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Occurrence of Fibonacci numbers in development and structure of animal forms: Phylogenetic observations and epigenetic significance
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作者 John J. Wille 《Natural Science》 2012年第4期216-232,共17页
A survey of zoological literature affirmed the wide occurrence of Fibonacci numbers in the organization of acellular and prokaryotic life forms as well as in some eukaryotic protistans and in the embryonic development... A survey of zoological literature affirmed the wide occurrence of Fibonacci numbers in the organization of acellular and prokaryotic life forms as well as in some eukaryotic protistans and in the embryonic development and adult forms of many living and fossil remains of metazoan animals. A detailed comparative analysis of the axial skeleton of a fossil fish and humans revealed a new rule of the “nested triad” of bones organized along the proximal to distal axis of limb appendages. This growth pattern and its ubiquity among living vertebrates appear to underlie a profound rule of pattern formation that is dictated in part by the genetics and epigenetic mechanisms of stem cell clonal development. 展开更多
关键词 ANIMAL Body Plan FIBONACCI Numbers (n) HOX genes Nested TRIADS Phylogeny Recursive Transition networks segmentation
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网络基因图谱研究 被引量:2
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作者 董新民 尹芷仪 +1 位作者 郭晓博 高能 《信息安全研究》 2016年第9期844-849,共6页
随着人-机-物三元日益深度融合,人类活动早已冲出原有现实空间的边界,出现线上和线下联动现象,这为行为失范、网络犯罪、从事危害国家安全等活动提供便利条件,且网络的匿名性、加密通信、移动性等特性加大管理部门的执法难度.因此受生... 随着人-机-物三元日益深度融合,人类活动早已冲出原有现实空间的边界,出现线上和线下联动现象,这为行为失范、网络犯罪、从事危害国家安全等活动提供便利条件,且网络的匿名性、加密通信、移动性等特性加大管理部门的执法难度.因此受生物基因启发,首次提出网络基因图谱概念,该图谱涵盖实体的生物属性、社会属性、网络属性,能突破现有身份认证容易伪造且难以虚实映射的问题,且具备如下优点:一是唯一标识实体;二是能够反映实体的本质特征;三是具备计算能力,可推理、补全、预测等.网络基因图谱将为全方位认知实体、跨域甄别实体、预防或打击实体犯罪等提供全新的技术支持,具有重大的理论和实践意义. 展开更多
关键词 网络基因片段 网络基因图谱 唯一性 多维性 可计算性 突变性
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局灶节段性肾小球硬化症中CD48加权基因共表达网络分析
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作者 施楠婧 马丽珍 《浙江临床医学》 2020年第12期1710-1713,共4页
目的利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)构建局灶节段性肾小球硬化症(FSGS)的枢纽基因网络,筛选与FSGS相关的枢纽基因。方法从基因表达综合数据库(GEO)下载表达谱芯片GSE104948并获取FSGS和正常肾小球组织的基因表达谱,利用WGCNA构建FSG... 目的利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)构建局灶节段性肾小球硬化症(FSGS)的枢纽基因网络,筛选与FSGS相关的枢纽基因。方法从基因表达综合数据库(GEO)下载表达谱芯片GSE104948并获取FSGS和正常肾小球组织的基因表达谱,利用WGCNA构建FSGS的基因共表达网络模块,并筛选与FSGS发生相关性最高的模块,并对该模块内的基因进行GO和KEGG富集分析,从最有意义的GO分析项中构建共表达子网络,使用CytoHubba插件鉴定枢纽基因。同时使用Nephroseq芯片数据库验证枢纽基因的临床意义。结果共获得16例FSGS和21例正常肾小球标本基因的数据,共筛选出5942个基因,8个共表达模块,其中brown模块被认为与FSGS显著相关,该模块中74个差异表达基因,包括68个上调基因和6个下调基因,对其进行富集分析,主要富集于炎症、细胞外基质和细胞因子相互作用等生物学方面。关键的枢纽基因为CD48基因。Nephroseq芯片数据库检测发现CD48在FSGS肾小球组织中表达上调且CD48表达与肾小球滤过率呈负相关。结论利用WGCNA可识别与FSGS相关的枢纽基因,为FSGS的治疗提供新的潜在靶标。 展开更多
