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绵羊支原体肺炎病原巢式PCR检测方法的建立与应用
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作者 杨华 周华倩 +5 位作者 黄新 齐宇 余乾 张文喆 杨永林 侯扶琴 《安徽农业科学》 CAS 2024年第4期74-77,共4页
[目的]建立一种诊断绵羊支原体肺炎病原的巢式PCR方法,确定肺炎支原体感染的靶器官。[方法]根据GenBank网站上登录的绵羊支原体16S rRNA基因序列,设计并合成2对引物,以肺炎支原体菌株基因组DNA为模板,经过PCR反应条件的优化,通过测序验... [目的]建立一种诊断绵羊支原体肺炎病原的巢式PCR方法,确定肺炎支原体感染的靶器官。[方法]根据GenBank网站上登录的绵羊支原体16S rRNA基因序列,设计并合成2对引物,以肺炎支原体菌株基因组DNA为模板,经过PCR反应条件的优化,通过测序验证扩增产物的正确性,建立了绵羊支原体肺炎病原的巢式PCR检测方法,进而应用建立的方法完成临床阳性病料肺脏、肺淋巴、心脏、肾脏、肝脏、脾脏、皮肤、小肠和外周血检测以及疑似样本肺脏组织的检测。[结果]建立的巢式PCR方法可扩增出864 bp的特异性目的片段,肺脏和肺淋巴为绵羊肺炎支原体感染的靶器官,临床样本巢式PCR检出率与支原体培养鉴定结果的符合率为100%。[结论]建立的绵羊支原体肺炎病原巢式PCR检测方法可用于临床样本的实验室诊断。 展开更多
关键词 绵羊肺炎支原体 巢式pcr 检测方法
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犬弓形虫巢式PCR检测方法的建立及初步应用
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作者 柳方远 李双星 +3 位作者 印春生 吉婧 朱明哲 刘业兵 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2024年第1期129-134,共6页
弓形虫病是一种重要的人兽共患病,犬是弓形虫重要的中间宿主,有必要建立一种快速、灵敏的犬弓形虫病检测方法。根据GenBank中弓形虫529 bp基因重复序列设计巢式PCR引物,通过优化反应条件建立巢式PCR检测方法。特异性试验结果显示,该方... 弓形虫病是一种重要的人兽共患病,犬是弓形虫重要的中间宿主,有必要建立一种快速、灵敏的犬弓形虫病检测方法。根据GenBank中弓形虫529 bp基因重复序列设计巢式PCR引物,通过优化反应条件建立巢式PCR检测方法。特异性试验结果显示,该方法对牛巴贝斯虫、环形泰勒虫、犬新孢子虫的基因扩增无条带;灵敏度试验结果显示,该方法最低可以检出0.134 pg的弓形虫基因,比目前国标PCR方法高100倍。对感染弓形虫犬的组织样品检测发现,巢式PCR能在感染犬的不同组织中检测出弓形虫基因。建立的犬弓形虫巢式PCR检测方法特异性强、灵敏度高、重复性好,为该病的检测奠定了基础。 展开更多
关键词 弓形虫 巢式pcr
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超灵敏高特异性巢式PCR检测方法的建立及其在大黄鱼(Larimichthys crocea)弧菌病早期预警中的应用
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作者 魏雪莲 包红玉 +5 位作者 李继姬 施慧 陶震 段鑫冰 叶莹莹 郭宝英 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期1008-1018,共11页
由哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)、副溶血弧菌(V.parahaemolyticus)及溶藻弧菌(V.alginolyticus)等病菌感染导致的弧菌病是大黄鱼养殖中最常见、最具危害性的疾病之一,然而目前针对发病后的遏制手段有限,因此亟待建立高灵敏度、高特异性... 由哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)、副溶血弧菌(V.parahaemolyticus)及溶藻弧菌(V.alginolyticus)等病菌感染导致的弧菌病是大黄鱼养殖中最常见、最具危害性的疾病之一,然而目前针对发病后的遏制手段有限,因此亟待建立高灵敏度、高特异性的病原检测技术以实现病害早期预警。在普通两轮巢式PCR引物的基础上,对这3种弧菌分别设计一套三轮巢式PCR引物,通过扩增条件优化、特异性检验及灵敏度测定,确定了能精准检测3种弧菌的方法,达到了扩增产物单一、参考菌假阳性检出率为0、靶序列最低检出灵敏度分别为2.50 copies/μL(哈维氏弧菌)、3.12 copies/μL(副溶血弧菌)、2.53 copies/μL(溶藻弧菌)等效果。利用开发的检测方法,检测了2021~2023年度浙江、福建一带大黄鱼养殖样本,所有样本均检测出哈维氏弧菌和溶藻弧菌,副溶血弧菌未检出。结果显示浙江、福建一带大黄鱼弧菌病主要是由哈维氏弧菌和溶藻弧菌引起。开发的检测方法有望应用于大黄鱼等养殖物种弧菌病的早期预警和常规检测。 展开更多
关键词 巢式pcr 大黄鱼 弧菌病 病原检测
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直接巢式PCR结合测序检测5-HT1A基因C-1019G多态性的方法的建立
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作者 王川均 杨玉娟 +1 位作者 何震宇 潘伟 《生物医学》 2024年第4期645-651,共7页
目的:5-HT1A基因C-1019G多态性与多种神经精神疾病如抑郁症、精神分裂症、焦虑症等的发生风险、症状严重程度及治疗效果存在关联。本研究旨在建立一种直接巢式PCR结合测序检测该位点的方法。方法:以口腔上皮细胞粗处理物为材料,通过直... 目的:5-HT1A基因C-1019G多态性与多种神经精神疾病如抑郁症、精神分裂症、焦虑症等的发生风险、症状严重程度及治疗效果存在关联。本研究旨在建立一种直接巢式PCR结合测序检测该位点的方法。方法:以口腔上皮细胞粗处理物为材料,通过直接巢式PCR扩增包含5-HT1A基因C-1019G位点的靶片段,PCR产物经桑格测序鉴定基因型。结果:所检样本均能扩增出预期大小的PCR产物,测序峰图清晰。结论:成功建立了一种直接巢式PCR结合测序鉴定5-HT1A基因型的方法,有良好的应用前景。Objective: The C-1019G polymorphism of the 5-HT1A gene has been associated with the risk of occurrence, symptom severity, and treatment outcome of a variety of neuropsychiatric disorders, such as depression, schizophrenia, and anxiety disorders. The aim of this study was to establish a direct nested PCR combined with sequencing to detect this locus. Methods: The target fragment containing the C-1019G locus of the 5-HT1A gene was amplified by direct nested PCR using crude processed oral epithelial cells, and the PCR product was genotyped by Sanger sequencing. Results: PCR products of expected size were amplified from all the samples tested, and the sequencing peaks were clear. Conclusion: A direct nested PCR combined with sequencing method was successfully established to identify the genotypes of 5-HT1A gene, which has good prospects for application. 展开更多
关键词 5-HT1A基因 C-1019G多态性 直接巢式pcr 测序
