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13种虫媒病毒基因芯片检测方法的建立 被引量:13
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作者 朱晓光 杨银辉 +4 位作者 康晓平 刘洪 胡玉洋 曾海攀 祝庆余 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第8期832-835,共4页
目的建立能对虫媒病毒进行属水平筛查及种水平鉴定的基因芯片技术,为虫媒病毒提供一种高通量的检测与鉴定技术。方法从GenBank获得13种虫媒病毒的全部基因组序列,利用Clustal X和BLAST等比对软件,设计针对这些虫媒病毒所在的3个属的通... 目的建立能对虫媒病毒进行属水平筛查及种水平鉴定的基因芯片技术,为虫媒病毒提供一种高通量的检测与鉴定技术。方法从GenBank获得13种虫媒病毒的全部基因组序列,利用Clustal X和BLAST等比对软件,设计针对这些虫媒病毒所在的3个属的通用寡核苷酸探针,用于病毒的属水平筛查。然后设计针对每种病毒的特异性寡核苷酸探针,用于每种病毒的检测鉴定。寡核苷酸探针长度均为70mer,将设计好的探针与GenBank上所有病毒基因组序列进行比对,验证其种属特异性,然后进行探针合成和基因芯片制备。所有病毒在BSL-3和BSL-2实验室进行培养,待检病毒核酸通过锚定随机PCR进行扩增,经荧光染料标记后与基因芯片杂交,利用激光共聚焦扫描仪扫描后进行结果分析。结果所检测的13种虫媒病毒均可获得种特异性及所在属的属特异性杂交信号,非特异性杂交信号不明显。分别用两种不同的病毒混合后,进行模拟混合病毒感染,也得到了相应的特异杂交信号。结论初步建立了13种虫媒病毒的基因芯片检测技术,可用于这些病毒的属水平筛查及种水平鉴定,并且可以进行混合感染标本的检测,为虫媒病毒的检测与鉴定提供了一种新的手段。 展开更多
关键词 寡核苷酸序列分析 虫媒病毒 检测
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免疫抑制剂代谢相关基因多态性检测芯片的研制及其在肝移植患者中的应用 被引量:2
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作者 姜楠 李洋 +7 位作者 胥顺 傅斌生 汪国营 李华 汪根树 张剑 杨扬 陈规划 《器官移植》 CAS CSCD 2013年第3期127-135,共9页
目的建立一种快速、准确的检测免疫抑制剂常见代谢相关基因多态性的微阵列芯片技术,明确肝移植供、受体细胞色素P450家族细胞色素3A5(cytochrome P4503A5,CYP3A5)及多药耐药1(multidrug resistance1,MDR1)基因多态性对术后患者他克莫司(... 目的建立一种快速、准确的检测免疫抑制剂常见代谢相关基因多态性的微阵列芯片技术,明确肝移植供、受体细胞色素P450家族细胞色素3A5(cytochrome P4503A5,CYP3A5)及多药耐药1(multidrug resistance1,MDR1)基因多态性对术后患者他克莫司(FK506)浓度/剂量比(C/D)的影响。方法选取CYP3A5和MDR1基因外显子的8个常见变异基因位点(CYP3A5Exon1、Exon2、Exon3、Exon13和MDR1Exon1、Exon12、Exon21、Exon26)设计特异性野生型、突变型引物检测探针,通过AD3200微阵列芯片点样仪点样于醛基基片上,室温保湿过夜固定。采用该基因芯片对109份肝移植供、受者全血标本进行检测,每份样本重复检测3次,GenePix4100共聚焦扫描仪阅读芯片,GenePixPro410芯片图像分析软件分析结果,根据同一检测位点野生型探针和突变型探针在阴阳性状态的信号值比值来确定探针的切值(cut-off值)。引物探针和样本微阵列芯片检测结果与脱氧核糖核酸(DNA)测序作比对进行验证。进一步分析临床资料完整的32例肝移植患者,比较供、受体CYP3A5和MDR1基因多态性对患者FK506C/D值的影响。结果芯片样点分布均匀、清晰、规整度好、无漏点和连点,突变型探针和野生型探针的荧光信号强度区分明显;按照突变型探针和野生型探针的荧光强度比值设定cut-off值,结果易于判断,芯片检测结果与测序结果符合率高达99%。供体CYP3A5基因Exon3第6986位点A/G单核苷酸多态性(CYP3A5*3)与FK506C/D值有关,术后2、4、12周供体CYP3A5*1/*1和*1/*3型患者的FK506C/D值明显低于*3/*3型患者(均为P<0.05),而供、受体CYP3A5其它基因型及供受体MDR1各基因型组间FK506C/D值相比差异无统计学意义(均为P>0.05)。结论供体CYP3A5基因第6986位点携带*1等位基因的患者需更高剂量FK506才能达到目标血药浓度。CYP3A5和MDR1基因多态性的微阵列芯片技术的检测效果理想,可重复性强,为肝移植术后免疫抑制剂的个体化用药提供可靠的参考指标。 展开更多
关键词 微阵列芯片技术 寡核苷酸序列分析 基因位点 他克莫司 细胞色素3A5 多药耐药基因
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长链非编码RNA在甲状腺乳头状癌中的表达谱分析 被引量:2
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作者 丁金旺 张煜 +7 位作者 王克义 屠巧峰 时晶晶 张卧 彭友 潘钢 叶柳青 罗定存 《中国耳鼻咽喉头颈外科》 CSCD 2016年第5期293-294,共2页
研究发现长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)在人类多种恶性肿瘤(如肝癌、肺癌、乳腺癌等)的发生和发展中发挥重要作用,但其在甲状腺肿瘤中的表达及作用机制的研究较少。本研究采用基因芯片检测甲状腺乳头状癌(papillary th... 研究发现长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)在人类多种恶性肿瘤(如肝癌、肺癌、乳腺癌等)的发生和发展中发挥重要作用,但其在甲状腺肿瘤中的表达及作用机制的研究较少。本研究采用基因芯片检测甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)和甲状腺良性肿瘤组织中lncRNAs/m RNAs的表达,筛选PTC差异性表达的lncRNAs, 展开更多
