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HIV-1整合酶基因序列分析方法验证
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作者 王绪琴 林倩茹 +7 位作者 冯琬清 董原 郁晓磊 刘长河 宁镇 沈鑫 潘启超 林怡 《检验医学》 CAS 2024年第4期369-375,共7页
目的 验证实验室自建人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)整合酶基因序列分析方法。该方法可用于评估HIV-1整合酶区段基因型耐药水平。方法 根据世界卫生组织自建基因序列分析方法验证的建议,从20份HIV-1阳性样本中提取RNA,扩增HIV-1整合酶区基... 目的 验证实验室自建人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)整合酶基因序列分析方法。该方法可用于评估HIV-1整合酶区段基因型耐药水平。方法 根据世界卫生组织自建基因序列分析方法验证的建议,从20份HIV-1阳性样本中提取RNA,扩增HIV-1整合酶区基因片段,并测序。通过与病毒质量保证(VQA)共识进行比对,评估实验室自建的HIV-1整合酶基因序列分析方案的准确性,通过扩增成功率评估其灵敏度,通过同一样本的重复检测结果评估其精密度和重现性。结果 20份样本与VQA共识的核苷酸一致率均>98%;10个高病毒载量(>10 000拷贝·mL^(-1))样本和5个低病毒载量(1 000~5 000拷贝·mL^(-1))样本的扩增成功率均为100%;4个样本的同批次5复孔和5个样本5次检测的结果均符合90%的样本配对比较核苷酸一致率>98%的要求。结论 该HIV-1整合酶基因序列分析方法的准确性、灵敏度、精密度和重现性均符合要求,适用于HIV-1整合酶基因序列分析。 展开更多
关键词 人类免疫缺陷病毒1 整合酶基因序列分析 基因型耐药检测
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鸡群中鸡传染性贫血病原与抗体检测及分离株VP1基因序列分析
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作者 冯笑艳 胡明雪 +10 位作者 林雨萌 刘长军 李凯 祁小乐 崔红玉 高立 王素艳 陈运通 王笑梅 张艳萍 高玉龙 《中国家禽》 北大核心 2024年第2期52-58,共7页
为了解鸡群中鸡传染性贫血病毒(CAV)感染及抗体产生情况,从黑龙江省两个无临床症状鸡群(B群和S群)中,分别采集血清通过ELISA方法进行抗体检测,采集抗凝血并分离淋巴细胞,针对基因组保守序列设计引物,通过PCR方法进行病原检测,并对从B群... 为了解鸡群中鸡传染性贫血病毒(CAV)感染及抗体产生情况,从黑龙江省两个无临床症状鸡群(B群和S群)中,分别采集血清通过ELISA方法进行抗体检测,采集抗凝血并分离淋巴细胞,针对基因组保守序列设计引物,通过PCR方法进行病原检测,并对从B群病原阳性鸡分离到的分离株进行VP1基因序列分析。结果显示,B群和S群CAV抗体阳性率分别为62.7%(79/126)和68.2%(88/129),病原阳性率分别为43.0%(49/114)和62.3%(48/77),其中,B群和S群中抗体和病原双阴性的鸡分别为23.7%(27/114)和15.6%(12/77),而抗体和病原双阳性的鸡分别高达28.1%(32/114)和46.8%(36/77);在双阳性鸡中,B群和S群分别有62.5%(20/32)和58.3%(21/36)抗体滴度在1.0×10^(4)及以上,从B群病原阳性鸡全血中分离到一株CAV(HLJ/2022株),分离株HLJ/2022第394位氨基酸为谷氨酰胺,具有强毒的分子特征;两个鸡群的环境拭子CAV阳性率为10.0%(3/30),存在于消毒前的鸡蛋表面、更衣处和鞋底。研究表明,检测鸡群的CAV抗体阳性率在62.7%以上,病原阳性率在43.0%以上,抗体滴度在1.0×104及以上CAV仍可存在,CAV流行株(HLJ/2022)具有强毒分子特征,鸡群环境中存在CAV污染,结果为CIA防控提供重要的参考意见。 展开更多
关键词 鸡传染性贫血病毒 血清学检测 病原学检测 病毒分离鉴定 VP1基因序列分析
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禽腺病毒4型GZ-B1毒株的Hexon基因序列分析
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作者 罗青华 罗东还 +1 位作者 温贵兰 徐飞 《贵州畜牧兽医》 2024年第1期54-56,共3页
