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Multifactor dimensionality reduction analysis of syndrome characteristics of chronic persistent asthma
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作者 Yanyan Meng Aiping Chen +4 位作者 Qi Shi Yue Yan Chaolumen Han Huiyuan Sun Youlin Li 《Journal of Traditional Chinese Medical Sciences》 2015年第3期159-165,共7页
Objective:To analyze the syndrome characteristics in patients with chronic persistent asthma.Methods:365 patients(121 males,244 females,60.829.1 years old)with chronic persistent asthma were enrolled in this cross-sec... Objective:To analyze the syndrome characteristics in patients with chronic persistent asthma.Methods:365 patients(121 males,244 females,60.829.1 years old)with chronic persistent asthma were enrolled in this cross-sectional study.The information of syndrome,symptoms,signs,tongue coating and pulse were collected from all patients.The syndrome characteristics of chronic persistent asthma were examined through the multifactor dimensionality reduction(MDR)analysis and the results were verified by the Chi-square test.Results:The results of the MDR analysis and the Chi-square test showed the following positive correlation of the interaction among:the deficiency syndrome of the lung and spleen and deep pulse,disinclination to talk due to lack of qi,fatigue,lassitude and thick tongue coating;the deficiency syndrome of the lung and kidney and dizziness and disinclination to talk due to lack of qi,fatigue,lassitude and pallid complexion;the syndrome of phlegm-heat obstructing the lung and rapid pulse,abdominal distension,disinclination to talk due to lack of qi,frequent urination and lassitude;the syndrome of phlegm-dampness obstructing the lung and disinclination to talk due to lack of qi,greasy coating,fatigue and lassitude.(P<.05 for all).Conclusion:The syndrome of chronic persistent asthma is characterized by fatigue and lassitude due to dysfunction of the lung,spleen and kidney. 展开更多
关键词 Bronchial asthma Chronic persistent period Traditional Chinese medicine Syndrome characteristics multifactor dimensionality reduction
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脂肪细胞因子通路基因多态性与肥胖儿童非酒精性脂肪性肝病的关联
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作者 王洁 潘雄峰 +6 位作者 韦佳 李雄伟 周海湘 徐宁安 康如彤 钟燕 罗家有 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期775-783,共9页
目的:非酒精性脂肪性肝病(non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD)存在明显的遗传易感性,脂肪细胞因子通过参与胰岛素抵抗和肝脏脂肪变性等过程,在NAFLD的发生和发展中发挥重要作用,但参与脂肪细胞因子通路的基因与NAFLD之间的关联... 目的:非酒精性脂肪性肝病(non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD)存在明显的遗传易感性,脂肪细胞因子通过参与胰岛素抵抗和肝脏脂肪变性等过程,在NAFLD的发生和发展中发挥重要作用,但参与脂肪细胞因子通路的基因与NAFLD之间的关联仍不明确。本研究旨在探索脂肪细胞因子通路的基因多态性位点及其交互作用与肥胖儿童NAFLD的关联。方法:采用病例对照研究,将肥胖儿童分为NAFLD组和对照组。采集受试者外周静脉血2 mL,提取DNA后采用多重PCR和高通量测序对脂肪细胞因子通路的14个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)进行分型检测。采用单因素及多因素Logistic回归分析各SNP与肥胖儿童NAFLD的关联。