关键词 甲状腺肿瘤(Thyroid Neoplasms) 寡核苷酸序列分析(oligonucleotide array sequence analysis) 基因表达谱(Gene Expression Profiling) 长链非编码RNA(long NON-CODING RNA)
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Microarray analysis of extracellular matrix genes expression in myocardium of mouse with Coxsackie virus B_3 myocarditis 被引量:6
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作者 张召才 李双杰 +3 位作者 杨英珍 陈瑞珍 葛均波 陈灏珠 《Chinese Medical Journal》 SCIE CAS CSCD 2004年第8期1228-1231,共4页
Background Extracellular matrix (ECM) orchestrates cell behaviour including growth, death, apoptosis, adhesion, migration, and invasion by activating several signalling pathways Certain components of ECM, such as ... Background Extracellular matrix (ECM) orchestrates cell behaviour including growth, death, apoptosis, adhesion, migration, and invasion by activating several signalling pathways Certain components of ECM, such as integrins, may act as receptors or co-receptors of enterovirus ECM-activated gene expressions in myocardium of viral heart disease including myocarditis and partial cardiomyopathy remain elusive This study was to investigate the expression of ECM-activated genes in myocardium of mouse with viral myocarditis Methods BALB/c mice were infected with Coxsackie virus B 3 (CVB 3) to establish an animal model of myocarditis Uninfected mice were also prepared and served as controls Specific mRNA expression pattern in myocarditic mouse heart was analysed by an in-house cDNA microarray containing 8192 genes Overexpressed ECM genes were selected and subsequently confirmed by Northern blot analysis Results Nine ECM genes were isolated, from the array of 8192 genes, as overexpressed genes in hearts of myocarditic mice in comparison with controls Subsequent Northern blot analysis confirmed that four of the nine genes were highly expressed Expression of these four genes, Fin15, ILk, Lamr1 and ADAMTS-1, has not been reported previously to be induced by Coxsackie virus Conclusion CVB 3-induced myocarditis is associated with gene expression profiles of certain ECM components 展开更多
关键词 oligonucleotide array sequence analysis · extracellular matrix · myocarditis · Coxsackie virus B
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基因芯片技术在头颈部肿瘤研究中的应用 被引量:1
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作者 王军 《国外医学(耳鼻咽喉科学分册)》 2005年第6期382-385,共4页
基因芯片近年来发展迅速,凭借其并行性、多样性、微化性和自动化等优点对肿瘤研究带来了巨大冲击,通过对生物遗传信息进行定性、定量分析,在基因诊断和基因治疗方面具有广阔的应用前景。
关键词 头颈部肿瘤(Head and NECK Neoplasms) 寡核苷酸序列分析(oligonucleotide array sequence analysis) 基因芯片技术 肿瘤研究 头颈部
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Polymorphisms of GSTM1 and CYP1A1 genes and their genetic susceptibility to prostate cancer in Chinese men 被引量:3
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作者 LIMing GUAN Tong-yu +1 位作者 LI Yao NA Yan-qun 《Chinese Medical Journal》 SCIE CAS CSCD 2008年第4期305-308,共4页