为了解禽腺病毒4型(FAdV-4)GZ-B1株的遗传进化情况,试验设计合成FAdV-4 Hexon基因的特异引物,对GZ-B1株Hexon基因进行PCR扩增并克隆至pMD-19T载体,基因测序和遗传进化分析。结果:扩增的Hexon基因长度为327 bp,与预期相符。GZ-B1株与国内... 为了解禽腺病毒4型(FAdV-4)GZ-B1株的遗传进化情况,试验设计合成FAdV-4 Hexon基因的特异引物,对GZ-B1株Hexon基因进行PCR扩增并克隆至pMD-19T载体,基因测序和遗传进化分析。结果:扩增的Hexon基因长度为327 bp,与预期相符。GZ-B1株与国内外13株FAdV参考毒株中的7株FAdV-C毒株同源性较高(95.8%~98.5%),其中与国内强毒株GDMZ、LC1611、SDSG、SDXL同源性最高(均为98.5%),与基因型A、B、D、E的6株参考毒株同源性较低(73.0%~77.5%)。遗传进化树显示,GZ-B1株与基因型A、B、D、E毒株处于不同进化分支,与国内外C基因型毒株处于同一进化分支,表明该毒株与C基因型毒株遗传差异较小,其中与国内C型强毒株LC1611的遗传差异最小,亲缘关系最近。结论:FAdV-4 GZ-B1株属于C基因型、血清4型,与国内流行株FAdV-4 LC1611亲缘关系最近,同源性最高。 展开更多
关键词 禽腺病毒4型 GZ-B1毒株 Hexon基因 序列分析
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山羊睾丸细胞LGALS1基因的克隆及序列分析
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作者 张煜杭 郑维豪 +2 位作者 姬格金 葛佳仪 鲜思美 《贵州畜牧兽医》 2024年第1期6-9,共4页
为了解山羊LGALS1基因的遗传进化情况,根据NCBI中山羊LGALS1基因序列(登录号:XM_018048739.1)设计1对特异引物,采用RT-PCR技术从山羊睾丸细胞中扩增LGALS1基因,并将其克隆至pMD-19T载体,构建pMD-19T-LGALS1质粒,通过质粒PCR、双酶切和... 为了解山羊LGALS1基因的遗传进化情况,根据NCBI中山羊LGALS1基因序列(登录号:XM_018048739.1)设计1对特异引物,采用RT-PCR技术从山羊睾丸细胞中扩增LGALS1基因,并将其克隆至pMD-19T载体,构建pMD-19T-LGALS1质粒,通过质粒PCR、双酶切和序列测序进行验证,对其核苷酸序列进行比对分析并绘制系统进化树。结果:山羊睾丸细胞LGALS1基因长度为408 bp,编码135个氨基酸。该基因与GenBank中登录的山羊LGALS1编码区序列相似性达100%;与绵羊、羚羊、水牛、牛、人、马、猪、猩猩、虎鲸、猫、驴、大熊猫、家鼠、斑马鱼的核苷酸一致性分别为99.3%、99.0%、97.1%、96.8%、87.3%、87.0%、88.5%、88.5%、90.9%、88.7%、87.0%、86.3%、84.3%、54.6%。系统进化树表明,山羊睾丸细胞LGALS1基因与绵羊、羚羊亲缘关系最近,与斑马鱼亲缘关系最远。结论:试验成功克隆了山羊睾丸细胞的LGALS1基因,不同物种内LGALS1基因高度保守。 展开更多
关键词 山羊 睾丸细胞 LGALS1基因 克隆 序列分析
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水牛SFRP 1基因序列分析、真核表达载体构建及组织表达分析
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作者 黄丽清 段安琴 +2 位作者 郑海英 杨春艳 尚江华 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1807-1818,共12页
【目的】获取水牛分泌型卷曲相关蛋白1(SFRP1)基因CDS区序列,并预测其编码蛋白的结构功能,构建SFRP 1基因真核表达载体,检测SFRP 1基因在水牛不同组织中的表达情况,为探索SFRP 1基因在水牛生长发育中的作用奠定基础。【方法】以水牛卵... 【目的】获取水牛分泌型卷曲相关蛋白1(SFRP1)基因CDS区序列,并预测其编码蛋白的结构功能,构建SFRP 1基因真核表达载体,检测SFRP 1基因在水牛不同组织中的表达情况,为探索SFRP 1基因在水牛生长发育中的作用奠定基础。【方法】以水牛卵巢组织cDNA为模板,通过RT-PCR对SFRP 1基因CDS区序列进行扩增并测序,利用生物信息学在线分析软件对水牛SFRP 1基因与不同物种进行比对和系统进化树构建,并预测SFRP1蛋白理化性质、信号肽、跨膜结构等。将获得的目的基因连接至pCMV-HAhyPBase-mcheery载体并转染至水牛颗粒细胞,检测转染后荧光和基因表达情况。通过实时荧光定量PCR检测水牛不同组织中SFRP 1基因表达情况。【结果】水牛SFRP 1基因CDS区长927 bp,共编码308个氨基酸。多重序列比对结果显示,水牛SFRP 1基因氨基酸序列与黄牛、牦牛、山羊、虎鲸、黑猩猩、北极狐、猫、人、小鼠的相似性分别为100%、100%、99.65%、98.58%、98.23%、98.23%、98.58%、98.23%、96.45%,存在CRD_FZ、NTR_like和DUF3367结构域。