基于显性模型,联合使用交叉分析和Logistic回归分析相加或相乘交互作用。采用广义多因子降维法(generalized multifactor dimensionality reduction,GMDR)检测14个SNP之间基因-基因交互作用与肥胖儿童NAFLD之间的关联。结果:共纳入1 022例儿童,NAFLD组与对照组各511例。在调整年龄、性别、BMI后,多因素Logistic回归结果显示:PPARG rs1801282在3个遗传模型中与肥胖儿童NAFLD存在关联,分别是杂合子模型(CG vs CC,OR=0.58,95%CI 0.36~0.95,P=0.029)、显性模型(CG+GG vs CC,OR=0.62,95%CI 0.38~1.00,P=0.049)、超显性模型(CC+GG vs CG,OR=1.72,95%CI 1.06~2.80,P=0.028);PRKAG2 rs12703159在4个遗传模型中与肥胖儿童NAFLD存在关联,分别是杂合子模型(CT vs CC,OR=1.51,95%CI 1.10~2.07,P=0.011)、显性模型(CT+TT vs CC,OR=1.50,95%CI 1.10~2.03,P=0.010)、超显性模型(CC+TT vs CT,OR=0.67,95%CI 0.49~0.92,P=0.012)、加性模型(CC vs CT vs TT,OR=1.40,95%CI 1.07~1.83,P=0.015)。但PPARG rs1801282与PRKAG2 rs12703159间的相乘及相加交互作用均与肥胖儿童NAFLD不存在关联。经GMDR分析,调整年龄、性别、BMI后,14个SNP之间的交互作用均无统计学意义(均P>0.05)。结论:PPARG rs1801282、PRKAG2 rs12703159突变型与肥胖儿童NAFLD存在关联,但未发现SNP交互作用与肥胖儿童NAFLD之间的关联。 展开更多
关键词 肥胖儿童 非酒精性脂肪性肝病 脂肪细胞因子 单核苷酸多态性 交互作用 广义多因子降维法
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谷氨酸通路基因多态性交互作用与快感缺失的关联研究
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作者 黄欣欣 刘超 +4 位作者 吕钦谕 胡国芹 鲍晨曦 张瑶 易正辉 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期576-583,共8页
目的·探究谷氨酸通路基因-基因交互作用与快感缺失的关联。方法·纳入2017年1月-2020年8月在上海交通大学医学院附属精神卫生中心门诊及病房招募的279例精神分裂症(schizophrenia,SZ)患者、236例重型抑郁障碍(major depression... 目的·探究谷氨酸通路基因-基因交互作用与快感缺失的关联。方法·纳入2017年1月-2020年8月在上海交通大学医学院附属精神卫生中心门诊及病房招募的279例精神分裂症(schizophrenia,SZ)患者、236例重型抑郁障碍(major depression disorder,MDD)患者,以及在社区招募的236例健康对照(healthy control,HC)为研究对象。收集并比较3组被试的一般人口学资料及临床特征。采用时间性愉快体验量表(Temporal Experience of Pleasure Scale,TEPS)中文版评估3组的愉快体验能力。采用广义多因子降维(generalized multifactor dimensionality reduction,GMDR)法建立谷氨酸通路基因(NOS1AP、GSK3β、DAOA、DISC1及GRIN2A)单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)交互作用模型,依据该模型将SZ及MDD患者分为高风险组和低风险组,并对其愉快体验能力的差异进行组间比较,以分析基因-基因交互作用对快感缺失的影响。结果·年龄、受教育年限在3组间的差异具有统计学意义,首发年龄、病程在SZ、MDD组间的差异具有统计学意义(均P=0.000)。3组被试在总体愉快体验、期待性愉快体验及即时性愉快体验间差异均具有统计学意义(均P=0.000);SZ、MDD组患者的总体愉快体验、期待性及即时性愉快体验均低于HC组(均P_(校正)=0.000),且SZ与MDD组在期待性愉快体验上具有边缘性统计学差异(P_(校正)=0.051)。通过GMDR建模发现,由DAOA-rs3916965与DISC1-rs821577组成的2位点交互作用模型对SZ患者总体愉快体验能力具有预测作用(P=0.003),由NOS1AP-rs1858232和GRIN2A-rs1014531组成的2位点交互作用模型对MDD患者期待性愉快体验能力具有预测作用(P=0.037);且SZ高风险组患者的总体愉快体验能力、MDD高风险组患者的期待性愉快体验能力均分别低于其低风险组(t=3.443,P=0.000;t=3.471,P=0.001)。结论·谷氨酸通路基因多态性交互作用可能参与了快感缺失的发生。 展开更多
关键词 快感缺失 谷氨酸通路 广义多因子降维 交互作用
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Association between Gene Polymorphisms and SNP-SNP Interactions of the Matrix Metalloproteinase 2 Signaling Pathway and the Risk of Vascular Senescence
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作者 LIAO Zhen Yu YANG Shuo +3 位作者 HU Song LIU Jia MAO Yong Jun SUN Shu Qin 《Biomedical and Environmental Sciences》 SCIE CAS CSCD 2024年第2期146-156,共11页
