基于nSSR和cpDNA序列的城步峒茶群体遗传多样性和结构研究

采用简单重复序列标记(nSSR)与叶绿体DNA序列(cpDNA)分析技术,对城步峒茶群体进行了遗传多样性、遗传结构和遗传分化等研究。结果表明,15对nSSR引物在参试81份资源中共获得142个等位位点,平均每对引物9.47个,城步峒茶群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和Nei期望杂合度(Nei)分别为0.49、0.62和0.62,具有较高的遗传多样性。Structure分析将79份峒茶资源分成3个类群,但各类群的遗传背景较为复杂,没有明显的群体结构。F检验表明,城步峒茶群体的近交系数FIS为正值(FIS=0.1775),群体间的遗传分化系数FST较小(FST=0.0345),分化程度较低,基因流Nm较高(Nm=7.01)。3对cpDNA引物分别获得了473 bp(rbc L)、704 bp(mat K)和320 bp(psb H-trn A)的片段序列,变异位点占总位点的比例分别为0.42%、0.71%和1.25%。将3个序列依次拼接,共产生了9个单倍型,单倍型数由多到少的居群依次为TXZ(6)、DZC(4)、DPS(4)、TYS(3)、HJZ(2),群体的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.732和0.00139。9个单倍型中,单倍型H1和H5处于进化网络图的中心节点上,并且包含资源数量最多,属于比较原始的单倍型。同时,nSSR和cpDNA的AMOVA分析结果基本一致,居群内的变异百分比分别达到96.69%和80.54%,城步峒茶的遗传变异主要存在于居群内。

果梅nSSR、cpSSR引物在李属果树上的通用性分析

用来自果梅的17对nSSR引物和13对cpSSR引物,对李属果树桃、李、梅、杏、樱桃5个树种的24个基因型进行了扩增,以分析其在李属不同果树上的通用性。结果显示,有13对nSSR引物和13对cpSSR引物得到多态性扩增,分别占所用引物的76.5%和100%,平均PIC值分别为0.591和0.654。其中,9对nSSR引物和11对cpSSR引物具有高多态性信息含量,可用于李属果树基因组学和遗传育种方面的研究,显示出果梅SSR引物在李属类果树中具有很好的通用性。

基于核微卫星的短柄枹栎居群遗传多样性和遗传结构

【目的】短柄枹栎作为中国南方重要的森林树种之一,近年来受人为活动影响物种退缩严重,对该物种居群的遗传多样性、遗传结构以及遗传结构与地理分布的相关性进行研究,以对短柄抱栋提出相关的保护策略。【方法】共采集到24个短柄抱栋居群共计398个个体样本覆盖短柄抱栋现今的分布范围。采用8对变异丰富的核微卫星(nSSR)分子标记统计短柄抱栋各个居群的遗传多样性,使用分子方差分析(AMOVA)计算物种的遗传差异,并采用STRUCTURE和Alleles In Space软件分析物种整体的遗传结构探讨短柄抱栋遗传结构与其地理环境的关系【结果】短柄抱栋居群具有丰富的遗传多样性平均期望杂合度H_e=0.43,平均观测杂合度H_0=0.28平均等位基因数Na=3.67,平均有效等位基因数Ne=1.96,平均Shannon指数I=0.66,多态位点百分率PPL=82.81%;短柄抱栋的遗传差异主要存在于居群内部(FST=0.22,P<0.001),不同居群的遗传多样性存在差异。基于贝叶斯的聚类分析(STRUCTURE)将短柄抱栋居群划分为东部和西部2组,居群之间存在基因交流(N_m=1.88)。东部群组和西部群组之间存在较大的遗传分化(FST=0.25,P<0.001),而东、西群组内部居群之间的遗传差异则相对较小。居群景观遗传分析(AIS)显示东部与西部群组之间较大的遗传差异,这一结果与聚类分析(STRUCTURE)的结果一致;居群间遗传距离和地理距离没有显著的相关性(R^2=0.011,P=007)。【结论】基于核SSR标记的遗传多样性研究显示短柄抱栋具有丰富的遗传多样性这一特性与其复杂的种群动态历史、风媒传粉的生物学特性及所处的生活环境相关短柄抱栋东部和西部分布的居群之间存在较大的遗传分化,西部居群之间也有较大的遗传差异。短柄抱栋现今的遗传结构可能源于该物种自然生境的异质性(如:西部地区山脉较多;东部地区海拔较低她势较为平缓;中部地区平缓的地势所产生的地理隔离)以及近期人类活动引起的生境片段化。本研究从整体水平上揭示了短柄抱栋的遗传多样性及遗传结构特征为该物种的遗传保护提供理论依据。

Genetic relationships among sympatric varieties of Acer mono in the Chichibu Mountains and Central Hokkaido, Japan

Acer mono Maxim. is one of the major components of cool temperate forests in Japan. Some of its many varieties are distributed sympatrically. Because of its great variability, the intraspecific taxonomy and nomenclature of the species are controversial. To understand the genetic relationships among these varieties and whether hybridization or introgression occurred among the sympatric varieties, we studied the genetic relationships among sympatric varieties of A. mono in the Chichibu Mountains (A. mono var. ambiguum, A. mono var. connivens, A. mono var. marmoratum) and Central Hokkaido (A. mono var. mayrii and A. mono var. glabrum) in Japan. Our results showed that varieties in Chichibu are genetically close, suggesting that hybridization or introgression might occur between these varieties, which could explain the higher genetic diversity of varieties in Chichibu than in Hokkaido. In contrast to the close relationships between the varieties in Chichibu, varieties in Hokkaido seemed relatively separated from each other; indeed, there may be reproductive isolation between the two varieties. The results provide new insight for the taxonomy of the varieties of A. mono, especially the sympatric varieties, in Japan.

系统多样性理念下的大学排名与分类:实践与借鉴

随着实践的深入,以研究(research)为导向的单一大学排名不断遭遇合理性质疑。强调高等教育系统的整体功能,并注重院校使命横向分化的大学系统排名思想逐渐在西方兴起。这类实践既有以国家为单位的系统整体排名,也有系统多样性理念下的大学分类探索,同时还表现在既有重要排名的转变上。在系统多样性理念下出现的欧洲大学排名与分类最新实践,对于改进我国大学评价具有重要的借鉴意义。

野生桂花的遗传多样性和遗传结构研究

利用细胞核微卫星(nuclear microsatellite,nSSR)标记对中国4个省的7个野生桂花[Osmanthus fragrans(Thunb.)Lour.]群体139个个体的遗传多样性和遗传结构进行了研究。11个微卫星位点揭示了野生桂花等位基因多样性(A)平均为6.039,有效等位基因数(Ne)平均为3.769,平均预期杂合度(He)为0.673。所有群体均显著偏离哈温平衡,近交系数FIS介于0.313~0.580之间。群体间遗传分化系数FST=0.143,AMOVA分析表明群体间遗传分化占总遗传变异的12.69%,群体内的遗传变异为87.31%。Mantel检验表明野生桂花群体间遗传距离与地理距离不存在相关性(r=–0.277,P=0.214)。STRUCTURE聚类分析显示,所有个体被划分为3个理论群体,庐山群体和浏阳群体中谱系较为单纯,而其他群体则存在一定程度的遗传混杂。瓶颈效应分析显示,除浏阳群体外所有群体经历了种群衰退。