水牛SFRP 1基因核苷酸序列与黄牛、绵羊、山羊、牦牛、野牛、马鹿、野骆驼、猪、人的相似性分别为97.3%、95.9%、95.8%、94.5%、94.2%、93.7%、80.4%、78.5%和77.3%。系统进化树结果显示,水牛与黄牛、牦牛、野牛聚为一支。生物信息学分析结果显示,SFRP1蛋白呈碱性,为不稳定蛋白;第1—15位氨基酸处存在信号肽,为分泌型蛋白,存在跨膜结构,主要定位于细胞外;存在21个磷酸化位点和8个O-糖基化修饰位点。二级结构主要由α-螺旋、延伸链和无规则卷曲构成;水牛、黄牛、人的SFRP1蛋白三级结构高度相似。成功构建pCMV-mcheery-SFRP1真核表达载体并转染水牛颗粒细胞,转染72 h后pCMV-mcheery-SFRP1重组质粒组细胞内SFRP 1基因表达量极显著高于对照组(P<0.01)。实时荧光定量PCR结果显示,SFRP 1基因在水牛不同组织中均有表达,且在脾脏中表达量最高,极显著高于其他组织(P<0.01)。【结论】SFRP 1基因在不同物种以及遗传进化过程中具有高保守性,在水牛不同组织中广泛表达。研究结果为今后探究SFRP 1基因在水牛生长发育中的功能及分子机制奠定基础。 展开更多
关键词 水牛 SFRP 1基因 序列分析 真核表达载体 组织表达
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北京地区猫杯状病毒的分离鉴定及VP1基因序列分析
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作者 张中华 纪志辉 +5 位作者 赵晓 苏煜智 董昊 司永芳 王金明 石文达 《动物医学进展》 北大核心 2024年第1期29-35,共7页
为了解猫杯状病毒(FCV)新流行毒株的流行情况、变异特点及致病性,通过收集2016-2022年4月北京地区多家宠物医院就诊疑似感染FCV的猫眼、鼻、咽拭子进行RT-PCR检测和分离培养,对分离到的5株FCV进行病毒含量测定、VP1基因序列分析,并对其... 为了解猫杯状病毒(FCV)新流行毒株的流行情况、变异特点及致病性,通过收集2016-2022年4月北京地区多家宠物医院就诊疑似感染FCV的猫眼、鼻、咽拭子进行RT-PCR检测和分离培养,对分离到的5株FCV进行病毒含量测定、VP1基因序列分析,并对其中1株进行致病性试验。结果显示,2018-2022年4月阳性率分别为36.98%、34.30%、41.33%、40.46%和34.39%,总阳性率为37.93%。5株FCV分离株VP1基因核苷酸和氨基酸同源性分别为74.1%~85.4%和83.6%~91.0%;5株FCV分离株与国内疫苗株255株核苷酸和氨基酸同源性分别为74.8%~84.5%和83.7%~91.6%;与国内疫苗株255株、国外疫苗株F9株在不同的小分支上。致病性试验结果显示,猫感染BJH13株FCV后出现精神沉郁、食欲减退、体温升高、体重下降、眼鼻分泌物增多和舌泛红、溃疡等典型感染FCV临床症状;FCV感染猫的舌和肺脏组织病理切片结果显示,FCV侵染猫舌和肺脏并呈典型感染FCV病理特征。以上结果表明,FCV阳性率高;分离株BJH13株致病力强;FCV VP1基因序列变异大,与目前临床使用的疫苗株255、F9株VP1基因存在明显差异,存在疫苗免疫失败的风险。这对现阶段FCV防控带来了巨大挑战,同时为今后的疫苗研发提供了候选毒株和科学依据。 展开更多
关键词 猫杯状病毒 分离鉴定 VP1基因 序列分析 致病性
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片形吸虫线粒体nad1基因的序列分析及种系发育 被引量:7
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作者 宋慧群 艾琳 +4 位作者 莫伊梦 周嘉琦 林瑞庆 袁子国 朱兴全 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期487-491,共5页
为阐明来自中国、尼日尔、法国和美国的片形吸虫分离株在线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位1基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并以pnad1序列进行种系发育研究,利用PCR扩增了中国、尼日尔、法国和美国片形吸虫分离... 为阐明来自中国、尼日尔、法国和美国的片形吸虫分离株在线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位1基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并以pnad1序列进行种系发育研究,利用PCR扩增了中国、尼日尔、法国和美国片形吸虫分离株的pnad1序列并与GenBankTM中片形吸虫相应序列进行了比较,进行了种系发育分析。