exome sequencing, WES)和Sanger测序。结果:结果显示眼眶、上颚肿物组织病理及免疫组化结果提示神经纤维瘤,在该NF1患儿中发现了一种新发致病性杂合突变NF1 c.204+2T>G,该突变导致氨基酸发生剪接突变。其父母无致病基因,该患儿为自发突变。结论:本研究鉴定一例NF1患儿的致病基因NF1 c.204+2T>G突变,丰富了NF1基因数据库。

1例Ⅰ型亚历山大病患儿的CT/MRI检查及基因检测结果分析

目的探讨Ⅰ型亚历山大病的影像特点特点和遗传情况。方法对1例Ⅰ型亚历山大病患者的影像学资料及基因检测资料作回顾性分析。结果患儿因全面性发育落后于2岁7个月时行颅脑电子计算机断层扫描(CT)检查,结果可见双侧大脑半球皮层下脑白质、基底节区及侧脑室前角旁斑点状、短线状钙化灶,双侧额顶叶及基底节区对称性低密度灶;3岁4个月时颅脑磁共振成像(MRI)检查可见患儿双侧大脑半球脑白质弥漫对称性异常信号,T2WI及T2-FLAIR均呈高信号,T1WI病灶整体似呈花环状,双侧侧脑室扩大;4岁5个月时颅脑MRI检查可见患儿原右侧侧脑室前角旁脑白质短线状T1WI高信号消失;5岁5个月时颅脑MRI检查可见患儿原左侧侧脑室体部旁短线状T1WI高信号基本消失,未见明显脑萎缩。全外显子组基因测序结果发现,患儿存在GFAP基因1号外显子c.235C>T/p.Arg79Cys错义突变。结合影像学资料及基因检测结果,本例患儿明确诊断为Ⅰ型亚历山大病。结论Ⅰ型亚历山大病患儿颅脑CT检查可见皮层下脑白质、基底节区及侧脑室前角旁钙化,颅脑MRI检查可见双侧大脑半球脑白质弥漫对称性异常信号。GFAP基因1号外显子c.235C>T/p.Arg79Cys错义突变可能是Ⅰ型亚历山大病的致病原因。

Ⅰ型胶原编码基因突变致成骨不全症动物模型

成骨不全症(osteogenesis Imperfecta,OI)是一类以低骨量、骨脆性及骨骼畸形为特征的单基因遗传性骨病,研究其病理生理学机制和有效治疗方法的关键是动物模型的应用。绝大部分OI由编码Ⅰ型胶原相关基因突变引起,本文总结了COL1A1和COL1A2突变的主要动物模型,这些模型是研究致病机制、开发和测试新的治疗策略的宝贵工具。未来的研究将运用CRISPR/Cas9等新型基因编辑技术,结合多种生物类别,优化和拓展OI动物模型,更好地模拟人类疾病,有助于对OI及其治疗方法的深入探索。

番茄LeGlyⅠ基因的生物信息学特征与表达模式分析

植物在遭受逆境胁迫时会产生过量的甲基乙二醛(MG)等有毒醛类化合物,而乙二醛酶系统能帮助其有效清除过量的MG,其中乙二醛酶Ⅰ(GlyⅠ)是级联反应的第一个酶,在此过程中发挥了重要作用。本研究以野生番茄‘Heinz 1706’的幼苗为试材,克隆了番茄LeGlyⅠ基因,并对其生物信息学特征、表达模式以及亚细胞定位进行了分析。结果表明,LeGlyⅠ的CDS序列全长为489 bp,共编码162个氨基酸;LeGlyⅠ蛋白分子式为C_(798)H_(1226)N_(214)O_(235)S_(4),分子量为17 706.05 Da,等电点为6.51,亲水性平均值为-0.386,不稳定系数为39.32,预测为亲水性稳定蛋白,含有一个VOC-like结构域。LeGlyⅠ的启动子序列中包含多种顺式作用元件,包括无氧诱导必需的顺式作用元件、光响应元件、低温响应元件、干旱响应元件以及茉莉酸甲酯、脱落酸、生长素、赤霉素等激素响应元件。通过qRT-PCR分析发现,LeGlyⅠ基因在番茄的根、茎、叶中均有表达,且在叶中的表达量最高,并且其表达水平受氧化胁迫的影响。亚细胞定位结果显示,LeGlyⅠ蛋白主要在线粒体和细胞核中发挥功能。本研究结果可为深入研究LeGlyⅠ基因在番茄抗逆中的功能及其分子机制提供理论依据。