Objective This study aimed to explore the association of single nucleotide polymorphisms(SNP)in the matrix metalloproteinase 2(MMP-2)signaling pathway and the risk of vascular senescence(VS).Methods In this cross-sect... Objective This study aimed to explore the association of single nucleotide polymorphisms(SNP)in the matrix metalloproteinase 2(MMP-2)signaling pathway and the risk of vascular senescence(VS).Methods In this cross-sectional study,between May and November 2022,peripheral venous blood of151 VS patients(case group)and 233 volunteers(control group)were collected.Fourteen SNPs were identified in five genes encoding the components of the MMP-2 signaling pathway,assessed through carotid-femoral pulse wave velocity(cf PWV),and analyzed using multivariate logistic regression.The multigene influence on the risk of VS was assessed using multifactor dimensionality reduction(MDR)and generalized multifactor dimensionality regression(GMDR)modeling.Results Within the multivariate logistic regression models,four SNPs were screened to have significant associations with VS:chemokine(C-C motif)ligand 2(CCL2)rs4586,MMP2 rs14070,MMP2rs7201,and MMP2 rs1053605.Carriers of the T/C genotype of MMP2 rs14070 had a 2.17-fold increased risk of developing VS compared with those of the C/C genotype,and those of the T/T genotype had a19.375-fold increased risk.CCL2 rs4586 and MMP-2 rs14070 exhibited the most significant interactions.Conclusion CCL2 rs4586,MMP-2 rs14070,MMP-2 rs7201,and MMP-2 rs1053605 polymorphisms were significantly associated with the risk of VS. 展开更多
关键词 Vascular senescence Pulse wave velocity(PWV) Single nucleotide polymorphism(SNP) Matrix metalloproteinase 2(MMP-2) Extracellular matrix(ECM) Structural degradation multifactor dimensionality reduction(mdr)
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应用多因子降维法MDR分析基因-基因的交互作用 被引量:6
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作者 王娜娜 张毓洪 杨泽 《中国老年保健医学》 2012年第6期31-34,共4页
目的介绍在遗传流行病学病例对照研究中,应用多因子降维法(MDR)分析基因-基因交互作用。方法简述MDR的基本步骤、原理及其优缺点,并结合研究实例说明在病例对照研究中进行MDR分析。结果相对于传统的统计学方法 ,MDR是一种无参数、无遗... 目的介绍在遗传流行病学病例对照研究中,应用多因子降维法(MDR)分析基因-基因交互作用。方法简述MDR的基本步骤、原理及其优缺点,并结合研究实例说明在病例对照研究中进行MDR分析。结果相对于传统的统计学方法 ,MDR是一种无参数、无遗传模式的分析交互作用的方法 ,理论和实例研究均表明其分析交互作用具有较好的效能,目前已成功应用于散发性乳腺癌、心房颤动和原发性高血压等疾病的研究。结论 MDR能够应用于病例对照研究进行基因-基因交互作用的分析,且具有较传统的统计学分析方法无法比拟的优势。 展开更多
关键词 病例对照研究 多因子降维法 基因 - 基因交互作用
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基于扩展MDR方法的生存数据的特征选择
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作者 田野 侯婧雯 +3 位作者 王宗辉 郑睿 李若锦 刘艳 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2022年第5期663-668,共6页
目的对比分析Surv-MDR、Cox-MDR、Cox UM-MDR和KM-MDR四种用于识别生存分析中SNP位点交互作用的算法,为寻找影响患者生存时间的交互SNP位点时算法的选择提供理论指导。方法使用R 4.0.5完成四种算法以及模拟实验代码的编写,并使用ggplot... 目的对比分析Surv-MDR、Cox-MDR、Cox UM-MDR和KM-MDR四种用于识别生存分析中SNP位点交互作用的算法,为寻找影响患者生存时间的交互SNP位点时算法的选择提供理论指导。方法使用R 4.0.5完成四种算法以及模拟实验代码的编写,并使用ggplot2包绘制功效对比图;探索实际数据集上影响患者生存时间的交互SNP位点,并使用survminer包绘制相应的生存曲线。结果在不同最小等位基因频率、遗传度下四种方法的效能不同。Cox-MDR受协变量影响最大;Surv-MDR和KM-MDR功效相近且整体表现最好,且KM-MDR具有更好的稳定性;CoxUM-MDR功效强于Cox-MDR但受删失比例影响最大;在真实数据集上,Cox UM-MDR和Surv-MDR识别出了同一个有意义的一阶交互项,Cox-MDR和KM-MDR未能识别出有意义的交互项。结论当不存在协变量时,CoxUM-MDR、Surv-MDR和KM-MDR功效都明显高于Cox-MDR,不宜选用Cox-MDR;当存在协变量且删失比例不高时,Cox-MDR功效高于其他三种方法,宜选用Cox-MDR;但随着删失比例的增加,宜选用CoxUM-MDR或Surv-MDR。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 多因子降维 生存分析 降维