结果显示,所有片形吸虫样品的pnad1序列长度均为446 bp,中国、尼日尔、法国和美国肝片吸虫分离株与GenBankTM公布的肝片吸虫相应序列的种内变异为0.2%~0.7%,0.2%~0.9%,0.9%~2.0%,0.2%~0.9%;中国及尼日尔大片吸虫分离株与已报道的大片吸虫相应序列的种内变异为1.8%~2.7%,1.8%~3.4%;中国中间型虫株与中国及尼日尔大片吸虫分离株以及网上报道的大片吸虫的序列差异为5.6%~6.3%,5.6%~7.8%,5.7%~8.1%。中间型片形吸虫在遗传学上介于大片吸虫与肝片吸虫之间,但与大片吸虫的遗传关系更近。表明,片形吸虫pnad1序列可作为种间鉴定及种内遗传变异研究的标记;在中国的确存在中间型片形吸虫。 展开更多
关键词 片形吸虫 线粒体DNA nad1基因 序列分析 种系发育
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黑龙江省不同地区东方次睾吸虫线粒体cox1和nad1基因序列分析及种系发育研究 被引量:4
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作者 高俊峰 张莹 +1 位作者 侯美如 崔宇超 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期943-945,共3页
为了阐明黑龙江省不同地区的东方次睾吸虫线粒体细胞色素C氧化酶第I亚基(cox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位I(nad1)的遗传变异及种系发育情况,本研究利用PCR方法扩增黑龙江省3个地区的东方次睾吸虫线粒体cox1和nad1部分基因,对... 为了阐明黑龙江省不同地区的东方次睾吸虫线粒体细胞色素C氧化酶第I亚基(cox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位I(nad1)的遗传变异及种系发育情况,本研究利用PCR方法扩增黑龙江省3个地区的东方次睾吸虫线粒体cox1和nad1部分基因,对其序列分析并构建种系发生树,探讨其遗传进化关系。结果显示pcox1和pnad1基因片段长度分别为699 bp和492 bp,且基因长度均一致。pcox1基因种内变异率在0~0.7%,种间变异率在12.2%~15.8%;pnad1基因种内变异率在0~0.2%,种间变异率在12.7%~23.3%,种间变异要大于种内变异。分子进化树结果显示,3个地区的东方次睾吸虫聚集在一起,次睾属的另两个成员聚集在同一分支,且系统发生树中的Bootstrap值均较高。本研究表明线粒体cox1基因和nad1基因可以用于东方次睾吸虫的种系发育分析,本研究为东方次睾吸虫进一步的分子流行病学和数量遗传学研究奠定了实验基础。 展开更多
关键词 东方次睾吸虫 线粒体DNA cox1基因 nad1基因 序列分析
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猪鞭虫和斯氏鞭虫线粒体pnad4和pcox1基因的扩增与序列分析 被引量:4
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作者 张浩吉 梁祥解 +6 位作者 白挨泉 李高强 李金平 郭建超 张更利 蒲文珺 李国清 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期83-86,共4页
以采自广东不同地区的猪鞭虫(Trichuris suis)和斯氏鞭虫(Trichuris skrjabini)为研究对象,扩增线粒体基因组的pnad4和pcox1基因,将扩增产物纯化后克隆至pMD18-T载体,对阳性菌落进行测序和序列分析。结果表明,来源于不同地区的鞭虫上述... 以采自广东不同地区的猪鞭虫(Trichuris suis)和斯氏鞭虫(Trichuris skrjabini)为研究对象,扩增线粒体基因组的pnad4和pcox1基因,将扩增产物纯化后克隆至pMD18-T载体,对阳性菌落进行测序和序列分析。结果表明,来源于不同地区的鞭虫上述两个基因种内相对保守,差异性不大,但种间差异较大。猪鞭虫和斯氏鞭虫的pnad4长度均为468 bp,相互间有162个种间遗传标记位点;猪鞭虫和斯氏鞭虫的pcox1长度分别为600 bp与438 bp,相互间有156个种间遗传标记位点。两种鞭虫之间的pnad4基因差异率为45.1%-45.9%,pcox1基因差异率为44.1%-45.4%。上述线粒体两个基因均可作为区分两种线虫的种间遗传标记。 展开更多
关键词 猪鞭虫 斯氏鞭虫 pnad4基因 pcox1基因 序列分析
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4种终末宿主土耳其斯坦东毕吸虫cox1和nad1基因的序列分析 被引量:2