基于mtDNA COⅠ基因序列的山香圆平背粉虱遗传多样性分析

为探究茶树害虫山香圆平背粉虱(Crenidorsum turpiniae)的遗传多样性,掌握山香圆平背粉虱的遗传分化现状及精准防控提供理论依据,通过基因组DNA提取、PCR扩增与测序,测定贵州省11个不同地理区域的山香圆平背粉虱种群mtDNA COⅠ基因序列片段,开展基因序列特征、单倍型及遗传多样性、遗传分化与基因交流、分子变异和单倍型系统发育分析。结果表明,山香圆平背粉虱mtDNA COⅠ基因序列片段扩增长度均为658 bp,序列具有明显的A+T偏倚性,共定义10个单倍型。贵州茶园山香圆平背粉虱总群体遗传多样性较高,表现出高单倍型多样性(Hd=0.800)和高核苷酸多样性(Pi=0.067 0)。11个地理种群的山香圆平背粉虱总群体遗传分化程度高(Fst=0.920 3),基因交流水平低(Nm=0.04)。AMOVA分析显示,山香圆平背粉虱的遗传变异主要来自组间(FCT=0.912 9);中性检验与错配分布分析综合表明,山香圆平背粉虱近期未发生过明显扩张现象;单倍型系统发育分析及中介网络图聚类结果均表明,山香圆平背粉虱聚为3分支,分化枝可能已达物种水平。

基于mtDNA-COⅠ基因的山东省淡色库蚊种群遗传多样性分析

目的探讨山东省淡色库蚊种群遗传多样性、遗传分化和系统发育关系。方法从2020年9月-2022年9月,采集山东省菏泽、德州、聊城、青岛、烟台和日照共6个市的淡色库蚊。从单只雌性成蚊中分别提取基因组DNA,用PCR法扩增线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(mtDNA-COⅠ)基因序列并测序,获得的序列在GenBank上进行BLAST比对。应用BioEdit 7.0软件对测序结果比对分析;运用DnaSP v6软件分析种群的遗传多样性;采用Arlequin 3.5软件计算种群遗传分化系数和基因流;使用PopART 1.7软件构建单倍型网络图(TCS network法)。结果山东省6个淡色库蚊种群共获得423条序列,其长度均为603 bp。A+T平均含量占69.2%,符合线粒体DNA的AT偏向性。单倍型分析共获得8种单倍型,其中单倍型H01为优势单倍型。mtDNA-COⅠ序列分析结果显示,种群具有丰富的遗传多样性;分子变异等级分析表明淡色库蚊遗传分化主要来自于种群内部;部分种群间存在一定的遗传分化现象。中性检验结果显示:聊城和菏泽淡色库蚊种群近期经历过扩张。结论mtDNA-COⅠ基因可以作为研究淡色库蚊种群遗传多样性的分子标志。青岛种群遗传发育与其他地理种群相比有一定特殊性。

基于mtDNA COⅠ基因对榕属植物上粉蚧的分子鉴定和系统发育分析

【目的】榕属植物是我国华南地区普遍种植的园林植物,本研究旨在明确榕属植物上发生危害的粉蚧种类。【方法】测定榕属植物上发生为害的9种粉蚧的COⅠ基因序列,利用生物信息学软件分析其序列同源性、遗传结构及系统进化关系。【结果】测出38条粉蚧的COⅠ基因序列相似度达到99.25%~100.00%,9种粉蚧的种间遗传距离为0.070~0.173,其中堆蜡粉蚧与菠萝灰粉蚧遗传距离最大,而康氏粉蚧与橘小粉蚧遗传距离最小,说明康氏粉蚧与橘小粉蚧亲缘关系较近。构建的系统发育树中,每种粉蚧与GenB ank数据库下载的已知序列聚在一支,系统发育树结果与形态学鉴定结果一致。【结论】线粒体COⅠ基因序列能够快速准确鉴定榕属植物上的粉蚧,也揭示了榕属植物上粉蚧的遗传结构和系统进化关系,为农林业监测和精准防治粉蚧类害虫提供科学依据。