关键词 局灶性节段性肾小球硬化 加权基因共表达网络分析 枢纽基因 数据挖掘
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2018—2021年上海市浦东新区中老年HIV-1感染者/患者分子网络特征分析
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作者 汤琰 李漾 +3 位作者 邓冠聪 陈盼盼 潘晓芳 赵冰 《中国公共卫生》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期1547-1552,共6页
目的了解上海市浦东新区中(≥50岁)老年人群中HIV-1流行毒株分子传播网络在整体网络中的传播动态特征。方法收集2018—2021年上海市浦东新区首次确诊的HIV-1感染者及艾滋病患者(HIV/AIDS)共580例血样及人口学信息。216例≥50岁和302例&l... 目的了解上海市浦东新区中(≥50岁)老年人群中HIV-1流行毒株分子传播网络在整体网络中的传播动态特征。方法收集2018—2021年上海市浦东新区首次确诊的HIV-1感染者及艾滋病患者(HIV/AIDS)共580例血样及人口学信息。216例≥50岁和302例<50岁测序成功。提取RNA核酸后扩增HIV-1 pol区基因片段,以最大似然法构建系统进化树,以及通过Tamura-Nei 93成对基因距离法构建HIV-1分子传播网络并分析中老年人群的网络特征。结果最佳基因距离为1.2%,此时≥50岁人群总体成簇率为49.07%(106/216),与<50岁人群成簇率28.48%(86/302)差异具有统计学意义(χ^(2)=22.903,P<0.001)。其中度=1网络,≥50岁人群入网率为23.45%(53/216),其中同性性传播和异性性传播各自成簇率分别为29.21%(26/89)和21.60%(27/125),两者差异无统计学意义,其中夫妻/固定性伴侣是促成其成簇的重要因素(χ^(2)=70.166,P<0.001)。度≥2网络,≥50岁人群入网率为23.45%(53/216),其中同性性传播和异性性传播各自成簇率分别为23.60%(21/89)和25.60%(32/125),两者差异无统计学意义;同时基于基因亚型成簇率C为63.64%(7/11)、CRF07_BC为33.33%(33/100)、CRF08_BC为21.43%(3/14)、CRF01_AE为14.93%(10/67),不同亚型成簇率差异有统计学意义(χ^(2)=14.381,P=0.002)。度≥4网络,≥50岁人群晚期发现占比61.11%(22/36),是促成较大分子族发生的重要因素(χ^(2)=8.176,P=0.004)。多个维度的单因素分析显示:≥50岁人群同一时期内既有同性又有婚外异性性行为占比较高、婚外性伴数≥50人占比较高、居住于同一区域占比相对较低是区分最大分子簇与较大分子簇的重要因素(均P<0.05)。结论中老年人群中,一定比例的高风险传播者在大分子簇网络的传播中起到了核心作用,较少比例的高风险传播者在较大分子的网络传播中起到了核心作用,不同性传播人群及不同毒株之间的网络特征不尽相同。 展开更多
关键词 中老年人群 pol区基因 HIV-1分子网络 分子簇
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基于0-1矩阵分解的蛋白质功能预测 被引量:2
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作者 赵颖闻 王峻 +2 位作者 郭茂祖 张自力 余国先 《中国科学:信息科学》 CSCD 北大核心 2019年第9期1159-1174,共16页
准确地标注蛋白质功能是功能基因组学的核心任务之一.蛋白质功能标注信息存在大量缺失且功能标签空间巨大.近期一些标签压缩方法被提出并应用于蛋白质功能预测,但是这些方法获取的压缩标签可解释性差,且面临着多标记学习中的阈值划分难... 准确地标注蛋白质功能是功能基因组学的核心任务之一.蛋白质功能标注信息存在大量缺失且功能标签空间巨大.近期一些标签压缩方法被提出并应用于蛋白质功能预测,但是这些方法获取的压缩标签可解释性差,且面临着多标记学习中的阈值划分难题.为解决这些问题,本文提出一种基于0-1矩阵分解的蛋白质功能预测方法 (zero-one matrix factorization, ZOMF). ZOMF首先将蛋白质–功能标签关联矩阵分解成两个低秩0-1矩阵,挖掘蛋白质和功能标签间的内在关联.其次它利用蛋白质互作网和基因本体结构信息分别针对上述两个低秩矩阵定义了平滑正则项,约束指导低秩矩阵的优化.最后它利用优化获取的低秩矩阵重构关联矩阵,进而实现蛋白质功能预测.通过在酵母菌、拟南芥、老鼠和人类数据集上的实验表明, ZOMF比已有的相关算法能够更准确地预测蛋白质功能,它无需对重构的关联矩阵进行阈值划分,压缩的0-1标签可解释性更直观. 展开更多
关键词 蛋白质功能预测 矩阵分解 蛋白质互作网 基因本体 阈值划分
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