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作者 李利 邢继兰 +2 位作者 王春仁 翟延庆 何国声 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期303-307,共5页
收集黑龙江省大庆地区牛源、绵羊源、绒山羊源和山羊源土耳其斯坦东毕吸虫,以SDS-蛋白酶K法抽提其基因组DNA,用特异性引物通过PCR扩增土耳其斯坦东毕吸虫成虫细胞色素C氧化酶亚基1基因(coxl)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚基1基因... 收集黑龙江省大庆地区牛源、绵羊源、绒山羊源和山羊源土耳其斯坦东毕吸虫,以SDS-蛋白酶K法抽提其基因组DNA,用特异性引物通过PCR扩增土耳其斯坦东毕吸虫成虫细胞色素C氧化酶亚基1基因(coxl)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚基1基因(nad1)并进行测序,应用Chromas和DNAStar软件分析扩增产物的变异情况。结果表明,大庆地区4种终末宿主土耳其斯坦东毕吸虫cox1基因均为1125bp,nad1基因均为518bp;且其线粒体基因存在差异,coxl的同源性为99.0%~99.7%,nad1的同源性为98.3%~99.4%。 展开更多
关键词 土耳其斯坦东毕吸虫 细胞色素C氧化酶亚基1基因 烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚基1基因 序列分析
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湖南省泡状带绦虫线粒体nad1基因的序列测定及分析 被引量:1
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作者 伍慧兰 《湖南第一师范学院学报》 2011年第4期137-140,共4页
以从我国湖南长沙和湘西犬小肠中采集的2条泡状带绦虫作为研究对象,用引物JB11及JB12扩增泡状带绦虫的pnad1片段,应用ClustalX 1.81程序对序列进行比对,同时利用DNAstar5.0中的Megalign程序进行同源性分析。结果显示来自湖南长沙和湘西... 以从我国湖南长沙和湘西犬小肠中采集的2条泡状带绦虫作为研究对象,用引物JB11及JB12扩增泡状带绦虫的pnad1片段,应用ClustalX 1.81程序对序列进行比对,同时利用DNAstar5.0中的Megalign程序进行同源性分析。结果显示来自湖南长沙和湘西的2条泡状带绦虫的pnad1序列均为391bp。研究结果为泡状带绦虫进一步的分类、鉴定和遗传变异研究奠定了基础。 展开更多
关键词 泡状带绦虫 线粒体DNA nad1基因 序列分析
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新疆锁阳线粒体nad 1基因第2内含子序列居群间变异分析
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作者 王果平 王川易 +1 位作者 贾新岳 郭宝林 《中国现代中药》 CAS 2010年第10期12-14,共3页
目的:对分布于新疆的锁阳Cynomorium songaricum 4个居群22个个体进行了线粒体nad1基因第2内含子序列的比较研究,分析序列居群差异。方法:提取锁阳DNA,用通用引物扩增线粒体nad1基因第2内含子序列,Clustal W软件比较分析序列。结果:锁... 目的:对分布于新疆的锁阳Cynomorium songaricum 4个居群22个个体进行了线粒体nad1基因第2内含子序列的比较研究,分析序列居群差异。方法:提取锁阳DNA,用通用引物扩增线粒体nad1基因第2内含子序列,Clustal W软件比较分析序列。结果:锁阳22个样本的nad 1基因第2内含子序列变异均表现为插入和缺失,无碱基替换发生,有13个个体序列完全一致,9个个体有变异位点,变异位点为10个;4个居群间分化不明显,其中b居群可能存在一定的分化,有两个个体y4和a19存在较大的变异,可能具有一定的遗传学意义。结论:线粒体nad 1基因第2内含子序列给出的锁阳4个居群分化不明显。 展开更多
关键词 锁阳 nad 1基因第2内含子 序列分析
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木纳格葡萄谷胱甘肽-S-转移酶VvGST1基因克隆与序列分析
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作者 王曼 张政 +1 位作者 伊丽达娜·迪力夏提 吴斌 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期1922-1930,共9页