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乌鳢水泡病毒(SHVV)巢式PCR检测方法的建立与应用
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作者 娄剑锋 公翠萍 +3 位作者 肖自东 刘晓丹 胡大雁 劳顺健 《科学养鱼》 2024年第1期57-59,共3页
巢式PCR是建立在普通PCR方法基础之上的一种改进型方案,广泛用于病毒基因的检测。但是,目前还没有建立巢式PCR检测乌鳢水泡病毒的报道。本研究通过获取感染乌鳢水泡病毒的杂交鳢组织,获得病毒的相关基因,利用巢式PCR相关技术,通过体系... 巢式PCR是建立在普通PCR方法基础之上的一种改进型方案,广泛用于病毒基因的检测。但是,目前还没有建立巢式PCR检测乌鳢水泡病毒的报道。本研究通过获取感染乌鳢水泡病毒的杂交鳢组织,获得病毒的相关基因,利用巢式PCR相关技术,通过体系的建立和反应程序的优化,建立一种检测乌鳢水泡病毒的方法,为及时发现并快速诊断乌鳢水泡病毒提供一项重要的技术手段。 展开更多
关键词 巢式pcr 病毒基因 反应程序 乌鳢 快速诊断 普通pcr 杂交鳢 检测方法
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刍议活动性肺结核早期检验中半巢式全自动实时荧光定量PCR检测与涂片抗酸染色法的应用研究
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作者 咸丽 《系统医学》 2024年第2期87-89,109,共4页
目的评估半巢式全自动实时荧光定量PCR检测与涂片抗酸染色法在活动性肺结核早期检验中的应用效能。方法选取2022年9月—2023年9月于平邑县结核病防治所就诊的90例疑似肺结核患者为研究对象,采用Xpert MTB/RIF技术、涂片抗酸染色法检验... 目的评估半巢式全自动实时荧光定量PCR检测与涂片抗酸染色法在活动性肺结核早期检验中的应用效能。方法选取2022年9月—2023年9月于平邑县结核病防治所就诊的90例疑似肺结核患者为研究对象,采用Xpert MTB/RIF技术、涂片抗酸染色法检验及简单法固体培养法同时检测90例疑似肺结核患者痰标本,对检测结果进行比较。结果以固体培养结果作为金标准,痰培养阳性率85.56%,阴性率14.44%。Xpert MTB/RIF阳性率84.44%、阴性率15.56%。涂片抗酸染色法检验阳性率48.88%、阴性率51.11%。Xpert MTB/RIF检验的灵敏度97.40%、准确度96.67%、阳性预测值98.68%以及阴性预测值85.71%均高于涂片抗酸染色法检验50.64%、52.22%、88.64%、17.39%,差异有统计学意义(χ^(2)=43.768、46.722、5.922、22.546,P均<0.05)。结论与涂片抗酸染色法相比,在活动性肺结核早期检验中采用半巢式全自动实时荧光定量PCR检测(Xpert MTB/RIF)的应用效能更高。 展开更多
关键词 涂片抗酸染色法 活动性肺结核 早期检验 巢式全自动实时荧光定量pcr检测(Xpert MTB/RIF)
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巢式PCR技术在输入性疟疾监测中的应用 被引量:25
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作者 周水茂 王重新 +2 位作者 吴凯 毛重喜 杨燕 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期43-45,共3页
目的评价巢式PCR技术在高疟区回国人员疟疾监测中的应用价值。方法收集2007-2009年自非洲、东南亚等疟疾流行区回国人员中疟疾现症患者及其他无症状高危人群的滤纸血,采用巢式PCR技术检测疟原虫ssRNA基因,并与血片镜检结果进行比对。结... 目的评价巢式PCR技术在高疟区回国人员疟疾监测中的应用价值。方法收集2007-2009年自非洲、东南亚等疟疾流行区回国人员中疟疾现症患者及其他无症状高危人群的滤纸血,采用巢式PCR技术检测疟原虫ssRNA基因,并与血片镜检结果进行比对。结果巢式PCR检测53例血检确诊的疟疾现症患者均为阳性,两法的阳性符合率为100%,其中PCR检出恶性疟、间日疟混合感染6例,高于镜检检出的3例。检测疟疾流行区返回的高危人群157人,镜检阳性3例,阳性率1.91%;巢式PCR阳性5例,阳性率为3.18%;其中,镜检阳性、巢式PCR阴性的1例,镜检阴性、巢式PCR阳性的3例,两种方法的阳性符合率为66.7%,阴性符合率为98.1%,两法检测结果一致的血样占检测血样的97.5%。结论巢式PCR技术对输入性疟疾的监测具有实用价值。 展开更多
