HSV-2的生物信息学分析及其Oligo探针设计

目的设计单纯疱疹病毒2型(HSV-2)诊断芯片的O ligo探针。方法利用BLA ST软件对HSV-2的DNA序列进行序列比对,得到有意义的特异序列;用生物学软件O ligo6.0设计特异性高、Tm值相近、长度均一的O ligo探针。结果获得13条60-m er O ligo探针。结论利用BLA ST系统和生物学软件O ligo6.0设计HSV-2诊断芯片的探针,可为后期打印成DNA芯片,用于HSV-2的检测打下基础。

先天性心脏病有关的风疹病毒Oligo探针与功能基因芯片的设计

目的风疹病毒(Rubella virus,RV)是先天性风疹综合征(先天性心脏病、先天性白内障和耳聋的三联综合征)的致病因素,本研究针对RV全基因组序列的生物信息学特点,设计RV 60-m er长链寡核苷酸探针,探讨寡核苷酸探针和功能基因芯片的设计方法。方法利用生物信息学软件Array Designer 2.0针对RV全基因组设计Tm值相近、长度均一的60-m er探针,利用其BLAST功能将所得探针在GenBank数据库进行序列比对分析,筛选得到RV特异性O ligo探针并设计成功能基因芯片。结果获得11条60-m er O ligo探针,用于打印成DNA芯片,拟用于RV检测与病毒基因表达功能分析。结论利用Array Designer 2.0软件设计芯片探针比常见其他方法更有效,尤其适合于病毒检测和病毒基因功能分析复合型芯片的设计。

梨S基因检测芯片的oligo探针设计

为给梨品种S基因芯片的制备及梨品种自交不亲和性S-RNase基因和S基因型的检测奠定基础,结合已有的对梨自交不亲和S-RNase基因的研究成果及Genbank中梨S-RNase基因信息,利用生物学比对软件Genedoce对梨S-RNase等位基因序列进行比对,得到等位基因HV区的特异序列;用oligo6.71、Premier Premier 5.0和Clustal.W等生物学软件设计特异性高、解链温度Tm值接近、长度均一的oligo探针,获得了24条32 mer的oligo探针。

细小病毒B19 Oligo探针设计

利用BLAST软件对细小病毒B19的序列进行序列比对,获得特异序列;利用生物学软件Oligo6.40设计特异性高、Tm值接近、长度均一的Oligo探针。结果获得了13条70bp的Oligo探针,用于芯片打印及细小病毒B19的检测。表明利用BLAST系统和生物学软件Oligo6.40设计细小病毒B19诊断芯片的探针是一种简便而有效的方法。

苏云金杆菌DNA芯片Oligo探针设计

迅速增长的分子生物学数据为总结新的生物学信息,进行生物研究尤其是分子生物学研究,提供了丰富的资料.利用苏云金杆菌的基因信息和一些生物学软件,设计特异性高、长度一致、熔解温度相近的Oligo探针,为后期打印成DNA芯片,进行苏云金杆菌鉴定打下基础.

利用软件Array Designer 2.0设计7种病毒检测基因芯片探针

目的设计能同时检测人SARS冠状病毒、尼巴病毒、亨德拉病毒、狂犬病毒、登革病毒、乙脑病毒和西尼罗病毒的基因芯片探针,制备芯片用于对广州野生动物携带这7种病毒的流行病学筛查。方法利用生物学软件DNAStar对7种病毒所有序列进行比对,获得每种病毒有意义的特异序列,以此作为设计oligo探针的备选序列,利用生物软件Array Designer 2.0设计特异性好、长度均一、Tm值相近的探针。结果每种病毒设计优化选择出10条oligo探针,用来制备基因检测芯片。结论利用GenBank数据库和生物学软件Array Designer 2.0设计病毒基因芯片检测探针,是一种简便、快速、有效的方法。

基于生物信息学分析方法设计HSV-1诊断芯片的通用寡核苷酸探针

目的：设计单纯疱疹病毒1型（HSV-1）诊断芯片的寡核苷酸（Oligo）探针;方法：利用BLAST软件对HSV-1的基因序列进行对比,得出对设计HSV-1探针有意义的特异序列,并通过生物学软件Oligo 6.0设计特异性高Tm值相近、长度均一的Oligo探针;结果：获得在相同的杂交、清洗条件下可得到最佳杂交效果的10条30-mer的Oligo探针;结论：通过生物信息学方法设计出HSV-1诊断芯片的探针,可为后期制备成基因芯片,为进行HSV-1的检测打下良好的基础。

HCMV 60-mer寡核苷酸诊断芯片的探针与微阵列设计

目的设计用于人巨细胞病毒(HCM V)诊断的60-m er长链寡核苷酸探针及微阵列。方法利用生物学软件A rray D es igner2.0,针对HCM V特异且保守的序列设计60-m er探针,利用BLA ST功能将设计探针在G enB ank数据库进行序列比对分析,筛选得到HCM V特异性O ligo探针,根据各探针的属性特点设计芯片阵列。结果设计得到24条解链温度(Tm值)相近、长度均一的60-m er O ligo探针及其芯片阵列,拟打印成DNA芯片用于HCM V检测。结论利用病原体的生物信息学资料及A rray D es igner2.0生物软件,能有效的进行病毒检测芯片的设计。

基于生物信息学分析方法设计流感病毒A的通用寡核苷酸探针

目的:设计流感病毒A诊断芯片的寡核苷酸(O ligo)探针。方法:利用BLAST软件对流感病毒A的基因序列进行比对,得到有意义的特异序列;用生物学软件Array Designer4.2设计特异性高、Tm值相近、长度均一的O ligo探针。结果:获得10条30 m er的O ligo探针。结论:利用BLAST软件和生物学软件Array Designer4.2设计流感病毒A诊断芯片的探针,可为后期打印成基因芯片,用于流感病毒A的检测打下基础。

HSV-2的生物信息学分析及其探针设计的探讨

目的利用生物信息学分析单纯疱疹病毒2型(HSV-2)基因序列的特点,设计HSV-2诊断芯片的Oligo探针。方法利用Matlab7.0和ANTHEPROTV5对HSV-2序列进行分析,并通过BLAST软件对HSV-2的DNA序列进行序列比对,得到有意义的特异序列;用生物学软件Oligo6.0设计特异性高、Tm值相近、长度均一的Oligo探针。结果利用Matlab7.0和ANTHEPROTV5分析HSV-2二级结构的分布以及其理化性质,同时生物学软件Oligo6.0获得13条60-merOligo探针。结论通过生物信息学设计HSV-2诊断芯片的探针,可为后期打印成DNA芯片,用于HSV-2的检测打下基础。

转基因玉米转化体特异性寡核苷酸芯片检测方法的研制

根据7种转基因玉米Bt11、Bt176、Mon810、Mon863、TC1507、GA21和NK603的重组DNA结构,利用Primerpremier5.0引物设计软件分别设计转化体特异性引物,优化PCR反应条件,对引物特异性及灵敏度进行验证。结果表明,所设计引物特异性强,灵敏度达0.1%。在植物基因组与外源基因的连接区域,利用PrimerPremier5.0和Oligo6.0软件分别设计和筛选7种转基因玉米40merOligo转化体特异性探针,制备转基因玉米的寡核苷酸芯片,并对芯片检测的特异性、重复性及检测灵敏度进行检验。证明所设计探针特异性强,灵敏度达0.01%。与PCR检测方法相比,基因芯片检测法灵敏度高、特异性强,可有效检测及鉴定多种转基因玉米,大大提高检测的准确率和效率。