【目的】克隆木纳格葡萄果实中谷胱甘肽-S-转移酶(glutathione-S-transferase,GST)基因VvGST1全长并研究其序列特征,为该基因在葡萄果实抗病作用和功能的研究奠定基础。【方法】根据已有的基因序列,设计3'和5'端RACE引物,利用RT... 【目的】克隆木纳格葡萄果实中谷胱甘肽-S-转移酶(glutathione-S-transferase,GST)基因VvGST1全长并研究其序列特征,为该基因在葡萄果实抗病作用和功能的研究奠定基础。【方法】根据已有的基因序列,设计3'和5'端RACE引物,利用RT-PCR和RACE技术克隆VvGST1基因cDNA全长。【结果】该基因序列全长719 bp,均为开放阅读框(ORF),共编码221个氨基酸。该基因编码蛋白相对分子质量为25.55 kDa;理论等电点pI值为6.32;分子式为C_(1178)H_(1799)N_(293)O_(321)S_(11);不稳定指数为39.22;该蛋白质是稳定的亲水性蛋白,不含跨膜结构域,没有预测到信号肽,可能存在于细胞基质中,是典型的基质蛋白。VvGST1氨基酸序列与棉花、桃、西梅、樱桃、李子、板栗等植物聚为一类,其中与棉花属亲缘关系最近。【结论】获得了木纳格葡萄谷胱甘肽-S-转移酶VvGST1基因全长编码序列,探明了该序列的结构特征。 展开更多
关键词 葡萄 克隆 谷胱甘肽-S-转移酶 VvGST1基因 序列分析
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细粒棘球蚴线粒体nad1基因的克隆与序列分析 被引量:6
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作者 于晶峰 桂峥 +3 位作者 武琳 杨晓野 王瑞 木兰 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期534-538,共5页
目的为完善细粒棘球蚴(Echinococcus granulasus)的分子分类学体系,提供更优化的种间和种内遗传标记基因。方法在内蒙古地区采集患羊肝脏细粒棘球蚴和肝包虫病患者棘球蚴。采用提取虫体DNA的方法,扩增线粒体NADH脱氢酶1(nad 1)基因并进... 目的为完善细粒棘球蚴(Echinococcus granulasus)的分子分类学体系,提供更优化的种间和种内遗传标记基因。方法在内蒙古地区采集患羊肝脏细粒棘球蚴和肝包虫病患者棘球蚴。采用提取虫体DNA的方法,扩增线粒体NADH脱氢酶1(nad 1)基因并进行测序,运用DNAstar5.0软件构建系统发育树并采用MEGA4.0软件进行自居检验。结果细粒棘球蚴DNA扩增出的羊株、人株nad 1基因序列片段长度为895 bp。羊株、人株细粒棘球蚴nad1序列与加拿大棘球绦虫的同源性最高,相似性为86.5%;羊株、人株细粒棘球蚴nad1序列与加拿大棘球绦虫位于同一分支,自展值(Boostrap)最高,为100%。羊株、人株细粒棘球蚴nad1序列所属分支与裂头目、裂头科Diplogonoporus balaenopterae所属分支相隔最远。结论nad 1基因有较高保守性,同时也存在种间差异,可广泛应用于研究细粒棘球绦虫的种间和种内遗传变异。 展开更多
关键词 细粒棘球蚴 nad1基因 克隆 序列分析
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广西一例PRRSV-1的诊断与ORF5基因序列分析
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作者 冯建远 刘德清 +3 位作者 潘红丽 王艳午 刘法球 张宁 《中国猪业》 2023年第1期71-75,共5页
广西某地区一保育育肥一体化猪场的保育仔猪出现严重腹泻,发病率达63%,死亡率低,病原检测显示PRRSV-1阳性。对阳性PRRSV-1毒株的ORF5基因进行序列分析,发现与国外PRRSV-1的ORF5核苷酸及氨基酸同源性分别为82.2%~88.6%、81.2%~87.6%,与国... 广西某地区一保育育肥一体化猪场的保育仔猪出现严重腹泻,发病率达63%,死亡率低,病原检测显示PRRSV-1阳性。对阳性PRRSV-1毒株的ORF5基因进行序列分析,发现与国外PRRSV-1的ORF5核苷酸及氨基酸同源性分别为82.2%~88.6%、81.2%~87.6%,与国内PRRSV-1的ORF5核苷酸及氨基酸同源性分别为76.4%~89.9%、76.2%~86.6%;与国外的SubtypeⅠ(Global)分支毒株亲缘关系较近,形成1个独立的分支。 展开更多
关键词 PRRSV-1 欧洲型 ORF5基因 序列分析
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花烟草NaD1基因的表达及其启动子序列分析 被引量:1
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作者 龚伟伟 赵懿琛 +2 位作者 罗显麟 杨玲玲 赵德刚 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第2期232-239,共8页