樱桃谷肉鸭肝脏发育早期IGF和IGF-ⅠR基因表达规律研究

樱桃谷肉鸭是世界著名的瘦肉型鸭,其肝脏发育对机体健康及生长至关重要。该研究旨在探讨樱桃谷肉鸭在胚胎后期和出壳早期肝脏发育及关键基因表达规律。试验选用120枚受精鸭蛋,在第16、21、28胚龄,和第7、14、21日龄记录胚体重、体质量重和肝脏质量重的变化。采用荧光定量PCR技术检测肝脏发育相关IGF1、IGF2、IGF-ⅠR mRNA的表达情况。结果表明,IGF1、IGF2、IGF-ⅠR在16胚龄鸭肝脏中已有少量表达。随胚龄/日龄增加IGF1 mRNA表达量呈现持续增长的态势,IGF2和IGF-ⅠR mRNA表达量呈现先增加后下降的趋势。IGF1、IGF2、IGF-ⅠR mRNA表达量相互间存在显著正相关,三个基因在鸭早期肝脏生长发育过程中存在协同表达现象,肝脏IGF1、IGF2、IGF-ⅠR mRNA的表达在鸭早期发育过程中发挥着重要作用。

贵州省不同地理株中华按蚊mtDNA-COⅠ基因遗传多态性分析

目的了解贵州省不同地理株中华按蚊种群线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(mtDNA-COⅠ)基因序列的多态性,探讨其遗传多样性、遗传分化和种群扩张情况以及遗传距离与地理距离及其相关关系等种群遗传特征。方法于2017年7月-2018年8月采用灯诱法在贵州省东、西、南、北、中5个方位的12个采样点采集稻田周边的成蚊,经过形态学确认为中华按蚊后,用试剂盒法提取单只蚊虫DNA样本并对mtDNA-COⅠ基因扩增后测序,测序结果用DNAStar 5.0软件进行拼接,在美国国立生物技术信息中心经BLAST比对进行蚊种的分子鉴定,对确认为中华按蚊mtDNA-COⅠ的基因序列使用DnaSP 5.1软件分析其单倍型多样性、核苷酸多样性,并计算各种群间分化系数(Fst)和基因流(Nm)大小,进行中性检验,以明确各种群之间的分化程度和种群扩张情况。使用MEGA 7.1软件计算各种群间和种群内的遗传距离,判断种群之间的遗传变异程度;根据采样点经纬度计算种群间的地理距离,与对应的遗传距离进行相关性检验,以分析两者的相关关系。结果经分子生物学鉴定,共获得贵州省12个地理株中华按蚊mtDNA-COⅠ基因序列551条,长度为709 bp,其中,碱基(A+T)和(G+C)平均含量分别为68.57%和31.43%,709个位点中保守位点有586个,变异位点有123个,单态位点有189个,简约性信息位点有278个,无插入和缺失位点。551条序列共检出329种单倍型,单倍型多样性指数为0.992,核苷酸多样性为0.01522以上,12个种群的Fst值在0.0008~0.4207,Nm值在0.0861~75.2392,中性检验统计值均为负值,种群内遗传距离范围在0.0071~0.0529,种群间的遗传距离范围在0.0079~0.0522,织金种群和都匀种群内遗传距离较其他种群大;遗传距离和地理距离之间无相关关系,不同种群之间可能存在一定的地理隔离,但种群之间遗传距离的大小与地理距离不相关。结论贵州省不同地理株中华按蚊种群遗传多样性丰富,在历史上经历了区域性的种群扩张,可能存在一定程度的遗传分化和地理隔离,但在一定范围内种群间也有基因交流,呈现出交流与隔离并存的分布格局。