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利用多因子降维法研究CXCR1和IL-8基因交互作用与中国荷斯坦牛乳房炎的关系 被引量:4
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作者 毛永江 陈仁金 +4 位作者 陈莹 常玲玲 施雪奎 张亚琴 杨章平 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期1908-1915,共8页
【目的】运用多因子降维法(MDR)分析中国荷斯坦牛CXCR1和IL-8两个基因多态性与乳房炎易感性的交互作用,并评价MDR模型的具体应用。【方法】以上海光明乳业集团金山种奶牛场634头(其中有228头患乳房炎)中国荷斯坦牛为试验材料,采用PCR-S... 【目的】运用多因子降维法(MDR)分析中国荷斯坦牛CXCR1和IL-8两个基因多态性与乳房炎易感性的交互作用,并评价MDR模型的具体应用。【方法】以上海光明乳业集团金山种奶牛场634头(其中有228头患乳房炎)中国荷斯坦牛为试验材料,采用PCR-SSCP和直接测序法分析CXCR1基因-5′端和编码区及IL-8基因编码区共7个SNP位点的遗传多态性,并用MDR法和Logistic回归分析CXCR1和IL-8基因各位点突变及其基因型组合对奶牛乳房炎易感性的影响。【结果】CXCR1基因5′端-1 830、-1 768、-344和编码区783共4处发生突变,IL-8基因的2 789(A/G)位点与2 862(T/C)位点发生连锁突变,并导致两位点分别发生Ser→Gly和Cys→Arg的突变。单因素Logistic回归分析结果表明,CXCR1基因和IL-8基因5个SNP位点变异对该牛场奶牛乳房炎易感性均没有达到显著水平,但MDR分析发现CXCR1-(-1 768)-IL-8两位点、CXCR1-(-1 768)-(783)-IL-8三位点及CXCR1-(-1 768)-(–344)-(783)-IL-8四位点交互作用均达到显著水平,且交叉验证一致性均为最大(10/10)。CXCR1-(-1 768)-(783)-IL-8三位点互作模型和CXCR1-(-1 768)-IL-8两位点互作模型检验样本准确度较高(分别为0.5457和0.5485),但4个位点联合效应分级图表明CXCR1-(-1 768)-IL-8两易感基因型为强正交互作用,同时将CXCR1-(-1 768)-(783)-IL-8三位点互作效应和CXCR1-(-1 768)-IL-8两位点互作效应引入Logistic回归分析表明,CXCR1-(-1 768)-IL-8两位点互作效应对该牛场奶牛乳房炎易感性达到显著水平。【结论】CXCR1-(-1 768)-IL-8两位点交互模型作为奶牛乳房炎易感性相关的基因联合选择模型最佳,MDR和Logistic回归均可用于奶牛乳房炎易感性多基因分析模型,MDR发现交互作用的能力比Logistic回归强,但两者有着各自的适用条件和优点。遇到有交互作用分析要求时,二者的联合应用效果更佳。 展开更多
关键词 多因子降维法 LOGISTIC回归 CXCR1 IL-8 乳房炎易感性
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基于多因子降维法模型的代谢酶易感基因多态性与乳腺癌患病风险的交互作用研究 被引量:8
8
作者 李佳圆 龙启明 +5 位作者 陶萍 胡锐 李卉 雷放鸣 周卫东 李双飞 《四川大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期780-783,787,共5页
目的运用多因子降维法(MDR)分析代谢酶易感基因多态性对乳腺癌患病风险的交互作用,并评价MDR模型的具体应用。方法采用配对病例对照研究,共收集按年龄和绝经状态匹配的病例对照对子78对。用PCR-RFLP和多重PCR法分别检测调查对象CYP1A1... 目的运用多因子降维法(MDR)分析代谢酶易感基因多态性对乳腺癌患病风险的交互作用,并评价MDR模型的具体应用。方法采用配对病例对照研究,共收集按年龄和绝经状态匹配的病例对照对子78对。用PCR-RFLP和多重PCR法分别检测调查对象CYP1A1 MspⅠ、GSTM1以及GSTT1易感基因类型;运用MDR法分析基因-基因交互作用模型;并构建最优的乳腺癌的环境及基因的logistic模型。结果有统计学意义的最佳交互作用模型是CYP1A1 MspⅠ突变基因型与GSTT1 null基因型的联合作用(sign检验,P=0.05),该模型的检验样本平衡准确度为0.5920,交叉效度一致性的结果为10/10。根据MDR分析结果构建的条件logistic回归模型结果显示,被动吸烟、未足月产数以及GSTT1 null基因型和CYP1A1 MspⅠ突变基因型的交互项是乳腺癌的危险因素,ORs分别为12.234(1.7459~85.7279)、4.554(1.3250~15.6507)和9.597(1.5783~58.3599)。结论将MDR法与参数估计的分析方法相结合,是对肿瘤等慢性非传染性疾病的基因-基因或基因-环境多重病因效应估计的有益尝试。CYP1A1 MSPⅠ突变基因型及GSTT1缺失基因型可能协同干扰雌激素代谢的过程,从而增加了乳腺癌的发生风险。 展开更多
关键词 多因子降维法(mdr) 基因-基因交互作用 乳腺癌
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基因-基因(环境)交互作用分析方法的比较 被引量:9
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作者 袁芳 刘盼盼 +4 位作者 徐进 费丽娟 郝玲妹 邱旭君 张莉娜 《宁波大学学报(理工版)》 CAS 2012年第4期115-119,共5页
对复杂疾病病因研究中基因-基因(环境)交互作用的3种分析方法进行了比较,剖析了它们的适用条件和优缺点.结果表明:叉生分析简单易行,但只适用于分析单个遗传和单个环境因素的交互作用;Logistic回归易解释交互作用的流行病学意义且能很... 对复杂疾病病因研究中基因-基因(环境)交互作用的3种分析方法进行了比较,剖析了它们的适用条件和优缺点.结果表明:叉生分析简单易行,但只适用于分析单个遗传和单个环境因素的交互作用;Logistic回归易解释交互作用的流行病学意义且能很好地分析主效应,但在分析高阶交互作用时存在局限性;多因子降维法无需指定特定的遗传模式且对高维数据敏感,但无法估计主效应.鉴于这3种方法在分析交互作用时各有其优点,三者联合应用于交互作用分析效果更佳. 展开更多