花烟草(Nicotiala alata)的花中存在的植物防御素Nicotiala alata defensin 1(NaD1),对多种致病性真菌具有防御活性,在天然防御免疫系统中发挥着重要作用。本研究分别对花烟草根、茎、叶、花组织部分以及伸根期、旺长期、成熟期发育阶... 花烟草(Nicotiala alata)的花中存在的植物防御素Nicotiala alata defensin 1(NaD1),对多种致病性真菌具有防御活性,在天然防御免疫系统中发挥着重要作用。本研究分别对花烟草根、茎、叶、花组织部分以及伸根期、旺长期、成熟期发育阶段叶片中NaD1基因的表达量进行qRT-PCR定量检测,结果显示,NaD1基因在花中表达量显著高于其他组织,在叶片中的表达量随着植物的生长发育先增加后降低。此外,通过热不对称交错PCR克隆得到NaD1基因5′端上游644 bp的片段,利用BDGP和Plant CARE在线软件分析启动子的转录起始位点及motif元件,发现其含有基本启动子元件和其他顺式作用元件,如光反应元件BOX-Ⅰ、乙烯反应元件ERE以及真菌诱导响应元件TGACG-motif等。通过对花烟草进行光胁迫处理,发现NaD1基因在花中的表达量随着暗处理时间的增长而显著增加,随着光处理时间的增长而显著降低,这与其启动子中存在的光反应元件BOX-Ⅰ相对应。通过启动子5′端缺失分析,构建了pCAMBIA1391z-pNaD1-644∶∶GUS与pCAMBIA1391z-pNaD1-310∶∶GUS两个植物表达载体,利用遗传转化获得包含-644~-1 bp和-310~-1 bp启动子片段的转基因烟草,GUS染色结果表明,NaD1基因启动子的核心区域在-310~-1 bp中,为进一步研究NaD1基因的功能和转录调控机制奠定了基础。 展开更多
关键词 花烟草 nad1基因 防御素 启动子 表达分析
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弓首蛔虫和狮弓蛔虫线粒体nad1基因部分序列多态性研究 被引量:10
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作者 李明伟 林瑞庆 +4 位作者 邹丰才 何芳 邓艳 宋慧群 朱兴全 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第9期1915-1920,共6页
【目的】对弓首属犬弓首蛔虫、猫弓首蛔虫、马来西亚弓首蛔虫、牛弓首蛔虫和狮弓属狮弓蛔虫线粒体DNA(mtDNA)中烟酰胺脱氢酶亚基I(nad1)基因部分序列(pnad1)进行比较研究,分析它们之间的序列差异和种群遗传关系。【方法】先用同位素(γ3... 【目的】对弓首属犬弓首蛔虫、猫弓首蛔虫、马来西亚弓首蛔虫、牛弓首蛔虫和狮弓属狮弓蛔虫线粒体DNA(mtDNA)中烟酰胺脱氢酶亚基I(nad1)基因部分序列(pnad1)进行比较研究,分析它们之间的序列差异和种群遗传关系。【方法】先用同位素(γ33P)标记上下游引物,通过PCR方法扩增出单个虫体线粒体pnad1片段,然后采用单链构象多态性(SSCP)分析技术对pnad1片段进行多态性研究,最后挑选出代表性样品进行测序,并利用基因分析软件DNAStar(版本5.01)对序列进行分析比较。【结果】犬弓首蛔虫种内pnad1基因序列差异为0.3%~1.9%,与猫弓首蛔虫、马来亚弓首蛔虫、牛弓首蛔虫和狮弓蛔虫的种间序列差异分别为11.0%~14.1%、10.7%~12.4%、12.6%~13.7%和17.5%~18.2%。猫弓首蛔虫种内pnad1基因序列差异为2.8%,与马来西亚弓首蛔虫、牛弓首蛔虫和狮弓蛔虫的种间序列差异分别是12.0%~13.0%、15.1%和18.6%~21.2%。马来西亚弓首蛔虫种内pnad1基因序列差异为0~0.3%,与牛弓首蛔虫和狮弓蛔虫的种间序列差异分别是12.4%~12.8%和18.6%~19.0%。【结论】犬弓首蛔虫、猫弓首蛔虫和马来西亚弓首蛔虫不同地方虫株的pnad1序列都有一定差异(0~2.8%)。但种间pnad1的序列差异(10.7%~21.2%)明显高于种内的序列差异,说明nad1基因可以作为弓首蛔虫和狮弓蛔虫分子分类及种群遗传关系研究的遗传标记。 展开更多
关键词 弓首蛔虫 狮弓蛔虫 线粒体DNA nad1基因 PCR 单链构象多态性分析 序列分析
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番鸭呼肠孤病毒MW9710株S1基因片段的克隆及序列分析 被引量:22
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作者 胡奇林 林锋强 +7 位作者 陈少莺 林天龙 陈仕龙 程晓霞 朱小丽 江斌 李怡英 程由铨 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期22-25,共4页
