多重PCR毛细管电泳细菌快速鉴定方法的建立和临床应用研究

目的针对引起人类感染的常见病原菌建立一种基于多重PCR毛细管电泳技术的快速细菌鉴定方法,评估其临床应用价值。方法建立23种常见病原菌的多重PCR毛细管电泳检测体系。收集150例临床微生物检测标本,分别用多重PCR毛细管电泳法(以下简称多重PCR法)、培养法进行检测。对两种方法的检测结果进行比较,评价多重PCR法的检测效能。结果150例标本中多重PCR法检出15种病原菌、培养法检出14种病原菌。多重PCR法检测阳性率为73.3%,培养法为70.0%,差异无统计学意义(P>0.05)。多重PCR法对肺炎链球菌的检出率为16.0%,培养法为6.0%,差异有统计学意义(P<0.05)。多重PCR法对混合菌标本的检出率为15.3%,培养法未检出混合菌标本。多重PCR法与培养法检测结果的符合率为79.3%。多重PCR法检测时间为3~6 h,培养法为2~4 d。结论与培养法比较,多重PCR法具有较高的时效性,对肺炎链球菌及混合菌标本具有较高的检出率,可满足临床标本病原微生物快速初筛的需求。

多重聚合酶链反应-毛细管电泳-激光诱导荧光法检测三种食源性致病菌

建立了食品中常见致病菌大肠杆菌O157：H7的uidA基因、沙门菌的invA基因和志贺菌的ipaH基因的多重聚合酶链反应（PCR）产物的毛细管电泳快速检测方法。根据这3种致病菌的特异性基因序列设计多重PCR引物,优化PCR扩增反应体系,采用7.0g/L甲基纤维素为筛分介质,毛细管电泳-激光诱导荧光检测法同时检测了3种常见致病菌的PCR扩增产物。在优化的多重PCR反应和毛细管筛分电泳条件下,该方法可以同时检测沙门菌、志贺菌和大肠杆菌O157：H7基因的多重PCR扩增产物,22min内即可完成3种常见致病菌的毛细管电泳检测。迁移时间的相对标准偏差为1.47%-2.07%。与凝胶电泳法比较,该法简便快速,灵敏度高,可用于多种致病菌脱氧核糖核酸的检测,为食品安全提供了一种可靠的快速检测方法。

转基因玉米的多重PCR-毛细管电泳-激光诱导荧光检测方法研究

采用三重PCR反应,同时扩增CaMV 35S启动子、hsp70 intron1和CryIA(b)基因之间序列以及Invertase基因,扩增产物用无胶筛分毛细管电泳-激光诱导荧光检测,从而建立了多重PCR-毛细管电泳-激光诱导荧光快速检测转基因玉米的新方法.对影响多重PCR扩增和毛细管电泳的因素进行了优化.在优化的条件下,本方法可以同时检测转基因玉米样品中3种外源基因.经序列测试证实,三重PCR扩增产物的序列与原基因完全一致,表明扩增结果可靠.该方法能检出0.05%MON810转基因玉米成分,远低于欧盟对转基因食品规定标识的质量分数阈值(1%).该方法对玉米及其制品的检测结果与实时荧光PCR方法的检测结果一致,与传统的琼脂糖凝胶电泳法相比,具有特异性高、快速及灵敏等优点,适用于玉米中转基因成分以及转基因玉米MON810品系的快速筛选、鉴定和检测,能满足我国实施转基因食品标签法规的要求.

多响应曲面优化-毛细管电泳-激光诱导荧光快速检测食源性致病菌

建立了食品中常见致病菌:沙门菌的invA基因、大肠杆菌O157∶H7的rfbO157基因、志贺菌的ipaH基因及副溶血性弧菌Vpara(16S-23S rDNA IGS)基因的多重PCR产物-毛细管电泳快速检测方法.根据沙门菌、大肠杆菌O157∶H7、志贺菌及副溶血性弧菌的特异性基因保守序列设计出多重PCR引物,优化PCR扩增反应体系.采用多响应曲面法优化毛细管电泳的分离条件,以含有DNA荧光染料SYBR GreenⅠ的1.0%甲基纤维素为筛分介质,通过毛细管电泳-激光诱导荧光同时检测4种常见致病菌的PCR扩增产物.在优化的多重PCR反应体系和毛细管筛分电泳条件下,此方法可以同时检测出沙门菌的invA基因、大肠杆菌O157∶H7的rfbO157基因、志贺菌的ipaH基因及副溶血性弧菌Vpara(16S-23S rDNA IGS)基因的多重PCR扩增产物,25 min内即可完成检测.迁移时间的日内相对标准偏差为0.92%～1.58%.通过多响应曲面的优化,有效改善了毛细管电泳对DNA分子的分离能力.

