基于DNA结合特异性权重矩阵的TAL效应物靶标预测

计算预测出TAL效应物的候选靶标有助于高效地确定TAL效应物的靶基因,进而阐明TAL效应物的生物学功能,但是目前在TAL效应物靶标计算预测方面的研究仍然很少.为了设计出预测TAL效应物靶标的有效算法,基于TAL效应物的已知靶标数据,构建了TAL效应物靶点的RVD-核苷酸关联矩阵,并将RVD-核苷酸关联矩阵归一化成RVD特异性概率矩阵,为靶标预测构造新的打分函数.实验结果表明,改进的TAL效应物靶标预测算法对大部分已知靶标预测的打分排名比已有算法更靠前,并且结合基因表达数据可以预测出TAL效应物的新的候选靶标.

水稻黄单胞菌三型分泌系统效应物的研究进展

水稻黄单胞菌(X.oryzae)三型分泌系统(TypeⅢsecretion system,T3SS)效应物(Effector)一直被认为是水稻黄单胞菌最重要的致病因子之一。水稻黄单胞菌水稻致病变种(Xanthomonas oryzae pv.oryzae)和水稻黄单胞菌栖稻致病变种(Xanthomonas oryzae pv.oryzicola)分别引起水稻两大细菌病害水稻白叶枯病(Bacterial leaf blight)和水稻细菌性条斑病(Bacterial leaf streak)。基因组分析揭示,水稻黄单胞菌中至少存在28个类型的T3SS效应物,分为TAL(Transcription activator-like effectors)效应物和non-TAL效应物(Non transcription activator-like effectors)两大类。通过对水稻黄单胞菌中T3SS效应物的数量、种类、结构、宿主靶标等方面进行综述,为全面了解水稻-水稻黄单胞菌互作的分子机理,调控网络以及水稻分子育种提供一种新洞察力。