日本斑点热立克次体安徽120株ompB基因及其编码蛋白的生物信息学和B细胞抗原表位分析

目的对从我国临床患者血液中新发现和分离出的日本斑点热立克次体安徽120株ompB基因及其编码蛋白进行系统的结构与功能预测,为深入了解其在立克次体致病机制中的作用、研发斑点热临床诊断试剂和疫苗提供理论基础。方法基于日本斑点热立克次体安徽120株ompB基因及其编码的氨基酸序列,应用生物信息学方法预测其信号肽、跨膜区、疏水性等性质和可能的B细胞抗原表位。结果日本斑点热立克次体安徽120株ompB基因在3 297~3 311处存在连续15个碱基的缺失,除此之外,该分离株还有4个碱基突变。该基因编码的氨基酸数目为1 651个,蛋白质分子量为167.69 ku,共由20种氨基酸组成,其中含量较多的氨基酸是Gly;理论等电点pI为5.15,消光系数为58 805或58 680,蛋白不稳定指数为7.15,脂肪指数为88.86,总平均亲水性(GRAVY)为0.06,为疏水性蛋白;Signal peptide (Sec/SPI) Likelihood为0.567 7,有信号肽序列;存在一个Pfam区域和自转运体区,分别与细菌黏附宿主和蛋白质转运有关;蛋白二级结构中以无规卷曲为主,其次为β-折叠和α-螺旋,分别占到53.73%、30.83%和15.45%。同源模建蛋白的三级结构中,第1 308~1 651氨基酸部分在蛋白表面形成桶状结构,可能具有丝氨酸蛋白酶的作用;蛋白分子内抗原表位较丰富,共有159个可能的抗原表位,预测分数最高(0.94)的为1 269~1 284位序列。结论成功分析和预测了日本斑点热立克次体安徽120株ompB基因及其编码蛋白的组成、蛋白质的二级结构、三级结构和B细胞抗原表位,为研究日本斑点热立克次体的致病机制、临床诊断试剂和亚单位疫苗的研发提供了理论支持。

从厩真厉螨中检出与猫立克次体近缘的立克次体核酸片段

本研究用立克次体属特异的gltA和ompB基因扩增引物，从吉林长白县捕获鼠中分拣的534只厩真厉螨中扩得gltA和ompB基因片段。通过基因片段的序列测定、BLAST比对和系统发育分析，显示两个扩增基因与猫立克次体Rickettsia fells同源性最高（99％），证明该地区厩真厉螨携带与猫立克次体近缘的立克次体。

日本立克次体ompB蛋白基因的克隆及序列分析

参照立氏立克次体分子量为１２×１０＾４蛋白基因序列合成引物，分两段扩增日本立克次体的１２×１０＾４蛋白基因，扩增ＤＮＡ的长度分别为２．５和２．６ｋｂ。含有启动子区的２．６ｋｂ片段在ｐＵＣ１９质粒中不稳定。从这段ＤＮＡ删去启动子及８５个氨基酸编码子区的扩增产物可被克隆。