利用毛细管电泳技术分析云南回族人群7个STR基因座的遗传多态性

目的对云南回族群体的D3S1358/THO1/D21S11/D18S51/D5S818/D13S317/D7S820等7个STR基因座的遗传多态性进行群体遗传学研究。方法利用荧光标记复合扩增及毛细管电泳自动荧光检测的方法,对204例无关个体的7个STR基因座进行检测。结果获得7个基因座的各基因座等位基因的分布频率和基因型频率,结果均符合Hardy-Weinberg平衡。计算了各基因座的杂合度(He)、个人识别能力(PD)、偶合率(PM)、非父排除率(PE)和多态性信息总量(PIC)等群体遗传学数据。结论利用毛细管电泳技术可对这7个STR基因座进行很好的检测,这些基因座多态性丰富、灵敏度高,可用于人类遗传分析及法医学中的亲子鉴定和个人识别。

微流控芯片电泳-多重聚合酶链反应法同时测定多个单碱基多态性位点

以微流控芯片电泳为检测平台,建立了多重PCR扩增法同时测定多个单碱基多态性(SNP)位点的方法。先通过PCR扩增得一段含所有待测SNP位点的长片段;用限制性内切酶消化成短片段,再将酶切反应产物与脱氧核糖核酸适配器(DNAadapter)相连;以连接产物为模板,分成两管,分别用n条等位基因特异性引物和一条通用引物进行n重PCR扩增;最后用微流控芯片电泳法分离PCR扩增产物,根据两管扩增产物的芯片电泳图谱中扩增片段的大小判断SNP的类型。以细胞色素P4502D6(CYP2D6)基因中的5个SNP位点(100C>T、1661G>C、1758G>T、2470T>C和2850C>T)为检测对象,考察了各等位基因特异性引物之间的相互影响和扩增反应的特异性,采用微流控芯片电泳法成功测定了20名健康中国人的CYP2D6基因中5个SNP位点的基因多态性,与聚合酶链反应-限制性片段长度多态性法(PCR-RFLP)测定结果完全一致。

微流芯片检测流感病毒多重逆转录聚合酶链反应产物的实验研究

[目的 ] 建立应用微流芯片检测甲 1型、甲 3型、乙型流感病毒多重逆转录聚合酶链反应 (mRT -PCR)产物的方法 ,在mRT -PCR扩增核酸的基础上自动化灵敏的定量检测扩增产物 ,快速检测甲亚型、乙型流感病毒 ,帮助临床快速诊断和鉴别诊断其他呼吸道病毒感染 ,以及明确流感病毒在人群中感染、流行情况。 [方法 ] 采用经MDCK细胞分离培养的甲 1型、甲 3型、乙型流感病毒毒株病毒液 ,使用 3组特异引物经mRT -PCR扩增核酸 ,扩增产物分别采用毛细管电泳技术经Caliper10 0 0微流芯片分析仪自动化检测和经 2 %琼脂糖凝胶电泳法检测。 [结果 ] 设计三组引物对相应甲 1型、甲 3型、乙型流感病毒靶基因的mRT -PCR扩增产物片段分别为 43 0bp、2 10bp、3 91bp ,本实验mRT -PCR扩增产物经 2 %琼脂糖凝胶电泳 ,与Marker比照 ,DNA条带基本在此位点附近 ;产物采用毛细管电泳法经Caliper10 0 0微流芯片分析仪后 ,分别于 413bp、2 0 3bp、3 79bp处出现陡峭的峰 ,如图所示。 [结论 ] 应用微流芯片采用毛细管电泳法可对流感病毒mRT -PCR产物进行定位及相对定量 ,有助于快速诊断流感病毒感染 ,有助于对流感的监测。

多重RT-PCR联合毛细管电泳法检测BCR-ABL融合基因

目的：建立多重逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）联合毛细管电泳法检测BCR-ABL融合基因，以期应用于慢性粒细胞白血病（CML）辅助诊断。方法采用重叠延伸法构建BCR-ABL融合基因阳性模板，设计并优化检测BCR-ABL融合基因的多重RT-PCR联合毛细管电泳体系，对检测体系进行初步的性能评估。结果多重RT-PCR技术检测BCR-ABL融合基因（e1a2、e13a2和e14a2）的最低检测限在102～103拷贝/μL；50例临床确诊CML的患者应用该法检测BCR-ABL融合基因的阳性率为86．0％，其中e13a2型（20．0％），e14a2型（66．0％）；本方法与骨髓细胞培养染色体核型分析相比，阳性符合率为97．6％，阴性符合率为75．0％，总符合率为94．0％，2种方法具有较高的一致性（Kappa＝0．765，P＞0．05）。结论成功建立检测BCR-ABL融合基因的多重RT-PCR联合毛细管电泳方法。该方法操作简单快捷、特异性好、灵敏度高，适合于临床上CML的辅助诊断和分子分型。

