新疆锁阳线粒体nad 1基因第2内含子序列居群间变异分析

目的:对分布于新疆的锁阳Cynomorium songaricum 4个居群22个个体进行了线粒体nad1基因第2内含子序列的比较研究,分析序列居群差异。方法:提取锁阳DNA,用通用引物扩增线粒体nad1基因第2内含子序列,Clustal W软件比较分析序列。结果:锁阳22个样本的nad 1基因第2内含子序列变异均表现为插入和缺失,无碱基替换发生,有13个个体序列完全一致,9个个体有变异位点,变异位点为10个;4个居群间分化不明显,其中b居群可能存在一定的分化,有两个个体y4和a19存在较大的变异,可能具有一定的遗传学意义。结论:线粒体nad 1基因第2内含子序列给出的锁阳4个居群分化不明显。

用线粒体nad1基因b/c内含子鉴别人参属4种药材

目的:探讨人参属4种药材人参、西洋参、三七、竹节参的鉴别方法及其系统发育关系。方法:扩增线粒体nad1基因,测序比对,分析该基因序列的差异。结果:获得人参(移山参、高丽参)和竹节参该基因的1290 bp片段序列,西洋参和三七的该基因片段长度则分别为1269 bp和1522 bp,主要差异为该基因的b/c内含子。在NJ系统发育树上,人参和竹节参关系最近,其次是西洋参,而与三七的关系最远。结论:基于该片段的碱基差异可从这4种药材中将西洋参、三七鉴别出来。人参属植物线粒体nad1基因b/c内含子存在一定的进化信息,可以进一步用于人参属药材的鉴别及系统发育关系分析。

线粒体nad1基因内含子在稻族系统学研究中的价值——兼论Porteresia的系统位置

在植物的系统与进化研究中 ,相对于叶绿体和核基因片段来说 ,线粒体基因片段由于其分辨率较低、结构复杂而较少应用到系统学研究中。本研究选用nad1基因的第 2内含子序列探讨了稻族Oryzeae的系统发育关系 ,并着重分析了单型属Porteresia的系统学位置 ,并在此基础上探讨了nad1基因内含子序列的系统学意义以及空位性状在系统发育重建中的价值。本研究结果支持将稻族分为两个亚族(Oryzinae和Zizaniinae)的处理 ,稻族中假稻属Leersia与稻属Oryza最近缘 ,Porteresiacoarctata不应该单独成属而应处理为稻属的成员。本研究表明 ,nad1第 2内含子具有一定的系统发育信息 ,尤其是在较高分类等级的系统发育重建中具有较大价值 ;

中国湖北地区IL-1RN内含子2基因多态性分布的研究

目的 :探讨湖北地区汉族健康人群白细胞介素 1受体拮抗剂(IL 1Ra)内含子 2基因多态性的分布 ,比较其在不同种族间分布的差异。方法 :采用PCR方法检测了 2 5 1例湖北地区汉族健康人群IL 1Ra基因内含子 2的可变数串联重复 (VNTR)多态性 ,并结合文献进行不同种族间的比较分析。结果 :湖北地区汉族健康人群基因型以Ⅰ /Ⅰ型最为常见 ,其次为Ⅰ /Ⅱ型 ,Ⅰ /Ⅳ和Ⅱ /Ⅱ型较为罕见 ,分布频率依次为 0 .813、0 .167、0 .0 16、0 .0 0 4;其等位基因以Ⅰ型最为常见 ,其次为Ⅱ型 ,Ⅳ型较为罕见。与美、德和日本等国家人群相比 ,该VNTR多态性均存在显著性差异 (P <0 .0 0 5 ) ,与国内江苏和重庆地区人群相比虽无显著性差异 (P >0 .0 5 ) ,但在湖北地区发现了较为罕见的Ⅰ /Ⅳ和Ⅱ /Ⅱ基因型。结论 :湖北地区汉族人群IL 1Ra基因内含子 2存在VNTR多态性 。