关键词 叉生分析 LOGISTIC回归 多因子降维法 交互作用
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IL23/Th17通路基因上位性作用与汉族人银屑病易感性研究 被引量:11
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作者 王文菊 尹先勇 +2 位作者 崔勇 杨森 张学军 《实用医院临床杂志》 2013年第1期1-3,共3页
目的搜寻和鉴定银屑病发病过程中IL23/Th17信号通路基因上位性作用模型,为汉族人银屑病的发病机制、诊断和预测提供重要理论依据。方法通过文献复习法从IL23/Th17通路中选出与汉族人银屑病发病相关的11个基因,选取的11个基因在1139个银... 目的搜寻和鉴定银屑病发病过程中IL23/Th17信号通路基因上位性作用模型,为汉族人银屑病的发病机制、诊断和预测提供重要理论依据。方法通过文献复习法从IL23/Th17通路中选出与汉族人银屑病发病相关的11个基因,选取的11个基因在1139个银屑病病例和1694个对照样本中进行分型分析,通过多因子降维分析法(MDR)和Logistic Regres-sion algorithms等方法,找出IL23/Th17信号通路相关基因在银屑病发病中的上位性作用。结果发现1个三维基因交互作用[IL21,CCR4和TNF(χ2=5.02,P=0.025)]、3个二维基因交互作用[IL12RB1和CCR4(χ2=11.66,P=0.0201)、IL22和CCR4(χ2=11.97,P=0.0176)、IL12RB1和IL6(χ2=7.31,P=0.0069)]在银屑病的发病中起着重要作用。结论研究证实了IL23/Th17信号通路基因间的上位性作用在银屑病发病中起着重要作用。 展开更多
关键词 银屑病 上位性作用 线性回归分析法 多因子降维分析法
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河南省维生素D受体基因rs2222570和rs731236位点多态性与结核病的易感性 被引量:5
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作者 石洁 朱岩昆 +5 位作者 郑丹薇 马晓光 王少华 李辉 邢进 吴彩霞 《郑州大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2017年第5期553-558,共6页
目的:探讨河南省人群维生素D受体(VDR)基因多态性和结核病易感性之间关系。方法:采用病例对照研究方法,病例组纳入260个结核病患者,并以年龄和性别相匹配纳入260名健康人作为对照组。采用PCR-SSCP法对VDR基因位点多态性进行分析。应用SP... 目的:探讨河南省人群维生素D受体(VDR)基因多态性和结核病易感性之间关系。方法:采用病例对照研究方法,病例组纳入260个结核病患者,并以年龄和性别相匹配纳入260名健康人作为对照组。采用PCR-SSCP法对VDR基因位点多态性进行分析。应用SPSS 19.0对数据进行统计分析,SHEsis在线分析2个位点单倍体型和结核病发病的关联,MDR软件3.0.2分析基因和环境交互作用对结核病发病的影响。结果:VDR基因rs2222570位点多态性与结核病发病风险相关,野生型C/C降低了结核病发病50%的风险(校正OR=0.501,95%CI:0.343~0.709),并且该位点等位基因C在对照组中高于病例组(校正OR=0.632,95%CI:0.493~0.868);而VDR基因的rs731236位点突变基因型C/C增加结核病发病风险(校正OR=2.001,95%CI:1.838~2.191)。VDR基因单倍体型CT、TT和TC与结核病发病相关[CT:OR(95%CI)=0.673(0.521~0.847),P<0.001;TT:OR(95%CI)=1.332(1.043~1.711),P=0.032;TC:OR(95%CI)=6.561(2.366~18.143),P<0.001]。MDR结果表明VDR基因rs2222570和rs731236位点多态性、吸烟、结核病患者密切接触史4个因素交互作用增加了结核病发病风险[OR(95%CI)=7.619(2.201~26.354),P<0.001]。结论:VDR基因多态性与结核病发病风险相关,且VDR基因rs2222570和rs731236位点多态性、吸烟、结核病患者密切接触史存在交互作用。 展开更多
关键词 结核病 维生素D受体基因 单核苷酸多态性 多因子降维法
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原发性肝癌影响因素的交互作用分析 被引量:12
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作者 林少炜 胡志坚 《中国全科医学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第32期3687-3689,共3页
目的分析原发性肝癌影响因素间的交互作用。方法采用配对病例对照研究,收集福州地区388例肝癌新发病例和388例对照,使用多因子降维法(MDR)分析因素间的交互作用。根据MDR模型结果,用多因素Lo-gistic回归模型估计交互项及其他危险因素的... 目的分析原发性肝癌影响因素间的交互作用。方法采用配对病例对照研究,收集福州地区388例肝癌新发病例和388例对照,使用多因子降维法(MDR)分析因素间的交互作用。根据MDR模型结果,用多因素Lo-gistic回归模型估计交互项及其他危险因素的危险度。结果 MDR最佳模型为乙型肝炎病毒(HBV)感染、吸烟和饮酒的交互作用,该模型的检验样本平衡检验准确度为82.73%,交叉验证一致性为13/15。多因素Logistic回归分析显示,调整了肿瘤史、吃霉变食物和喝茶,HBV感染主效应〔OR=5.722,95%CI(1.809,18.418)〕和交互作用〔OR=5.646,95%CI(1.655,19.259)〕有统计学意义,联合作用也有统计学意义(P<0.05)。结论在原发性肝癌发生过程中,HBV感染是主要因素,吸烟和饮酒是辅助因素,它们协同作用。 展开更多
关键词 肝肿瘤 多因子降维法 LOGISTIC模型 交互作用