转基因玉米的多重PCR－毛细管电泳紫外检测技术研究

建立了转基因玉米Ly038、Mon863和Mon810的品系特异性基因多重PCR产物的毛细管电泳-紫外检测方法。根据三种转基因玉米的基因序列设计多重PCR引物,优化PCR扩增体系和条件,以8.0g/L羟乙基纤维素为筛分介质,用毛细管电泳-紫外检测法同时检测出三种玉米的品系特异性基因,11.195min内即可完成检测。用Origin软件对电泳结果进行分析并得出不同范围的DNA曲线方程,样品出峰时间的相对误差在1.03%～5.02%之间。并对纯化前后的样品进行了毛细管电泳分离的对照,发现PCR产物纯化后更适于紫外检测的毛细管电泳。多重PCR具有节约模板、节省试剂和缩短检测时间的优点,毛细管相对于传统的琼脂糖凝胶电泳,具有高效、快速、灵敏且经济环保的优点,所以此方法可广泛地应用于食品安全检测和临床检验等领域中。

食品中沙门菌和单增李斯特菌的多重PCR-芯片电泳快速检测

建立了食品中沙门菌和单增李斯特菌的多重PCR-芯片电泳快速检测方法。根据沙门菌和单增李斯特菌的特征基因合成2对特异性引物,优化聚合酶链反应(PCR)体系,采用芯片毛细管电泳快速检测食品中上述2种致病菌的多重PCR扩增产物。在优化的实验条件下,6 min内即可完成沙门菌和单增李斯特菌的同时检测;迁移时间的日内精密度为0.20%～1.7%,日间精密度3.7%～4.5%。

2000—2018年福建省单核细胞增生李斯特菌分离株血清型及脉冲场凝胶电泳分型

目的分析福建省食品、临床病例和环境中单核细胞增生李斯特菌分离株的血清型和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型,为食源性疾病的暴发识别和溯源提供参考依据。方法采用多重聚合酶链式反应(PCR)血清学分型、免疫血清凝集和PFGE方法对2000—2018年分离的单核细胞增生李斯特菌进行分型。结果117株单核细胞增生李斯特菌分为4组血清型,包括1/2a(3a)、1/2b(3b)、1/2c(3c)和4b(4d,4e),占比分别为67.5%(79/117)、23.1%(27/117)、5.1%(6/117)和4.3%(5/117)。9株病例分离株血清型为1/2a(6株)、4b(2株)和1/2b(1株)。采用Asc I限制性内切酶将117株单核细胞增生李斯特菌分为83种不同PFGE型别,其中10株具有独特单一的型别。9株病例分离株分为8种不同PFGE型别。结论福建省食品和病例中分离的单核细胞增生李斯特菌,1/2a血清型占主导地位,4b血清型应引起关注。

多重PCR-毛细管电泳法检测Y染色体微缺失

目的:对多重PCR-毛细管电泳法检测Y染色体微缺失进行评价。方法:选择Y染色体无精子因子(AZF)区域的15个序列标签位点(STS),设计特异性的引物,分成4个不同的多重PCR体系。首先提取临床外周全血样本的基因组DNA。将样本的DNA分别加入到4个不同的PCR体系中进行扩增。将获得的目的 DNA片段进行毛细管电泳,并根据预设的AZF marker计算出各检测位点的碱基长度,然后分析临床样本的Y染色体微缺失情况。结果:该方法能够准确检测出临床样本的Y染色体AZF a区域缺失、AZF b区域缺失和AZF c区域缺失等缺失;检测限约为3 ng·反应^(-1);正常男性临床样本的检测结果是均未发生Y染色体微缺失;在210例无精子症和少精子症患者中,该方法能够准确检测出19例AZF区域微缺失,包括AZF a区域缺失1例,AZF b区域缺失2例,AZF c区域缺失13例,AZF bc区域缺失1例和AZF abc区域缺失2例。结论:多重PCR-毛细管电泳法具有很好的临床适用性,在临床上可以用于Y染色体微缺失检测,为临床遗传咨询提供建议。

表型和分子分型技术在霍乱弧菌研究中的应用

目的分析1999～2005年广州地区O1群和O139群霍乱弧菌代表菌株的致病基因型和PFGE型别,确定霍乱菌株的分子流行病学特征和同源性,研究本地霍乱弧菌的分子特性。方法采用多重PCR方法检测霍乱弧菌的4种致病相关基因,采用限制性内切酶Not I,以脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)对菌株进行分子分型,采用分型处理软件BioNumerics Version对PFGE图谱做聚类分析。结果本地霍乱弧菌代表株中存在3种致病基因型(A、B、C型),病例分离的霍乱弧菌多为A型基因,而环境分离的霍乱弧菌则多为C型和B型。总共96株霍乱弧菌分为60个不同的PFGE型,带型范围:8 kb-650 kb。相同或相近的PFGE型(相差1～3条带)存在于多次霍乱暴发疫情分离株中、环境分离霍乱与临床株之间、输入病例与本地病例分离霍乱弧菌间,不同的PFGE克隆型(4～6带及以上)的流行病学联系也较远。结论将致病基因分型、PFGE型与流行病学资料结合,揭示了本地霍乱菌株从受污染的珠江水及水产品传递给人并引起霍乱暴发、散发的特征,提示开展霍乱菌株PFGE分子分型监测及加强地区间合作的必要性和急迫性。