Background Variation in prostate cancer incidence between different racial groups has been well documented, for which genetic polymorphisms are hypothesized to be an explanation. We evaluated the association between p... Background Variation in prostate cancer incidence between different racial groups has been well documented, for which genetic polymorphisms are hypothesized to be an explanation. We evaluated the association between polymorphisms in the cytochrome P-450 CYP1A1 (CYP1A1) and glutathione S-transferase M1 (GSTM1) genes and genetic susceptibility to prostate cancer in Chinese men.Methods TWO hundred and eight prostate cancer patients and 230 age matched controls were enrolled in this study. All DNA samples from peripheral blood lymphocytes were genotyped for common genetic polymorphisms of the CYP1A1 and GSTM1 genes using the oligonucleotide microarray (DNA chip) technique and the polymorphism results confirmed by sequencing. The different polymorphisms in prostate cancer patients were also analyzed according to age at diagnosis, prostate specific antigen level, cancer stage and grade (Gleason score).Results The prevalence of the GSTM1 (0/0) genotype was significantly higher in prostate cancer patients (58.2%) than in controls (41.7%, P〈0.05). Further analysis demonstrated that the prostate cancer patients with a GSTM1 (0/0) genotype were younger than those with the GSTM1 (+/+) genotype (P=-0.024). No significant differences in the frequency distributions of CYP1A1 polymorphisms were observed between prostate cancer patients and controls.Conclusion GSTM1 (0/0)-gene polymorphism may be linked to prostate cancer risk and early age of Onset in Chinese. 展开更多
关键词 cytochrome P-450 CYP1A1 glutathione S-transferase M1 oligonucleotide array sequence analysis prostatic neoplasms
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耳聋基因芯片检测技术 被引量:2
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作者 邢婉丽 项光新 蒋迪 《中国医学文摘(耳鼻咽喉科学)》 2012年第6期311-312,共2页
临床上一般先依照临床表现对遗传性聋患者进行分类,然后确定与各类遗传性聋可能相关的致病基因,再根据这些基因的突变频率确定检测顺序,针对不同的基因结构采用不同的突变检测方法,最后对有突变家系的其他成员进行突变检测以最后确诊。
关键词 遗传性疾病 先天性(Genetic Diseases Inborn) 聋(Deafness) 寡核苷酸序列分析(oligonucleotide array sequence analysis) 聚合酶链反应(Polymerase Chain Reaction)
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大前庭导水管综合征早期诊断的价值
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作者 刘博 《中国医学文摘(耳鼻咽喉科学)》 2012年第6期306-307,共2页
大前庭水管综合征(large vestibular aqueduct syndrome,LVAS)是一种很有临床特点的先天性致聋性疾病,是一种以渐进性、波动性听力下降为主要特征的感音神经性听力损失,早在20世纪70年代末就被Valvassori定义为一种由于内耳畸形所致... 大前庭水管综合征(large vestibular aqueduct syndrome,LVAS)是一种很有临床特点的先天性致聋性疾病,是一种以渐进性、波动性听力下降为主要特征的感音神经性听力损失,早在20世纪70年代末就被Valvassori定义为一种由于内耳畸形所致的听力障碍[1],而国内对这一疾病的认识开始于20世纪90年代初期。近年随着全社会对听力保健关注度的增加和相关基础研究的深入, 展开更多
关键词 前庭水管(Vestibular Aqueduct) 综合征(Syndrome) 早期诊断(Early Diagnosis) 遗传性疾病 先天性(Genetic Diseases Inborn) 寡核苷酸序列分析(oligonucleotide array sequence analysis)
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