一种鉴别栽培柿品种SNP标记的新方法

【目的】为了鉴别栽培柿品种间的遗传差异,开发一种基于核糖体DNA内转录间隔区(nrDNA internally transcribed spacer)序列简单、高效的SNP分子标记新方法,为种质的收集、利用及推广应用提供参考。【方法】以18种六倍体栽培柿品种叶片为试材,对其ITS区进行扩增测序,并分析序列差异,最后用Sau96 I限制性内切酶对151处杂合位点进行酶切验证。【结果】18份柿品种ITS长度均为730 bp,共存在6个杂合位点,分别在151、168、205、278、279和622 bp处。六倍体柿杂合位点处碱基峰图面积比例存在一定的规律,即C∶T=2∶1、C∶T=1∶1、C∶T=1∶2和A∶G=1∶1,利用出现的杂合位点及其峰图面积比例规律差异将18份栽培柿品种分成11类。【结论】151处位点的酶切结果验证了酶切产物浓度与峰图面积比例一致。这种基于nrDNAITS序列SNP分子标记的新方法能将18份栽培柿品种分成11类。

粉拟青霉种内nrDNA ITS分析

通过对 2 0株粉拟青霉 (Paecilomycesfarinosus)ITS1- 5 .8S -ITS2 (rDNA)区域序列测定 ,确定了粉拟青霉ITS序列 ,而韩国学者测定的粉拟青霉ITS序列应为细脚拟青霉 (P .tenuipes)的序列。序列比较发现 ,韩国 2株未定名的拟青霉 (Paecilomycesspp .)菌株 (KACC4 0 2 19、KACC4 0 2 2 1)应为粉拟青霉。基于本研究构建的邻接树推断 ,粉拟青霉的有性型可能是一种虫草。粉拟青霉的起源应为单源的。不同的粉拟青霉菌株的ITS序列具有多态性 ,源于同一地区的菌株的ITS变异也较大。ITS序列的证据表明 。

洋葱大葱种间杂种鉴定方法建立与应用

以洋葱、大葱及其杂种F1为材料,利用PCR-RFLP技术对其核糖体DNA内部转录间隔区(ITS)和细胞质线粒体DNA的srRNA基因V7进行分析,试图建立洋葱大葱种间杂种的鉴定方法。结果显示:大葱ITS序列没有DdeⅠ酶切位点;而洋葱被DdeⅠ酶切成两个大小不同的片段;F1杂种具有两亲本的ITS序列酶切模式。细胞质线粒体srRNA基因的V7区域的扩增表明F1杂种和亲本有大小一致的单一片段,经RsaI酶切后,大葱有约0.3kb条带,比洋葱的稍小,两亲本都含有另外一条小条带(约0.1kb)。对25份杂种材料进行鉴定,22份的母本为大葱,3份为假杂种。本研究在分子水平上建立了洋葱大葱种间杂种的鉴定方法,快速、准确地辨别杂种一代的真假性。

西鄂尔多斯特有种四合木与同生境下蒺藜科三个种的核rDNA ITS的序列比较研究

为揭示分布于西鄂尔多斯高原的中国特有种四合木对生境的适应性及与其他属的亲缘关系,用PCR直接测序方法,对四合木与同生境蒺藜科(Zygophllyaceae)其他3个种的核糖体DNAITS片段进行了序列分析.结果表明,4种植物在ITS片段长度、GC百分含量和变异位点数上均存在一定差异.ITS1长177～212bp,ITS2长218～237bp;GC含量为57.7%～62%,信息位点比例30.1%.系统发育分析表明,四合木(TetraenamongolicaMaxim)与霸王(ZygophyllumxanthoxylumMaxim)在系统位置上较相近,白刺(NitrariasibiricaPall)与蒺藜(TribulusterrestrisL.)较相近.ITS所揭示的亲缘关系与这些种的形态学和胚胎学特征相似.

