大黄属(蓼科)植物ndhF基因的适应性进化(英文)

大黄属(Rheum L.)是蓼科(Polygonaceae)中一个高度分化的大属,广泛分布在亚洲和欧洲的高山和沙漠地区,全世界约60种,其中在青藏高原及其邻近地区发现了约40种。该属种的高度分化曾被推测是第三纪末青藏高原的快速隆升以及第四纪气候的反复变化所引发的适应性辐射导致。为进一步了解大黄属植物辐射式物种分化的分子适应机制,该研究选取34个形态上多样化的大黄属物种,利用系统发育分析软件,在时间框架下采用位点模型和分支模型对大黄属的叶绿体ndhF基因进行了适应性进化分析。结果表明:大黄属植物的分子进化系统树呈现短而平行的辐射式分支式样,显示出典型的物种快速辐射多样化特征;用位点模型检验ndhF基因是否存在经受正向选择(ω>1)时,在氨基酸水平上共鉴定出3个NDHF亚基的正选择位点(188H,465H,551L),对NDHF亚基的二级结构进行分析后发现编码的188H氨基酸位于α螺旋上。大黄属植物可能通过这些结构域的适应性进化,适应青藏高原的快速隆升以及第四纪气候的反复变化而引发的陆地生态系统改变。该研究结果可为今后对该属植物的实验分析提供首选位点。

绿绒蒿属藏药植物ndhF和rbcL序列片段特征分析

应用叶绿体ndhF和rbcL序列对绿绒蒿属藏药植物欧贝:长叶绿绒蒿Meconopsis lancifolia、全缘叶绿绒蒿Meconopsis integrifolia、红花绿绒蒿Meconopsis punicea、尼泊尔绿绒蒿Meconopsis napaulensis;刺儿恩:总状绿绒蒿Meconopsis racemosa、多刺绿绒蒿Meconopsis horridula进行鉴别,对其序列特征差异和亲缘关系进行分析。PCR直接测序后获得六种绿绒蒿的rbcL和ndhF的部分序列。用Clustal X2.1和MEGA6.06等软件分析得到任意两种间均有变异位点和遗传距离,根据rbcL和ndhF基因部分序列数据分别建立系统树。rbcL序列分析显示,任意两种间有变异位点;ndhF序列分析显示,除总状绿绒蒿(居群1)和多刺绿绒蒿序列无明显差异外,其他任意两种间均有位点变异。根据叶绿体ndhF和rbcL基因序列数据可以很好的鉴别6种绿绒蒿属藏药植物。

银杏叶绿体ndhF RNA编辑现象分析及C290位编辑对胁迫处理的响应

RNA编辑是一种转录后修饰加工过程,通过碱基的插入、缺失或替换可改变氨基酸的种类,增加蛋白质的疏水性和同源蛋白在不同物种间的保守性。该文通过DNA与cDNA序列的比对,分析了裸子植物银杏(Ginkgobiloba)叶绿体功能基因ndhF的编辑现象,该基因共含有21个编辑位点,且这21个位点均为部分编辑。生物信息学分析及与其它物种比对结果表明,ndhFC290位编辑可能会影响该蛋白的正确折叠。进一步使用单克隆酶切方法测定了不同胁迫处理对ndhFC290位编辑效率的影响,结果表明该位点的编辑效率对温度和黑暗敏感。

DNA条形码在检疫性杂草银毛龙葵鉴定中的应用研究

银毛龙葵是我国进境植物检疫性有害生物,到目前为止我国还没有关于银毛龙葵的分子检测方法。本研究收集26份茄属植物样品,包括银毛龙葵5个不同来源的个体以及它的15个近缘种,使用了3个DNA区段trnS-trnG、ndhF和waxy来探讨银毛龙葵的DNA条形码检测方法。研究结果显示银毛龙葵从其近缘种中被成功鉴定出;此外trnS-trnG、ndhF和waxy 3个片段由于具有较强的分辨力而被建议作为茄属植物补充条形码。该研究对于银毛龙葵及其他茄属植物的检疫和监测具有重要价值。