关键词 输入性疟疾 巢式pcr 回国人员
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常规和巢式PCR对柑橘黄龙病菌的检测灵敏度比较 被引量:27
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作者 鹿连明 胡秀荣 +2 位作者 张利平 黄振东 陈国庆 《热带作物学报》 CSCD 2010年第8期1280-1287,共8页
根据柑橘黄龙病(citrus Huanglongbing,HLB)病菌16SrDNA、16S/23S核糖体基因间隔区(ribosomal intergenic region,RIR)、核糖体蛋白β操纵子(β-operon)和外膜蛋白(out membrane protein,OMP)基因序列设计了8对引物,通过常规和巢式PCR... 根据柑橘黄龙病(citrus Huanglongbing,HLB)病菌16SrDNA、16S/23S核糖体基因间隔区(ribosomal intergenic region,RIR)、核糖体蛋白β操纵子(β-operon)和外膜蛋白(out membrane protein,OMP)基因序列设计了8对引物,通过常规和巢式PCR方法对各引物的检测灵敏度进行了比较。结果表明,不同引物的检测灵敏度不同。对于上述任何基因,巢式PCR的灵敏度均比常规PCR至少高103倍;对于同一种基因,扩增短片段的引物比扩增长片段的引物灵敏度高或相当;在扩增产物大小相同时,用以扩增核糖体蛋白β操纵子基因的引物较其他三种稍高。对不同症状柑橘样品的检测进一步验证了该结果。因此,对于柑橘黄龙病的检测,可优先考虑使用巢式PCR方法,若使用常规PCR,则宜选用具有高灵敏度的扩增小片段引物。 展开更多
关键词 柑橘黄龙病 常规pcr 巢式pcr 灵敏度
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利用巢式PCR对海南槟榔(Areca catechu L.)黄化病的初步检测 被引量:19
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作者 周亚奎 甘炳春 +4 位作者 张争 隋春 魏建和 杨云 杨新全 《中国农学通报》 CSCD 北大核心 2010年第22期381-384,共4页
通过对海南槟榔黄化病病原的研究,初步确定其病原物,对开展后续研究及防治策略提供依据。利用巢式PCR方法,对在海南3个市县采集的28个黄化病植株的不同组织进行了植原体检测,结果表明:在2个市县9个槟榔黄化病病株叶片中检测到了植原体,... 通过对海南槟榔黄化病病原的研究,初步确定其病原物,对开展后续研究及防治策略提供依据。利用巢式PCR方法,对在海南3个市县采集的28个黄化病植株的不同组织进行了植原体检测,结果表明:在2个市县9个槟榔黄化病病株叶片中检测到了植原体,而在根和茎中没有发现植原体。将扩增片段克隆后测序得到1249bp的完整植原体序列。利用MEGA3软件构建了系统发育进化树,同源性聚类发现其属于翠菊黄花组B亚组。初步判断发生在海南的槟榔黄化病是由于植原体引起。 展开更多
关键词 槟榔 黄化病 植原体 巢式pcr
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引物浓度与退火温度不当导致巢式PCR非特异性扩增 被引量:17
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作者 刘阳 杨淑霞 +4 位作者 李敏惠 李丽梅 胡松 刘进 邹强 《成都医学院学报》 CAS 2008年第2期111-114,共4页