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血管紧张素转换酶2基因多态性与苯那普利降压水平的关联性分析 被引量:4
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作者 陈卿 唐迅 +10 位作者 余灿清 陈大方 田君 曹洋 范雯怡 曹卫华 詹思延 吕筠 郭晓霞 李立明 胡永华 《北京大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期293-298,共6页
目的:探讨血管紧张素转换酶2(angiotensin-converting enzyme2,ACE2)基因rs2106809多态性与服用苯那普利后血压变化情况的关联,以及rs2106809与血管紧张素Ⅱ的1型受体(angiotensinⅡtype1receptor,AGTR1)和血管紧张素原(angiotensinogen... 目的:探讨血管紧张素转换酶2(angiotensin-converting enzyme2,ACE2)基因rs2106809多态性与服用苯那普利后血压变化情况的关联,以及rs2106809与血管紧张素Ⅱ的1型受体(angiotensinⅡtype1receptor,AGTR1)和血管紧张素原(angiotensinogen,AGT)基因位点之间的交互作用。方法:在1831名高血压患者服用苯那普利2周的基础上,分析rs2106809与血压变化指标的关联,使用广义多因子降维法(generalized multifactor dimensionality reduc-tion,GMDR)分析rs2106809与AGTR1基因8个位点和AGT基因3个位点的交互作用。结果:rs2106809与女性服药后收缩压和脉压差变化情况相关,与男性脉压差变化情况相关,携带T等位基因者降压幅度较大。在男性收缩压变化情况的分析中发现了多基因参与的交互作用模型。结论:rs2106809可能以独立危险因素或交互作用组分的形式影响苯那普利的降压水平。 展开更多
关键词 肽基二肽酶A 血管紧张素转换酶抑制药 遗传药理学 血压 广义多因子降维法
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ALOX5AP基因SG13S114A/T和COX-2基因765G/C交互作用增加脑梗死的易感性 被引量:5
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作者 池万章 易兴阳 +2 位作者 黄雪融 周强 池丽芬 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2014年第21期3422-3425,共4页
目的:探讨ALOX5AP SG13S114A/T、COX-2 765G/C和COX-1 50C/T多态性及交互作用与脑梗死的相关性。方法:采用聚合酶链反应-单核苷酸多态性方法对411例脑梗死患者(脑梗死组)和411名对照者(对照组)ALOX5AP基因SG13S114A/T、COX-2基因765G/C... 目的:探讨ALOX5AP SG13S114A/T、COX-2 765G/C和COX-1 50C/T多态性及交互作用与脑梗死的相关性。方法:采用聚合酶链反应-单核苷酸多态性方法对411例脑梗死患者(脑梗死组)和411名对照者(对照组)ALOX5AP基因SG13S114A/T、COX-2基因765G/C和COX-1基因50C/T位点多态性进行检测,应用广义多因子降维法(GMDR)检测基因与基因的交互作用。结果:ALOX5AP SG13S114 A/T、COX-1 50C/T和COX-2 765G/C基因型及等位基因分布在脑梗死组与对照组比较差异均无统计学意义;但GMDR示SG13S114和COX-2具有联合交互作用,同时携带ALOX5AP SG13S114AA型和COX-2 765CC基因型者脑梗死风险增加2.842倍。结论:对基因与基因的交互作用进行分析有助于更深入研究复杂疾病的基因型和表型间的关系。 展开更多
关键词 脑梗死 5-脂氧合酶激活蛋白 单核苷酸多态性 多因子降维
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多因子降维法和Logistic回归交互效应分析对比研究 被引量:10
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作者 骆常好 刘桂芬 张爱莲 《中国药物与临床》 CAS 2008年第10期777-779,共3页
目的比较多因子降维法(MDR)和Logistic回归在分析交互作用时的优劣,探讨MDR和Logistic回归在不同条件下的适用情况。方法用MDR和Logistic回归实现不同条件下的交互作用分析。结果MDR可用以发现高阶交互作用,但不能发现主效应;Logistic... 目的比较多因子降维法(MDR)和Logistic回归在分析交互作用时的优劣,探讨MDR和Logistic回归在不同条件下的适用情况。方法用MDR和Logistic回归实现不同条件下的交互作用分析。结果MDR可用以发现高阶交互作用,但不能发现主效应;Logistic回归能很好地分析主效应,且在发现低阶交互作用(二阶交互作用)方面的能力比MDR更强大,但在分析高阶交互作用方面有着很大的局限性。结论MDR和Logistic回归在分析交互作用时有各自的适用条件和优点,遇有交互作用分析要求时,二者的联合应用效果更佳。 展开更多
关键词 LOGISTIC模型 回归分析 多因子降维法
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环氧化酶基因多态性及交互作用与脑梗死患者阿司匹林抵抗相关性 被引量:1
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作者 易兴阳 周强 +3 位作者 范真 林静 刘平 成文 《中国神经免疫学和神经病学杂志》 CAS 2016年第5期351-356,共6页