基于mtDNA-COⅠ基因的山东省蚊种群遗传多样性分析

目的探讨山东省不同地理株及实验室不同抗性品系淡色库蚊及5种常见蚊种的线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(mt DNA-COⅠ)基因序列特征,分析其遗传多样性。方法采用山东省济南、济宁、青岛等地现场采集及实验室选育的淡色库蚊成蚊,以济宁市现场采集的5种蚊(淡色库蚊、三带喙库蚊、中华按蚊、白纹伊蚊、骚扰阿蚊)作为样本,PCR扩增mt DNA-COⅠ基因并测序,分析序列特征并构建系统进化树。结果 PCR特异扩增8个不同地理株及4个实验室抗性品系的淡色库蚊mt DNA-COⅠ区域,获得长度均为528 bp的扩增片段,A+T含量为67.4%,存在两个变异位点。不同地理株淡色库蚊mt DNA-COⅠ基因同源性为99.95%,不同抗性品系淡色库蚊基因序列相同,所有蚊虫COⅠ基因具有高度保守性。5种常见蚊虫的mt DNA-COⅠ基因片段长度均为528 bp,有408个保守位点,120个变异位点,42个简约信息位点,78个单态位点,A+T含量为65.7%~68.0%,同源性分析发现蚊种间基因同源性为86.17%~92.05%,所有蚊虫的COⅠ基因分子鉴定与其形态学相吻合。系统进化关系显示,同种和同属之间呈明显的聚集,但阿蚊属成单独的分支,与其他蚊种亲缘关系较远。结论线粒体COⅠ作为不同地理株及实验室不同品系淡色库蚊的遗传进化分子标记不够理想,但该基因具有种间和属间特异性,可用于蚊虫属和种的区分。

我国多斑按蚊复合体mtDNA-COⅠ基因序列特征与系统发育学研究

目的测序并比较多斑按蚊复合体5成员种(伪威氏按蚊、多斑按蚊、威氏按蚊、达罗毗按蚊及塞沃按蚊)mtD-NA-COⅠ基因序列差异,并探讨其系统进化关系。方法多斑按蚊复合体经形态学和ITS2分子鉴定种型后,PCR扩增多斑按蚊复合体mtDNA-COⅠ基因序列,采用Chromas软件核对,必要时手动调整,采用Bioedit软件进行比对分析,采用Mega3.0软件构建系统进化树。结果 PCR扩增mtDNA-COⅠ基因序列全长约645～660bp,平均G+C含量为29.1%,A+T含量为70.9%。5种不同算法计算的5成员种成对种间距离有较小偏差,但种间遗传距离范围基本趋于一致,以塞沃按蚊、达罗毗按蚊及多斑按蚊亲缘关系最近,其后依次为威氏按蚊和伪威氏按蚊。结论根据mtDNA-COⅠ基因序列,采用不同方法构建的多斑按蚊复合体系统进化树结果基本一致,该基因序列适用于多斑按蚊复合体分析系统学分析。

云南省中华按蚊种群mtDNA-COⅠ基因序列的遗传结构分析

目的通过对云南省中华按蚊线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(mtDNA-COⅠ)基因进行分析,探讨当地中华按蚊种群间的遗传变异和种群结构特征。方法 2018-2019年,在绥江、勐腊、腾冲、罗平、元江、富宁县(市)6个采样点使用功夫小帅诱蚊灯采集蚊虫。经过形态学和分子生物学鉴定为中华按蚊后,对线粒体COⅠ基因扩增后测序。测序结果用MEGA 6软件对比分析,用DnaSP 5软件计算各地中华按蚊种群的多态性相关指数和错配分析。Arlequin 3.5.2.2软件进行分子变异分析(AMOVA)和中性检验,以及计算遗传分化FST值和基因交流值(Nm值)。结果 6个中华按蚊种群共成功扩增210个样本,有96种单倍型,单倍型多样性为0.97,核苷酸多样性为0.011。种群内变异率为90.80%,种群间变异率为9.20%,绥江和罗平县FST值最高为0.21,基因流最低为0.96,除腾冲市外,其余地区Tajima’s D的值均为负值,且均P>0.05,错配分析时曲线呈双峰。结论云南省内中华按蚊种群有丰富的遗传多样性,种群内变异大于种群间变异,绥江和罗平县存在遗传分化,其他地区无遗传分化。云南省中华按蚊种群近期未出现种群扩张。

儿童神经纤维瘤Ⅰ型新发基因突变并文献复习

目的探讨全外显子测序确诊NF1基因新发变异致Ⅰ型神经纤维瘤及了解NF1基因突变的遗传学特点。方法采用全外显子测序方法对先证者进行NF1基因测序并对其家系成员进行一代验证。结果发现受检者NF1基因上的1个杂合移码缺失变异,一代测序结果显示父母均未携带该变异,推测为新发变异或者父母一方存在生殖细胞嵌合。结论Ⅰ型神经纤维瘤由NF1基因突变引起,早期临床表现多为多处牛奶咖啡斑,临床上对有多处牛奶咖啡斑样的患者应尽早行基因检测确诊,以免贻误治疗时机。