目的探索巢式PCR非特异性扩增的产生原因及消除方法。方法以巢式PCR扩增乙型肝炎病毒(HBV)Sgene为模型,分别使用不同退火温度组合与不同引物浓度组合进行巢式PCR扩增,观察并分析实验结果。结果降低引物浓度或提高退火温度均可消除巢式PC... 目的探索巢式PCR非特异性扩增的产生原因及消除方法。方法以巢式PCR扩增乙型肝炎病毒(HBV)Sgene为模型,分别使用不同退火温度组合与不同引物浓度组合进行巢式PCR扩增,观察并分析实验结果。结果降低引物浓度或提高退火温度均可消除巢式PCR的非特异性扩增,但提高退火温度有可能影响反应的扩增效率,导致产物量下降甚至得不到产物。结论巢式PCR发生非特异性扩增时,可以提高退火温度或降低引物浓度对反应体系进行优化。 展开更多
关键词 巢式pcr HBV S GENE 非特异性扩增
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鸭黄病毒巢式PCR检测方法的建立和应用 被引量:15
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作者 张琳 胡北侠 +3 位作者 颜世敢 杨少华 许传田 张秀美 《福建农业学报》 CAS 2012年第2期124-129,共6页
参照GeneBank已登录的黄病毒基因序列设计通用引物,建立基于黄病毒通用引物的巢式PCR检测体系,为黄病毒特别是新发黄病毒提供了高效的检测方法。该方法通过基因组的比对,选择NS5基因保守区设计了4条通用简并引物Flav P1~Flav P4,在此... 参照GeneBank已登录的黄病毒基因序列设计通用引物,建立基于黄病毒通用引物的巢式PCR检测体系,为黄病毒特别是新发黄病毒提供了高效的检测方法。该方法通过基因组的比对,选择NS5基因保守区设计了4条通用简并引物Flav P1~Flav P4,在此基础上建立了巢式PCR反应体系,并应用到鸭黄病毒的检测中。该体系仅能扩增鸭黄病毒目的基因而不能扩增其他病毒,且敏感性达到90copies.μL-1,比普通PCR高出1 000倍。同源性和进化分析表明,鸭黄病毒属蚊媒黄病毒类恩塔亚病毒群,与坦布苏病毒及近期发现的BYD病毒关系最近。以上结果表明,设计的黄病毒引物具有良好的通用性和特异性,其巢式PCR敏感性高,该体系成功地进行了鸭黄病毒的检测,验证了该方法的敏感性和特异性。 展开更多
关键词 黄病毒 通用引物 巢式pcr 敏感性
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巢式PCR法在疟疾检测及虫种鉴别中的应用 被引量:20
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作者 师永霞 黄吉城 +5 位作者 苏锦坤 洪烨 李小波 郑夔 幸芦琴 郭波旋 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期263-266,共4页
根据疟原虫小亚单位核糖体核糖核酸(SSU rRNA)基因序列设计疟原虫通用型和种特异性的引物,对60份血样进行巢式PCR检测及虫种鉴定,并与血样的吉氏染色镜检结果进行比较。巢式PCR检出40份疟原虫阳性血样,其中22份为恶性疟原虫(Plasmodium ... 根据疟原虫小亚单位核糖体核糖核酸(SSU rRNA)基因序列设计疟原虫通用型和种特异性的引物,对60份血样进行巢式PCR检测及虫种鉴定,并与血样的吉氏染色镜检结果进行比较。巢式PCR检出40份疟原虫阳性血样,其中22份为恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)阳性、13份为间日疟原虫(P.vivax)阳性、3份为恶性疟原虫和间日疟原虫混合感染、1份为卵形疟原虫阳性(P.ovale)、1份未能分型。与镜检结果一致的血样为46份,占76.7%(46/60),其中恶性疟原虫阳性18份、间日疟原虫阳性11份和阴性17份。将两种检测结果不一致的血样进行扩增片段序列测定和实时荧光PCR分析,检测结果均与巢式PCR结果一致。卵形疟原虫阳性血样扩增片段的序列分析结果显示,该序列与卵形疟原虫SSU rRNA基因序列(GenBank登录号DQ845247)的对应部分同源性为100%,证实该病例为输入性卵形疟原虫感染病例。 展开更多
关键词 疟疾 巢式pcr 小亚单位核糖体核糖核酸
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应用半巢式PCR检测我国北方一些蜱种中的查菲埃立克体 被引量:17
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作者 高东旗 曹务春 +3 位作者 张习坦 赵秋敏 朱建华 方立群 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS CSCD 2000年第3期220-224,共5页