PCR方法检测人白介素-1受体拮抗剂基因内含子2多态性

白介素-1(IL-1)受体拮抗剂是一种酶链反应方法检测了130例正常人外周血IL-1受体拮抗利内含子2多态性。结果:发现了3种等位基因产物:410bp,240bp和500bp。结论:该基因区含有3个蛋白质结合点,可能与IL-1受体拮抗剂产生有关,该多态性可能与免疫介导的炎症反应有关。

棉花GhFAD2-1基因5’UTR内含子的克隆与序列分析

【目的】对棉花^(Δ12)-油酸去饱和酶基因Gh FAD2-1 5'UTR区的内含子进行克隆和序列分析,为研究Gh FAD2-1的表达调控奠定基础。【方法】利用5'RACE技术,克隆Gh FAD2-1的5'UTR序列,结合棉花基因组序列,克隆Gh FAD2-1 5'UTR内含子,并利用PLACE等生物信息学软件对其顺式作用原件进行分析。【结果】棉花A、D基因组的Gh FAD2-1 5'UTR中各含一内含子序列,全长分别为1 103 bp、1 111 bp;Gh FAD2-1成熟mRNA的5'UTR为77bp,转录的起点碱基为T;5'UTR内含子两个剪切位点分别AA-GG、CA-GC。该内含子包括一些典型的与光响应相关的作用元件,以及与激素和胁迫因素相关的应答元件等。【结论】克隆获得了棉花A、D基因组的Gh FAD2-1基因5'UTR内含子序列;明确其转录的起点碱基及5'UTR内含子的剪切位点,为进一步在分子水平上研究Gh FAD2-1功能及其表达调控规律,为植物的遗传改良奠定了基础。

西施舌3个群体H2A基因和nad6-nad1片段序列比较研究

西施舌（Coelomactra antiquata）浮游幼虫EST序列拼接获得组蛋白H2A ORF及其两翼的非编码区,在ORF两翼设计引物Can-H2AF和Can-H2AR,扩增H2A基因片段;从nad6 3′端和nad1 5′端设计引物,扩增两基因区域DNA序列,测序并进行核苷酸序列差异分析,研究漳州西施舌分化水平。结果：共获得西施舌3个群体H2A基因606bp或616bp基因区DNA片段23条,检测到9种基因型（Gen）。西施舌漳州群体H2A基因AT含量（51.51%）高于日照、北海群体AT含量（50.58%）;序列比对分析显示,简约信息位点占4.05%。基于H2A基因的漳州群体与日照/北海混合群体间遗传距离平均为0.044,漳州群体,混合群体内遗传距离分别为0.003和0.004,群体间与群体内遗传距离之比为11-14.7;AMOVA分析结果显示,漳州群体和混合群体间发生了极显著遗传分化（FST=0.937,P〈0.01）。从nad6-nad1片段中共检出7种单倍型（Hap）,漳州群体与日照群体无共享单倍型,基于nad6-nad1的漳州群体与日照群体间遗传距离为0.199-0.202,群体间与群体内遗传距离之比50-66,两个群体间nad1多肽链一级结构存在极大差异,有9个位点的氨基酸不同,日照西施舌缺失6个氨基酸。线粒体DNA显示西施舌漳州与日照群体发生了明显的遗传分化。

基于线粒体nad1 intron2序列的金钗石斛和混淆品亲缘关系及DNA条形码研究

为了建立简便、重复性高的金钗石斛的分子鉴别方法,对金钗石斛及其混淆品的亲缘关系进行分析并构建稳定的序列条形码分析,根据金钗石斛及其混淆品的nad1 intron 2序列,寻找其中存在的特异性位点并设计特异性鉴别引物,运用Mega 5. 0等软件进行遗传关系分析并构建系统进化树。根据序列中存在的单核苷酸多态性(SNP)位点及特异性鉴别引物,可在53℃的复性条件下扩增得到约400 bp的条带,将金钗石斛与其混淆品成功分开;构建的UPGMA树可以将金钗石斛及其混淆品鉴别开。SNP位点及位点特异性PCR具有高效、准确、省时的特点,有广泛的应用前景。同时,通过nad1基因第2内含子可以分析正品与混淆品之间的亲缘关系并成功构建物种分析的条形码序列,为石斛药材的鉴别提供了可靠的科学依据,也为构建更完整的DNA barcoding(DNA条形码)数据库奠定基础。

