水稻nyc3基因序列多样性及表达量分析

nyc3基因在叶绿素降解过程中起关键作用。本研究通过分析nyc3基因在533份水稻核心种质材料中存在的自然变异,发现了nyc3基因序列具有非常丰富的单核苷酸多态性,并在基因的转录区域共找到了28个SNPs,其中在启动子区域检测到10个SNPs,在5'UTR检测到2个SNPs,在3'UTR检测到16个SNPs。利用生物信息学软件,将核心种质中nyc3分为14个单倍型,筛选其中6个主要单倍型进行染色体画图,明确了各单倍型之间存在的SNP差异,同时确定28个SNPs在基因转录区域的分布。通过实验室构建的全基因组范围内水稻全生育期表达谱数据库,找到在不同时期、不同组织中nyc3的表达量,通过分析可以发现,nyc3的表达量伴随着水稻的生长在不断的升高,在水稻成熟期,叶片中nyc3的表达量达到最高值,充分说明nyc3在调控叶绿素降解上起到作用。