目的 :了解我国北方一些蜱种中是否携带查菲埃立克体 (Ehrlichiachaffeensis,简写为EC)。方法 :应用半巢式PCR检测蜱的带菌率 ,利用 16SrRNA基因测序方法鉴定所测序列。结果 :从内蒙古莫尔道嘎林业局采集的全沟硬蜱和森林革蜱中扩增出... 目的 :了解我国北方一些蜱种中是否携带查菲埃立克体 (Ehrlichiachaffeensis,简写为EC)。方法 :应用半巢式PCR检测蜱的带菌率 ,利用 16SrRNA基因测序方法鉴定所测序列。结果 :从内蒙古莫尔道嘎林业局采集的全沟硬蜱和森林革蜱中扩增出查菲埃立克体的 16SrRNA基因 ,阳性率分别是 39.0 6 %和 10 .0 0 % ;并从新疆精河采集的全沟硬蜱和草原革蜱中也测到相同的序列 ,最小阳性率分别为 5.79%和 1.6 7%。对莫尔道嘎采集的蜱标本进行 12 2 0bp的EC16SrRNA基因分析 ,结果与美国 1株查菲埃立克体 (GenBankU2 350 3)的相应序列只差 1个碱基。结论 :所使用的两套半巢式PCR扩增引物 。 展开更多
关键词 巢式pcr 查菲埃立克体 16SRRNA基因
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牛结核病巢式PCR快速检测方法的建立 被引量:8
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作者 亓文宝 陈世灿 +4 位作者 罗满林 方正刚 贺东生 刘镇明 黄毓茂 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期815-819,共5页
根据分枝杆菌(mycobacteria)保守的插入序列IS1081设计4条特异性引物,建立了快速检测牛结核病的巢式PCR方法。该方法一次扩增的敏感性是1.35 pg,二次扩增的敏感性是1.35 fg。在对95份PPD阳性牛临床病料组织和23份血液样本的PCR检测中,... 根据分枝杆菌(mycobacteria)保守的插入序列IS1081设计4条特异性引物,建立了快速检测牛结核病的巢式PCR方法。该方法一次扩增的敏感性是1.35 pg,二次扩增的敏感性是1.35 fg。在对95份PPD阳性牛临床病料组织和23份血液样本的PCR检测中,用引物TB-Q1和TB-Q2做一次扩增,阳性检出率分别为36/95(37.5%)和5/23(21.7%);用引物TB-B1和TB-B2做二次扩增,阳性检出率分别为81/95(85.3%)和14/23(60.9%)。该方法作为辅助PPD试验的快速检测方法用于牛结核病的流行病学调查,具有重要的实用价值和应用前景。 展开更多
关键词 牛结核病 巢式pcr PPD
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利用巢式PCR检测玉米细菌性枯萎病菌 被引量:13
15
作者 王茂华 胡白石 +3 位作者 卢玲 刘凤权 许志刚 陈建东 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期37-40,共4页
利用通用引物扩增了玉米细菌性枯萎病菌及其近似种的转录间隔区并进行了序列测定。通过序列比较,设计了一对玉米细菌性枯萎病菌的专化性引物,并对所有参试菌株进行扩增。结果显示:该对引物能从参试的玉米细菌性枯萎病菌中特异性地扩增出... 利用通用引物扩增了玉米细菌性枯萎病菌及其近似种的转录间隔区并进行了序列测定。通过序列比较,设计了一对玉米细菌性枯萎病菌的专化性引物,并对所有参试菌株进行扩增。结果显示:该对引物能从参试的玉米细菌性枯萎病菌中特异性地扩增出1条299bp的条带,而其他参试菌株没有扩增信号。与扩增细菌ITS区域的通用引物结合使用,建立了检测和鉴定玉米细菌性枯萎病菌的巢式PCR技术,其检测灵敏度可达到4个细菌细胞,可以准确、灵敏地检测和鉴定玉米细菌性枯萎病菌。 展开更多
关键词 玉米细菌性枯萎病菌 巢式pcr 检测
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半巢式RT-PCR检测进口大豆中菜豆荚斑驳病毒的研究 被引量:19