KCNQ1和KCNH2基因与家族性阵发性房室交界折返性心动过速的关系

目的:分析离子通道基因KCNQ1和KCNH2与家族性阵发性房室交界折返性心动过速(FPAVJRT)的关系,以探讨FPAVJRT发生的分子遗传机制。方法:在一个FPAVJRT大家系中,采用PCR直接测序技术,对KCNQ1和KCNH2基因的所有外显子和附近的部分内含子进行序列测定。 结果:KCNQ1基因存在5种突变,其中2个位于外显子区域,但均为同义突变,另外3个位于内含子区域;KCNH2基因存在3种突变,但均位于内含子区域。 结论:在该FPAVJRT家系中,KCNQ1和KCNH2基因存在8种突变,但均为非致病突变,提示KCNQ1和KCNH2基因以外的基因可能才是FPAVJRT致病基因。

IL-1RN内含子2和外显子2基因多态性的分布特点及其与血脂的相关关系

目的 探讨武汉地区汉族健康人群白细胞介素-1受体拮抗剂基因(IL-1RN)第2号内含子中可变数串联重复序列(VNTR)多态性和第2号外显子+8006位点单核苷酸多态性(SNP)的分布特点及其与血脂的相关关系。方法 采用聚合酶链反应(PCR)和PCR-限制性片段长度多态性(RFLP)的分析方法,检测了251名武汉地区汉族健康者IL-1RN(VNTR)和IL-1RN(+8006)多态性,同时检测其血脂、IL-1和IL-1Ra水平。结果 IL-1RN(VNTR)的等位基因以Ⅰ型最为常见,其次为Ⅱ型,Ⅳ型较为罕见;IL-1RN(+8006)的等位基因以T型最为常见,其次为C型;IL-1RN(VNTR)的等位基因Ⅱ总是伴随着IL-1RN(+8006)的等位基因C而出现;这两种多态性的分布在男女间差异不显著,且与血脂、IL-1和IL-1Ra水平间不存在相关关系(P>0.05)。结论 武汉地区汉族健康人群IL-1RN内含子2和外显子2中均存在基因多态性,其等位基因间存在连锁不平衡;这两种多态性与血脂、IL-1和IL-1Ra水平间不存在相关关系。

不同地区褐黄血蜱的基因变异及遗传进化分析

为探究不同区域褐黄血蜱的基因变异情况及其遗传进化关系,试验以采集自湖南、河南省的20只褐黄血蜱为研究对象,通过PCR扩增其内转录间隔区Ⅱ(ITS-2)和烟酰胺脱氢酶亚基Ⅰ(nad1)基因序列,并对所获序列进行基因变异分析;在所获ITS-2和nad1基因序列的基础上,对不同地区褐黄血蜱的遗传进化关系进行分析,并利用ITS-2和nad1基因序列分别构建褐黄血蜱的系统进化树。结果显示,褐黄血蜱ITS-2基因序列长度均为1160 bp,nad1基因序列长度均为285 bp;两省褐黄血蜱ITS-2及nad1基因的种内差异分别为0~1.9%和0~0.4%;湖南省褐黄血蜱的种内差异分别为0~1.4%和0~0.4%,而河南省的种内差异分别为0~1.2%和0~0.4%;两省褐黄血蜱ITS-2及nad1基因的种间差异分别为37.0%~52.0%和13.6%~24.8%。系统进化树结果显示,所有来自于两省的褐黄血蜱共处于同一分支上。结果表明,来自于两省的褐黄血蜱之间均存在基因变异的现象,但湖南省褐黄血蜱的基因变异程度和遗传多样性均高于河南省;两省褐黄血蜱之间的亲缘关系较近,暗示两省褐黄血蜱之间有基因交流,未出现遗传分化。

