目的以生物信息学方法分析嗅质蛋白样蛋白2B(OLFML2B)基因在肝细胞癌中的表达情况及其临床意义。方法通过分析生物医学数据分析盒子(Sangerbox)数据库、癌症基因组图谱(TCGA)数据库获得OLFML2B基因在肝细胞癌组织及正常肝组织中的表达...目的以生物信息学方法分析嗅质蛋白样蛋白2B(OLFML2B)基因在肝细胞癌中的表达情况及其临床意义。方法通过分析生物医学数据分析盒子(Sangerbox)数据库、癌症基因组图谱(TCGA)数据库获得OLFML2B基因在肝细胞癌组织及正常肝组织中的表达情况和生存情况。分析肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库获得OLFML2B基因与肝细胞癌组织免疫浸润水平的相关性。分析伯明翰阿拉巴马大学癌症数据分析门户网站(UALCAN)数据库、cBio癌症基因组学门户网站(cBioProtal)数据库获得OLFML2B基因启动子区甲基化水平及突变情况。分析TCGA多组学关联分析(LinkedOmics)数据库获得OLFML2B基因导致肝细胞癌发生所涉及的生物学过程和信号通路。结果Sangerbox数据库分析结果显示,OLFML2B基因在多数肿瘤组织的mRNA表达水平高于正常组织,在肝细胞癌中表达量高于正常组织(P<0.001)。TCGA数据库分析结果显示,在配对及非配对的肝细胞癌组织与正常组织中,OLFML2B基因的表达水平显著均高于正常组织(P<0.001)。单因素分析结果表明,OLFML2B基因表达量与年龄、性别、体质量指数(BMI)、病理分期、甲胎蛋白(AFP)、血管浸润等均无相关性(P>0.05)。Kaplan-Meier生存分析结果表明,OLFML2B基因低表达的肝细胞癌患者的总生存率、疾病特异性生存率均高于OLFML2B基因高表达的肝细胞癌患者(P<0.05)。TIMER数据库分析结果显示,肝细胞癌中OLFML2B基因表达与B细胞、CD8^(+)T细胞、CD4^(+)T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞、树突状细胞等细胞免疫浸润呈正相关(P<0.05)。UALCAN数据库分析结果显示,OLFML2B基因启动子区甲基化水平高于正常组织(P<0.05)。cBioProtal数据库分析结果显示,OLFML2B基因在肝细胞癌中已被收录4个突变,均为错义突变,突变后蛋白发生改变。LinkedOmics数据库基因富集分析结果发现,OLFML2B基因与免疫系统的正向调节、血管生成、细胞迁移的正向调节、细胞运动的正向调节、胞外分泌调节、免疫应答、细胞凋亡等生物学过程有关。京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析结果显示,OLFML2B基因与Ras、MAPK、PI3K、pathway in cancer等信号通路有关。结论OLFML2B基因在肝细胞癌组织中高表达。OLFML2B基因低表达的肝细胞癌患者的预后较好。OLFML2B基因与免疫浸润有关。肝细胞癌发生的机制可能与OLFML2B基因启动子区甲基化、错义突变、血管生成、细胞迁移的正向调节、Ras、MAPK、PI3K、pathway in cancer等信号通路有关。展开更多
文摘目的以生物信息学方法分析嗅质蛋白样蛋白2B(OLFML2B)基因在肝细胞癌中的表达情况及其临床意义。方法通过分析生物医学数据分析盒子(Sangerbox)数据库、癌症基因组图谱(TCGA)数据库获得OLFML2B基因在肝细胞癌组织及正常肝组织中的表达情况和生存情况。分析肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库获得OLFML2B基因与肝细胞癌组织免疫浸润水平的相关性。分析伯明翰阿拉巴马大学癌症数据分析门户网站(UALCAN)数据库、cBio癌症基因组学门户网站(cBioProtal)数据库获得OLFML2B基因启动子区甲基化水平及突变情况。分析TCGA多组学关联分析(LinkedOmics)数据库获得OLFML2B基因导致肝细胞癌发生所涉及的生物学过程和信号通路。结果Sangerbox数据库分析结果显示,OLFML2B基因在多数肿瘤组织的mRNA表达水平高于正常组织,在肝细胞癌中表达量高于正常组织(P<0.001)。TCGA数据库分析结果显示,在配对及非配对的肝细胞癌组织与正常组织中,OLFML2B基因的表达水平显著均高于正常组织(P<0.001)。单因素分析结果表明,OLFML2B基因表达量与年龄、性别、体质量指数(BMI)、病理分期、甲胎蛋白(AFP)、血管浸润等均无相关性(P>0.05)。Kaplan-Meier生存分析结果表明,OLFML2B基因低表达的肝细胞癌患者的总生存率、疾病特异性生存率均高于OLFML2B基因高表达的肝细胞癌患者(P<0.05)。TIMER数据库分析结果显示,肝细胞癌中OLFML2B基因表达与B细胞、CD8^(+)T细胞、CD4^(+)T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞、树突状细胞等细胞免疫浸润呈正相关(P<0.05)。UALCAN数据库分析结果显示,OLFML2B基因启动子区甲基化水平高于正常组织(P<0.05)。cBioProtal数据库分析结果显示,OLFML2B基因在肝细胞癌中已被收录4个突变,均为错义突变,突变后蛋白发生改变。LinkedOmics数据库基因富集分析结果发现,OLFML2B基因与免疫系统的正向调节、血管生成、细胞迁移的正向调节、细胞运动的正向调节、胞外分泌调节、免疫应答、细胞凋亡等生物学过程有关。京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析结果显示,OLFML2B基因与Ras、MAPK、PI3K、pathway in cancer等信号通路有关。结论OLFML2B基因在肝细胞癌组织中高表达。OLFML2B基因低表达的肝细胞癌患者的预后较好。OLFML2B基因与免疫浸润有关。肝细胞癌发生的机制可能与OLFML2B基因启动子区甲基化、错义突变、血管生成、细胞迁移的正向调节、Ras、MAPK、PI3K、pathway in cancer等信号通路有关。