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作者 闻伟刚 崔俊霞 +2 位作者 赵秀玲 徐瑛 陈先锋 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期296-300,共5页
菜豆荚斑驳病毒(Bean pod mottle virus,BPMV)在美国东部和南部的大豆产区广泛分布。该病毒能够造成3%~52%的产量损失并使大豆品质降低,目前我国未见其分布。针对进口大豆种子的植物病毒检测,本文建立了半巢式RTPCR技术检测BPM... 菜豆荚斑驳病毒(Bean pod mottle virus,BPMV)在美国东部和南部的大豆产区广泛分布。该病毒能够造成3%~52%的产量损失并使大豆品质降低,目前我国未见其分布。针对进口大豆种子的植物病毒检测,本文建立了半巢式RTPCR技术检测BPMV的方法。该方法采用Trizol快速提取大豆种子病毒总RNA,并根据BPMV的外壳蛋白编码基因设计特异性引物,经第一轮RT—PCR和第二轮半巢式PCR扩增.分别得到275bp和196bp大小的特异性基因片段。半巢式RT—PCR扩增产物的测序表明,该产物序列与BPMV的外壳蛋白编码基因存在91%~95%的高度同源性。检测灵敏度比较研究显示,DAS—ELISA与RT—PCR的检测灵敏度相近,半巢式RT—PCR的检测灵敏度比这2种方法高出10^3倍以上。 展开更多
关键词 菜豆荚斑驳病毒 检测 巢式RT—pcr 灵敏度
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巢式PCR联合焦磷酸测序法在乙型肝炎病毒耐药基因检测中的敏感性与特异性分析 被引量:12
17
作者 孙树梅 周浩 +3 位作者 周彬 胡子有 侯金林 孙剑 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期610-613,共4页
目的评价巢式PCR联合焦磷酸测序法在乙型肝炎病毒(HBV)耐药基因检测中的敏感与特异性。方法选取rtM204I(ATT)突变型和rtM204(ATG)未突变型质粒,按照不同比例混合后,采用巢式PCR联合焦磷酸测序法对突变位点进行检测,并与常规PCR焦磷酸测... 目的评价巢式PCR联合焦磷酸测序法在乙型肝炎病毒(HBV)耐药基因检测中的敏感与特异性。方法选取rtM204I(ATT)突变型和rtM204(ATG)未突变型质粒,按照不同比例混合后,采用巢式PCR联合焦磷酸测序法对突变位点进行检测,并与常规PCR焦磷酸测序法进行比较,对两种方法的线性及一致性进行分析;选取不同病毒载量临床标本,采用巢式PCR焦磷酸测序法检测耐药突变位点,并与巢式PCR Sanger测序法进行比较,对两种方法的敏感性及特异性进行分析。结果常规PCR焦磷酸测序和巢式PCR焦磷酸测序结果拟合曲线R2>0.99,P<0.05,线性模型有显著性意义。分别将常规PCR焦磷酸测序和巢式PCR焦磷酸测序结果与预测值的差值进行分析,巢式PCR能够较常规PCR更好的反映实际值,在90%比例处优于常规PCR。临床75例患者标本巢式PCR Sanger测序与巢式PCR联合焦磷酸测序结果灵敏性比较提示,Sanger测序的灵敏性为92%,巢式PCR联合焦磷酸测序的灵敏性达到100%,差异有统计学意义(P<0.01)。对于不同病毒拷贝数标本的灵敏性不同,其差异主要表现在低浓度组(HBV DNA≤3log10 copies/ml),Sanger测序的灵敏性为78%,而焦磷酸测序的灵敏性可以达到100%,差异有统计学意义(P<0.01)。阴性对照,两种方法均未检出HBV病毒,两种方法的特异性均较好。结论巢式PCR联合焦磷酸测序的方法监测乙肝病毒变异同巢式PCR联合sanger测序相比,有更好的灵敏性,尤其是在低病毒拷贝数时,差异明显,这对于临床提早发现耐药突变株,指导临床及时更换用药有重要意义。 展开更多
关键词 乙型肝炎病毒 巢式pcr 焦磷酸测序
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牛环形泰勒虫巢式PCR诊断方法的建立 被引量:9
18
作者 简子健 黄家雨 +7 位作者 马素贞 王晓萍 袁江玲 苏贵成 苗中秋 沈炯玉 张兰江 李晓军 《新疆农业大学学报》 CAS 2008年第6期59-62,共4页
