nanoLC-ESI/MS/MS在ECV304细胞蛋白质组学研究中的应用

目的:应用纳升液联用技术(nanoLC-ESI/MS/MS)对ECV304细胞蛋白质组学进行初步分析。方法:提取ECV304细胞总蛋白,经变性、还原、烷基化和酶解,nanoLC-ESI/MS/MS对酶解后的肽段进行分析,数据库(Swissprot)检索鉴定蛋白质,生物信息学工具对所鉴定的蛋白质进行细胞定位和功能分类。结果:从8μg细胞总蛋白中鉴定了120种蛋白质,所鉴定蛋白质的分子质量(MW)范围从6 648 D至280 739 D,MW<20 kD的蛋白质占24.2%,MW>100 kD的蛋白质占5.0%;主要位于细胞质、细胞骨架、细胞核和细胞膜,分别为27.8%、19.0%、15.2%和10.1%;大多为结构蛋白质和催化活性的蛋白质,分别为36.4%和34.1%,具有信号转导活性的占11.4%;其中角蛋白8、18和vimentin等为内皮细胞特异表达的蛋白质。结论:本研究建立了nanoLC-ESI/MS/MS分析ECV304细胞的蛋白质组学方法,为内皮细胞及内皮细胞损伤机制的蛋白质组学研究奠定了实验基础。