目的 探讨脑梗死患者阿司匹林抵抗(AR)发生率,环氧化酶(COX)基因多态性及其间交互作用与AR相关性。方法 收集2009-08—2011-08在温州医科大学第三附属医院和德阳市人民医院住院就诊的634例急性脑梗死患者,于入院当天开始服用阿司匹... 目的 探讨脑梗死患者阿司匹林抵抗(AR)发生率,环氧化酶(COX)基因多态性及其间交互作用与AR相关性。方法 收集2009-08—2011-08在温州医科大学第三附属医院和德阳市人民医院住院就诊的634例急性脑梗死患者,于入院当天开始服用阿司匹林,7~10d后检测血小板聚集率,筛选出AR者及阿司匹林敏感(AS)者。采用质谱法对患者COX-1和COX-2共4个基因位点多态性进行检测。采用广义多因子降维法(GMDR)分析多基因位点交互作用。多因素Logistic回归分析AR发生的独立危险因素。结果 634例脑梗死患者发生AR者129例(20.35%),半抵抗(ASR)者28例(4.42%),AS者477例(75.23%)。AR组和AS组间COX-1和COX-2各基因位点基因型分布差异无统计学意义(P〉0.05);GMDR分析显示,COX-1和COX-2基因存在交互作用,最优模型为rs3842787和rs20417两个基因位点的联合作用模型,交叉检验一致性为10/10,符号检验P=0.0116。糖尿病(OR=2.16,95%CI:1.25~4.67,P〈0.01)、rs3842787和rs20417高风险交互(OR=2.51,95%CI:1.38~5.96,P〈0.01)为发生AR的独立危险因素。结论 中国脑梗死患者AR发生率高,rs3842787和rs20417联合交互作用可能增加了AR风险,对基因与基因间的交互作用分析有助于深入研究AR的机制。 展开更多
关键词 阿司匹林抵抗 脑梗死 环氧化酶 基因多态性 广义多因子降维法
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基于多因子降维法的肺结核易感基因—基因交互作用研究 被引量:1
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作者 李岩 裴秀英 +1 位作者 张淑雅 随瑞枝 《宁夏医科大学学报》 2011年第2期138-140,F0004,共4页
目的分析宁夏银川地区肺结核易感基因间的交互作用。方法结合前期病例对照研究结果(PCR-RFLP法检测肺结核易感基因MCP-1、CCR2、VDR、NRAMP1-3’UTR、NRAMP1D543N、NRAMP1INT4及MBL-G54A分型,银川地区肺结核病例271例,健康对照299例),运... 目的分析宁夏银川地区肺结核易感基因间的交互作用。方法结合前期病例对照研究结果(PCR-RFLP法检测肺结核易感基因MCP-1、CCR2、VDR、NRAMP1-3’UTR、NRAMP1D543N、NRAMP1INT4及MBL-G54A分型,银川地区肺结核病例271例,健康对照299例),运用MDR法分析肺结核易感基因—基因交互作用模型。结果有统计学意义的最佳交互模型包含VDR基因和CCR2基因,该模型的检验样本准确度为0.6248,交叉验证一致性的结果为10/10。结论 VDR基因和CCR2基因可能协同增强了宿主对结核杆菌的易感性,从而增加了宿主肺结核病的患病风险。 展开更多
关键词 多因子降维法 基因交互作用 肺结核
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反复发作抑郁症与5-羟色胺1A和5-羟色胺2A受体基因多态性的关联性研究 被引量:15
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作者 姚静 庞剑月 +3 位作者 何瑾 冯婷婷 张淑绮 李恒芬 《中国神经精神疾病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期13-18,共6页
目的探讨反复发作抑郁症(recurrent major depressive disorder,RMDD)与5-羟色胺1A受体(5-hydroxytryptamine 1A receptor,5-HTR1A)和5-羟色胺2A受体(5-hydroxytryptamine 2A receptor,5-HTR2A)基因单核苷酸多态性(single nucleotide po... 目的探讨反复发作抑郁症(recurrent major depressive disorder,RMDD)与5-羟色胺1A受体(5-hydroxytryptamine 1A receptor,5-HTR1A)和5-羟色胺2A受体(5-hydroxytryptamine 2A receptor,5-HTR2A)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)的关系。方法选取5-HTR1A(rs878567)和5-HTR2A(rs1328683、rs17068986、rs9534495)基因的4个标签SNPs(tagging SNPs,tagSNPs),使用Sequenom质谱分析对1030例RMDD患者(病例组)和851名健康对照(对照组)的DNA样本进行基因分型检测,采用关联分析和广义多因子降维法(generalized multifactor dimensionality reduction,GMDR)分析RMDD与4个tagSNPs的关系。结果5-HTR2A rs17068986基因型(=8.727,P=0.013)及等位基因(=4.955,P=0.025)频率在两组间分布差异均具有统计学意义;病例组T等位基因频率高于对照组(55.3%vs.51.6%,OR=1.158,95%CI:1.018~1.318)。5-HTR2A rs17068986基因型分布最符合显性遗传模型(P=0.003),病例组TT+TC基因型频率高于对照组(81.0%vs.75.4%,OR=1.410,95豫CI:1.120~1.760)。GMDR分析显示四阶交互模型(rs878567、rs1328683、rs17068986、rs9534495)为最优模型(P=0.001,1000次置换检验),交叉验证一致性为10/10,检验精确度为0.534。结论5-HTR2A rs17068986可能存在或连锁RMDD的易感位点,5-HTR1A和5-HTR2A基因的交互作用也与RMDD的发病有一定关系。 展开更多
关键词 反复发作抑郁症 5-羟色胺受体 标签 SNPS 广义多因子降维法
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基于地震与非地震联合约束下复杂冲断带构造建模:以西昆仑山前柯东构造带为例 被引量:2
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作者 吴鸿翔 邹乐君 +4 位作者 张欲清 李春阳 杨少梅 程晓敢 章凤奇 《高校地质学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期259-267,共9页