衣藻属的系统发育分析——基于形态形状和nrDNA ITS序列

通过实验分析莱茵衣藻 ( Chlamydomonas reinhardtii) 1个种和互连网获得衣藻属 1 5个种及丝藻属 1个种 ( Ulothrix zonata) ,共 1 7个种的 nr DNA ITS序列 ,并以 U.zonata为外类群 ,采用计算机分析软件包对其进行分析及构建分子系统发育树图。同时以 1 2个传统分类性状 ,对此 1 6种衣藻构建数据矩阵 ;以 U.zonata动孢子的相应性状为外类群原始性状 ,用Wagner法在计算机上对其进行分枝分析 ;然后比较并分析分子系统树和表征性状分支分析树的异同。初步尝试以 ITS分子序列系统发育分析作为传统性状分析的补充来研究衣藻种间的亲缘关系。

基于nrDNA ITS对23种兜兰属植物的分子系统学分析

采用PCR直接测序法,测定23种兜兰属植物的内部转录间隔区(ITS)序列,并结合GenBank中所查到的德氏兜兰(AJ564372)、波瓣兜兰(AY530916)及麻栗坡兜兰(AJ564357)的核糖体DNA(nrDNA)ITS区序列进行比对,确定23种兜兰的ITS1、5.8S及ITS2的界限。结果表明:23种兜兰植物的nrDNA ITS序列长度为717~787bp;G+C含量为48.6%~51.5%,其中ITS1和ITS2长度分别为393~451bp及155~180bp,包括211个变异位点;109个信息位点。基于贝叶斯法和最大简约法构建系统聚类树,结果表明,2种方法构建的树基本一致,整个树分为2个分支3个亚组,表明基于nrDNA ITS序列能够鉴定分析兜兰属植物种间的亲缘关系。

ITS序列在被子植物系统学上的应用

本文讨论了

白及属药用植物DNA条形码的确立及其应用

为建立白及属药用植物适合的DNA条形码,并以DNA条形码准确的鉴别白及属药用植物及其混伪品,本研究对41份样品基因组DNA的nrDNAITS、LFY同源基因内含子2、叶绿体ycf1基因进行扩增、测序及序列分析;比较物种种内种间的变异,并基于K2P距离分析Barcoding Gap、构建NJ系统聚类树及BLAST1算法以评价不同序列的鉴定能力。结果显示,白及属物种nrDNAITS和ycf1序列的种间变异（0.022-0.106和0.017-0.106）明显大于种内变异（0-0.012和0-0.015）,NJ树也能准确地区分4个物种;而LFY同源基因内含子2序列未发现Barcoding Gap,不能有效的鉴别白及属物种。选用nrDNAITS和ycf1构建NJ树成功鉴定了白及粉末状药材及其混伪品。结果表明,nrDNAITS和ycf1序列可以作为白及属及其混伪品鉴定用的DNA条形码序列。市场上＂巨茎白及＂的nrDNAITS序列和ycf1序列与安徽六安白及亲缘关系最近,NJ树均与白及聚为一支;基于形态及分子数据可初步将安徽＂巨茎白及＂归为白及属白及植物。

用cpDNA matK基因和nrDNA ITS区序列确定我国特有植物四棱草属的系统位置

测定了我国特有植物四棱草属以及马鞭草科6属和唇形科13属共27个代表种的叶绿体DNAmatK基因和核核糖体DNA ITS区序列。应用相对表观衍征分析方法(RASA)对所测DNA序列的系统发育信号及所选择外类群的有效性进行了统计评价,应用最大简约法(MP)、邻接法(NJ)和最大似然法(ML)对matK和ITS序列进行了独立的和联合的分子系统发育分析。结果表明,四棱草与三花莸为姐妹群;Contino等提出的莸属复合群不构成单系类群,获属4种具有复系演化关系;Contino系统中的筋骨草亚科形成一个单系分支。此外,本文结果支持马鞭草科与唇形科构成复系类群以及白骨壤属从马鞭草科中独立的观点.

一种从特殊植物材料中制备PCR模板的新方法

报道了一种从较长年代的植物标本以及富含次生代谢物质的植物材料中制备PCR模板的新方法.对常规方法提取的纯度较低的总DNA,采用微量玻璃粉吸附,并直接用于PCR反应.作为应用实例,比较了新方法与常规方法对6个样品的nrDNA ITS区和cpDNA rbcL基因的PCR扩增结果.结果显示,新方法明显比常规方法优越,这为特殊植物材料DNA的纯化与PCR模板的制备提供了一种简便、快速、低成本的方法.