基于线粒体nad1 intron2序列的金钗石斛和混淆品亲缘关系及DNA条形码研究

为了建立简便、重复性高的金钗石斛的分子鉴别方法,对金钗石斛及其混淆品的亲缘关系进行分析并构建稳定的序列条形码分析,根据金钗石斛及其混淆品的nad1 intron 2序列,寻找其中存在的特异性位点并设计特异性鉴别引物,运用Mega 5. 0等软件进行遗传关系分析并构建系统进化树。根据序列中存在的单核苷酸多态性(SNP)位点及特异性鉴别引物,可在53℃的复性条件下扩增得到约400 bp的条带,将金钗石斛与其混淆品成功分开;构建的UPGMA树可以将金钗石斛及其混淆品鉴别开。SNP位点及位点特异性PCR具有高效、准确、省时的特点,有广泛的应用前景。同时,通过nad1基因第2内含子可以分析正品与混淆品之间的亲缘关系并成功构建物种分析的条形码序列,为石斛药材的鉴别提供了可靠的科学依据,也为构建更完整的DNA barcoding(DNA条形码)数据库奠定基础。

新疆新源县多房棘球蚴病病例特征及其病原基因多态性分析

目的了解新疆新源县人群多房棘球蚴病(AE)病例特征及其病原基因多态性情况,为制定AE预防控制策略提供参考。方法收集2016—2020年新疆医科大学第一附属医院生物样品库中新源县AE患者的病例信息及其手术切除的肝脏病灶样品,提取肝脏病灶样品基因组DNA,PCR扩增线粒体NADH脱氢酶2(nad2)基因并测序,PCR产物经测序剪接后进行BLAST比对,用MEGA10.0软件采用邻接法构建系统进化树,DnaSPv5软件分析扩增序列的基因型,Network10.0软件制作nad2基因型网络图。结果共收集AE病例28例,其中农区7例,巩乃斯河两岸流域21例;男性17例,女性11例,二者差异无统计学意义(χ^(2)=0.704,P>0.05);民族分布中,汉族12例、哈萨克族11例、维吾尔族3例、蒙古族1例、其他民族1例;职业分布中以农牧民为主,占92.86%(26/28),其他职业仅占7.14%(2/28),不同职业间病例数差异有统计学意义(χ^(2)=3.89,P<0.05);年龄分布中以20~49岁年龄组为主,占78.57%(22/28),其他年龄组占21.43%(6/28),不同年龄组间病例数差异无统计学意义(χ^(2)=0.418,P>0.05)。25份多房棘球蚴肝组织病灶样品PCR扩增出大小约1031 bp的片段,与预期大小一致,另3份未扩增出条带。序列比对结果显示,25条序列分属H1、H2、H3和H4等4个基因型,其中H1为主要基因型(占72.0%,18/25),与哈萨克斯坦(GenBank登录号AB461406)分离株序列一致性为100%。系统进化树结果显示,新源县病例分离株的4个基因型与波兰(GenBank登录号KY205700)和哈萨克斯坦(GenBank登录号AB461406)分离株在同一条分支上,但与法国(GenBank登录号AB461404)、奥地利(GenBank登录号AB461403)、加拿大(GenBank登录号JF751036)、美国阿拉斯加(GenBank登录号MT429275)、美国印第安纳(GenBank登录号AB461409)及中国内蒙古(GenBank登录号AB461411)分离株亲缘关系较远。基因型网络图结果显示,以H1为中心,H2、H3、H4、中国四川,波兰、加拿大及日本分离株呈散射状分布,表明这些分离株均与H1亲缘关系较近,但与法国、奥地利、加拿大,美国阿拉斯加等序列不在同一分支,亲缘关系较远。结论本研究分析的28例AE患者主要为汉族和哈萨克族,农牧民占比较高,AE患者样品共有4个基因型,其中H1属新源县主要基因型。

甘肃省甘南州家畜细粒棘球蚴病例特征及其病原遗传多样性分析

目的分析甘肃省甘南州细粒棘球蚴(Echinococcus granulosus)基因型、遗传多样性及群体间遗传差异,为甘南州细粒棘球溯源及制定预防控制策略提供参考。方法收集2016-2022年甘南州玛曲县及碌曲县屠宰场家畜肝脏或肺脏感染的囊型棘球蚴病(cystic echinococcosis,CE)包囊,提取包囊基因组DNA,PCR扩增线粒体NADH脱氢酶2(nad2)基因,测序剪接后进行Blast比对,DnaSPv5软件分析nad2序列的基因型,利用Mega11软件采用邻接法构建系统进化树,再使用PopArt 1.7软件建立细粒棘球蚴nad2基因网络图,最后使用Arlequin 3.5.2.2分析nad2不同群体间的遗传差异。结果PCR结果显示,家畜CE感染率为9.97%(64/642),绵羊(9.14%,48/525)和牛(13.68%,16/117)感染率差异极显著(χ^(2)=175.6,P<0.01)。nad2基因条带大小为882 bp,将测序结果与GenBank中发表的细粒棘球蚴的序列进行比对,相似度均达到99%以上。序列分析结果显示,分为G1(占90.63%,58/64)和G3(占9.37%,6/64)两个基因型,序列相似度可达100%;共有12个单倍型,其中Hap1(占50.00%,32/64)是最主要的单倍型,Hap2(占14.06%,9/64)次之,其中Hap3是和Hap4属于G3基因型(占9.37%,6/64)。系统发生树结果显示,G1和G3基因型处在两个小的分支上,在基因网络图中以Hap1单倍型为中心,其他11个单倍型呈散射状分布;序列单倍型多样性范围为0.7086~0.7706,核苷酸多样性范围为0.00321~0.00452。甘南州两个县细粒棘球蚴种群田岛检验(Tajima's D)均为负值,表明甘南州的细粒棘球蚴种群处于扩张或净化选择的趋势,中性检验(Fu's F)推测两个县的细粒棘球蚴种群也处于扩张趋势,且存在一些特有的基因型,FST结果表明,甘南州细粒棘球蚴不同种群间遗传分化差异不显著(P>0.05)。结论本研究发现甘南州家畜表现出较高的遗传多样性,并处于扩张趋势,存在地区特有的单倍型。共有G1和G3两个基因型,12个单倍型,其中Hap1占50%,其近缘单倍型在全世界均有分布,是甘南州乃至其他主要流行区的主要致病单倍型。