柯东构造带是揭示西昆仑山前冲断带变形过程的关键区之一,也是当前油气勘探重要的目标区。由于该区构造变形强、地层速度变化快以及地表条件复杂等因素,导致当前勘探面临着地震勘探资料品质差,构造建模多解性强等问题。文章利用R型因子... 柯东构造带是揭示西昆仑山前冲断带变形过程的关键区之一,也是当前油气勘探重要的目标区。由于该区构造变形强、地层速度变化快以及地表条件复杂等因素,导致当前勘探面临着地震勘探资料品质差,构造建模多解性强等问题。文章利用R型因子降维分析方法,通过对柯东构造带甫沙地区的重、磁、电反演成果进行降维分析,结果表明甫沙地区深部发育断块构造,不存在地震剖面上显示的背斜构造;同时联合地震资料的综合解释,认为现今的甫沙地区发育的断块构造是早期的完整背斜受早更新世山前右旋走滑断裂改造的结果。在柯东构造带的综合建模实践表明,通过地震与非地震方法的联合约束可以为认识复杂冲断带的构造变形提供有效的手段。 展开更多
关键词 多因子降维法 地震与非地震联合方法 构造建模 柯东构造带 西昆仑山前
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NRN1 and CAT Gene Polymorphisms, Complex Noise, and Lifestyles interactively Affect the Risk of Noise-induced Hearing Loss 被引量:1
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作者 LIU Shuang Yan SONG Wei Qin +9 位作者 XIN Jia Rui LI Zheng LEI Song CHEN Ying Qi ZHAO Tian Yu WANG Hai Yan XU Liang Wen ZHANG Mei Bian HONG Yu YANG Lei 《Biomedical and Environmental Sciences》 SCIE CAS CSCD 2021年第9期705-718,共14页
Objective The effects of interactions between genetic and environmental factors on the noise-induced hearing loss(NIHL)are still unclear.This study aimed to assess interactions among gene polymorphisms,noise metrics,a... Objective The effects of interactions between genetic and environmental factors on the noise-induced hearing loss(NIHL)are still unclear.This study aimed to assess interactions among gene polymorphisms,noise metrics,and lifestyles on the risk of NIHL.Methods A case-control study was conducted using 307 patients with NIHL and 307 matched healthy individuals from five manufacturing industries.General demographic data,lifestyle details,and noise exposure levels were recorded.The Kompetitive allele-specific polymerase chain reaction(KASP)was used to analyze the genotypes of 18 SNPs.Results GMDR model demonstrated a relevant interaction between NRN1 rs3805789 and CAT rs7943316(P=0.0107).Subjects with T allele of rs3805789 or T allele of rs7943316 had higher risks of NIHL than those with the SNP pair of rs3805789-CC and rs7943316-AA(P<0.05).There was an interaction among rs3805789,rs7943316,and kurtosis(P=0.0010).Subjects exposed to complex noise and carrying both rs3805789-CT and rs7943316-TT or rs3805789-CT/TT and rs7943316-AA had higher risks of NIHL than those exposed to steady noise and carrying both rs3805789-CC and rs7943316-AA(P<0.05).The best six-locus model involving NRN1 rs3805789,CAT rs7943316,smoking,video volume,physical exercise,and working pressure for the risk of NIHL was found to be the interaction(P=0.0010).An interaction was also found among smoking,video volume,physical exercise,working pressure,and kurtosis(P=0.0107).Conclusion Concurrence of NRN1 and CAT constitutes a genetic risk factor for NIHL.Complex noise exposure significantly increases the risk of NIHL in subjects with a high genetic risk score.Interactions between genes and lifestyles as well as noise metrics and lifestyles affect the risk of NIHL. 展开更多
关键词 Noise-induced hearing loss KURTOSIS CAT NRN1 LIFESTYLE Interaction Generalized multifactor dimensionality reduction
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