参考GenBank番鸭呼肠孤病毒(muscovyduckreovirus,MDRV)S1基因序列设计合成一对引物,对番鸭呼肠孤病毒MW9710株S1基因进行RT_PCR扩增,并对PCR产物进行了克隆和测序。结果显示扩增产物为300bp,与预期的目的片段大小一致,经PCR、酶切反... 参考GenBank番鸭呼肠孤病毒(muscovyduckreovirus,MDRV)S1基因序列设计合成一对引物,对番鸭呼肠孤病毒MW9710株S1基因进行RT_PCR扩增,并对PCR产物进行了克隆和测序。结果显示扩增产物为300bp,与预期的目的片段大小一致,经PCR、酶切反应鉴定后克隆到pGEM_Teasy载体中,核苷酸序列经BLAST软件分析表明:番鸭呼肠孤病毒MW9170株S1基因的目的片段与番鸭呼肠孤病毒法国89026株同源性为91 7%,与鸡关节炎病毒S2基因同源性为68 7%,结果提示番鸭呼肠孤病毒MW9710株与鸡关节炎病毒亲缘距离较远。 展开更多
关键词 番鸭呼肠孤病毒 S1基因 基因克隆 序列分析 双链RNA
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福建省甲型H1N1流感病毒分离及首例分离株全基因组序列分析 被引量:18
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作者 谢剑锋 沈晓娜 +11 位作者 王美爱 张拥军 吴冰珊 陈炜 王金章 修文琼 朱莉莉 杨式芹 陈端 翁育伟 郑奎城 严延生 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第8期745-748,809,共5页
目的分离甲型H1N1流感病毒,分析福建省首例病毒分离株全基因组序列和遗传特征,为研究病毒进化、致病性、流行规律提供科学依据。方法采用MDCK细胞和Real-time PCR法进行病毒分离、鉴定;提取病毒RNA,通过RT-PCR扩增其8个基因片段,测定核... 目的分离甲型H1N1流感病毒,分析福建省首例病毒分离株全基因组序列和遗传特征,为研究病毒进化、致病性、流行规律提供科学依据。方法采用MDCK细胞和Real-time PCR法进行病毒分离、鉴定;提取病毒RNA,通过RT-PCR扩增其8个基因片段,测定核苷酸序列,利用生物信息软件拼接全基因组序列;分析重要基因位点,利用GENBANK中相关序列对首例病毒分离株A/Fujian/01/2009(H1N1)进行基因进化树分析。结果从82例甲型H1N1流感确诊病例标本中分离出50株甲型H1N1流感病毒,第一代分离阳性率60.98%。在福建省首次获得甲型H1N1流感病毒株及全基因组序列。基因组序列分析证明:该毒株与2009年大流行株高度同源,其基因组存在四源重组现象;氨基酸位点分析其对达菲药物敏感,对金刚烷胺类药物耐药;相对于猪流感代表株A/Swine/Iowa/15/1930(H1N1)存在6个HA抗原决定簇位点变异。结论MD-CK细胞对甲型H1N1流感病毒具有较高敏感性;福建省首例甲型H1N1流感病例分离病毒株与北美流行株高度同源;相对于以往古典型猪流感代表株出现了HA蛋白抗原性漂移;为今后进一步开展甲型H1N1流感病毒分子生物学研究奠定基础。 展开更多
关键词 甲型H1N1流感 病毒分离 基因序列 序列分析 进化树
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广西地区腹泻仔猪呼肠孤病毒的感染及序列分析
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作者 隆美金 陆颖 +8 位作者 李茂宁 易春华 廖梦娟 余科辰 覃一峰 陈樱 韦祖樟 黄伟坚 欧阳康 《动物医学进展》 北大核心 2024年第7期31-37,共7页
为了解广西地区腹泻仔猪中哺乳动物呼肠孤病毒(MRV)的感染情况及主要流行毒株,应用套式RT-PCR对广西部分地区2020-2022年173份腹泻猪样品进行检测,并选取部分阳性样品进行S 1基因扩增与分析,进一步了解广西地区MRV主要流行毒株的基因特... 为了解广西地区腹泻仔猪中哺乳动物呼肠孤病毒(MRV)的感染情况及主要流行毒株,应用套式RT-PCR对广西部分地区2020-2022年173份腹泻猪样品进行检测,并选取部分阳性样品进行S 1基因扩增与分析,进一步了解广西地区MRV主要流行毒株的基因特征。结果显示,2020-2022年173份样品MR总阳性率为18%(32/173),各年阳性率分别为29.6%、9.9%和33%。获得1株S 1基因全长序列,序列比对结果发现该序列与其他MRV S 1基因序列的核苷酸同源性为43.4%~97.9%,氨基酸同源性为26.1%~97.8%;遗传进化分析显示,获得的毒株序列为MRV3型,与其他猪源MRV3型毒株ZJ2013、IND/MZ/3013789/reo在同一分支上,同属于谱系Ⅳ。结果表明广西地区猪群存在一定程度的MRV感染,为进一步防控广西腹泻猪群中MRV的流行提供科学依据。 展开更多
关键词 哺乳动物呼肠孤病毒 S 1基因 序列分析 感染情况
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