低密度脂蛋白受体基因AvaⅡ和NcoⅠ位点多态性与缺血性脑卒中的相关性研究

目的探讨低密度脂蛋白受体(LDLR)基因AvaⅡ、NcoⅠ位点多态性与缺血性脑卒中(IS)发生的相关性,并分析AvaⅡ、NcoⅠ位点不同基因型血脂水平的变化。方法选取2019年6—11月就诊于泉州市第一医院的140例IS患者作为IS组,另选取同期于本院体检的130名健康体检者作为对照组,两组均进行LDLR基因AvaⅡ、NcoⅠ位点多态性及三酰甘油(TG)、总胆固醇(TC)、高密度脂蛋白胆固醇(HDLC)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、载脂蛋白A1(ApoA1)、载脂蛋白B(ApoB)水平检测。比较两组临床资料和LDLR基因AvaⅡ、NcoⅠ位点基因型分布和等位基因频率及不同基因型各血脂水平。结果IS组吸烟、高血压史、糖尿病史占比及收缩压、舒张压、TG、水平均高于对照组,HDL-C、ApoA1水平低于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);两组年龄、性别、饮酒史占比、TC、LDL-C、ApoB水平比较差异无统计学意义。两组AvaⅡ位点基因型分布和等位基因频率比较差异有统计学意义(P<0.05),NcoⅠ位点基因型分布和等位基因频率比较差异均无统计学意义。两组组内AvaⅡ、NcoⅠ位点不同基因型TC、HDL-C、LDL-C、ApoA1、ApoB水平及AvaⅡ位点不同基因型TG水平和IS组NcoⅠ位点不同基因型TG水平比较差异均无统计学意义,对照组组内NcoⅠ位点不同基因型TG水平比较差异有统计学意义(P<0.05)。AvaⅡ位点:IS组TT、TC基因型TG水平均高于对照组,HDL-C、ApoA1水平均低于对照组,CC基因型ApoA1水平低于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05);两组CC基因型TG、HDL-C水平及同一基因型间TC、LDL-C、ApoB水平比较差异均无统计学意义。NcoⅠ位点:IS组AA基因型TG水平高于对照组,AA、AG基因型HDL-C、ApoA1水平均低于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);两组AG、GG基因型TG水平和GG基因型HDL-C、ApoA1水平及同一基因型间TC、LDL-C、ApoB水平比较差异均无统计学意义。结论LDLR基因AvaⅡ位点多态性与IS相关,而NcoⅠ位点多态性与IS无关。泉州地区IS患者AvaⅡ、NcoⅠ位点的多态性与TG、TC、HDL-C、LDL-C、ApoA1、ApoB等血脂水平无关。

COⅠ和16S rRNA基因在鱼胶品种鉴别中的适用性研究

为建立准确的鱼胶鉴别技术,该研究从DNA条形码的角度出发,分析了细胞色素氧化酶亚基I基因(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)和核糖体16S rRNA基因(16S ribosomal RNA,16S rRNA)在鱼胶品种中的鉴别适用性。选用3对通用引物对五大类鱼胶产品共30个样品的COⅠ基因和16S rRNA基因的序列片段进行PCR扩增和测序,利用DnaSP 6.12、Mega 11软件进行了DNA序列分析和遗传差异分析,最终基于邻接法(neighbor-joining,N-J)构建进化树。结果显示,在基因片段序列分析方面,2种基因片段都表现出核苷酸碱基偏倚性,16S rRNA基因序列变异率远小于COⅠ基因,16S rRNA基因遗传物质更具有稳定性。在遗传距离方面,COⅠ序列和16S rRNA序列种内平均遗传距离分别为0.56%和0.37%,种间平均遗传距离分别为20.26%和13.93%。从建树结果来看,16S rRNA基因在部分同源性较高的物种鉴别中不如COⅠ基因分类明确,但也能区分出五大类鱼胶。因此建议联合使用COⅠ和16S rRNA两种基因作为鱼胶品种鉴别的DNA条形码,鉴别准确率可达100%。