根据GenBank上发表的环形泰勒虫Tamsl基因序列设计2对巢式引物,成功建立了环形泰勒虫病的巢式PCR快速检测方法。验证试验结果表明,PCR扩增产物测序结果与GenBank收录的Tamsl序列同源性在92%~99%,对环形泰勒虫检测具有良好的特异... 根据GenBank上发表的环形泰勒虫Tamsl基因序列设计2对巢式引物,成功建立了环形泰勒虫病的巢式PCR快速检测方法。验证试验结果表明,PCR扩增产物测序结果与GenBank收录的Tamsl序列同源性在92%~99%,对环形泰勒虫检测具有良好的特异性、重复性以及灵敏度。对新疆焦虫病疫区牛群血样检测发现,巢式PCR检出率为62.2Yoo(61/98),高于常规PCR检出率(58.2%,57/98)和血涂片镜检检出率(35.7%,35/98),提示该巢式PCR方法可用于大规模的环形泰勒虫病的流行病学调查。 展开更多
关键词 牛环形泰勒虫 Tamsl基因 巢式pcr 检测
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巢式PCR检测隐孢子虫卵囊的研究 被引量:20
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作者 张龙现 蒋金书 +3 位作者 刘群 宁长申 朱引洁 吴绍强 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第5期509-514,共6页
隐孢子虫病是一种重要的人畜共患原虫病。为了在临床样品中更准确、快速地检测隐孢子虫卵囊,从初步纯化的含有不同数量隐孢子虫卵囊的样品中和含有不同数量隐孢子虫卵囊的奶牛粪便中,直接提取DNA或用DNA纯化试剂盒对提取的奶牛粪便中卵... 隐孢子虫病是一种重要的人畜共患原虫病。为了在临床样品中更准确、快速地检测隐孢子虫卵囊,从初步纯化的含有不同数量隐孢子虫卵囊的样品中和含有不同数量隐孢子虫卵囊的奶牛粪便中,直接提取DNA或用DNA纯化试剂盒对提取的奶牛粪便中卵囊DNA进行纯化之后用作起始PCR(Primary PCR)模板,以起始PCR的产物为模板进行巢式PCR(Nested PCR),用2对人工合成寡核苷酸分别作为两个PCR的引物,扩增片段大小分别为1325bp和820bp。优化了Mg2+浓度、引物浓度和dNTP浓度,并进行了特异性检验。建立的巢式PCR具有隐孢子虫属特异性,不仅扩增出新鲜样品DNA提取物中的目的片段,而且扩增出放置6年之久的DNA提取物中的目的片段。样品经过初步纯化之后,起始PCR和巢式PCR最低检测值卵囊分别为2 86×103个/ml和≤2 86个/ml;从含有隐孢子虫卵囊的奶牛粪便中提取DNA,尔后经过DNA纯化试剂盒纯化,其起始PCR和巢式PCR粪便中卵囊最低检测值分别为2 86×107个/g和≤2 86个/g。有望发展为试剂盒。 展开更多
关键词 巢式pcr检测 隐孢子虫卵囊 人畜共患原虫病 临床样品 纯化 数量 奶牛粪便
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应用巢式PCR方法诊断微小隐孢子虫感染的实验研究 被引量:11
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作者 杨光 周天鸿 +4 位作者 李月琴 余新炳 朱一 马慧璇 荆春霞 《热带医学杂志》 CAS 2008年第11期1109-1111,1118,共4页
目的应用巢式PCR扩增方法诊断微小隐孢子虫感染。方法用昆明种小鼠通过免疫抑制方法建立动物模型,通过不连续蔗糖密度梯度离心法分离、纯化隐孢子虫卵囊。抽提DNA后,用巢式PCR扩增隐孢子虫的18S核糖体DNA,电泳、割胶回收后测序。结果成... 目的应用巢式PCR扩增方法诊断微小隐孢子虫感染。方法用昆明种小鼠通过免疫抑制方法建立动物模型,通过不连续蔗糖密度梯度离心法分离、纯化隐孢子虫卵囊。抽提DNA后,用巢式PCR扩增隐孢子虫的18S核糖体DNA,电泳、割胶回收后测序。结果成功建立隐孢子虫的小鼠免疫抑制动物模型,纯化后的隐孢子虫卵囊形状均一,呈圆形或椭圆形,大小在3~6μm左右。经巢式PCR扩增,在840bp左右有一条特异性条带。通过测序和生物信息学分析,证实该基因序列与微小隐孢子虫18S具有高度同源性。结论巢式PCR方法扩增18S基因是诊断微小隐孢子虫感染的敏感方法。 展开更多
关键词 微小隐孢子虫 巢式pcr 诊断
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