环氧合酶-2与肝星状细胞激活的关系

人类环氧合酶-2（COX-2）基因定位于1号染色体q25.2～25.3,长8.3kb,由10个外显子和9个内含子组成。COX-2在其转录起始点上游5＇侧翼区有个30bp保守的TATA盒,而COX-1在同一区无一此结构。

线粒体nad1/b-c及nad5/d-e在秦艽组植物中物种鉴定意义的评价

龙胆科龙胆属Gentiana秦艽组Sect.Cruciata多种植物作为中药秦艽及藏药解吉(■)的基原,具有重要的药用价值。在课题组前期品种整理及遗传背景分析基础上,本文分别测定秦艽组10种23个居群69份样品以及外类群椭圆叶花锚Halenia elliptica 3份样品的线粒体nad1基因第2内含子区(nad 1/b-c)以及nad5基因第4内含子区(nad5/d-e)部分序列,对其在秦艽组植物的分子系统发育分析及物种鉴定中的意义进行评价。结果显示:nad1/b-c具一粗壮秦艽G.robusta King ex Hook.f.稳定变异位点;同时,对粗茎秦艽G.crassicaulis Duthie ex Burk.及西藏秦艽G.tibetica King ex Hook.f.有一定物种分辨率;nad5/d-e序列相似度高,仅大叶秦艽G.macrophylla Pall.、黄管秦艽G.officinalis H.Smith及管花秦艽G.siphonantha Maxim.ex Kusnez.存在种内不同基因型。进而基于粗壮秦艽G.robusta King ex Hook.f.nad 1/b-c物种分子标记,设计一特异鉴定引物,建立粗壮秦艽特异性引物-PCR鉴定方法。本工作可为协同进化不完全、遗传背景复杂多样的中藏药高山基原植物DNA条形码的构建提供新思路。

中国人遗传性非息肉病性结直肠癌家系错配修复基因突变的研究

目的探讨中国人遗传性非息肉病性结直肠癌(HNPCC)家系中hMLH1、hMSH2基因遗传性突变情况。方法取14个符合中国人HNPCC标准的HNPCC家系肿瘤先证者外周血DNA样本,聚合酶链反应扩增hMLH1、hMSH2基因共35个外显子,应用变性高效液相色谱技术(DHPLC)结合DNA测序法检测突变。结果14个家系中共发生41个大肠癌和19个肠外恶性肿瘤,其中胃癌是最常见的肠外恶性肿瘤类型。14个患者中检测到分属于9个家系的12个遗传性单个碱基改变,其中8%为无义突变,25%为错义突变,其余42%为单核苷酸多态,17%为内含子区的单碱基改变,8%为同义突变。结论(1)应用DHPLC成功检测到hMLH1、hMSH2基因杂合性突变。(2)符合中国人HNPCC标准家系约有1/3可检出hMLH1、hMSH2基因遗传杂合性突变,其中错义突变较多见。

白及属药用植物DNA条形码的确立及其应用

为建立白及属药用植物适合的DNA条形码,并以DNA条形码准确的鉴别白及属药用植物及其混伪品,本研究对41份样品基因组DNA的nrDNAITS、LFY同源基因内含子2、叶绿体ycf1基因进行扩增、测序及序列分析;比较物种种内种间的变异,并基于K2P距离分析Barcoding Gap、构建NJ系统聚类树及BLAST1算法以评价不同序列的鉴定能力。结果显示,白及属物种nrDNAITS和ycf1序列的种间变异（0.022-0.106和0.017-0.106）明显大于种内变异（0-0.012和0-0.015）,NJ树也能准确地区分4个物种;而LFY同源基因内含子2序列未发现Barcoding Gap,不能有效的鉴别白及属物种。选用nrDNAITS和ycf1构建NJ树成功鉴定了白及粉末状药材及其混伪品。结果表明,nrDNAITS和ycf1序列可以作为白及属及其混伪品鉴定用的DNA条形码序列。市场上＂巨茎白及＂的nrDNAITS序列和ycf1序列与安徽六安白及亲缘关系最近,NJ树均与白及聚为一支;基于形态及分子数据可初步将安徽＂巨茎白及＂归为白及属白及植物。